More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_1052 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_1052  alanine racemase  100 
 
 		 459 aa  941    Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.399759 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0906  slanine racemase  67.55 
 
 		 450 aa  588  1e-167  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.431775  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29250  alanine racemase  49.15 
 
 		 412 aa  343  2.9999999999999997e-93  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2600  alanine racemase  47.72 
 
 		 410 aa  330  3e-89  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0608814  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0673  alanine racemase  47.47 
 
 		 441 aa  329  7e-89  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0627  alanine racemase  45.61 
 
 		 410 aa  327  3e-88  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  0.00334248  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2896  alanine racemase  45.1 
 
 		 417 aa  306  5.0000000000000004e-82  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.644655  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0622  alanine racemase  45.54 
 
 		 384 aa  293  4e-78  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0376668  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3857  alanine racemase  43.66 
 
 		 372 aa  292  9e-78  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.859951  normal  0.532248 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3073  alanine racemase  44.77 
 
 		 378 aa  290  2e-77  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.235998  normal  0.409872 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0355  alanine racemase  44.29 
 
 		 405 aa  291  2e-77  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.488923  normal  0.111882 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2606  alanine racemase  42.14 
 
 		 437 aa  289  9e-77  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000945338 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6011  alanine racemase  47.17 
 
 		 380 aa  288  2e-76  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0222771  normal  0.167789 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4267  alanine racemase  43.48 
 
 		 375 aa  286  7e-76  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4247  alanine racemase  43.9 
 
 		 372 aa  286  8e-76  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.170203  hitchhiker  0.00478121 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0609  alanine racemase  42.51 
 
 		 381 aa  283  5.000000000000001e-75  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.561464  normal  0.417929 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0990  alanine racemase  41.87 
 
 		 397 aa  278  1e-73  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.876046  hitchhiker  0.00306709 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5375  alanine racemase  40.34 
 
 		 402 aa  278  2e-73  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4045  alanine racemase  43.92 
 
 		 376 aa  276  6e-73  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.43554  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_07450  alanine racemase  44.47 
 
 		 391 aa  275  9e-73  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.764543  normal  0.0936782 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13457  alanine racemase  41.19 
 
 		 408 aa  274  2.0000000000000002e-72  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0132184  hitchhiker  0.000185138 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2606  alanine racemase  45.57 
 
 		 374 aa  272  1e-71  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1141  Alanine racemase  41.55 
 
 		 371 aa  265  1e-69  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0759856  normal  0.485235 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1173  alanine racemase  39.61 
 
 		 383 aa  263  4.999999999999999e-69  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.49691  normal  0.0522528 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1146  alanine racemase  39.61 
 
 		 383 aa  263  4.999999999999999e-69  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1163  alanine racemase  39.61 
 
 		 383 aa  263  4.999999999999999e-69  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.434451 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0727  alanine racemase  42.54 
 
 		 415 aa  258  2e-67  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00288843  normal  0.402092 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04590  alanine racemase  41.71 
 
 		 378 aa  256  5e-67  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.379563 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0900  alanine racemase  42.16 
 
 		 378 aa  255  1.0000000000000001e-66  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1108  alanine racemase  38.71 
 
 		 402 aa  252  9.000000000000001e-66  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.440302  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0559  alanine racemase  40.24 
 
 		 366 aa  252  1e-65  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.430762  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6556  alanine racemase  41.83 
 
 		 388 aa  251  2e-65  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1190  alanine racemase  43.61 
 
 		 394 aa  249  6e-65  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.964893 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4934  alanine racemase  40.49 
 
 		 383 aa  245  9.999999999999999e-64  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_23160  alanine racemase  39.02 
 
 		 390 aa  229  1e-58  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.334874  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0878  alanine racemase  39.62 
 
 		 380 aa  228  2e-58  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1484  alanine racemase  40.8 
 
 		 390 aa  228  2e-58  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.159297  normal  0.789222 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_16720  alanine racemase  40.44 
 
 		 401 aa  226  5.0000000000000005e-58  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.872897  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4462  alanine racemase  40.39 
 
 		 378 aa  225  1e-57  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1711  alanine racemase  40.39 
 
 		 381 aa  225  1e-57  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.169003  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1882  alanine racemase  36.19 
 
 		 377 aa  215  9.999999999999999e-55  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2865  alanine racemase  37.72 
 
 		 370 aa  209  1e-52  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.000333192  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0307  alanine racemase  34.09 
 
 		 390 aa  207  3e-52  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0758  alanine racemase  33.5 
 
 		 373 aa  207  4e-52  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1160  alanine racemase  33.74 
 
 		 373 aa  206  7e-52  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0861  alanine racemase  33.33 
 
 		 386 aa  204  2e-51  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0852  alanine racemase  33.09 
 
 		 386 aa  204  3e-51  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1758  alanine racemase  37.87 
 
 		 369 aa  203  4e-51  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1095  alanine racemase  32.02 
 
 		 379 aa  203  6e-51  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.885061  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0063  alanine racemase  33.5 
 
 		 373 aa  201  1.9999999999999998e-50  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.131019  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1484  alanine racemase  36.49 
 
 		 390 aa  201  1.9999999999999998e-50  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.770988  hitchhiker  0.000000845672 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2697  alanine racemase  34.13 
 
 		 391 aa  199  1.0000000000000001e-49  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0824  alanine racemase  31.19 
 
 		 380 aa  196  8.000000000000001e-49  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.664033  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2167  alanine racemase  35.96 
 
 		 373 aa  195  1e-48  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000196511  decreased coverage  0.0000176162 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3485  alanine racemase  37.01 
 
 		 380 aa  195  2e-48  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2926  alanine racemase  34.38 
 
 		 389 aa  194  2e-48  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.839244  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0171  alanine racemase  36.92 
 
 		 371 aa  192  2e-47  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0964  alanine racemase  34.02 
 
 		 388 aa  190  4e-47  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_07700  alanine racemase  32.95 
 
 		 434 aa  189  9e-47  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.282075 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0057  alanine racemase  33.73 
 
 		 390 aa  185  2.0000000000000003e-45  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0532  alanine racemase  35.12 
 
 		 394 aa  184  3e-45  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  hitchhiker  0.00790178  hitchhiker  0.0000218337 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0255  alanine racemase  34.31 
 
 		 375 aa  183  4.0000000000000006e-45  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000231066  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1342  alanine racemase  35.98 
 
 		 370 aa  182  8.000000000000001e-45  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0650824  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1903  alanine racemase  31.58 
 
 		 390 aa  182  1e-44  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0696204  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2234  alanine racemase  34.31 
 
 		 378 aa  181  2e-44  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0905  alanine racemase  31.08 
 
 		 389 aa  181  2e-44  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00165979  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0934  alanine racemase  36.5 
 
 		 376 aa  182  2e-44  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2785  alanine racemase  32.35 
 
 		 441 aa  180  4.999999999999999e-44  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.0448051 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3770  alanine racemase  33 
 
 		 373 aa  179  5.999999999999999e-44  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.646539  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0390  alanine racemase  33.58 
 
 		 395 aa  179  7e-44  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.185126  normal  0.667441 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1894  alanine racemase  31.5 
 
 		 391 aa  178  2e-43  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.695419  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1884  alanine racemase  31.26 
 
 		 391 aa  178  2e-43  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2070  alanine racemase  30.46 
 
 		 391 aa  178  2e-43  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.773595  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2520  alanine racemase  35.47 
 
 		 811 aa  177  3e-43  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2178  alanine racemase  31.03 
 
 		 391 aa  177  4e-43  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1932  alanine racemase  31.26 
 
 		 391 aa  177  5e-43  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2079  alanine racemase  31.26 
 
 		 391 aa  177  5e-43  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2110  alanine racemase  31.26 
 
 		 391 aa  177  5e-43  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2163  alanine racemase  31.26 
 
 		 391 aa  176  6e-43  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1931  alanine racemase  30.7 
 
 		 408 aa  175  9.999999999999999e-43  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0176201  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2170  alanine racemase  30.54 
 
 		 398 aa  175  1.9999999999999998e-42  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.598884  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0763  alanine racemase  35.77 
 
 		 358 aa  175  1.9999999999999998e-42  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.347962  unclonable  0.0000000000881438 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01680  alanine racemase  33 
 
 		 379 aa  175  1.9999999999999998e-42  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1563  alanine racemase  31.03 
 
 		 392 aa  175  1.9999999999999998e-42  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.985538  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0681  alanine racemase  33.01 
 
 		 387 aa  175  1.9999999999999998e-42  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00412928  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3236  alanine racemase  29.98 
 
 		 391 aa  174  2.9999999999999996e-42  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.560123  normal  0.143826 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_2011  alanine racemase  34.73 
 
 		 368 aa  173  5e-42  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.146422  normal  0.0449726 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0226  alanine racemase  34.71 
 
 		 389 aa  172  7.999999999999999e-42  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_17351  alanine racemase  31.09 
 
 		 399 aa  172  7.999999999999999e-42  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4765  alanine racemase  32.92 
 
 		 851 aa  172  9e-42  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0238  alanine racemase  34.63 
 
 		 389 aa  172  1e-41  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0224  alanine racemase  34.71 
 
 		 389 aa  172  1e-41  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0252  alanine racemase  34.63 
 
 		 389 aa  172  1e-41  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2128  alanine racemase  33.17 
 
 		 374 aa  172  1e-41  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0264  alanine racemase  34.71 
 
 		 389 aa  172  1e-41  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0286  alanine racemase  34.71 
 
 		 389 aa  171  2e-41  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2284  alanine racemase  30.86 
 
 		 376 aa  171  3e-41  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0272  alanine racemase  34.95 
 
 		 389 aa  171  4e-41  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0472  alanine racemase  35.96 
 
 		 380 aa  171  4e-41  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3508  alanine racemase  33.5 
 
 		 395 aa  171  4e-41  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>