More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Jden_0627 on replicon NC_013174
Organism: Jonesia denitrificans DSM 20603



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013174  Jden_0627  alanine racemase  100 
 
 
410 aa  808    Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  0.00334248  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29250  alanine racemase  59.84 
 
 
412 aa  424  1e-117  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2600  alanine racemase  56.62 
 
 
410 aa  395  1e-109  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0608814  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0673  alanine racemase  55.16 
 
 
441 aa  381  1e-104  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3073  alanine racemase  52.85 
 
 
378 aa  367  1e-100  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.235998  normal  0.409872 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0622  alanine racemase  54.79 
 
 
384 aa  357  1.9999999999999998e-97  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0376668  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3857  alanine racemase  52.14 
 
 
372 aa  355  5.999999999999999e-97  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.859951  normal  0.532248 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4267  alanine racemase  53.17 
 
 
375 aa  355  5.999999999999999e-97  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0990  alanine racemase  51.02 
 
 
397 aa  349  5e-95  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.876046  hitchhiker  0.00306709 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4247  alanine racemase  52.41 
 
 
372 aa  347  2e-94  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.170203  hitchhiker  0.00478121 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2896  alanine racemase  50.65 
 
 
417 aa  342  5e-93  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.644655  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1141  Alanine racemase  51.18 
 
 
371 aa  342  8e-93  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0759856  normal  0.485235 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0355  alanine racemase  52.91 
 
 
405 aa  342  9e-93  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.488923  normal  0.111882 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6011  alanine racemase  52.59 
 
 
380 aa  340  2e-92  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0222771  normal  0.167789 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4045  alanine racemase  50.53 
 
 
376 aa  338  9e-92  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.43554  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2606  alanine racemase  49.35 
 
 
437 aa  336  3.9999999999999995e-91  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000945338 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2606  alanine racemase  53.99 
 
 
374 aa  325  6e-88  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0727  alanine racemase  50.65 
 
 
415 aa  322  6e-87  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00288843  normal  0.402092 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0900  alanine racemase  49.07 
 
 
378 aa  317  3e-85  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4462  alanine racemase  51.2 
 
 
378 aa  314  1.9999999999999998e-84  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1052  alanine racemase  45.61 
 
 
459 aa  313  2.9999999999999996e-84  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.399759 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0609  alanine racemase  48.83 
 
 
381 aa  313  3.9999999999999997e-84  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.561464  normal  0.417929 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_07450  alanine racemase  49.6 
 
 
391 aa  310  2.9999999999999997e-83  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.764543  normal  0.0936782 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0906  slanine racemase  46.65 
 
 
450 aa  303  4.0000000000000003e-81  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.431775  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04590  alanine racemase  48.77 
 
 
378 aa  298  9e-80  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.379563 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4934  alanine racemase  46.83 
 
 
383 aa  292  6e-78  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1108  alanine racemase  45.55 
 
 
402 aa  290  3e-77  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.440302  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13457  alanine racemase  43.77 
 
 
408 aa  288  1e-76  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0132184  hitchhiker  0.000185138 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5375  alanine racemase  43.46 
 
 
402 aa  288  2e-76  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0559  alanine racemase  45.95 
 
 
366 aa  288  2e-76  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.430762  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1173  alanine racemase  43.39 
 
 
383 aa  286  4e-76  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.49691  normal  0.0522528 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1146  alanine racemase  43.39 
 
 
383 aa  286  4e-76  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1163  alanine racemase  43.39 
 
 
383 aa  286  4e-76  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.434451 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1484  alanine racemase  45.24 
 
 
390 aa  275  1.0000000000000001e-72  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.159297  normal  0.789222 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6556  alanine racemase  46.15 
 
 
388 aa  273  4.0000000000000004e-72  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1190  alanine racemase  47.45 
 
 
394 aa  270  4e-71  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal  0.964893 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0878  alanine racemase  46.23 
 
 
380 aa  266  4e-70  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1711  alanine racemase  46.83 
 
 
381 aa  249  8e-65  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.169003  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_23160  alanine racemase  42.35 
 
 
390 aa  248  1e-64  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.334874  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_16720  alanine racemase  43.12 
 
 
401 aa  240  4e-62  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.872897  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2865  alanine racemase  38.68 
 
 
370 aa  232  8.000000000000001e-60  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.000333192  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0758  alanine racemase  33.42 
 
 
373 aa  227  2e-58  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1484  alanine racemase  39.02 
 
 
390 aa  223  4.9999999999999996e-57  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.770988  hitchhiker  0.000000845672 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1882  alanine racemase  36.05 
 
 
377 aa  223  6e-57  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0824  alanine racemase  32.99 
 
 
380 aa  220  3.9999999999999997e-56  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.664033  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0681  alanine racemase  38.23 
 
 
387 aa  217  2.9999999999999998e-55  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00412928  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0063  alanine racemase  33.25 
 
 
373 aa  217  4e-55  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.131019  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2697  alanine racemase  32.81 
 
 
391 aa  215  9e-55  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0964  alanine racemase  33.95 
 
 
388 aa  215  9e-55  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1931  alanine racemase  33.16 
 
 
408 aa  215  9.999999999999999e-55  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0176201  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1894  alanine racemase  32.89 
 
 
391 aa  214  1.9999999999999998e-54  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.695419  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2167  alanine racemase  38.68 
 
 
373 aa  214  1.9999999999999998e-54  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000196511  decreased coverage  0.0000176162 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2178  alanine racemase  32.89 
 
 
391 aa  214  1.9999999999999998e-54  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0057  alanine racemase  37.84 
 
 
390 aa  214  2.9999999999999995e-54  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1884  alanine racemase  32.63 
 
 
391 aa  213  3.9999999999999995e-54  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1160  alanine racemase  32.2 
 
 
373 aa  213  3.9999999999999995e-54  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2163  alanine racemase  32.63 
 
 
391 aa  213  4.9999999999999996e-54  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1563  alanine racemase  33.87 
 
 
392 aa  213  4.9999999999999996e-54  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.985538  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0852  alanine racemase  34.55 
 
 
386 aa  213  5.999999999999999e-54  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1932  alanine racemase  32.37 
 
 
391 aa  213  7e-54  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2079  alanine racemase  32.37 
 
 
391 aa  213  7e-54  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0905  alanine racemase  33.16 
 
 
389 aa  212  7.999999999999999e-54  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00165979  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2926  alanine racemase  32.63 
 
 
389 aa  212  9e-54  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.839244  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0307  alanine racemase  31.69 
 
 
390 aa  211  2e-53  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0861  alanine racemase  34.81 
 
 
386 aa  211  2e-53  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2110  alanine racemase  32.37 
 
 
391 aa  211  3e-53  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0390  alanine racemase  37.14 
 
 
395 aa  209  6e-53  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.185126  normal  0.667441 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2234  alanine racemase  38.68 
 
 
378 aa  209  6e-53  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1758  alanine racemase  36.13 
 
 
369 aa  209  9e-53  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0923  alanine racemase  37.37 
 
 
403 aa  209  9e-53  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0365906  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1903  alanine racemase  33.42 
 
 
390 aa  208  1e-52  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0696204  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0412  alanine racemase  37.5 
 
 
395 aa  208  1e-52  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.650932  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0897  alanine racemase  37.37 
 
 
403 aa  207  2e-52  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2070  alanine racemase  32.11 
 
 
391 aa  207  3e-52  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.773595  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3236  alanine racemase  31.84 
 
 
391 aa  207  3e-52  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.560123  normal  0.143826 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01680  alanine racemase  34.38 
 
 
379 aa  207  4e-52  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0171  alanine racemase  36.58 
 
 
371 aa  205  1e-51  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1095  alanine racemase  34.37 
 
 
379 aa  205  1e-51  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.885061  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1547  alanine racemase  38.24 
 
 
388 aa  205  1e-51  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0014745  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3770  alanine racemase  35.9 
 
 
373 aa  205  1e-51  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.646539  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2170  alanine racemase  34.94 
 
 
398 aa  204  2e-51  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.598884  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1342  alanine racemase  36.27 
 
 
370 aa  204  3e-51  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0650824  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1132  alanine racemase  33.42 
 
 
380 aa  203  5e-51  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_16471  alanine racemase  36.2 
 
 
381 aa  203  5e-51  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.950833  normal 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_19731  alanine racemase  33.33 
 
 
402 aa  203  5e-51  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0472  alanine racemase  39.62 
 
 
380 aa  202  9.999999999999999e-51  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2201  alanine racemase  39.31 
 
 
406 aa  201  9.999999999999999e-51  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.419731 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0862  alanine racemase  37.05 
 
 
403 aa  201  1.9999999999999998e-50  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0994  alanine racemase  36.69 
 
 
382 aa  200  3e-50  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3485  alanine racemase  37.89 
 
 
380 aa  199  6e-50  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1646  alanine racemase  33.43 
 
 
374 aa  196  7e-49  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.064552  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_23341  alanine racemase  35.4 
 
 
398 aa  196  7e-49  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0345  alanine racemase  38.17 
 
 
376 aa  194  2e-48  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.605258  normal  0.144303 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0267  alanine racemase  36.41 
 
 
389 aa  194  2e-48  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.386935  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0238  alanine racemase  36.24 
 
 
389 aa  194  3e-48  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4765  alanine racemase  36.34 
 
 
851 aa  193  5e-48  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1098  alanine racemase  33.07 
 
 
402 aa  193  5e-48  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0226  alanine racemase  36.15 
 
 
389 aa  192  8e-48  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0224  alanine racemase  36.15 
 
 
389 aa  191  1e-47  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0264  alanine racemase  36.15 
 
 
389 aa  191  1e-47  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>