53 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_1612 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_1612  polysaccharide biosynthesis protein  100 
 
 		 495 aa  969    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4810  polysaccharide biosynthesis protein  37.81 
 
 		 502 aa  274  2.0000000000000002e-72  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.800331  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1392  hypothetical protein  37.25 
 
 		 860 aa  271  2e-71  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6414  polysaccharide biosynthesis protein  38.44 
 
 		 502 aa  261  2e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0705751  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6218  polysaccharide biosynthesis protein  39.64 
 
 		 502 aa  256  1.0000000000000001e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.145778  normal  0.14041 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0633  polysaccharide biosynthesis protein  25.95 
 
 		 415 aa  104  3e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1326  lipopolysaccharide biosynthesis protein  22.35 
 
 		 422 aa  91.3  3e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3189  polysaccharide biosynthesis protein  22.97 
 
 		 414 aa  89  2e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4195  polysaccharide biosynthesis protein  23.92 
 
 		 416 aa  75.1  0.000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.185065  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1305  polysaccharide biosynthesis protein  24.69 
 
 		 417 aa  74.3  0.000000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.899512  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3025  polysaccharide biosynthesis protein  26.52 
 
 		 416 aa  74.3  0.000000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.117283  normal  0.177019 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4003  polysaccharide biosynthesis protein  24.4 
 
 		 416 aa  70.9  0.00000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0209  polysaccharide biosynthesis protein  26.24 
 
 		 417 aa  70.5  0.00000000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00202  lipopolysaccharide biosynthesis protein  26.4 
 
 		 417 aa  64.3  0.000000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.386248  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0190  polysaccharide biosynthesis protein  22.4 
 
 		 418 aa  63.5  0.000000007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.308685  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03670  O-antigen translocase  23.04 
 
 		 416 aa  62.8  0.00000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4304  polysaccharide biosynthesis protein  23.04 
 
 		 416 aa  62.8  0.00000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.114384  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03619  hypothetical protein  23.04 
 
 		 416 aa  62.8  0.00000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2507  membrane protein  20.09 
 
 		 421 aa  63.2  0.00000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0520  polysaccharide biosynthesis protein  22.4 
 
 		 418 aa  62.8  0.00000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4025  polysaccharide biosynthesis protein  22.4 
 
 		 418 aa  62.8  0.00000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4129  polysaccharide biosynthesis protein  23.04 
 
 		 416 aa  62.4  0.00000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.924452  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4184  polysaccharide biosynthesis protein  23.04 
 
 		 416 aa  62.4  0.00000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4211  polysaccharide biosynthesis protein  23.04 
 
 		 416 aa  62.4  0.00000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4009  polysaccharide biosynthesis protein  23.04 
 
 		 416 aa  62.4  0.00000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.419331  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09393  lipopolysaccharide biosynthesis protein  19.58 
 
 		 428 aa  61.6  0.00000003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.512575  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0169  polysaccharide biosynthesis protein  22.99 
 
 		 416 aa  60.8  0.00000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.279233  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4156  polysaccharide biosynthesis protein  22.33 
 
 		 416 aa  60.5  0.00000007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3996  polysaccharide biosynthesis protein  23.28 
 
 		 416 aa  58.5  0.0000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0920288  normal  0.168346 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5225  polysaccharide biosynthesis protein  22.57 
 
 		 416 aa  58.9  0.0000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.115958  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4314  polysaccharide biosynthesis protein  23.17 
 
 		 416 aa  57.8  0.0000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.870707  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4206  polysaccharide biosynthesis protein  23.17 
 
 		 416 aa  55.5  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4152  polysaccharide biosynthesis protein  23.06 
 
 		 416 aa  55.1  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0589489  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4255  polysaccharide biosynthesis protein  23.17 
 
 		 416 aa  55.1  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4137  polysaccharide biosynthesis protein  22.93 
 
 		 416 aa  53.9  0.000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.6918  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1685  polysaccharide biosynthesis protein  24.01 
 
 		 441 aa  50.8  0.00005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.929392  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2338  colanic acid exporter  22.27 
 
 		 492 aa  47  0.0007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1016  colanic acid exporter  22.27 
 
 		 492 aa  46.2  0.001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.6233  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1366  stage V sporulation protein B  22.08 
 
 		 516 aa  46.2  0.001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.0345658 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2980  colanic acid exporter  22.27 
 
 		 492 aa  45.8  0.002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.638348  hitchhiker  0.000245488 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01952  colanic acid exporter  21.86 
 
 		 492 aa  45.4  0.002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0109189  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01941  hypothetical protein  21.86 
 
 		 492 aa  45.4  0.002  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.0074842  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1611  polysaccharide biosynthesis protein  22.27 
 
 		 492 aa  45.8  0.002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000161996  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2660  colanic acid exporter  22.27 
 
 		 492 aa  45.1  0.003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.267405  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2284  colanic acid exporter  22.67 
 
 		 510 aa  44.7  0.004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000490639 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2442  colanic acid exporter  22.67 
 
 		 510 aa  44.7  0.004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000846764 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0457  polysaccharide biosynthesis protein  25.59 
 
 		 488 aa  44.7  0.004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2328  colanic acid exporter  22.67 
 
 		 510 aa  44.7  0.004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.663239  normal  0.0902335 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1595  colanic acid exporter  21.86 
 
 		 492 aa  44.7  0.004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.14866  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2227  colanic acid exporter  22.67 
 
 		 503 aa  44.7  0.004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.125419  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2335  colanic acid exporter  22.67 
 
 		 510 aa  44.7  0.004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.673501  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0164  polysaccharide biosynthesis protein  24.46 
 
 		 416 aa  43.9  0.006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.74681  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4228  polysaccharide biosynthesis protein  24.8 
 
 		 486 aa  43.9  0.007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0386207 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>