More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Fnod_1475 on replicon NC_009718
Organism: Fervidobacterium nodosum Rt17-B1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009718  Fnod_1475  L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent, beta subunit  100 
 
 
220 aa  448  1e-125  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0336  L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent, beta subunit  64.02 
 
 
216 aa  262  4e-69  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.866527  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0199  L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent, beta subunit  56.54 
 
 
216 aa  239  2.9999999999999997e-62  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  hitchhiker  0.0000000476395  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2959  L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent, beta subunit  41.9 
 
 
226 aa  168  7e-41  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16340  L-serine ammonia-lyase, beta subunit  43.19 
 
 
218 aa  167  1e-40  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000548669  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2642  L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent, beta subunit  41.9 
 
 
226 aa  167  2e-40  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1057  L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent, beta subunit  38.29 
 
 
226 aa  159  4e-38  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG2145  L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent, beta subunit  40.65 
 
 
222 aa  158  6e-38  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1245  L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent, beta subunit  37.84 
 
 
226 aa  157  9e-38  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0325404  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0988  L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent, beta subunit  39.52 
 
 
220 aa  154  9e-37  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2064  L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent, beta subunit  46.78 
 
 
224 aa  154  1e-36  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000293764  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1760  L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent, beta subunit  41.67 
 
 
229 aa  152  2.9999999999999998e-36  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.178826  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3971  L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent, beta subunit  40.76 
 
 
220 aa  151  8.999999999999999e-36  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4272  L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent, beta subunit  40.28 
 
 
220 aa  150  2e-35  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4209  L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent, beta subunit  40.28 
 
 
219 aa  150  2e-35  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4047  L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent subunit beta  40.28 
 
 
219 aa  150  2e-35  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3885  L-serine dehydratase subunit beta  40.28 
 
 
219 aa  150  2e-35  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3893  L-serine dehydratase, beta subunit  40.28 
 
 
219 aa  150  2e-35  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4361  l-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent subunit beta  40.28 
 
 
219 aa  150  2e-35  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4162  L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent, beta subunit  40.28 
 
 
219 aa  150  2e-35  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4248  L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent, beta subunit  40.28 
 
 
220 aa  149  3e-35  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2835  L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent, beta subunit  36.97 
 
 
220 aa  147  1.0000000000000001e-34  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_16320  L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent, alpha subunit/L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent, beta subunit  43.37 
 
 
552 aa  147  1.0000000000000001e-34  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.280056  hitchhiker  0.00195001 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1420  L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent, beta subunit  38.39 
 
 
222 aa  146  2.0000000000000003e-34  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00485508  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1332  L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent, beta subunit  40.78 
 
 
221 aa  145  6e-34  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.385667  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0503  L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent, alpha subunit  39.82 
 
 
549 aa  144  9e-34  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal  0.742023 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1282  L-serine dehydratase beta subunit  41.04 
 
 
223 aa  144  9e-34  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.38968  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1460  L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent, beta subunit  37.9 
 
 
222 aa  142  3e-33  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000000717015  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1507  L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent, beta subunit  43.02 
 
 
220 aa  142  3e-33  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.000000296361  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1947  L-serine ammonia-lyase  36.28 
 
 
218 aa  142  3e-33  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.376252  hitchhiker  0.000000222078 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0097  L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent, beta subunit  38.61 
 
 
220 aa  142  3e-33  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.0000599373  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1252  L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent, beta subunit  37.02 
 
 
221 aa  139  1.9999999999999998e-32  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.809325  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1965  L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent, beta subunit  37.91 
 
 
220 aa  135  6.0000000000000005e-31  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0266  L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent, beta subunit  34.58 
 
 
224 aa  131  7.999999999999999e-30  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_10070  L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent, alpha subunit/L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent, beta subunit  40.31 
 
 
541 aa  128  5.0000000000000004e-29  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.000332749  hitchhiker  0.0000000458611 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1075  L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent, beta subunit  34.58 
 
 
220 aa  126  2.0000000000000002e-28  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.102707  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0952  L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent, alpha subunit  35.19 
 
 
536 aa  124  1e-27  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000235834 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0887  L-serine ammonia-lyase  36.1 
 
 
223 aa  122  6e-27  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0556305  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3836  L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent, beta subunit  40.67 
 
 
223 aa  116  1.9999999999999998e-25  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0141316  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1074  L-serine ammonia-lyase  42.31 
 
 
220 aa  113  3e-24  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.000000000000107918  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2853  L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent, beta subunit  34.93 
 
 
221 aa  113  3e-24  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.0221158 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2482  L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent, beta subunit  35.98 
 
 
232 aa  104  1e-21  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3288  L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent, beta subunit  36.15 
 
 
232 aa  103  2e-21  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3068  L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent subunit beta  36.15 
 
 
232 aa  103  3e-21  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.65769  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3308  l-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent subunit beta  36.15 
 
 
232 aa  103  3e-21  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.826727  n/a   
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5571  L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent, beta subunit  35.05 
 
 
232 aa  101  7e-21  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  normal  0.244703 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2095  L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent, beta subunit  40.4 
 
 
227 aa  85.5  6e-16  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2555  L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent, beta subunit  35.1 
 
 
226 aa  77.4  0.0000000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2607  L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent, beta subunit  35.1 
 
 
226 aa  77.4  0.0000000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1548  serine dehydratase alpha chain  33.1 
 
 
519 aa  69.3  0.00000000004  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.00000153411  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3319  L-serine ammonia-lyase  33.97 
 
 
557 aa  66.2  0.0000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2740  serine dehydratase alpha chain  35.92 
 
 
460 aa  63.2  0.000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.0000127179  hitchhiker  0.000000403127 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0288  L-serine ammonia-lyase  32.37 
 
 
455 aa  62  0.000000007  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1902  L-serine dehydratase  32.37 
 
 
455 aa  62  0.000000007  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.457679  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0897  L-serine dehydratase 1  35.25 
 
 
450 aa  59.7  0.00000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.266509  normal  0.482369 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0045  L-serine dehydratase  31.71 
 
 
461 aa  58.5  0.00000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.388959 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8589  L-serine dehydratase 1  42.67 
 
 
458 aa  58.5  0.00000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2005  L-serine dehydratase 1  37.23 
 
 
459 aa  57.8  0.0000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.233439  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3047  L-serine dehydratase 1  32.62 
 
 
460 aa  57  0.0000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0361  L-serine ammonia-lyase  37.23 
 
 
459 aa  57  0.0000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.739457  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5070  L-serine dehydratase 1  29.94 
 
 
461 aa  56.6  0.0000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0316  L-serine ammonia-lyase  29.89 
 
 
470 aa  56.6  0.0000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_5008  L-serine dehydratase  43.04 
 
 
470 aa  56.2  0.0000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.941789  normal 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4265  L-serine ammonia-lyase  42.47 
 
 
460 aa  56.2  0.0000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4547  L-serine dehydratase 1  29.94 
 
 
461 aa  56.6  0.0000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0569  L-serine ammonia-lyase  35.17 
 
 
525 aa  56.2  0.0000004  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.0531592 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1601  L-serine ammonia-lyase  31.74 
 
 
464 aa  55.5  0.0000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1429  L-serine ammonia-lyase  47.06 
 
 
463 aa  55.5  0.0000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1955  L-serine ammonia-lyase  31.1 
 
 
504 aa  55.5  0.0000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0518  L-serine dehydratase 1  44.29 
 
 
457 aa  55.5  0.0000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.244314  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1863  L-serine ammonia-lyase  31.1 
 
 
504 aa  55.5  0.0000007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4831  L-serine ammonia-lyase  31.1 
 
 
462 aa  55.1  0.0000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0396  L-serine ammonia-lyase  31.1 
 
 
545 aa  55.1  0.0000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5127  L-serine dehydratase 1  30.67 
 
 
461 aa  54.7  0.000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0485  L-serine ammonia-lyase  31.29 
 
 
461 aa  54.7  0.000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0995  L-serine ammonia-lyase  30.49 
 
 
490 aa  54.3  0.000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2913  L-serine dehydratase 1  31.29 
 
 
462 aa  54.7  0.000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0155  L-serine dehydratase 1  31.29 
 
 
462 aa  54.7  0.000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3503  L-serine dehydratase 1  29.94 
 
 
461 aa  54.3  0.000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0142  L-serine dehydratase 1  31.29 
 
 
462 aa  54.7  0.000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5152  L-serine dehydratase 1  30.67 
 
 
461 aa  54.7  0.000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0139  L-serine dehydratase 1  30.67 
 
 
462 aa  53.9  0.000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5047  L-serine dehydratase 1  31.93 
 
 
464 aa  54.3  0.000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.533739  normal  0.269496 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3215  L-serine dehydratase 1  29.34 
 
 
529 aa  54.3  0.000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3995  L-serine dehydratase 1  32.59 
 
 
452 aa  53.9  0.000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.344017  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0881  L-serine dehydratase 1  46.15 
 
 
459 aa  53.9  0.000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4132  L-serine dehydratase 1  38.89 
 
 
460 aa  54.3  0.000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.465086  normal  0.630404 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3389  L-serine dehydratase 1  35.45 
 
 
448 aa  53.9  0.000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26040  L-serine dehydratase  29.08 
 
 
458 aa  53.1  0.000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01684  L-serine ammonia-lyase  45.07 
 
 
468 aa  52.8  0.000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.737007  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1803  L-serine dehydratase 1  28.57 
 
 
456 aa  52.8  0.000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0329  L-serine dehydratase 1  42.03 
 
 
463 aa  52.4  0.000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3321  L-serine ammonia-lyase  43.28 
 
 
462 aa  52.8  0.000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0423  L-serine dehydratase 1  46.38 
 
 
470 aa  52.8  0.000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.149927  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0527  L-serine dehydratase 1  44.78 
 
 
459 aa  52  0.000007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_33270  L-serine ammonia-lyase  45.71 
 
 
506 aa  52  0.000007  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0770  L-serine deaminase  34.26 
 
 
486 aa  52  0.000008  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0687547  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1985  L-serine dehydratase 1  42.65 
 
 
453 aa  51.6  0.000009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2483  L-serine dehydratase 1  44.44 
 
 
450 aa  51.6  0.000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.743605 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0982  L-serine ammonia-lyase  42.47 
 
 
459 aa  51.2  0.00001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>