212 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gdia_R0018 on replicon NC_011365
Organism: Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011365  Gdia_R0018  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.756582 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0023  tRNA-Gly  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.185917  normal  0.670849 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0062  tRNA-Gly  92.31 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0121694  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0048  tRNA-Gly  95.12 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RS05586  tRNA-Gly  90.38 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.000136136  normal  0.200305 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Gly-5  tRNA-Gly  90.38 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00107854  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0057  tRNA-Gly  90.38 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00632698  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0010  tRNA-Gly  90.38 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000137284  normal  0.0116313 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3796  tRNA-Gly  90.38 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000000000939303  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0019  tRNA-Gly  90.38 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3086  tRNA-Gly  90.38 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000101818  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0058  tRNA-Gly  90.38 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00000000136383  hitchhiker  0.000000693164 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0013  tRNA-Gly  90.38 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000000407891  normal  0.589115 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0078  tRNA-Gly  90.38 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000230991  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0058  tRNA-Gly  90.38 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0060  tRNA-Gly  90.38 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.0000000611366  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0013  tRNA-Gly  90.38 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000000179187  normal  0.143307 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0013  tRNA-Gly  90.38 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00000164045  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0012  tRNA-Gly  90.38 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00000183499  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0049  tRNA-Gly  90.38 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.323662  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3188  tRNA-Gly  90.38 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000469441  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1904  tRNA-Gly  90.38 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.0000012603  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0052  tRNA-Gly  90.38 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.789064 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3764  tRNA-Gly  90.38 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.000000000188016  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0071  tRNA-Gly  90.38 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.0000687699  normal  0.228297 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3826  tRNA-Gly  90.38 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.216257  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3459  tRNA-Gly  90.38 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.000712395  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0011  tRNA-Gly  91.49 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  2.9187400000000002e-24  normal  0.0779261 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0006  tRNA-Gly  91.49 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.328073  hitchhiker  0.00695117 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0078  tRNA-Gly  91.49 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0035  tRNA-Gly  91.49 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0578114  normal  0.382636 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0021  tRNA-Gly  89.8 
 
 		 71 bp  58  0.0000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000000000327134  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0023  tRNA-Gly  92.68 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.333471 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0056  tRNA-Gly  92.68 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.126363  hitchhiker  0.0000037028 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4794  tRNA-Gly  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00054  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.627251  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0016  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0058  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0002    100 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.462188  normal  0.531526 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3531  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5067  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0014  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4154  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0729117 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3192  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0073  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.655574 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA7  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00151828 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0073  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.423139  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0003  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0022  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.274402  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0004  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2997  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.252272 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3271  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3267  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3372  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.564657  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3205  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.582072 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0018  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.268435  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0066  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4697  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00274412  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0078  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0043  tRNA-Gly  89.36 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000110087  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0005  tRNA-Gly  87.04 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54840  tRNA-Gly  92.11 
 
 		 71 bp  52  0.00002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000068368  unclonable  1.75195e-22 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna36  tRNA-Gly  83.78 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0073  tRNA-Gly  83.78 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60400  tRNA-Gly  92.11 
 
 		 71 bp  52  0.00002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.589657  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0007  tRNA-Gly  90.24 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.289353  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4305  tRNA-Gly  90.24 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0002  tRNA-Gly  90.24 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2975  hypothetical protein  90.24 
 
 		 252 bp  50.1  0.00007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0042  tRNA-Gly  100 
 
 		 71 bp  50.1  0.00007  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.0606601  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0069  tRNA-Gly  90.24 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.448955  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0003  tRNA-Gly  90.24 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0020  tRNA-Gly  90.24 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00132609  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0049  tRNA-Gly  90.24 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.83946 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0009  tRNA-Gly  90.24 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.256172  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0010  tRNA-Gly  90.24 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0033  tRNA-Gly  90.24 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0535197  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0040  tRNA-Gly  90.24 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.610701  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0007  tRNA-Gly  90.24 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0055  tRNA-Gly  90.24 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.273578  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0031  tRNA-Gly  90.24 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0022  tRNA-Gly  90.24 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0012  tRNA-Gly  90.24 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.286348 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0004  tRNA-Gly  87.5 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRAt09  tRNA-Gly  96.43 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.745225  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0001    96.43 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0451223 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0059  tRNA-Gly  96.43 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0024  tRNA-Gly  96.43 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.113773  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0004  tRNA-Gly  96.43 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.54255  normal  0.0153905 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0028  tRNA-Gly  96.43 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.721667  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0014  tRNA-Gly  96.43 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.854137  normal  0.0928806 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0055  tRNA-Gly  96.43 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.3002  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0001  tRNA-Gly  96.43 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0024  tRNA-Gly  96.43 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.663952  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0042  tRNA-Gly  96.43 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0090  tRNA-Gly  96.43 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0059  tRNA-Gly  96.43 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.07343  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0015  tRNA-Gly  96.43 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.409791  hitchhiker  0.00133566 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0009  tRNA-Gly  88.64 
 
 		 71 bp  48.1  0.0003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.365276  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0037  tRNA-Gly  96.43 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.374526 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>