189 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_1222 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_1222  aspartate racemase  100 
 
 		 233 aa  473  1e-132  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3053  aspartate racemase  94.4 
 
 		 232 aa  444  1.0000000000000001e-124  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0212  putative aspartate racemase protein  42.04 
 
 		 229 aa  189  2e-47  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.314318 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1766  aspartate racemase  42.48 
 
 		 230 aa  190  2e-47  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0152442  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1897  aspartate racemase  39.74 
 
 		 231 aa  165  5.9999999999999996e-40  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000098  aspartate racemase  38.43 
 
 		 231 aa  162  4.0000000000000004e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.220289  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1262  aspartate racemase  35.5 
 
 		 231 aa  162  4.0000000000000004e-39  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.399281  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2728  hypothetical protein  39.3 
 
 		 230 aa  158  7e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.881231  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1908  aspartate racemase  38.86 
 
 		 231 aa  158  8e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.400117  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0941  aspartate racemase  37.12 
 
 		 230 aa  157  1e-37  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2886  hypothetical protein  37.5 
 
 		 225 aa  156  3e-37  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0080  aspartate racemase, putative  34.2 
 
 		 231 aa  155  5.0000000000000005e-37  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.28039  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1375  aspartate racemase  39.06 
 
 		 233 aa  155  5.0000000000000005e-37  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1412  aspartate racemase family protein  33.62 
 
 		 230 aa  154  8e-37  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000193401  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1521  aspartate racemase  33.62 
 
 		 231 aa  154  8e-37  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00121722  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0370  aspartate racemase family protein  33.62 
 
 		 231 aa  154  1e-36  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000827408  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0092  putative aspartate racemase  33.77 
 
 		 231 aa  153  2e-36  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1970  aspartate racemase  36.4 
 
 		 239 aa  151  7e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.298402  normal  0.629341 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0870  aspartate racemase  37.93 
 
 		 225 aa  151  8e-36  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.0325955  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0550  aspartate racemase  35.37 
 
 		 230 aa  151  8.999999999999999e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.112794  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0120  aspartate racemase, putative  32.9 
 
 		 231 aa  150  1e-35  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2067  aspartate racemase family protein  34.62 
 
 		 235 aa  148  8e-35  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2223  aspartate racemase family protein  34.62 
 
 		 235 aa  148  8e-35  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1062  aspartate racemase  35.53 
 
 		 229 aa  148  9e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.301738  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2251  aspartate racemase family protein  35.09 
 
 		 232 aa  147  1.0000000000000001e-34  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  8.85155e-27 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2007  aspartate racemase  35.09 
 
 		 232 aa  147  1.0000000000000001e-34  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.273541  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2506  aspartate racemase  35.09 
 
 		 239 aa  147  1.0000000000000001e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2006  aspartate racemase  34.48 
 
 		 232 aa  146  3e-34  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.975999  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0199  aspartate racemase  35.81 
 
 		 239 aa  145  6e-34  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.134945  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2098  aspartate racemase  36.24 
 
 		 229 aa  144  9e-34  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.817779 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3160  aspartate racemase  33.33 
 
 		 236 aa  144  1e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.0000632506  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1412  aspartate racemase  33.77 
 
 		 229 aa  144  1e-33  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2760  aspartate racemase  35.09 
 
 		 239 aa  144  1e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.458115  normal  0.682156 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3286  putative racemase  34.65 
 
 		 230 aa  144  1e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.989342  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1171  aspartate racemase  34.21 
 
 		 235 aa  144  1e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.000110091  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2205  aspartate racemase family protein  35.37 
 
 		 230 aa  144  1e-33  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2048  aspartate racemase  33.77 
 
 		 232 aa  143  2e-33  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00935047  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1147  aspartate racemase  32.75 
 
 		 241 aa  142  4e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.718342  normal  0.712603 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2335  aspartate racemase family protein  34.36 
 
 		 234 aa  142  4e-33  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.209175  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2031  aspartate racemase  32.76 
 
 		 240 aa  142  4e-33  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.0604958 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3053  aspartate racemase  36.21 
 
 		 239 aa  141  9e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1249  aspartate racemase  31.14 
 
 		 239 aa  141  9e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3120  aspartate racemase family protein  34.5 
 
 		 231 aa  140  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.755099  hitchhiker  0.0000148082 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2793  aspartate racemase  33.03 
 
 		 230 aa  140  9.999999999999999e-33  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3727  aspartate racemase  34.06 
 
 		 243 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0005  aspartate racemase  36.68 
 
 		 232 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2253  aspartate racemase family protein  33.33 
 
 		 232 aa  139  3e-32  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.159416  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3685  aspartate racemase  35.37 
 
 		 233 aa  137  1e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.209881 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0850  aspartate racemase  32.89 
 
 		 230 aa  137  2e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2422  aspartate racemase  31 
 
 		 226 aa  137  2e-31  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00910723  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4003  aspartate racemase  32.16 
 
 		 231 aa  137  2e-31  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000429712  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2987  putative racemase  32.89 
 
 		 230 aa  137  2e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0674464 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02688  predicted racemase  32.89 
 
 		 230 aa  136  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2459  aspartate racemase family protein  30.4 
 
 		 226 aa  136  3.0000000000000003e-31  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0713108  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02649  hypothetical protein  32.89 
 
 		 230 aa  136  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2639  aspartate racemase family protein  30.4 
 
 		 226 aa  136  3.0000000000000003e-31  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0351  aspartate racemase  33.77 
 
 		 230 aa  136  3.0000000000000003e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3023  putative racemase  32.89 
 
 		 230 aa  136  3.0000000000000003e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4108  putative racemase  32.89 
 
 		 230 aa  136  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000397336 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0875  putative racemase  32.89 
 
 		 230 aa  136  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2497  aspartate racemase  32.46 
 
 		 230 aa  136  3.0000000000000003e-31  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.131585  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2656  aspartate racemase family protein  30.4 
 
 		 226 aa  136  3.0000000000000003e-31  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000254701 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2987  putative racemase  32.89 
 
 		 230 aa  136  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3160  putative racemase  32.89 
 
 		 230 aa  136  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2706  aspartate racemase family protein  30.4 
 
 		 226 aa  135  4e-31  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2199  aspartate/glutamate racemase family protein  30.26 
 
 		 229 aa  134  9e-31  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0053  aspartate racemase  31.76 
 
 		 233 aa  134  9.999999999999999e-31  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1877  aspartate racemase  32.9 
 
 		 226 aa  134  9.999999999999999e-31  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.211864  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3409  aspartate racemase  37.56 
 
 		 230 aa  134  9.999999999999999e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5934  aspartate racemase  32.75 
 
 		 230 aa  133  3e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.137693  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2143  aspartate racemase  32.75 
 
 		 230 aa  133  3e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.578734  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2665  aspartate racemase family protein  29.52 
 
 		 226 aa  132  3.9999999999999996e-30  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00871532  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2161  aspartate racemase  32.03 
 
 		 230 aa  132  3.9999999999999996e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.779512  normal  0.822901 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2383  aspartate racemase  29.52 
 
 		 226 aa  132  6e-30  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.135854  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1157  aspartate racemase  32.31 
 
 		 230 aa  132  6e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.169968  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0918  aspartate racemase  32.02 
 
 		 230 aa  132  6e-30  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.468864  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2977  aspartate racemase  32.31 
 
 		 246 aa  131  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.85375  normal  0.0977004 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0021  aspartate racemase  33.19 
 
 		 239 aa  131  1.0000000000000001e-29  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0279038  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4503  aspartate racemase  30.4 
 
 		 238 aa  130  2.0000000000000002e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0141875  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1127  aspartate racemase  32.03 
 
 		 230 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.10247  normal  0.372995 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5449  aspartate racemase  31.17 
 
 		 230 aa  129  3e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2663  aspartate racemase family protein  29.96 
 
 		 226 aa  129  3e-29  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2501  aspartate racemase  28.63 
 
 		 227 aa  129  4.0000000000000003e-29  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00208009  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2661  aspartate racemase family protein  29.52 
 
 		 226 aa  129  5.0000000000000004e-29  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.561952  hitchhiker  0.0000201094 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2787  aspartate racemase  34.76 
 
 		 237 aa  128  1.0000000000000001e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.328239  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03998  aspartate racemase  31.03 
 
 		 232 aa  127  1.0000000000000001e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4003  putative aspartate racemase  32.13 
 
 		 242 aa  127  2.0000000000000002e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0734  aspartate racemase  33.33 
 
 		 227 aa  127  2.0000000000000002e-28  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.000319838  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1082  aspartate racemase  30.7 
 
 		 237 aa  127  2.0000000000000002e-28  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4593  aspartate racemase  32.03 
 
 		 230 aa  126  3e-28  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.243748  normal  0.631 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2180  aspartate racemase  31.88 
 
 		 230 aa  126  3e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2053  aspartate racemase  31.6 
 
 		 230 aa  126  3e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.282147  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4072  aspartate racemase  31.6 
 
 		 233 aa  125  4.0000000000000003e-28  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.280676  normal  0.78132 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0972  aspartate racemase  30.26 
 
 		 230 aa  123  3e-27  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0557  aspartate racemase  31.96 
 
 		 234 aa  122  6e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4364  aspartate racemase  33.48 
 
 		 305 aa  121  9e-27  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2599  aspartate racemase  29.74 
 
 		 232 aa  120  9.999999999999999e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.577714  normal  0.0780411 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1530  aspartate racemase  29.74 
 
 		 232 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.204202 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4559  aspartate racemase  30.13 
 
 		 231 aa  120  1.9999999999999998e-26  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.110424  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0528  aspartate racemase  32.49 
 
 		 234 aa  119  4.9999999999999996e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.163141  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>