203 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_R0022 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_R0022  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.928948 
 
 
-
 
NC_003295  RS01509  tRNA-Gly  97.3 
 
 		 74 bp  131  2.0000000000000002e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.555954  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0065  tRNA-Gly  97.3 
 
 		 74 bp  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.254895  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0003  tRNA-Gly  97.3 
 
 		 74 bp  131  2.0000000000000002e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.856118  normal  0.0346282 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0004  tRNA-Gly  97.3 
 
 		 74 bp  131  2.0000000000000002e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.159928  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0046  tRNA-Gly  97.3 
 
 		 74 bp  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.837906  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0027  tRNA-Gly  93.33 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0005  tRNA-Gly  90.67 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0001  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  1.3029e-17  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0110  tRNA-Gly  88.73 
 
 		 71 bp  77.8  0.0000000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0046  tRNA-Gly  89.33 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0025  tRNA-Gly  93.62 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.896099  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna36  tRNA-Gly  91.67 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0048  tRNA-Gly  91.67 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0048  tRNA-Gly  91.67 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0073  tRNA-Gly  91.67 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0039  tRNA-Gly  85.92 
 
 		 71 bp  61.9  0.00000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000000372449  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0040  tRNA-Gly  91.49 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.983411  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0030  tRNA-Gly  91.49 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0538391 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0023  tRNA-Gly  85.92 
 
 		 71 bp  61.9  0.00000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000259024  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0019  tRNA-Gly  91.49 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2370  tRNA-Gly  91.49 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  hitchhiker  0.00487087  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0029  tRNA-Gly  91.49 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000000023442  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0034  tRNA-Gly  91.49 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0007  tRNA-Gly  86.67 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.289353  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0014  tRNA-Gly  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000379014  normal  0.408699 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R23  tRNA-Gly  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0043  tRNA-Gly  92.86 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.000310239  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0015  tRNA-Gly  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.685184  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Gly-2  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.951593  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt05  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt10  tRNA-Gly  91.11 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt05  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt10  tRNA-Gly  91.11 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0014  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.030133  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0064  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0048  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0025  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000880116  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0030  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000137956  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0074  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000352958  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0077  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.000000000693473  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0072  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0211705  normal  0.918041 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0086  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.795168  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0001  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0016  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.827613  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0012  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0032  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0059  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000597216  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0026  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.594992  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0041  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.226766  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0032  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.274432  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0054  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.809782  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0052  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000802106  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0044  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000265162  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0053  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Gly-2  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Gly-5  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Gly-1  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.00109047  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0049  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.401783  normal  0.991667 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0049  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.111127  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0309  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  hitchhiker  0.00278593  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0036  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.048485  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0092  tRNA-Gly  90.91 
 
 		 71 bp  56  0.000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.000000000000423712  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0005  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.000107449  hitchhiker  0.00000669742 
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0308  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0057  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0035  tRNA-Gly  90.91 
 
 		 71 bp  56  0.000001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.987391  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0032  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.000000435638  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0071  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.000000447795  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0032  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000507298  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0071  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  decreased coverage  0.00000022788  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Gly-4  tRNA-Gly  89.36 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.555629  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3118  tRNA-Gly  89.36 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1514  tRNA-Gly  89.36 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0267785  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0061  tRNA-Gly  89.36 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.944304  normal  0.76215 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0008  tRNA-Gly  89.36 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0353733  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0025  tRNA-Gly  89.36 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0024  tRNA-Gly  89.36 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0781725  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0028  tRNA-Gly  89.36 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.90981 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0744  tRNA-Gly  89.36 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2577  tRNA-Gly  89.36 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0025  tRNA-Gly  89.36 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.633427  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3055  tRNA-Gly  89.36 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.379519  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3090  tRNA-Gly  89.36 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.20543  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2036  tRNA-Gly  89.36 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0025  tRNA-Gly  89.36 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.458906 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1135  tRNA-Gly  100 
 
 		 71 bp  52  0.00002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0276183  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0088  tRNA-Gly  100 
 
 		 71 bp  52  0.00002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1005  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000280162  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0081  tRNA-Gly  100 
 
 		 71 bp  52  0.00002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0459508  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4794  tRNA-Gly  83.78 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0021  tRNA-Gly  96.55 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.829882 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0021  tRNA-Gly  96.55 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000145093  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0061  tRNA-Gly  87.76 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0025  tRNA-Gly  96.55 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0712704 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0003  tRNA-Gly  96.55 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0054  tRNA-Gly  96.55 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0059  tRNA-Gly  87.76 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0005  tRNA-Gly  96.55 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.000162881  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0033  tRNA-Gly  88.64 
 
 		 72 bp  48.1  0.0003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.544366 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>