37 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_1305 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_1305  polysaccharide biosynthesis protein  100 
 
 		 417 aa  837    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.899512  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3025  polysaccharide biosynthesis protein  58.89 
 
 		 416 aa  495  1e-139  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.117283  normal  0.177019 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1326  lipopolysaccharide biosynthesis protein  33.75 
 
 		 422 aa  246  4.9999999999999997e-64  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3189  polysaccharide biosynthesis protein  32.21 
 
 		 414 aa  234  2.0000000000000002e-60  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09393  lipopolysaccharide biosynthesis protein  31.86 
 
 		 428 aa  201  1.9999999999999998e-50  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.512575  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0633  polysaccharide biosynthesis protein  30.4 
 
 		 415 aa  184  3e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4195  polysaccharide biosynthesis protein  30.17 
 
 		 416 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.185065  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4003  polysaccharide biosynthesis protein  29.9 
 
 		 416 aa  179  5.999999999999999e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0169  polysaccharide biosynthesis protein  30.2 
 
 		 416 aa  179  1e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.279233  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3996  polysaccharide biosynthesis protein  28.46 
 
 		 416 aa  166  5e-40  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0920288  normal  0.168346 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00202  lipopolysaccharide biosynthesis protein  29.74 
 
 		 417 aa  164  4.0000000000000004e-39  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.386248  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0190  polysaccharide biosynthesis protein  29.34 
 
 		 418 aa  163  6e-39  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.308685  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0520  polysaccharide biosynthesis protein  29.34 
 
 		 418 aa  163  6e-39  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4025  polysaccharide biosynthesis protein  29.34 
 
 		 418 aa  163  6e-39  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4156  polysaccharide biosynthesis protein  26.33 
 
 		 416 aa  162  1e-38  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5225  polysaccharide biosynthesis protein  26.46 
 
 		 416 aa  162  2e-38  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.115958  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4184  polysaccharide biosynthesis protein  26.21 
 
 		 416 aa  160  5e-38  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4009  polysaccharide biosynthesis protein  26.21 
 
 		 416 aa  160  5e-38  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.419331  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4129  polysaccharide biosynthesis protein  26.21 
 
 		 416 aa  160  5e-38  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.924452  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4211  polysaccharide biosynthesis protein  26.21 
 
 		 416 aa  160  5e-38  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03670  O-antigen translocase  25.95 
 
 		 416 aa  159  7e-38  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03619  hypothetical protein  25.95 
 
 		 416 aa  159  7e-38  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4304  polysaccharide biosynthesis protein  25.95 
 
 		 416 aa  159  7e-38  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.114384  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4314  polysaccharide biosynthesis protein  25.85 
 
 		 416 aa  148  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.870707  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0209  polysaccharide biosynthesis protein  28.33 
 
 		 417 aa  148  2.0000000000000003e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4137  polysaccharide biosynthesis protein  26.09 
 
 		 416 aa  147  3e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.6918  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4255  polysaccharide biosynthesis protein  25.85 
 
 		 416 aa  147  4.0000000000000006e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4152  polysaccharide biosynthesis protein  25.6 
 
 		 416 aa  146  7.0000000000000006e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0589489  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4206  polysaccharide biosynthesis protein  26.54 
 
 		 416 aa  145  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0164  polysaccharide biosynthesis protein  26.49 
 
 		 416 aa  129  1.0000000000000001e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.74681  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2507  membrane protein  21.84 
 
 		 421 aa  91.7  2e-17  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1612  polysaccharide biosynthesis protein  24.69 
 
 		 495 aa  75.1  0.000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6218  polysaccharide biosynthesis protein  22.27 
 
 		 502 aa  67.4  0.0000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.145778  normal  0.14041 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6414  polysaccharide biosynthesis protein  25 
 
 		 502 aa  66.6  0.0000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0705751  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4810  polysaccharide biosynthesis protein  23.13 
 
 		 502 aa  66.2  0.000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.800331  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1392  hypothetical protein  20.74 
 
 		 860 aa  58.9  0.0000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3876  polysaccharide biosynthesis protein  27.27 
 
 		 427 aa  50.1  0.00008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>