153 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_R0004 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003295  RS01509  tRNA-Gly  100 
 
 
74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.555954  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0004  tRNA-Gly  100 
 
 
74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.159928  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0065  tRNA-Gly  100 
 
 
74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.254895  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0003  tRNA-Gly  100 
 
 
74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.856118  normal  0.0346282 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0046  tRNA-Gly  100 
 
 
74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.837906  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0022  tRNA-Gly  97.3 
 
 
74 bp  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.928948 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0027  tRNA-Gly  96 
 
 
75 bp  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0005  tRNA-Gly  93.33 
 
 
75 bp  101  2e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0001  tRNA-Gly  91.89 
 
 
74 bp  99.6  9e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  1.3029e-17  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0046  tRNA-Gly  92 
 
 
75 bp  93.7  5e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0034  tRNA-Gly  87.84 
 
 
74 bp  75.8  0.000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0043  tRNA-Gly  88.41 
 
 
74 bp  73.8  0.000000000005  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.000310239  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna36  tRNA-Gly  93.75 
 
 
74 bp  71.9  0.00000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0073  tRNA-Gly  93.75 
 
 
74 bp  71.9  0.00000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0048  tRNA-Gly  93.75 
 
 
74 bp  71.9  0.00000000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0048  tRNA-Gly  93.75 
 
 
74 bp  71.9  0.00000000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Gly-4  tRNA-Gly  88 
 
 
75 bp  69.9  0.00000000008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.555629  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3118  tRNA-Gly  88 
 
 
75 bp  69.9  0.00000000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1514  tRNA-Gly  88 
 
 
75 bp  69.9  0.00000000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0267785  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0008  tRNA-Gly  88 
 
 
75 bp  69.9  0.00000000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0353733  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0025  tRNA-Gly  88 
 
 
75 bp  69.9  0.00000000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0024  tRNA-Gly  88 
 
 
75 bp  69.9  0.00000000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0781725  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0744  tRNA-Gly  88 
 
 
75 bp  69.9  0.00000000008  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2577  tRNA-Gly  88 
 
 
75 bp  69.9  0.00000000008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3055  tRNA-Gly  88 
 
 
75 bp  69.9  0.00000000008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.379519  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3090  tRNA-Gly  88 
 
 
75 bp  69.9  0.00000000008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.20543  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2036  tRNA-Gly  88 
 
 
75 bp  69.9  0.00000000008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0061  tRNA-Gly  88 
 
 
75 bp  69.9  0.00000000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.944304  normal  0.76215 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0025  tRNA-Gly  88 
 
 
75 bp  69.9  0.00000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.458906 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0025  tRNA-Gly  88 
 
 
75 bp  69.9  0.00000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.633427  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0025  tRNA-Gly  86.49 
 
 
74 bp  67.9  0.0000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.896099  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4794  tRNA-Gly  86.49 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0033  tRNA-Gly  87.5 
 
 
72 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.544366 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0035  tRNA-Gly  93.18 
 
 
71 bp  63.9  0.000000005  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.987391  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54840  tRNA-Gly  85.92 
 
 
71 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000068368  unclonable  1.75195e-22 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0110  tRNA-Gly  88.14 
 
 
71 bp  61.9  0.00000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60400  tRNA-Gly  85.92 
 
 
71 bp  61.9  0.00000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.589657  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4782  tRNA-Gly  85.14 
 
 
74 bp  60  0.00000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0143888  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0021  tRNA-Gly  100 
 
 
74 bp  58  0.0000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000145093  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0003  tRNA-Gly  100 
 
 
74 bp  58  0.0000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0025  tRNA-Gly  100 
 
 
75 bp  58  0.0000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0712704 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0021  tRNA-Gly  100 
 
 
75 bp  58  0.0000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.829882 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0043  tRNA-Gly  100 
 
 
74 bp  56  0.000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000110087  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0003  tRNA-Gly  91.67 
 
 
75 bp  56  0.000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0029  tRNA-Gly  89.36 
 
 
74 bp  54  0.000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000000023442  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0019  tRNA-Gly  89.36 
 
 
74 bp  54  0.000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0040  tRNA-Gly  89.36 
 
 
74 bp  54  0.000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.983411  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0063  tRNA-Gly  89.36 
 
 
74 bp  54  0.000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2370  tRNA-Gly  89.36 
 
 
76 bp  54  0.000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  hitchhiker  0.00487087  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0030  tRNA-Gly  89.36 
 
 
74 bp  54  0.000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0538391 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0048  tRNA-Gly  83.78 
 
 
74 bp  52  0.00002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_19030  tRNA-Gly  89.13 
 
 
74 bp  52  0.00002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0023  tRNA-Gly  92.11 
 
 
71 bp  52  0.00002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000259024  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0039  tRNA-Gly  92.11 
 
 
71 bp  52  0.00002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000000372449  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0045  tRNA-Gly  100 
 
 
71 bp  52  0.00002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal  0.0153561 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0064  tRNA-Gly  96.55 
 
 
74 bp  50.1  0.00007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Gly-2  tRNA-Gly  96.55 
 
 
74 bp  50.1  0.00007  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.951593  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt05  tRNA-Gly  96.55 
 
 
74 bp  50.1  0.00007  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt10  tRNA-Gly  88.89 
 
 
74 bp  50.1  0.00007  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt05  tRNA-Gly  96.55 
 
 
74 bp  50.1  0.00007  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt10  tRNA-Gly  88.89 
 
 
74 bp  50.1  0.00007  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0030  tRNA-Gly  96.55 
 
 
74 bp  50.1  0.00007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000137956  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0025  tRNA-Gly  96.55 
 
 
74 bp  50.1  0.00007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000880116  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0044  tRNA-Gly  96.55 
 
 
74 bp  50.1  0.00007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000265162  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0077  tRNA-Gly  96.55 
 
 
74 bp  50.1  0.00007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.000000000693473  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0054  tRNA-Gly  96.55 
 
 
74 bp  50.1  0.00007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.809782  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0001  tRNA-Gly  96.55 
 
 
74 bp  50.1  0.00007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0016  tRNA-Gly  96.55 
 
 
74 bp  50.1  0.00007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.827613  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0012  tRNA-Gly  96.55 
 
 
74 bp  50.1  0.00007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0044  tRNA-Gly  96.55 
 
 
75 bp  50.1  0.00007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.69312  normal  0.302799 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0030  tRNA-Gly  96.55 
 
 
76 bp  50.1  0.00007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.218808 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0046  tRNA-Gly  96.55 
 
 
75 bp  50.1  0.00007  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0026  tRNA-Gly  96.55 
 
 
74 bp  50.1  0.00007  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.594992  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0032  tRNA-Gly  96.55 
 
 
74 bp  50.1  0.00007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.274432  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0052  tRNA-Gly  96.55 
 
 
74 bp  50.1  0.00007  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000802106  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0072  tRNA-Gly  96.55 
 
 
74 bp  50.1  0.00007  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0211705  normal  0.918041 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0059  tRNA-Gly  96.55 
 
 
74 bp  50.1  0.00007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000597216  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0015  tRNA-Ser  96.55 
 
 
67 bp  50.1  0.00007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  hitchhiker  0.0082796  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0040  tRNA-Gly  96.55 
 
 
75 bp  50.1  0.00007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0471615  normal  0.863144 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0032  tRNA-Gly  96.55 
 
 
74 bp  50.1  0.00007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0074  tRNA-Gly  96.55 
 
 
74 bp  50.1  0.00007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000352958  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0014  tRNA-Gly  96.55 
 
 
74 bp  50.1  0.00007  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.030133  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0041  tRNA-Gly  96.55 
 
 
74 bp  50.1  0.00007  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.226766  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0086  tRNA-Gly  96.55 
 
 
74 bp  50.1  0.00007  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.795168  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0048  tRNA-Gly  96.55 
 
 
74 bp  50.1  0.00007  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0036  tRNA-Gly  96.43 
 
 
74 bp  48.1  0.0003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.048485  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Gly-2  tRNA-Gly  96.43 
 
 
74 bp  48.1  0.0003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Gly-5  tRNA-Gly  96.43 
 
 
74 bp  48.1  0.0003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Gly-1  tRNA-Gly  96.43 
 
 
74 bp  48.1  0.0003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.00109047  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0308  tRNA-Gly  96.43 
 
 
74 bp  48.1  0.0003  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0049  tRNA-Gly  96.43 
 
 
74 bp  48.1  0.0003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.111127  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0049  tRNA-Gly  96.43 
 
 
74 bp  48.1  0.0003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.401783  normal  0.991667 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0005  tRNA-Gly  96.43 
 
 
74 bp  48.1  0.0003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.000107449  hitchhiker  0.00000669742 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0057  tRNA-Gly  96.43 
 
 
74 bp  48.1  0.0003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0032  tRNA-Gly  96.43 
 
 
74 bp  48.1  0.0003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.000000435638  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0071  tRNA-Gly  96.43 
 
 
74 bp  48.1  0.0003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.000000447795  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0032  tRNA-Gly  96.43 
 
 
74 bp  48.1  0.0003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000507298  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0071  tRNA-Gly  96.43 
 
 
74 bp  48.1  0.0003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  decreased coverage  0.00000022788  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0309  tRNA-Gly  96.43 
 
 
74 bp  48.1  0.0003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  hitchhiker  0.00278593  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0092  tRNA-Gly  88.64 
 
 
71 bp  48.1  0.0003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.000000000000423712  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>