75 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_R0105 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010001  Cphy_R0105  tRNA-Gly  100 
 
 		 71 bp  141  1.9999999999999998e-32  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_38700  tRNA-Gly  90.14 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0060  tRNA-Gly  88.73 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0057  tRNA-Gly  87.32 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t0199  tRNA-Gly  87.32 
 
 		 71 bp  69.9  0.00000000007  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.147262 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1135  tRNA-Gly  90.74 
 
 		 71 bp  67.9  0.0000000003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0276183  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1005  tRNA-Gly  90.74 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000280162  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35500  tRNA-Gly  85.92 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0080  tRNA-Gly  85.92 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.12182 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0001  tRNA-Gly  88.89 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6029  tRNA-Gly  91.11 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.065223  normal  0.116693 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0004  tRNA-Gly  87.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.50659  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14004  tRNA-Gly  87.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0004  tRNA-Gly  87.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0263126  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0001  tRNA-Gly  87.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.508752  normal  0.0130418 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0007  tRNA-Gly  87.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  decreased coverage  0.00254544  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0004  tRNA-Gly  87.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.699145  normal  0.0309415 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0067  tRNA-Gly  87.5 
 
 		 71 bp  56  0.000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.294367 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0004  tRNA-Gly  87.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.786418  normal  0.400526 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0004  tRNA-Gly  87.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0058  tRNA-Gly  87.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  hitchhiker  0.00122195  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0004  tRNA-Gly  87.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.017851 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0013  tRNA-Gly  87.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.218787  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0047  tRNA-Gly  87.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0038  tRNA-Gly  84.51 
 
 		 74 bp  54  0.000004  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60030  tRNA-Gly  84.51 
 
 		 71 bp  54  0.000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0820  tRNA-Gly  84.51 
 
 		 74 bp  54  0.000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0945604  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0068  tRNA-Gly  84.51 
 
 		 74 bp  54  0.000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.911099  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1351  tRNA-Gly  84.51 
 
 		 74 bp  54  0.000004  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000889574 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0019  tRNA-Gly  87.04 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0053  tRNA-Gly  87.04 
 
 		 71 bp  52  0.00002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0059  tRNA-Gly  87.04 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0020  tRNA-Gly  92.11 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.156043  normal  0.538933 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0035  tRNA-Gly  87.04 
 
 		 71 bp  52  0.00002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.987391  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0034  tRNA-Gly  87.04 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000457466  normal  0.978086 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0070  tRNA-Gly  93.94 
 
 		 71 bp  50.1  0.00007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0869039  normal  0.608865 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_26280  tRNA-Gly  93.94 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.15189 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0012  tRNA-Gly  85.25 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0077  tRNA-Gly  93.94 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.000000000693473  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0034  tRNA-Gly  86.54 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0016  tRNA-Gly  85.71 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000070019  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0056  tRNA-Gly  91.67 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.126363  hitchhiker  0.0000037028 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0056  tRNA-Gly  85.71 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0002  tRNA-Gly  91.67 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0011  tRNA-Gly  85.71 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0063  tRNA-Gly  85.71 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_25240  tRNA-Gly  85.71 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0025  tRNA-Gly  86.54 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.896099  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0007  tRNA-Gly  85.71 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000010318  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t06  tRNA-Gly  83.1 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.490066  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08660  tRNA-Gly  83.1 
 
 		 71 bp  46.1  0.001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000214078  hitchhiker  0.000527439 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t06  tRNA-Gly  83.1 
 
 		 71 bp  46.1  0.001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.000883403  unclonable  0.000000195442 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA68  tRNA-Gly  83.1 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000000111768  normal  0.639487 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R88  tRNA-Gly  83.1 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000223228  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0015  tRNA-Gly  83.1 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000649804  normal  0.0121052 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0085  tRNA-Gly  83.1 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.0000318176  normal  0.990431 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0018  tRNA-Gly  83.1 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0132435  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0031  tRNA-Gly  89.47 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.390279  normal  0.72229 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2370  tRNA-Gly  85.19 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  hitchhiker  0.00487087  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0043  tRNA-Gly  85.19 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000110087  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4305  tRNA-Gly  86 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0053  tRNA-Gly  85.19 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0049  tRNA-Gly  85.19 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.401783  normal  0.991667 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0002  tRNA-Gly  91.18 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0069  tRNA-Gly  86 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.448955  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0041  tRNA-Gly  96.15 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.771709  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0049  tRNA-Gly  86 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.83946 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0009  tRNA-Gly  86 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.256172  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0040  tRNA-Gly  85.19 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.983411  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0022  tRNA-Gly  86 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0012  tRNA-Gly  86 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.286348 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0010  tRNA-Gly  86 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5034  tRNA-Gly  89.47 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.616369  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0007  tRNA-Gly  86 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5030  tRNA-Gly  89.47 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.539673  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>