236 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_R0048 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_R0048  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4794  tRNA-Gly  97.3 
 
 		 76 bp  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54840  tRNA-Gly  97.18 
 
 		 71 bp  125  1e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000068368  unclonable  1.75195e-22 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60400  tRNA-Gly  97.18 
 
 		 71 bp  125  1e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.589657  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0007  tRNA-Gly  93.33 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.289353  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0056  tRNA-Gly  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.126363  hitchhiker  0.0000037028 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Gly-4  tRNA-Gly  90.67 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.555629  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3118  tRNA-Gly  90.67 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1514  tRNA-Gly  90.67 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0267785  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0025  tRNA-Gly  90.67 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.458906 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0025  tRNA-Gly  90.67 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.633427  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0008  tRNA-Gly  90.67 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0353733  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0061  tRNA-Gly  90.67 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.944304  normal  0.76215 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0025  tRNA-Gly  90.67 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0024  tRNA-Gly  90.67 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0781725  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0744  tRNA-Gly  90.67 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2577  tRNA-Gly  90.67 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3055  tRNA-Gly  90.67 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.379519  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3090  tRNA-Gly  90.67 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.20543  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2036  tRNA-Gly  90.67 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0033  tRNA-Gly  90.28 
 
 		 72 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.544366 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0005  tRNA-Gly  89.33 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0046  tRNA-Gly  89.33 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R23  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0034  tRNA-Gly  92.31 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0018  tRNA-Gly  95.12 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.756582 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00054  tRNA-Gly  91.67 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.627251  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0016  tRNA-Gly  91.67 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0040  tRNA-Gly  90.38 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.983411  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2997  tRNA-Gly  91.67 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.252272 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0018  tRNA-Gly  91.67 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.268435  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3531  tRNA-Gly  91.67 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4697  tRNA-Gly  91.67 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00274412  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3271  tRNA-Gly  91.67 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4154  tRNA-Gly  91.67 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0729117 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3372  tRNA-Gly  91.67 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.564657  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5067  tRNA-Gly  91.67 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2370  tRNA-Gly  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  hitchhiker  0.00487087  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0078  tRNA-Gly  91.67 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0025  tRNA-Gly  90.38 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.896099  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0066  tRNA-Gly  91.67 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0073  tRNA-Gly  91.67 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.423139  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3205  tRNA-Gly  91.67 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.582072 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3267  tRNA-Gly  91.67 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3192  tRNA-Gly  91.67 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0007  tRNA-Gly  91.49 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4305  tRNA-Gly  91.49 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0002  tRNA-Gly  91.49 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0069  tRNA-Gly  91.49 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.448955  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0024  tRNA-Gly  91.49 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.663952  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0049  tRNA-Gly  91.49 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.83946 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0009  tRNA-Gly  91.49 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.256172  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0028  tRNA-Gly  91.49 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.90981 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0010  tRNA-Gly  91.49 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0027  tRNA-Gly  86.67 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0022  tRNA-Gly  91.49 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0012  tRNA-Gly  91.49 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.286348 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0023  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.185917  normal  0.670849 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0035  tRNA-Gly  92.68 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0578114  normal  0.382636 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0078  tRNA-Gly  92.68 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2975  hypothetical protein  91.11 
 
 		 252 bp  58  0.0000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0062  tRNA-Gly  92.68 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0121694  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0034  tRNA-Gly  88.46 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000457466  normal  0.978086 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3852  tRNA-Gly  89.58 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0347948 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0002    100 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.462188  normal  0.531526 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0019  tRNA-Gly  88.46 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA7  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00151828 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0023  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.333471 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0014  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0058  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0073  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.655574 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0022  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.274402  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0004  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4211  tRNA-Gly  89.58 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0011  tRNA-Gly  89.58 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0003  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0059  tRNA-Gly  89.36 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0073  tRNA-Gly  89.36 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4556  tRNA-Gly  89.36 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0003  tRNA-Gly  89.36 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.564977  normal  0.743111 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0003  tRNA-Gly  89.36 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0013  tRNA-Gly  85.33 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000000316853  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna36  tRNA-Gly  89.36 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS01509  tRNA-Gly  83.78 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.555954  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0004  tRNA-Gly  83.78 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.159928  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0065  tRNA-Gly  83.78 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.254895  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0046  tRNA-Gly  83.78 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.837906  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0003  tRNA-Gly  83.78 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.856118  normal  0.0346282 
 
 
-
 
NC_003295  RS05586  tRNA-Gly  90.24 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.000136136  normal  0.200305 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0011  tRNA-Gly  90.24 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  2.9187400000000002e-24  normal  0.0779261 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0057  tRNA-Gly  90.24 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00632698  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0043  tRNA-Gly  90.24 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000110087  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0019  tRNA-Gly  90.24 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0058  tRNA-Gly  90.24 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00000000136383  hitchhiker  0.000000693164 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0078  tRNA-Gly  90.24 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000230991  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0058  tRNA-Gly  90.24 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0060  tRNA-Gly  90.24 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.0000000611366  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3764  tRNA-Gly  90.24 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.000000000188016  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3826  tRNA-Gly  90.24 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.216257  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3459  tRNA-Gly  90.24 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.000712395  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>