More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_3868 on replicon NC_009956
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009956  Dshi_3868  UDP-glucose 4-epimerase  100 
 
 		 359 aa  734    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.955537  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1914  UDP-galactose 4-epimerase  59.58 
 
 		 335 aa  377  1e-103  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.810767  normal  0.343621 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3310  UDP-glucose 4-epimerase  56.55 
 
 		 340 aa  370  1e-101  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.138688  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3676  UDP-glucose 4-epimerase  56.84 
 
 		 339 aa  369  1e-101  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.193812 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5595  UDP-galactose 4-epimerase  58.05 
 
 		 339 aa  368  1e-100  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.455346  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1125  UDP-glucose 4-epimerase  55.21 
 
 		 337 aa  366  1e-100  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1059  UDP-glucose 4-epimerase  58.28 
 
 		 336 aa  365  1e-100  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0878912 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3965  UDP-glucose 4-epimerase  53.85 
 
 		 339 aa  364  1e-99  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3002  UDP-glucose 4-epimerase  55.52 
 
 		 337 aa  363  2e-99  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4235  UDP-glucose 4-epimerase  55.32 
 
 		 341 aa  362  4e-99  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4345  UDP-glucose 4-epimerase  55.32 
 
 		 341 aa  362  4e-99  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.697217  normal  0.478622 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5574  UDP-glucose 4-epimerase  52.92 
 
 		 338 aa  362  7.0000000000000005e-99  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.739221  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5588  UDP-glucose 4-epimerase  52.62 
 
 		 338 aa  361  1e-98  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5568  UDP-glucose 4-epimerase  52.92 
 
 		 337 aa  361  1e-98  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5388  UDP-glucose 4-epimerase  52 
 
 		 336 aa  360  1e-98  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5636  UDP-glucose 4-epimerase  52.62 
 
 		 338 aa  361  1e-98  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1892  UDP-galactose 4-epimerase  53.98 
 
 		 377 aa  360  2e-98  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.825064 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5373  UDP-glucose 4-epimerase  52.62 
 
 		 338 aa  360  2e-98  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.259242  hitchhiker  0.00471599 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2609  UDP-galactose 4-epimerase  55.21 
 
 		 337 aa  359  4e-98  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.237323  hitchhiker  0.000000619573 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2783  UDP-galactose 4-epimerase  54.91 
 
 		 337 aa  358  6e-98  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0966218  hitchhiker  0.000208277 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5244  UDP-glucose 4-epimerase  52.31 
 
 		 338 aa  358  8e-98  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2676  UDP-galactose 4-epimerase  54.91 
 
 		 337 aa  358  9.999999999999999e-98  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0763555  hitchhiker  0.000468323 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2224  UDP-glucose 4-epimerase  55.52 
 
 		 336 aa  357  1.9999999999999998e-97  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00168227  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4061  UDP-glucose 4-epimerase  54.6 
 
 		 337 aa  356  2.9999999999999997e-97  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.811719 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1101  UDP-glucose 4-epimerase protein  55.93 
 
 		 341 aa  356  2.9999999999999997e-97  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.139946  normal  0.0944899 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1664  UDP-glucose 4-epimerase  55.21 
 
 		 337 aa  356  3.9999999999999996e-97  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2932  UDP-glucose 4-epimerase  53.99 
 
 		 337 aa  355  5e-97  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000357428  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1384  UDP-glucose 4-epimerase  54.91 
 
 		 337 aa  354  1e-96  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1513  UDP-glucose 4-epimerase  54.91 
 
 		 337 aa  354  1e-96  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.282439  normal  0.362537 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2271  UDP-glucose 4-epimerase  53.68 
 
 		 340 aa  353  2e-96  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.967584  normal  0.133855 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2007  UDP-galactose 4-epimerase  55.59 
 
 		 334 aa  353  2e-96  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.5887  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1477  UDP-glucose 4-epimerase  54.91 
 
 		 337 aa  354  2e-96  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000121809  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5437  UDP-glucose 4-epimerase  51.06 
 
 		 342 aa  353  4e-96  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1482  UDP-glucose 4-epimerase  54.6 
 
 		 337 aa  352  5e-96  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000762592  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2501  UDP-glucose 4-epimerase  53.64 
 
 		 340 aa  352  5.9999999999999994e-96  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5547  UDP-glucose 4-epimerase  56.97 
 
 		 336 aa  352  7e-96  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0816  UDP-glucose 4-epimerase  53.23 
 
 		 337 aa  351  8.999999999999999e-96  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4008  UDP-glucose 4-epimerase  54.85 
 
 		 346 aa  351  8.999999999999999e-96  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000293012 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3124  UDP-glucose 4-epimerase  56.44 
 
 		 340 aa  351  1e-95  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5131  UDP-glucose 4-epimerase  50.46 
 
 		 338 aa  351  1e-95  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0518622  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3147  UDP-glucose 4-epimerase  56.44 
 
 		 340 aa  351  1e-95  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3087  UDP-glucose 4-epimerase  56.44 
 
 		 340 aa  351  1e-95  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5545  UDP-glucose 4-epimerase  50.46 
 
 		 338 aa  351  1e-95  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0306452 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1713  UDP-glucose 4-epimerase  54.88 
 
 		 338 aa  351  1e-95  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0170656  normal  0.546572 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0737  UDP-glucose 4-epimerase  56.33 
 
 		 339 aa  351  1e-95  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5146  UDP-glucose 4-epimerase  50.15 
 
 		 338 aa  350  2e-95  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.370805  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1774  UDP-galactose 4-epimerase  54.79 
 
 		 336 aa  350  2e-95  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2546  UDP-glucose 4-epimerase  56.44 
 
 		 340 aa  350  2e-95  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5304  UDP-glucose 4-epimerase  50.46 
 
 		 338 aa  350  3e-95  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5700  UDP-glucose 4-epimerase  50.46 
 
 		 338 aa  350  3e-95  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2195  UDP-glucose 4-epimerase  56.13 
 
 		 340 aa  349  4e-95  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.382513  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2068  UDP-glucose 4-epimerase  56.13 
 
 		 340 aa  349  4e-95  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.198671  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0227  UDP-glucose 4-epimerase  51.03 
 
 		 351 aa  349  4e-95  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0501438  normal  0.38802 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0712  UDP-glucose 4-epimerase  56.13 
 
 		 340 aa  349  4e-95  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0994374  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4083  UDP-glucose 4-epimerase  54.15 
 
 		 337 aa  349  4e-95  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2870  UDP-glucose 4-epimerase  53.99 
 
 		 337 aa  349  5e-95  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00371745  hitchhiker  0.000000287874 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1044  UDP-galactose 4-epimerase  55.79 
 
 		 338 aa  348  6e-95  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0410  UDP-glucose 4-epimerase  53.07 
 
 		 340 aa  348  7e-95  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0779  UDP-glucose 4-epimerase  53.03 
 
 		 340 aa  348  7e-95  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0889  UDP-glucose 4-epimerase  53.07 
 
 		 340 aa  348  7e-95  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.334492  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0859  UDP-glucose 4-epimerase  53.07 
 
 		 340 aa  347  1e-94  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0768  UDP-glucose 4-epimerase  52.73 
 
 		 340 aa  348  1e-94  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2597  UDP-glucose 4-epimerase  53.37 
 
 		 338 aa  347  2e-94  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.305151  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1327  UDP-glucose 4-epimerase  54.29 
 
 		 341 aa  346  3e-94  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2971  UDP-glucose 4-epimerase  55.83 
 
 		 336 aa  346  3e-94  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.86287  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5381  UDP-glucose 4-epimerase  49.85 
 
 		 338 aa  346  4e-94  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0776  UDP-glucose 4-epimerase  56.19 
 
 		 345 aa  346  4e-94  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3986  UDP-galactose 4-epimerase  52.76 
 
 		 340 aa  346  4e-94  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.205233 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1722  UDP-galactose 4-epimerase  54.08 
 
 		 373 aa  346  4e-94  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.202169  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1537  UDP-glucose 4-epimerase  56.44 
 
 		 339 aa  345  6e-94  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1433  UDP-glucose 4-epimerase  54.29 
 
 		 337 aa  345  8e-94  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0122713  normal  0.432402 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1446  UDP-glucose 4-epimerase  53.99 
 
 		 339 aa  345  8.999999999999999e-94  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000042923  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1485  UDP-glucose 4-epimerase  55.52 
 
 		 340 aa  344  2e-93  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0916  UDP-glucose 4-epimerase  51.34 
 
 		 340 aa  343  2.9999999999999997e-93  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1410  UDP-glucose 4-epimerase  53.23 
 
 		 339 aa  343  4e-93  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.935662  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3705  UDP-galactose 4-epimerase  51.34 
 
 		 340 aa  342  5e-93  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3247  UDP-glucose 4-epimerase  54.43 
 
 		 338 aa  342  7e-93  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0107  UDP-galactose 4-epimerase  50.3 
 
 		 343 aa  341  1e-92  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002660  UDP-glucose 4-epimerase  52.15 
 
 		 339 aa  341  1e-92  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.342599  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0367  UDP-glucose 4-epimerase  51.06 
 
 		 337 aa  341  1e-92  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0019063  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00238  UDP-glucose 4-epimerase  54.46 
 
 		 338 aa  340  2e-92  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0116  UDP-glucose 4-epimerase  50.3 
 
 		 366 aa  339  4e-92  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3834  UDP-galactose 4-epimerase  52.45 
 
 		 342 aa  337  9.999999999999999e-92  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3550  UDP-galactose 4-epimerase  53.23 
 
 		 355 aa  337  1.9999999999999998e-91  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.211522 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0789  UDP-galactose 4-epimerase  50.92 
 
 		 338 aa  337  1.9999999999999998e-91  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1066  UDP-glucose 4-epimerase  53.07 
 
 		 335 aa  336  2.9999999999999997e-91  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0920176  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2591  UDP-galactose 4-epimerase  52.91 
 
 		 337 aa  337  2.9999999999999997e-91  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.496154  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5166  UDP-glucose 4-epimerase  53.05 
 
 		 336 aa  336  2.9999999999999997e-91  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.500566 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03331  UDP-glucose 4-epimerase  50.3 
 
 		 336 aa  337  2.9999999999999997e-91  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1030  UDP-glucose 4-epimerase  53.07 
 
 		 335 aa  337  2.9999999999999997e-91  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3663  UDP-glucose 4-epimerase  52.62 
 
 		 336 aa  336  3.9999999999999995e-91  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.0000129816  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3907  UDP-glucose 4-epimerase  52.58 
 
 		 336 aa  335  5e-91  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.179551 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2644  UDP-glucose 4-epimerase  51.69 
 
 		 336 aa  335  7e-91  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2015  UDP-glucose 4-epimerase  50.3 
 
 		 339 aa  335  7e-91  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.714124 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44740  UDP-glucose 4-epimerase  53.47 
 
 		 352 aa  335  1e-90  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0024  UDP-glucose 4-epimerase  54.41 
 
 		 332 aa  334  1e-90  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4069  hypothetical protein  51.33 
 
 		 363 aa  333  3e-90  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.487038  normal  0.116036 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3049  uridine diphosphate N-acetylgalactosamine 4-epimerase  50.92 
 
 		 335 aa  332  7.000000000000001e-90  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.200753  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1413  UDP-galactose-4-epimerase  51.34 
 
 		 338 aa  331  1e-89  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0774  UDP-galactose 4-epimerase  54.15 
 
 		 336 aa  330  2e-89  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0405649 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>