More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_R0009 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014148  Plim_R0009  tRNA-Gly  100 
 
 		 71 bp  141  1.9999999999999998e-32  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.365276  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0016  tRNA-Gly  97.18 
 
 		 74 bp  125  1e-27  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.511994  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0049  tRNA-Gly  94.37 
 
 		 74 bp  109  8.000000000000001e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.111127  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0018  tRNA-Gly  94.37 
 
 		 74 bp  109  8.000000000000001e-23  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0032  tRNA-Gly  94.37 
 
 		 71 bp  109  8.000000000000001e-23  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.629344  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0043  tRNA-Gly  94.37 
 
 		 71 bp  109  8.000000000000001e-23  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.11456  normal  0.782815 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0047  tRNA-Gly  94.37 
 
 		 74 bp  109  8.000000000000001e-23  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0034  tRNA-Gly  92.96 
 
 		 74 bp  101  2e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0035  tRNA-Gly  92.96 
 
 		 74 bp  101  2e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0578114  normal  0.382636 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0017  tRNA-Gly  92.96 
 
 		 74 bp  101  2e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.255177  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0078  tRNA-Gly  92.96 
 
 		 74 bp  101  2e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0036  tRNA-Gly  91.55 
 
 		 71 bp  93.7  5e-18  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.828148  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0025  tRNA-Gly  91.55 
 
 		 74 bp  93.7  5e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000880116  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0014  tRNA-Gly  91.55 
 
 		 74 bp  93.7  5e-18  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.030133  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0053  tRNA-Gly  91.55 
 
 		 74 bp  93.7  5e-18  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.0000000779558  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0025  tRNA-Gly  91.55 
 
 		 74 bp  93.7  5e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0034  tRNA-Gly  93.44 
 
 		 71 bp  89.7  8e-17  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.849322  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0002  tRNA-Gly  90.14 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0003  tRNA-Gly  90.14 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0036  tRNA-Gly  90.14 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.048485  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Gly-1  tRNA-Gly  90.14 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.00109047  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0022  tRNA-Gly  90.14 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.600355 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0011  tRNA-Gly  90.14 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  2.9187400000000002e-24  normal  0.0779261 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0006  tRNA-Gly  90.14 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.328073  hitchhiker  0.00695117 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0040    90.14 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0069  tRNA-Gly  90.14 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.024134  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0028  tRNA-Gly  90.14 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.721667  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA37  tRNA-Gly  90.14 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0779293 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0052  tRNA-Gly  90.14 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0161202 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0055  tRNA-Gly  90.14 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.3002  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0064  tRNA-Gly  90.14 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0038  tRNA-Gly  90.14 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0007  tRNA-Gly  90.14 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0021  tRNA-Gly  90.14 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.292095 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0062  tRNA-Gly  90.14 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0121694  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0057  tRNA-Gly  90.14 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0037  tRNA-Gly  90.14 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.374526 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0331  tRNA-Gly  90.62 
 
 		 74 bp  79.8  0.00000000000008  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.222457  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3764  tRNA-Gly  88.73 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.000000000188016  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS05586  tRNA-Gly  88.73 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.000136136  normal  0.200305 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3459  tRNA-Gly  88.73 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.000712395  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Gly-5  tRNA-Gly  88.73 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00107854  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt05  tRNA-Gly  88.73 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0010  tRNA-Gly  88.73 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000137284  normal  0.0116313 
 
 
-
 
NC_006369  lplt05  tRNA-Gly  88.73 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0013  tRNA-Gly  88.73 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000000179187  normal  0.143307 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1904  tRNA-Gly  88.73 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.0000012603  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0057  tRNA-Gly  88.73 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00632698  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3796  tRNA-Gly  88.73 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000000000939303  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0089  tRNA-Gly  88.73 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.548412  normal  0.42362 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0062  tRNA-Gly  88.73 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.0000000596481  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0049  tRNA-Gly  88.73 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.401783  normal  0.991667 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0021  tRNA-Gly  88.73 
 
 		 71 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000000000327134  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0071  tRNA-Gly  88.73 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.0000687699  normal  0.228297 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0019  tRNA-Gly  88.73 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3086  tRNA-Gly  88.73 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000101818  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0052  tRNA-Gly  88.73 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.789064 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0264  tRNA-Gly  88.73 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000581931  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_09060  tRNA-Gly  88.73 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.0250104 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0078  tRNA-Gly  88.73 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000230991  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0041  tRNA-Gly  88.73 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0058  tRNA-Gly  88.73 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0024  tRNA-Gly  88.73 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.663952  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0075  tRNA-Gly  88.73 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.300561  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0060  tRNA-Gly  88.73 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.0000000611366  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0005  tRNA-Gly  88.73 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.000107449  hitchhiker  0.00000669742 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3826  tRNA-Gly  88.73 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.216257  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0309  tRNA-Gly  88.73 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  hitchhiker  0.00278593  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0013  tRNA-Gly  88.73 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00000164045  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0013  tRNA-Gly  88.73 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000000407891  normal  0.589115 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0012  tRNA-Gly  88.73 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00000183499  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0028  tRNA-Gly  88.73 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.90981 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0049  tRNA-Gly  88.73 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.323662  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0058  tRNA-Gly  88.73 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00000000136383  hitchhiker  0.000000693164 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0085  tRNA-Gly  88.73 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0843991  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0032  tRNA-Gly  88.73 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09150  tRNA-Gly  88.73 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.0613367 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3188  tRNA-Gly  88.73 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000469441  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t1215  tRNA-Gly  100 
 
 		 71 bp  73.8  0.000000000005  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mflt09  tRNA-Gly  89.06 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  0.00000184169  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4556  tRNA-Gly  87.32 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0025  tRNA-Gly  87.32 
 
 		 71 bp  69.9  0.00000000007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0957376  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11940  tRNA-Gly  87.32 
 
 		 71 bp  69.9  0.00000000007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.872315 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0041  tRNA-Gly  87.32 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000007  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.226766  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0054  tRNA-Gly  87.32 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.809782  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0030  tRNA-Gly  87.32 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000137956  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0016  tRNA-Gly  87.32 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000070019  normal  1 
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0308  tRNA-Gly  87.32 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000007  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0003  tRNA-Gly  87.32 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.564977  normal  0.743111 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0044  tRNA-Gly  87.32 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000265162  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0074  tRNA-Gly  87.32 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000352958  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0059  tRNA-Gly  87.32 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000597216  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0003  tRNA-Gly  87.32 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0016  tRNA-Gly  87.32 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.827613  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0041  tRNA-Gly  87.32 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000007  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.771709  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0012  tRNA-Gly  87.32 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0040  tRNA-Gly  95.24 
 
 		 71 bp  67.9  0.0000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.697667  normal  0.123512 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0023  tRNA-Gly  95.24 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.00977111  normal  0.654981 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0009  tRNA-Gly  95.12 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0007  tRNA-Gly  95.12 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>