158 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene LACR_t0023 on replicon NC_008527
Organism: Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008527  LACR_t0023  tRNA-Gly  100 
 
 
71 bp  141  1.9999999999999998e-32  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.021733  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0567  tRNA-Gly  100 
 
 
71 bp  141  1.9999999999999998e-32  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0051  tRNA-Gly  90.14 
 
 
74 bp  85.7  0.000000000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0042  tRNA-Gly  93.1 
 
 
74 bp  83.8  0.000000000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0036  tRNA-Gly  89.55 
 
 
71 bp  77.8  0.0000000000003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0180  tRNA-Gly  89.55 
 
 
71 bp  77.8  0.0000000000003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.0303819  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09840  tRNA-Gly  89.39 
 
 
74 bp  75.8  0.000000000001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0598581  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0058  tRNA-Gly  87.32 
 
 
71 bp  69.9  0.00000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0036  tRNA-Gly  87.32 
 
 
71 bp  69.9  0.00000000007  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.828148  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0060  tRNA-Gly  87.32 
 
 
74 bp  69.9  0.00000000007  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2154  tRNA-Gly  89.83 
 
 
74 bp  69.9  0.00000000007  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.480765  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2514  tRNA-Gly  89.83 
 
 
74 bp  69.9  0.00000000007  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0272965  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2521  tRNA-Gly  89.83 
 
 
74 bp  69.9  0.00000000007  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000668115  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2524  tRNA-Gly  89.83 
 
 
74 bp  69.9  0.00000000007  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00000475976  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2532  tRNA-Gly  89.83 
 
 
74 bp  69.9  0.00000000007  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.00000000101375  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2620  tRNA-Gly  89.83 
 
 
74 bp  69.9  0.00000000007  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0852955  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2627  tRNA-Gly  89.83 
 
 
74 bp  69.9  0.00000000007  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2629  tRNA-Gly  89.83 
 
 
74 bp  69.9  0.00000000007  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1865  tRNA-Gly  89.83 
 
 
74 bp  69.9  0.00000000007  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2218  tRNA-Gly  89.83 
 
 
74 bp  69.9  0.00000000007  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.0000193879  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2225  tRNA-Gly  89.83 
 
 
74 bp  69.9  0.00000000007  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000670564  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2228  tRNA-Gly  89.83 
 
 
74 bp  69.9  0.00000000007  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.0000002233  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2306  tRNA-Gly  89.83 
 
 
74 bp  69.9  0.00000000007  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.0000790544  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2313  tRNA-Gly  89.83 
 
 
74 bp  69.9  0.00000000007  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2315  tRNA-Gly  89.83 
 
 
74 bp  69.9  0.00000000007  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t1215  tRNA-Gly  88.06 
 
 
71 bp  69.9  0.00000000007  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0025  tRNA-Gly  87.32 
 
 
74 bp  69.9  0.00000000007  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0024  tRNA-Gly  87.32 
 
 
74 bp  69.9  0.00000000007  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.2412  normal  0.247573 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_26280  tRNA-Gly  87.32 
 
 
74 bp  69.9  0.00000000007  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.15189 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09150  tRNA-Gly  87.32 
 
 
74 bp  69.9  0.00000000007  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.0613367 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0003  tRNA-Gly  89.66 
 
 
74 bp  67.9  0.0000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Gly-3  tRNA-Gly  85.92 
 
 
71 bp  61.9  0.00000002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Gly-4  tRNA-Gly  85.92 
 
 
71 bp  61.9  0.00000002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.881169  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Gly-5  tRNA-Gly  85.92 
 
 
71 bp  61.9  0.00000002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0025  tRNA-Gly  88.14 
 
 
74 bp  61.9  0.00000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000880116  normal 
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0037  tRNA-Gly  85.92 
 
 
71 bp  61.9  0.00000002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0084  tRNA-Gly  85.92 
 
 
71 bp  61.9  0.00000002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0080  tRNA-Gly  85.92 
 
 
74 bp  61.9  0.00000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.12182 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0034  tRNA-Gly  85.92 
 
 
74 bp  61.9  0.00000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0039  tRNA-Gly  85.92 
 
 
74 bp  61.9  0.00000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0057  tRNA-Gly  85.92 
 
 
74 bp  61.9  0.00000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0032  tRNA-Gly  93.02 
 
 
74 bp  61.9  0.00000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0014  tRNA-Gly  88.14 
 
 
74 bp  61.9  0.00000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.030133  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0045  tRNA-Gly  85.92 
 
 
74 bp  61.9  0.00000002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0957385  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0406  tRNA-Gly  91.3 
 
 
71 bp  60  0.00000007  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  hitchhiker  0.00766095  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Gly-1  tRNA-Gly  92.68 
 
 
74 bp  58  0.0000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.00109047  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0036  tRNA-Gly  92.68 
 
 
74 bp  58  0.0000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.048485  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0016  tRNA-Gly  92.68 
 
 
74 bp  58  0.0000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.827613  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0049  tRNA-Gly  92.68 
 
 
74 bp  58  0.0000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.401783  normal  0.991667 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0050  tRNA-Gly  92.68 
 
 
74 bp  58  0.0000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000235663  normal 
 
 
-
 
NC_006055  Mflt09  tRNA-Gly  94.44 
 
 
74 bp  56  0.000001  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  0.00000184169  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0331  tRNA-Gly  94.44 
 
 
74 bp  56  0.000001  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.222457  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2236  tRNA-Gly  90.91 
 
 
75 bp  56  0.000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.00000000133551  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0005  tRNA-Gly  94.44 
 
 
74 bp  56  0.000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.000162881  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0040  tRNA-Gly  87.5 
 
 
71 bp  56  0.000001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0007  tRNA-Gly  86.67 
 
 
74 bp  56  0.000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_R32  tRNA-Gly  94.44 
 
 
74 bp  56  0.000001  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0043  tRNA-Gly  94.29 
 
 
74 bp  54  0.000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000110087  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0264  tRNA-Gly  84.51 
 
 
74 bp  54  0.000004  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000581931  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0009  tRNA-Gly  94.29 
 
 
74 bp  54  0.000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000197964  hitchhiker  0.00000895065 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0011  tRNA-Gly  84.51 
 
 
74 bp  54  0.000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000000511847  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0025  tRNA-Gly  84.51 
 
 
74 bp  54  0.000004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.351803  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0008  tRNA-Gly  84.51 
 
 
74 bp  54  0.000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000140314  normal  0.0304222 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0017  tRNA-Gly  84.51 
 
 
74 bp  54  0.000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.255177  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0062  tRNA-Gly  90.7 
 
 
74 bp  54  0.000004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.0000000596481  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0075  tRNA-Gly  90.7 
 
 
74 bp  54  0.000004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.300561  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35500  tRNA-Gly  84.51 
 
 
74 bp  54  0.000004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0150  tRNA-Gly  84.51 
 
 
74 bp  54  0.000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000000645582  hitchhiker  0.00000000139269 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0015  tRNA-Gly  84.51 
 
 
74 bp  54  0.000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000000368729  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0023  tRNA-Gly  86.44 
 
 
71 bp  54  0.000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000259024  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0039  tRNA-Gly  86.44 
 
 
71 bp  54  0.000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000000372449  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0154  tRNA-Gly  84.51 
 
 
74 bp  54  0.000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000000693037  hitchhiker  0.000107525 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12430  tRNA-Gly  84.51 
 
 
74 bp  54  0.000004  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0016  tRNA-Gly  94.29 
 
 
74 bp  54  0.000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000070019  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t06  tRNA-Gly  94.12 
 
 
71 bp  52  0.00002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.000883403  unclonable  0.000000195442 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t06  tRNA-Gly  94.12 
 
 
74 bp  52  0.00002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.490066  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA68  tRNA-Gly  94.12 
 
 
74 bp  52  0.00002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000000111768  normal  0.639487 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R88  tRNA-Gly  94.12 
 
 
74 bp  52  0.00002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000223228  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0049  tRNA-Gly  90.48 
 
 
74 bp  52  0.00002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.111127  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0063  tRNA-Gly  86.21 
 
 
74 bp  52  0.00002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0049  tRNA-Gly  94.12 
 
 
74 bp  52  0.00002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000210611  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0007  tRNA-Gly  94.12 
 
 
74 bp  52  0.00002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000010318  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0032  tRNA-Gly  90.48 
 
 
71 bp  52  0.00002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.629344  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0059  tRNA-Gly  94.12 
 
 
74 bp  52  0.00002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000205536  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0057  tRNA-Gly  94.12 
 
 
74 bp  52  0.00002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.90337 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0056  tRNA-Gly  94.12 
 
 
74 bp  52  0.00002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.661302  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0062  tRNA-Gly  94.12 
 
 
74 bp  52  0.00002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0067  tRNA-Gly  94.12 
 
 
74 bp  52  0.00002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.38974  normal  0.157236 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0015  tRNA-Gly  94.12 
 
 
74 bp  52  0.00002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000649804  normal  0.0121052 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0004  tRNA-Gly  94.12 
 
 
74 bp  52  0.00002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0018  tRNA-Gly  94.12 
 
 
74 bp  52  0.00002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0132435  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0085  tRNA-Gly  94.12 
 
 
74 bp  52  0.00002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.0000318176  normal  0.990431 
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Gly-2  tRNA-Gly  90.24 
 
 
74 bp  50.1  0.00007  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Gly-5  tRNA-Gly  90.24 
 
 
74 bp  50.1  0.00007  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt05  tRNA-Gly  90.24 
 
 
74 bp  50.1  0.00007  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0052  tRNA-Gly  90.24 
 
 
74 bp  50.1  0.00007  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000802106  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0064  tRNA-Gly  90.24 
 
 
74 bp  50.1  0.00007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0309  tRNA-Gly  90.24 
 
 
74 bp  50.1  0.00007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  hitchhiker  0.00278593  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0026  tRNA-Gly  90.24 
 
 
74 bp  50.1  0.00007  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.594992  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0032  tRNA-Gly  90.24 
 
 
74 bp  50.1  0.00007  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000507298  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>