38 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4810 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_4810  polysaccharide biosynthesis protein  100 
 
 		 502 aa  986    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.800331  normal  1 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6414  polysaccharide biosynthesis protein  63.43 
 
 		 502 aa  581  1e-164  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0705751  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6218  polysaccharide biosynthesis protein  61.94 
 
 		 502 aa  555  1e-157  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.145778  normal  0.14041 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1392  hypothetical protein  55.44 
 
 		 860 aa  495  1e-139  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1612  polysaccharide biosynthesis protein  37.81 
 
 		 495 aa  284  2.0000000000000002e-75  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3189  polysaccharide biosynthesis protein  24.36 
 
 		 414 aa  88.6  2e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1326  lipopolysaccharide biosynthesis protein  22.12 
 
 		 422 aa  81.6  0.00000000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0633  polysaccharide biosynthesis protein  23.95 
 
 		 415 aa  73.6  0.000000000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0209  polysaccharide biosynthesis protein  24.37 
 
 		 417 aa  68.2  0.0000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4195  polysaccharide biosynthesis protein  24.47 
 
 		 416 aa  67.4  0.0000000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.185065  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3025  polysaccharide biosynthesis protein  23.11 
 
 		 416 aa  65.9  0.000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.117283  normal  0.177019 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0190  polysaccharide biosynthesis protein  23.5 
 
 		 418 aa  63.9  0.000000006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.308685  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0520  polysaccharide biosynthesis protein  23.5 
 
 		 418 aa  63.9  0.000000006  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1305  polysaccharide biosynthesis protein  26.16 
 
 		 417 aa  63.9  0.000000007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.899512  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4025  polysaccharide biosynthesis protein  23.5 
 
 		 418 aa  63.9  0.000000007  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4003  polysaccharide biosynthesis protein  23.71 
 
 		 416 aa  63.2  0.00000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4137  polysaccharide biosynthesis protein  25.19 
 
 		 416 aa  59.7  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.6918  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3996  polysaccharide biosynthesis protein  23.19 
 
 		 416 aa  58.5  0.0000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0920288  normal  0.168346 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5225  polysaccharide biosynthesis protein  24.05 
 
 		 416 aa  58.2  0.0000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.115958  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4255  polysaccharide biosynthesis protein  24.94 
 
 		 416 aa  57.8  0.0000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4206  polysaccharide biosynthesis protein  24.68 
 
 		 416 aa  57.4  0.0000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4152  polysaccharide biosynthesis protein  24.94 
 
 		 416 aa  56.6  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0589489  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4314  polysaccharide biosynthesis protein  24.68 
 
 		 416 aa  55.8  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.870707  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0169  polysaccharide biosynthesis protein  23.86 
 
 		 416 aa  55.1  0.000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.279233  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09393  lipopolysaccharide biosynthesis protein  19.9 
 
 		 428 aa  53.5  0.000008  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.512575  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4129  polysaccharide biosynthesis protein  23.5 
 
 		 416 aa  51.6  0.00003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.924452  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4156  polysaccharide biosynthesis protein  22.76 
 
 		 416 aa  51.6  0.00003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4211  polysaccharide biosynthesis protein  23.5 
 
 		 416 aa  51.6  0.00003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4009  polysaccharide biosynthesis protein  23.5 
 
 		 416 aa  51.6  0.00003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.419331  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0839  polysaccharide biosynthesis protein  21.14 
 
 		 423 aa  51.6  0.00003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.305723  normal  0.0285529 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4184  polysaccharide biosynthesis protein  23.5 
 
 		 416 aa  51.6  0.00003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03670  O-antigen translocase  23.26 
 
 		 416 aa  51.2  0.00004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4304  polysaccharide biosynthesis protein  23.26 
 
 		 416 aa  51.2  0.00004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.114384  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03619  hypothetical protein  23.26 
 
 		 416 aa  51.2  0.00004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0174  colanic acid exporter  25.92 
 
 		 483 aa  49.7  0.0001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.83222  normal  0.572056 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2012  polysaccharide biosynthesis protein  20.23 
 
 		 483 aa  47.8  0.0005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.715057 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0164  polysaccharide biosynthesis protein  24.62 
 
 		 416 aa  46.2  0.001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.74681  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2507  membrane protein  26.9 
 
 		 421 aa  46.6  0.001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>