More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_0622 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_0622  alanine racemase  100 
 
 		 384 aa  755    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0376668  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6011  alanine racemase  81.91 
 
 		 380 aa  563  1.0000000000000001e-159  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0222771  normal  0.167789 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1141  Alanine racemase  63.86 
 
 		 371 aa  425  1e-118  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0759856  normal  0.485235 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4267  alanine racemase  62.02 
 
 		 375 aa  422  1e-117  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0990  alanine racemase  58.81 
 
 		 397 aa  415  9.999999999999999e-116  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.876046  hitchhiker  0.00306709 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4247  alanine racemase  60.93 
 
 		 372 aa  416  9.999999999999999e-116  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.170203  hitchhiker  0.00478121 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3857  alanine racemase  60.66 
 
 		 372 aa  412  1e-114  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.859951  normal  0.532248 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4045  alanine racemase  62.06 
 
 		 376 aa  414  1e-114  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.43554  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0355  alanine racemase  60.38 
 
 		 405 aa  412  1e-114  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.488923  normal  0.111882 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0609  alanine racemase  58.15 
 
 		 381 aa  396  1e-109  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.561464  normal  0.417929 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4462  alanine racemase  61.62 
 
 		 378 aa  390  1e-107  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0627  alanine racemase  54.79 
 
 		 410 aa  382  1e-105  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  0.00334248  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2600  alanine racemase  58.42 
 
 		 410 aa  379  1e-104  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0608814  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2606  alanine racemase  59.29 
 
 		 374 aa  377  1e-103  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29250  alanine racemase  56.28 
 
 		 412 aa  376  1e-103  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2896  alanine racemase  53.48 
 
 		 417 aa  363  4e-99  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.644655  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5375  alanine racemase  54.37 
 
 		 402 aa  358  7e-98  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0727  alanine racemase  55.41 
 
 		 415 aa  358  9e-98  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00288843  normal  0.402092 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0900  alanine racemase  54.86 
 
 		 378 aa  354  1e-96  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2606  alanine racemase  52.83 
 
 		 437 aa  349  4e-95  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000945338 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0673  alanine racemase  53.94 
 
 		 441 aa  348  6e-95  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3073  alanine racemase  55.14 
 
 		 378 aa  347  2e-94  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.235998  normal  0.409872 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6556  alanine racemase  54.22 
 
 		 388 aa  335  9e-91  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04590  alanine racemase  53.74 
 
 		 378 aa  333  2e-90  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.379563 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0559  alanine racemase  49.87 
 
 		 366 aa  332  9e-90  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.430762  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1146  alanine racemase  49.05 
 
 		 383 aa  324  1e-87  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1163  alanine racemase  49.05 
 
 		 383 aa  324  1e-87  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.434451 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1173  alanine racemase  49.05 
 
 		 383 aa  324  1e-87  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.49691  normal  0.0522528 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4934  alanine racemase  52.03 
 
 		 383 aa  323  2e-87  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13457  alanine racemase  48.39 
 
 		 408 aa  313  1.9999999999999998e-84  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0132184  hitchhiker  0.000185138 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1190  alanine racemase  51.94 
 
 		 394 aa  313  2.9999999999999996e-84  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.964893 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1108  alanine racemase  47.7 
 
 		 402 aa  311  9e-84  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.440302  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_07450  alanine racemase  50.27 
 
 		 391 aa  308  1.0000000000000001e-82  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.764543  normal  0.0936782 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1484  alanine racemase  50.27 
 
 		 390 aa  306  5.0000000000000004e-82  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.159297  normal  0.789222 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1052  alanine racemase  45.54 
 
 		 459 aa  300  4e-80  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.399759 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0878  alanine racemase  46.63 
 
 		 380 aa  272  7e-72  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_16720  alanine racemase  49.23 
 
 		 401 aa  272  9e-72  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.872897  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0171  alanine racemase  42.55 
 
 		 371 aa  270  2.9999999999999997e-71  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0906  slanine racemase  43.81 
 
 		 450 aa  265  8e-70  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.431775  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0307  alanine racemase  36.78 
 
 		 390 aa  261  1e-68  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2865  alanine racemase  42.28 
 
 		 370 aa  261  2e-68  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.000333192  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3485  alanine racemase  47.11 
 
 		 380 aa  257  2e-67  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1711  alanine racemase  46.22 
 
 		 381 aa  252  7e-66  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.169003  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1882  alanine racemase  42.74 
 
 		 377 aa  246  6.999999999999999e-64  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0057  alanine racemase  41.99 
 
 		 390 aa  241  2e-62  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1758  alanine racemase  40.54 
 
 		 369 aa  240  2.9999999999999997e-62  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2926  alanine racemase  35.2 
 
 		 389 aa  237  2e-61  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.839244  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0824  alanine racemase  35.45 
 
 		 380 aa  238  2e-61  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.664033  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2697  alanine racemase  35.56 
 
 		 391 aa  237  2e-61  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1894  alanine racemase  35.42 
 
 		 391 aa  236  4e-61  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.695419  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2167  alanine racemase  41.73 
 
 		 373 aa  235  8e-61  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000196511  decreased coverage  0.0000176162 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1484  alanine racemase  40.27 
 
 		 390 aa  235  9e-61  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.770988  hitchhiker  0.000000845672 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2178  alanine racemase  34.88 
 
 		 391 aa  235  1.0000000000000001e-60  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1932  alanine racemase  34.88 
 
 		 391 aa  234  2.0000000000000002e-60  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1884  alanine racemase  34.88 
 
 		 391 aa  234  2.0000000000000002e-60  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2079  alanine racemase  34.88 
 
 		 391 aa  234  2.0000000000000002e-60  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_23160  alanine racemase  43.49 
 
 		 390 aa  234  2.0000000000000002e-60  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.334874  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0758  alanine racemase  34.69 
 
 		 373 aa  233  3e-60  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1342  alanine racemase  38.54 
 
 		 370 aa  233  4.0000000000000004e-60  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0650824  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2163  alanine racemase  34.88 
 
 		 391 aa  233  5e-60  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2110  alanine racemase  34.6 
 
 		 391 aa  231  1e-59  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1931  alanine racemase  35.69 
 
 		 408 aa  232  1e-59  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0176201  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1903  alanine racemase  34.57 
 
 		 390 aa  231  2e-59  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0696204  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0964  alanine racemase  35.16 
 
 		 388 aa  230  3e-59  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0532  alanine racemase  42.16 
 
 		 394 aa  229  5e-59  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  hitchhiker  0.00790178  hitchhiker  0.0000218337 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0897  alanine racemase  39.04 
 
 		 403 aa  228  1e-58  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0923  alanine racemase  39.04 
 
 		 403 aa  228  2e-58  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0365906  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0063  alanine racemase  34.69 
 
 		 373 aa  228  2e-58  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.131019  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1095  alanine racemase  34.67 
 
 		 379 aa  228  2e-58  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.885061  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2234  alanine racemase  38.81 
 
 		 378 aa  228  2e-58  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3236  alanine racemase  34.6 
 
 		 391 aa  227  2e-58  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.560123  normal  0.143826 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2070  alanine racemase  34.6 
 
 		 391 aa  227  2e-58  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.773595  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1547  alanine racemase  42.11 
 
 		 388 aa  227  3e-58  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0014745  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1160  alanine racemase  34.69 
 
 		 373 aa  227  3e-58  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3770  alanine racemase  37.2 
 
 		 373 aa  225  8e-58  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.646539  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0862  alanine racemase  36.68 
 
 		 403 aa  224  2e-57  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0412  alanine racemase  35.7 
 
 		 395 aa  223  4e-57  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.650932  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0472  alanine racemase  44.54 
 
 		 380 aa  223  4e-57  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1563  alanine racemase  35.33 
 
 		 392 aa  223  6e-57  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.985538  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2201  alanine racemase  38.46 
 
 		 406 aa  222  9e-57  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.419731 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2084  alanine racemase  36.41 
 
 		 375 aa  219  7.999999999999999e-56  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.261095 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01680  alanine racemase  35.83 
 
 		 379 aa  218  1e-55  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2170  alanine racemase  35.55 
 
 		 398 aa  217  2.9999999999999998e-55  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.598884  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0861  alanine racemase  34.14 
 
 		 386 aa  216  4e-55  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0852  alanine racemase  33.33 
 
 		 386 aa  216  4e-55  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2594  alanine racemase  40.9 
 
 		 433 aa  216  5.9999999999999996e-55  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.127753  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0390  alanine racemase  35.11 
 
 		 395 aa  215  9e-55  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.185126  normal  0.667441 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5058  alanine racemase  38.52 
 
 		 389 aa  215  9.999999999999999e-55  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0905  alanine racemase  35.09 
 
 		 389 aa  214  1.9999999999999998e-54  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00165979  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1646  alanine racemase  32.35 
 
 		 374 aa  214  2.9999999999999995e-54  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.064552  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0226  alanine racemase  38.25 
 
 		 389 aa  213  2.9999999999999995e-54  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2762  alanine racemase  39.31 
 
 		 380 aa  213  3.9999999999999995e-54  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00587004  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0224  alanine racemase  38.25 
 
 		 389 aa  212  7e-54  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0264  alanine racemase  38.25 
 
 		 389 aa  212  7e-54  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0286  alanine racemase  38.25 
 
 		 389 aa  212  9e-54  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0238  alanine racemase  38.25 
 
 		 389 aa  212  1e-53  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4765  alanine racemase  37.33 
 
 		 851 aa  211  1e-53  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0267  alanine racemase  37.98 
 
 		 389 aa  212  1e-53  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.386935  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0252  alanine racemase  38.25 
 
 		 389 aa  212  1e-53  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2785  alanine racemase  35.73 
 
 		 441 aa  211  2e-53  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.0448051 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>