More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_4522 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_4522  30S ribosomal protein S6  100 
 
 		 108 aa  215  1e-55  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.6593  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7312  30S ribosomal protein S6  88.89 
 
 		 108 aa  193  8.000000000000001e-49  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.032442 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4556  30S ribosomal protein S6  78.72 
 
 		 96 aa  145  1.0000000000000001e-34  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.158034  normal  0.78601 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_5068  30S ribosomal protein S6  77.66 
 
 		 96 aa  144  5e-34  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000139658 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4740  ribosomal protein S6  75.82 
 
 		 93 aa  142  1e-33  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4339  ribosomal protein S6  75 
 
 		 98 aa  142  1e-33  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_39390  SSU ribosomal protein S6P  68.37 
 
 		 111 aa  141  3e-33  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.549892 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2133  SSU ribosomal protein S6P  73.63 
 
 		 96 aa  140  5e-33  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4949  ribosomal protein S6  74.47 
 
 		 96 aa  139  9.999999999999999e-33  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4169  ribosomal protein S6  71.43 
 
 		 94 aa  137  4.999999999999999e-32  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3561  30S ribosomal protein S6  72.53 
 
 		 96 aa  137  6e-32  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.642829 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4664  SSU ribosomal protein S6P  71.43 
 
 		 96 aa  136  1e-31  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.663648  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0874  30S ribosomal protein S6  71.43 
 
 		 96 aa  135  2e-31  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_6034  30S ribosomal protein S6  70.33 
 
 		 96 aa  135  2e-31  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.342744  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9357  30S ribosomal protein S6  72.53 
 
 		 96 aa  134  3.0000000000000003e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.569899 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5369  ribosomal protein S6  66.67 
 
 		 102 aa  134  4e-31  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5746  30S ribosomal protein S6  71.43 
 
 		 96 aa  133  8e-31  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.37623 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5370  30S ribosomal protein S6  71.43 
 
 		 96 aa  133  8e-31  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5459  30S ribosomal protein S6  71.43 
 
 		 96 aa  133  8e-31  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.544177  normal  0.0132428 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_7039  ribosomal protein S6  67.74 
 
 		 118 aa  133  9e-31  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4844  ribosomal protein S6  70.21 
 
 		 96 aa  132  1.9999999999999998e-30  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10052  30S ribosomal protein S6  71.43 
 
 		 96 aa  132  1.9999999999999998e-30  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00129452  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3095  30S ribosomal protein S6  70.21 
 
 		 96 aa  132  1.9999999999999998e-30  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0478466  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0127  30S ribosomal protein S6  65.96 
 
 		 96 aa  132  1.9999999999999998e-30  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0286248 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4181  ribosomal protein S6  65.93 
 
 		 96 aa  132  1.9999999999999998e-30  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4120  30S ribosomal protein S6  62.89 
 
 		 101 aa  132  1.9999999999999998e-30  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3700  ribosomal protein S6  68.13 
 
 		 97 aa  130  5e-30  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_37810  SSU ribosomal protein S6P  65.93 
 
 		 95 aa  128  2.0000000000000002e-29  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.188789  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3891  30S ribosomal protein S6  60.82 
 
 		 101 aa  129  2.0000000000000002e-29  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.202922 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_5068  ribosomal protein S6  69.15 
 
 		 95 aa  129  2.0000000000000002e-29  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.330379  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3355  ribosomal protein S6  63.74 
 
 		 98 aa  127  5.0000000000000004e-29  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0337  ribosomal protein S6  60.42 
 
 		 101 aa  117  3.9999999999999996e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.644788 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_23260  30S ribosomal protein S6  54.64 
 
 		 101 aa  115  1.9999999999999998e-25  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2525  ribosomal protein S6  56.52 
 
 		 95 aa  111  4.0000000000000004e-24  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.863645  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_31780  SSU ribosomal protein S6P  52.13 
 
 		 96 aa  104  4e-22  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_26590  SSU ribosomal protein S6P  52.75 
 
 		 95 aa  102  2e-21  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.175156 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1219  30S ribosomal protein S6  52.17 
 
 		 96 aa  94  6e-19  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0308  ribosomal protein S6  50 
 
 		 98 aa  92  2e-18  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.052599 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3308  30S ribosomal protein S6  43.96 
 
 		 95 aa  85.1  3e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000490454  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0045  ribosomal protein S6  43.62 
 
 		 112 aa  81.3  0.000000000000004  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2978  30S ribosomal protein S6  37.36 
 
 		 95 aa  80.5  0.000000000000007  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000894429  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2656  30S ribosomal protein S6  37.36 
 
 		 95 aa  80.5  0.000000000000007  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000485291  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2916  ribosomal protein S6  41.76 
 
 		 96 aa  77.4  0.00000000000005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000156289  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4355  30S ribosomal protein S6  37.23 
 
 		 95 aa  77  0.00000000000009  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0650  ribosomal protein S6  45.05 
 
 		 94 aa  75.5  0.0000000000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0145579  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5421  30S ribosomal protein S6  35.87 
 
 		 154 aa  73.6  0.000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0549173  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0022  ribosomal protein S6  38.46 
 
 		 97 aa  72  0.000000000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  decreased coverage  0.00000004173  normal  0.882806 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_27920  ribosomal protein S6  37.36 
 
 		 97 aa  71.6  0.000000000003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  decreased coverage  0.0000627266  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2138  ribosomal protein S6  40.66 
 
 		 95 aa  71.6  0.000000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  0.000000043387  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0128  30S ribosomal protein S6  34.04 
 
 		 98 aa  71.6  0.000000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000443622  normal  0.826671 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1818  30S ribosomal protein S6  38.37 
 
 		 124 aa  70.9  0.000000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.195181  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_11560  SSU ribosomal protein S6P  38.2 
 
 		 97 aa  70.5  0.000000000007  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0123194  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4212  30S ribosomal protein S6  32.17 
 
 		 139 aa  69.7  0.00000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.553377  hitchhiker  0.000271078 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4310  30S ribosomal protein S6  33.33 
 
 		 151 aa  70.1  0.00000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0751589 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0757  30S ribosomal protein S6  32.17 
 
 		 139 aa  69.7  0.00000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.228949  hitchhiker  0.00000160404 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23360  ribosomal protein S6  39.56 
 
 		 95 aa  69.7  0.00000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  9.28748e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3942  30S ribosomal protein S6  33.33 
 
 		 151 aa  70.1  0.00000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.262713 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4417  30S ribosomal protein S6  32.22 
 
 		 151 aa  68.9  0.00000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.316855 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2777  30S ribosomal protein S6  33.94 
 
 		 122 aa  68.9  0.00000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000778979  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0483  ribosomal protein S6  39.33 
 
 		 94 aa  69.3  0.00000000002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.0000000293762  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03778  30S ribosomal protein S6  33.93 
 
 		 133 aa  68.9  0.00000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0019  ribosomal protein S6  38.46 
 
 		 97 aa  68.9  0.00000000002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.0000515173  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002332  SSU ribosomal protein S6p  34.07 
 
 		 129 aa  68.9  0.00000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.257781  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00023  30S ribosomal protein S6  34.07 
 
 		 129 aa  68.6  0.00000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3284  30S ribosomal protein S6  30.43 
 
 		 135 aa  68.6  0.00000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0114214  hitchhiker  0.000227969 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3064  30S ribosomal protein S6  32.17 
 
 		 135 aa  68.6  0.00000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.234735  normal  0.218428 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3038  30S ribosomal protein S6  38.04 
 
 		 161 aa  68.2  0.00000000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.59116  normal  0.184677 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0981  ribosomal protein S6  38.37 
 
 		 141 aa  68.2  0.00000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1228  30S ribosomal protein S6  31.97 
 
 		 125 aa  67.8  0.00000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0123058 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4637  30S ribosomal protein S6  32.69 
 
 		 134 aa  67.8  0.00000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.329942  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2766  30S ribosomal protein S6  30.63 
 
 		 126 aa  67.4  0.00000000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.431916  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0888  SSU ribosomal protein S6P  31.91 
 
 		 135 aa  67.4  0.00000000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3586  30S ribosomal protein S6  29.57 
 
 		 137 aa  67  0.00000000007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0940753  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0595  30S ribosomal protein S6  33.33 
 
 		 117 aa  67  0.00000000008  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5327  30S ribosomal protein S6  32.63 
 
 		 96 aa  66.6  0.0000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.0000278233  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5155  30S ribosomal protein S6  32.63 
 
 		 96 aa  66.6  0.0000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000255569  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5171  30S ribosomal protein S6  32.63 
 
 		 96 aa  66.6  0.0000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.000000742686  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0569  30S ribosomal protein S6  33.33 
 
 		 151 aa  66.6  0.0000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5584  30S ribosomal protein S6  32.63 
 
 		 96 aa  66.6  0.0000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.72731e-16 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5662  30S ribosomal protein S6  32.63 
 
 		 96 aa  66.6  0.0000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000026821  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_4014  30S ribosomal protein S6  30.85 
 
 		 95 aa  66.2  0.0000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.208118  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5723  30S ribosomal protein S6  32.63 
 
 		 96 aa  66.6  0.0000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000611758  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2569  30S ribosomal protein S6  38.37 
 
 		 125 aa  66.2  0.0000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0574  ribosomal protein S6  33.7 
 
 		 125 aa  66.6  0.0000000001  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.189135  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1916  30S ribosomal protein S6  34.44 
 
 		 148 aa  66.2  0.0000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.136895  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3419  ribosomal protein S6  32.97 
 
 		 133 aa  66.6  0.0000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.797124  normal  0.172954 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3216  30S ribosomal protein S6  38.37 
 
 		 125 aa  66.2  0.0000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0741  30S ribosomal protein S6  29.31 
 
 		 131 aa  65.9  0.0000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000275832  hitchhiker  0.000127866 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5334  30S ribosomal protein S6  31.58 
 
 		 96 aa  65.5  0.0000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000242081  hitchhiker  0.000000688979 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3643  30S ribosomal protein S6  29.31 
 
 		 131 aa  65.9  0.0000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00299983  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0711  30S ribosomal protein S6  29.31 
 
 		 131 aa  65.9  0.0000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.165791  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0732  30S ribosomal protein S6  29.31 
 
 		 131 aa  65.9  0.0000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00282194  hitchhiker  0.0000000108888 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2394  30S ribosomal protein S6  34.04 
 
 		 95 aa  65.5  0.0000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000046004  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2193  30S ribosomal protein S6  37.21 
 
 		 121 aa  65.9  0.0000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0141741  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1057  30S ribosomal protein S6  32.98 
 
 		 152 aa  65.5  0.0000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.66834 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3546  30S ribosomal protein S6  31.91 
 
 		 95 aa  65.9  0.0000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1438  30S ribosomal protein S6  32.97 
 
 		 125 aa  65.9  0.0000000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.0054631  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3260  30S ribosomal protein S6  30.17 
 
 		 131 aa  65.5  0.0000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000012398  hitchhiker  0.0000109167 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0687  30S ribosomal protein S6  30.17 
 
 		 131 aa  65.5  0.0000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00000703568  hitchhiker  0.000317476 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5267  30S ribosomal protein S6  31.58 
 
 		 96 aa  65.9  0.0000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00000406973  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>