98 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_2255 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_2255  hemerythrin-like metal-binding protein  100 
 
 		 136 aa  285  1e-76  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.547247  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1969  hemerythrin-like metal-binding protein  66.93 
 
 		 129 aa  180  6e-45  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3068  hemerythrin-like metal-binding protein  27.91 
 
 		 133 aa  67.8  0.00000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00047967 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4009  hemerythrin-like metal-binding protein  26.56 
 
 		 133 aa  68.2  0.00000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0070242  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2773  hemerythrin-like metal-binding protein  28.91 
 
 		 145 aa  67.8  0.00000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0368703  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1467  hemerythrin-like metal-binding protein  28.12 
 
 		 145 aa  67  0.00000000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.437815 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0966  hemerythrin-like, metal-binding  26.09 
 
 		 135 aa  65.5  0.0000000003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.208932  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1089  hemerythrin-like metal-binding protein  27.35 
 
 		 135 aa  62.4  0.000000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  decreased coverage  0.000902332  normal  0.270492 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2058  hemerythrin-like metal-binding protein  26.72 
 
 		 143 aa  62.4  0.000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0326251  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0402  hemerythrin family protein  24.81 
 
 		 135 aa  60.8  0.000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.551551  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4221  hemerythrin family protein  28.45 
 
 		 188 aa  61.2  0.000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.568355  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2752  hemerythrin-like, metal-binding  26.61 
 
 		 135 aa  58.2  0.00000003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3121  hemerythrin-like, metal-binding protein  24.19 
 
 		 135 aa  58.5  0.00000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0508  hemerythrin  28.21 
 
 		 135 aa  58.2  0.00000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0454  hemerythrin-like metal-binding protein  26.5 
 
 		 135 aa  58.2  0.00000004  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.150441 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0407  hypothetical protein  29.17 
 
 		 161 aa  57.8  0.00000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.388824  normal  0.189045 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4300  hemerythrin-like metal-binding protein  27.2 
 
 		 134 aa  57.8  0.00000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.77512  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3890  methyl-accepting chemotaxis protein  21.54 
 
 		 529 aa  57.4  0.00000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3564  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  22.14 
 
 		 529 aa  57  0.00000009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0827  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  22.14 
 
 		 529 aa  56.6  0.0000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.456094 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0795  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  22.14 
 
 		 529 aa  56.6  0.0000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0739  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  21.71 
 
 		 529 aa  56.2  0.0000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00129252 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0766  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  22.31 
 
 		 529 aa  56.2  0.0000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00205391 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0820  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  22.14 
 
 		 529 aa  56.6  0.0000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000219782 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4236  hemerythrin family protein  25 
 
 		 192 aa  56.6  0.0000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.385764  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0509  hemerythrin-like metal-binding protein  28.57 
 
 		 158 aa  55.5  0.0000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1074  hemerythrin-like metal-binding protein  26.19 
 
 		 360 aa  54.7  0.0000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3573  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  27.87 
 
 		 927 aa  54.7  0.0000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000390838  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3223  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  22.31 
 
 		 529 aa  53.9  0.0000007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000784984 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0632  chemotaxis sensory transducer  26.92 
 
 		 736 aa  53.9  0.0000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.180969  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0776  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  21.54 
 
 		 526 aa  53.1  0.000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.534221  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4225  hemerythrin-like metal-binding protein  27.61 
 
 		 133 aa  52.4  0.000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.960265  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4250  hemerythrin-like metal-binding protein  27.61 
 
 		 133 aa  52.4  0.000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.507447  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3958  hemerythrin-like metal-binding protein  27.27 
 
 		 131 aa  52  0.000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000239483 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1013  hemerythrin-related protein  27.12 
 
 		 137 aa  52  0.000003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3954  PAS:GGDEF:hemerythrin HHE cation binding region  24.35 
 
 		 667 aa  51.2  0.000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.567366  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3870  hemerythrin-like metal-binding protein  26.45 
 
 		 131 aa  51.2  0.000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1539  hemerythrin-like metal-binding protein  28.12 
 
 		 135 aa  50.8  0.000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.0293600000000005e-29 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0606  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  21.74 
 
 		 779 aa  50.8  0.000007  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.532561  normal  0.695827 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2701  hemerythrin-like metal-binding protein  27.91 
 
 		 135 aa  50.4  0.000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000000332936  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3168  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  25.22 
 
 		 926 aa  50.1  0.000009  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  unclonable  0.0000240071  normal  0.0523799 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0612  hemerythrin-like metal-binding protein  25.76 
 
 		 142 aa  50.1  0.00001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.326939  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1324  hemerythrin-like metal-binding protein  21.88 
 
 		 135 aa  49.7  0.00001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000149718  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1399  hemerythrin-like metal-binding protein  22.22 
 
 		 157 aa  49.3  0.00002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.746875  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1400  hemerythrin-like metal-binding protein  25.21 
 
 		 155 aa  49.7  0.00002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2484  hemerythrin-like metal-binding protein  24.37 
 
 		 130 aa  48.5  0.00003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0423908  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1745  hemerythrin family protein  21.95 
 
 		 131 aa  48.1  0.00004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0550  putative methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  20.31 
 
 		 518 aa  48.1  0.00004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.0126879 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0987  hemerythrin-like metal-binding protein  24.65 
 
 		 151 aa  48.1  0.00004  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0633  hemerythrin-like metal-binding protein  25 
 
 		 173 aa  47.8  0.00005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0465  hemerythrin-like metal-binding protein  28.1 
 
 		 128 aa  47.8  0.00005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0529238  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0386  hemerythrin-like metal-binding protein  27.27 
 
 		 135 aa  47.8  0.00005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.235664  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3696  hemerythrin HHE cation binding region  27.35 
 
 		 142 aa  47.8  0.00005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0256  hypothetical protein  27.34 
 
 		 145 aa  47  0.00009  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4119  hemerythrin-like metal-binding protein  26.47 
 
 		 133 aa  46.6  0.0001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.345239  normal  0.186868 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3650  hemerythrin-like, metal-binding  23.85 
 
 		 132 aa  46.2  0.0001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.151887  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4100  hemerythrin-like, metal-binding protein  25.38 
 
 		 133 aa  46.2  0.0001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1333  hypothetical protein  26.27 
 
 		 153 aa  46.2  0.0001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.792826 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2798  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  26.05 
 
 		 689 aa  45.8  0.0002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.803852 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2814  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  21.8 
 
 		 722 aa  45.8  0.0002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1895  hemerythrin-like metal-binding protein  23.89 
 
 		 129 aa  46.2  0.0002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.689554  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2359  hemerythrin-like metal-binding protein  24.19 
 
 		 131 aa  45.8  0.0002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.236367  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1302  hemerythrin family protein  25.44 
 
 		 143 aa  45.4  0.0003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3115  hemerythrin-like metal-binding protein  27.27 
 
 		 133 aa  45.4  0.0003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.278333  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3216  hemerythrin-like metal-binding protein  27.27 
 
 		 133 aa  45.4  0.0003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2082  hemerythrin HHE cation binding region  26.45 
 
 		 209 aa  44.7  0.0004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0327  hemerythrin-like metal-binding protein  23.31 
 
 		 137 aa  44.7  0.0004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.63189 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3016  hemerythrin-like, metal-binding protein  27.27 
 
 		 133 aa  44.7  0.0005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1984  hemerythrin-like metal-binding protein  27.69 
 
 		 134 aa  44.3  0.0006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3651  hemerythrin-like, metal-binding  22.05 
 
 		 152 aa  44.3  0.0006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.766451  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1401  hemerythrin-like metal-binding protein  27.52 
 
 		 146 aa  43.9  0.0007  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3599  hypothetical protein  24.79 
 
 		 153 aa  43.9  0.0007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1655  hemerythrin HHE cation binding region  24.37 
 
 		 148 aa  43.9  0.0007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  unclonable  0.00000138474  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4443  hemerythrin-like, metal-binding  23.73 
 
 		 134 aa  43.9  0.0008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5247  hemerythrin-like metal-binding protein  26.32 
 
 		 138 aa  43.5  0.001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0453  hemerythrin-like metal-binding protein  27.06 
 
 		 138 aa  43.1  0.001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3058  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  21.74 
 
 		 518 aa  43.5  0.001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0183  hemerythrin-like metal-binding protein  19.85 
 
 		 135 aa  42.7  0.002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000228116  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42860  hypothetical protein  25 
 
 		 153 aa  42.7  0.002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1585  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  24.35 
 
 		 997 aa  42.4  0.002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0506564  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1895  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  20.47 
 
 		 559 aa  42.7  0.002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.191486  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1021  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  19.33 
 
 		 518 aa  42.4  0.002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1625  hemerythrin-like metal-binding protein  23.61 
 
 		 160 aa  42.4  0.002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000638353 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4102  hemerythrin-like metal-binding protein  25.3 
 
 		 90 aa  41.6  0.003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0110  hemerythrin-like metal-binding protein  25.76 
 
 		 146 aa  42  0.003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.786855  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3050  hemerythrin-like metal-binding protein  23.26 
 
 		 137 aa  41.6  0.003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.653955  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2168  iron-binding protein, hemerythrin  25.45 
 
 		 130 aa  42  0.003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0820701  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0230  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  24.62 
 
 		 963 aa  41.6  0.003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0434  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  24.79 
 
 		 579 aa  41.6  0.004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1809  hemerythrin-like metal-binding protein  24.62 
 
 		 147 aa  41.2  0.005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.216325  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2454  cyclic nucleotide-binding protein  20 
 
 		 871 aa  41.2  0.005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.417102 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2998  hemerythrin-like metal-binding protein  23.31 
 
 		 135 aa  40.8  0.006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.541154 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2835  hemerythrin-like metal-binding protein  20.77 
 
 		 143 aa  40.8  0.006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.06522  normal  0.202912 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2455  hemerythrin-like metal-binding protein  24.37 
 
 		 151 aa  40.8  0.006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1351  histidine kinase  27.37 
 
 		 596 aa  40.4  0.007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.57626  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0715  hemerythrin family protein  22.14 
 
 		 131 aa  40.4  0.008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.651175  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3631  GGDEF domain-containing protein  23.89 
 
 		 722 aa  40.4  0.008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.770761  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0099  hemerythrin-like metal-binding protein  26.52 
 
 		 144 aa  40.4  0.009  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.161287  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>