151 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_R0040 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_R0023  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  141  1.9999999999999998e-32  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.00977111  normal  0.654981 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0040  tRNA-Gly  100 
 
 		 71 bp  141  1.9999999999999998e-32  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.697667  normal  0.123512 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0025  tRNA-Gly  94.37 
 
 		 74 bp  109  8.000000000000001e-23  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0034  tRNA-Gly  92.96 
 
 		 74 bp  101  2e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0043  tRNA-Gly  91.55 
 
 		 71 bp  93.7  5e-18  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.11456  normal  0.782815 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0036  tRNA-Gly  88.73 
 
 		 71 bp  77.8  0.0000000000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.828148  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0032  tRNA-Gly  88.73 
 
 		 71 bp  77.8  0.0000000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.629344  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0016  tRNA-Gly  88.73 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.511994  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0017  tRNA-Gly  88.73 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.255177  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0049  tRNA-Gly  97.62 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.111127  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0014  tRNA-Gly  97.62 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.030133  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0025  tRNA-Gly  95.35 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000880116  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0053  tRNA-Gly  95.24 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.0000000779558  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0047  tRNA-Gly  95.24 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0018  tRNA-Gly  95.24 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0009  tRNA-Gly  95.24 
 
 		 71 bp  67.9  0.0000000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.365276  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0406  tRNA-Gly  93.02 
 
 		 71 bp  61.9  0.00000002  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  hitchhiker  0.00766095  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0051  tRNA-Gly  85.92 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0034  tRNA-Gly  85.92 
 
 		 71 bp  61.9  0.00000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0034  tRNA-Gly  92.86 
 
 		 71 bp  60  0.00000007  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.849322  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t1215  tRNA-Gly  94.74 
 
 		 71 bp  60  0.00000007  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0040    92.68 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0028  tRNA-Gly  92.68 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.721667  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0007  tRNA-Gly  92.68 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0052  tRNA-Gly  92.68 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0161202 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0055  tRNA-Gly  92.68 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.3002  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0041  tRNA-Gly  92.68 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0012  tRNA-Gly  92.68 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0009  tRNA-Gly  92.68 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0021  tRNA-Gly  92.68 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.292095 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA37  tRNA-Gly  92.68 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0779293 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0038  tRNA-Gly  92.68 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0035  tRNA-Gly  92.68 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0578114  normal  0.382636 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0037  tRNA-Gly  92.68 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.374526 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0078  tRNA-Gly  92.68 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0007  tRNA-Gly  92.68 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0064  tRNA-Gly  92.68 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0042  tRNA-Gly  87.72 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0069  tRNA-Gly  92.68 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.024134  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0022  tRNA-Gly  92.68 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.600355 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09840  tRNA-Gly  88.46 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0598581  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0059  tRNA-Gly  92.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000597216  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0044  tRNA-Gly  92.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000265162  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0074  tRNA-Gly  92.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000352958  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_09500  tRNA-Gly  84.51 
 
 		 74 bp  54  0.000004  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0058  tRNA-Gly  88.24 
 
 		 71 bp  54  0.000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11940  tRNA-Gly  84.51 
 
 		 71 bp  54  0.000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.872315 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0018  tRNA-Gly  84.51 
 
 		 71 bp  54  0.000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  hitchhiker  0.00399522  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0046  tRNA-Gly  84.51 
 
 		 74 bp  54  0.000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0924747  normal  0.0206503 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0032  tRNA-Gly  90.7 
 
 		 74 bp  54  0.000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_09060  tRNA-Gly  84.51 
 
 		 74 bp  54  0.000004  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.0250104 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0057  tRNA-Gly  84.51 
 
 		 74 bp  54  0.000004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09150  tRNA-Gly  84.51 
 
 		 74 bp  54  0.000004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.0613367 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0041  tRNA-Gly  92.31 
 
 		 74 bp  54  0.000004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.226766  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0025  tRNA-Gly  84.51 
 
 		 71 bp  54  0.000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0957376  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0024  tRNA-Gly  88.24 
 
 		 74 bp  54  0.000004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.2412  normal  0.247573 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2154  tRNA-Gly  90.48 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.480765  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2514  tRNA-Gly  90.48 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0272965  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2521  tRNA-Gly  90.48 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000668115  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2524  tRNA-Gly  90.48 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00000475976  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2532  tRNA-Gly  90.48 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.00000000101375  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2620  tRNA-Gly  90.48 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0852955  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2627  tRNA-Gly  90.48 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2629  tRNA-Gly  90.48 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1865  tRNA-Gly  90.48 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2218  tRNA-Gly  90.48 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.0000193879  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2225  tRNA-Gly  90.48 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000670564  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2228  tRNA-Gly  90.48 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.0000002233  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2306  tRNA-Gly  90.48 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.0000790544  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2313  tRNA-Gly  90.48 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2315  tRNA-Gly  90.48 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Gly-1  tRNA-Gly  90.24 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.00109047  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t22  tRNA-Gly  90.24 
 
 		 71 bp  50.1  0.00007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.656712  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0003  tRNA-Gly  90.24 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0016  tRNA-Gly  90.24 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.827613  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0036  tRNA-Gly  85.25 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.311248 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0017  tRNA-Gly  90.24 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.292285 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0028  tRNA-Gly  90.24 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.90981 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4566  tRNA-Gly  90.24 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.778703  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0561  tRNA-Gly  90.24 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000476059  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1214  tRNA-Gly  90.24 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0018  tRNA-Gly  90.24 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.395535  normal  0.2939 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0017  tRNA-Gly  90.24 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00877648 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0035  tRNA-Gly  90.24 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6019  tRNA-Gly  85.96 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00348951  normal  0.207777 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0036  tRNA-Gly  90.24 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.048485  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0049  tRNA-Gly  90.24 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.401783  normal  0.991667 
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Gly-1  tRNA-Gly  90 
 
 		 71 bp  48.1  0.0003  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0701067  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Gly-5  tRNA-Gly  90 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00107854  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3796  tRNA-Gly  90 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000000000939303  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0021  tRNA-Gly  90 
 
 		 71 bp  48.1  0.0003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000000000327134  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0002  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0078  tRNA-Gly  90 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000230991  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0058  tRNA-Gly  90 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0060  tRNA-Gly  90 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.0000000611366  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0013  tRNA-Gly  90 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00000164045  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0036  tRNA-Gly  93.75 
 
 		 71 bp  48.1  0.0003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0180  tRNA-Gly  93.75 
 
 		 71 bp  48.1  0.0003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.0303819  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0012  tRNA-Gly  90 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00000183499  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0071  tRNA-Gly  90 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.0000687699  normal  0.228297 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>