More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_0569 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010816  BLD_0770  L-serine deaminase  67.38 
 
 		 486 aa  694    Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0687547  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0569  L-serine ammonia-lyase  100 
 
 		 525 aa  1090    Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.0531592 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3700  L-serine ammonia-lyase  55.38 
 
 		 457 aa  531  1e-150  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3591  L-serine dehydratase 1  53.37 
 
 		 475 aa  516  1.0000000000000001e-145  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6183  L-serine dehydratase 1  51.65 
 
 		 457 aa  509  1e-143  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0423  L-serine dehydratase 1  51.94 
 
 		 470 aa  505  9.999999999999999e-143  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.149927  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_02760  L-serine ammonia-lyase  51.64 
 
 		 472 aa  502  1e-141  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0992  L-serine dehydratase 1  51.75 
 
 		 458 aa  496  1e-139  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2874  L-serine dehydratase 1  54.4 
 
 		 457 aa  494  9.999999999999999e-139  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.30844  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4231  L-serine dehydratase 1  51.37 
 
 		 458 aa  492  9.999999999999999e-139  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6246  L-serine dehydratase 1  52.05 
 
 		 455 aa  491  1e-137  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.187309  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1754  L-serine ammonia-lyase  51.27 
 
 		 458 aa  488  1e-137  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.120711  normal  0.244789 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0987  L-serine dehydratase 1  51.46 
 
 		 458 aa  486  1e-136  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1024  L-serine dehydratase 1  51.46 
 
 		 458 aa  487  1e-136  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.846352 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1429  L-serine ammonia-lyase  50.97 
 
 		 463 aa  488  1e-136  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0112  L-serine dehydratase 1  50.98 
 
 		 462 aa  482  1e-135  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4393  L-serine ammonia-lyase  50.68 
 
 		 458 aa  484  1e-135  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.215998 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2808  L-serine dehydratase  49.9 
 
 		 469 aa  483  1e-135  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.255142  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6540  L-serine dehydratase 1  50.78 
 
 		 459 aa  484  1e-135  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  hitchhiker  0.00743621  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2892  L-serine dehydratase 1  51.37 
 
 		 458 aa  482  1e-135  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.14665  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0095  L-serine ammonia-lyase  51.18 
 
 		 462 aa  483  1e-135  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26040  L-serine dehydratase  50.29 
 
 		 458 aa  481  1e-134  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0679  L-serine dehydratase 1  50.87 
 
 		 460 aa  479  1e-134  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3334  L-serine dehydratase 1  50 
 
 		 462 aa  481  1e-134  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.503028 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33030  L-serine dehydratase  49.71 
 
 		 458 aa  480  1e-134  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.518916  hitchhiker  0.000319155 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4831  L-serine ammonia-lyase  50.39 
 
 		 462 aa  477  1e-133  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3503  L-serine dehydratase 1  49.9 
 
 		 461 aa  475  1e-133  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4547  L-serine ammonia-lyase  49.12 
 
 		 462 aa  478  1e-133  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5047  L-serine dehydratase 1  49.81 
 
 		 464 aa  476  1e-133  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.533739  normal  0.269496 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0518  L-serine dehydratase 1  51.94 
 
 		 465 aa  478  1e-133  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.166535  decreased coverage  0.000152397 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3225  L-serine dehydratase 1  49.14 
 
 		 475 aa  475  1e-133  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.319975 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0045  L-serine dehydratase  49.13 
 
 		 461 aa  473  1e-132  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.388959 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1863  L-serine ammonia-lyase  49.71 
 
 		 504 aa  472  1e-132  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01684  L-serine ammonia-lyase  48.16 
 
 		 468 aa  472  1e-132  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.737007  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0396  L-serine ammonia-lyase  49.71 
 
 		 545 aa  473  1e-132  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0485  L-serine ammonia-lyase  49.51 
 
 		 461 aa  473  1e-132  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1601  L-serine ammonia-lyase  50.1 
 
 		 464 aa  474  1e-132  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16840  L-serine ammonia-lyase  48.16 
 
 		 458 aa  472  1e-132  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.128912  normal  0.527215 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0430  L-serine dehydratase 1  51.07 
 
 		 465 aa  474  1e-132  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5070  L-serine dehydratase 1  50.29 
 
 		 461 aa  473  1e-132  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3215  L-serine dehydratase 1  49.9 
 
 		 529 aa  472  1e-132  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4547  L-serine dehydratase 1  50.29 
 
 		 461 aa  473  1e-132  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5127  L-serine dehydratase 1  49.9 
 
 		 461 aa  472  1e-132  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5152  L-serine dehydratase 1  49.9 
 
 		 461 aa  472  1e-132  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1149  L-serine dehydratase 1  50.39 
 
 		 499 aa  472  1e-132  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2603  L-serine dehydratase 1  49.61 
 
 		 473 aa  474  1e-132  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1955  L-serine ammonia-lyase  49.9 
 
 		 504 aa  474  1e-132  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3015  L-serine dehydratase 1  48.83 
 
 		 462 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0329  L-serine dehydratase 1  49.41 
 
 		 463 aa  471  1.0000000000000001e-131  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0995  L-serine ammonia-lyase  49.71 
 
 		 490 aa  471  1.0000000000000001e-131  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3884  L-serine dehydratase 1  48.35 
 
 		 462 aa  468  1.0000000000000001e-131  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0052  L-serine ammonia-lyase  47.57 
 
 		 462 aa  465  1e-129  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3620  L-serine dehydratase 1  49.12 
 
 		 467 aa  464  1e-129  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.294532  normal  0.0574017 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3047  L-serine dehydratase 1  47.55 
 
 		 460 aa  462  9.999999999999999e-129  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0139  L-serine dehydratase 1  49.03 
 
 		 462 aa  459  9.999999999999999e-129  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1304  L-serine dehydratase 1  49.25 
 
 		 476 aa  459  9.999999999999999e-129  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00039374  normal  0.309635 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3321  L-serine ammonia-lyase  49.03 
 
 		 462 aa  460  9.999999999999999e-129  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4369  L-serine ammonia-lyase  49.61 
 
 		 464 aa  459  9.999999999999999e-129  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0215032  normal  0.503505 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0155  L-serine dehydratase 1  49.22 
 
 		 462 aa  459  9.999999999999999e-129  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3483  L-serine ammonia-lyase  50.39 
 
 		 458 aa  458  9.999999999999999e-129  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2913  L-serine dehydratase 1  49.22 
 
 		 462 aa  460  9.999999999999999e-129  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0142  L-serine dehydratase 1  49.22 
 
 		 462 aa  460  9.999999999999999e-129  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3490  L-serine dehydratase 1  49.8 
 
 		 458 aa  458  1e-127  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3296  L-serine dehydratase  49.8 
 
 		 458 aa  458  1e-127  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0819  L-serine dehydratase 1  52.16 
 
 		 452 aa  456  1e-127  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.101463  normal  0.657436 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1084  L-serine dehydratase 1  47.25 
 
 		 472 aa  458  1e-127  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2900  L-serine dehydratase 1  48.34 
 
 		 458 aa  455  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0828  hypothetical protein  46.91 
 
 		 458 aa  454  1.0000000000000001e-126  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3333  L-serine ammonia-lyase  50.39 
 
 		 458 aa  454  1.0000000000000001e-126  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0082  L-serine ammonia-lyase  47.34 
 
 		 489 aa  452  1.0000000000000001e-126  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1804  L-serine ammonia-lyase  48.63 
 
 		 458 aa  453  1.0000000000000001e-126  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.731285 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0129  L-serine dehydratase 1  48.84 
 
 		 462 aa  454  1.0000000000000001e-126  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3164  L-serine dehydratase 1  49.41 
 
 		 458 aa  453  1.0000000000000001e-126  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1538  L-serine dehydratase 1  47.66 
 
 		 458 aa  454  1.0000000000000001e-126  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00324731  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0141  L-serine dehydratase 1  48.84 
 
 		 462 aa  454  1.0000000000000001e-126  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2171  L-serine dehydratase 1  48.63 
 
 		 458 aa  449  1e-125  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.633035  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2248  L-serine dehydratase 1  48.05 
 
 		 458 aa  449  1e-125  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0854  hypothetical protein  46.72 
 
 		 458 aa  451  1e-125  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0920  L-serine ammonia-lyase  49.71 
 
 		 458 aa  451  1e-125  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3251  L-serine ammonia-lyase  48.83 
 
 		 462 aa  451  1e-125  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0982  L-serine ammonia-lyase  49.32 
 
 		 459 aa  450  1e-125  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1725  L-serine ammonia-lyase  48.63 
 
 		 458 aa  451  1e-125  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0395889 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2838  L-serine ammonia-lyase  48.05 
 
 		 458 aa  449  1e-125  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.947815  hitchhiker  0.0000107679 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2570  L-serine dehydratase 1  48.83 
 
 		 458 aa  448  1e-125  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2295  L-serine ammonia-lyase  48.63 
 
 		 458 aa  451  1e-125  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1325  L-serine ammonia-lyase  47.66 
 
 		 458 aa  450  1e-125  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.138393 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3144  L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent, single chain form  49.22 
 
 		 458 aa  448  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2711  L-serine dehydratase 1  48.83 
 
 		 458 aa  448  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.468733 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1625  L-serine dehydratase 1  47.07 
 
 		 458 aa  448  1.0000000000000001e-124  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0594859  normal  0.120267 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3056  L-serine ammonia-lyase  47.86 
 
 		 462 aa  447  1.0000000000000001e-124  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.541658  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2991  L-serine ammonia-lyase  47.86 
 
 		 462 aa  447  1.0000000000000001e-124  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0131  L-serine ammonia-lyase  47.86 
 
 		 462 aa  447  1.0000000000000001e-124  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4002  L-serine ammonia-lyase  47.86 
 
 		 462 aa  448  1.0000000000000001e-124  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2402  L-serine dehydratase 1  48.05 
 
 		 458 aa  446  1.0000000000000001e-124  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000825911  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01946  L-serine dehydratase 1  46.32 
 
 		 457 aa  447  1.0000000000000001e-124  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0568801  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3314  L-serine ammonia-lyase  47.86 
 
 		 462 aa  447  1.0000000000000001e-124  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.544154  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1546  L-serine ammonia-lyase  47.86 
 
 		 462 aa  447  1.0000000000000001e-124  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3931  L-serine ammonia-lyase  47.86 
 
 		 462 aa  447  1.0000000000000001e-124  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.706313  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1625  L-serine dehydratase 1  46.88 
 
 		 457 aa  442  1e-123  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.701794  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1942  L-serine dehydratase 1  47.85 
 
 		 458 aa  444  1e-123  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0383387  normal  0.499337 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>