More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_2681 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_2681  glycine cleavage system protein H  100 
 
 		 122 aa  241  1.9999999999999999e-63  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.341923  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3527  glycine cleavage system protein H  55.65 
 
 		 120 aa  141  3e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.36925 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3863  glycine cleavage system protein H  56.56 
 
 		 122 aa  140  6e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.394687  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2695  glycine cleavage system protein H  57.14 
 
 		 123 aa  140  8e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0726  glycine cleavage system protein H  54.92 
 
 		 122 aa  139  9.999999999999999e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0680  glycine cleavage system protein H  54.92 
 
 		 122 aa  139  9.999999999999999e-33  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2392  glycine cleavage system H protein  54.7 
 
 		 119 aa  137  6e-32  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.368043  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0813  glycine cleavage system protein H  53.04 
 
 		 120 aa  135  2e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.388148  normal  0.22287 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1017  glycine cleavage system protein H  56.2 
 
 		 122 aa  135  2e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1183  glycine cleavage system protein H  51.28 
 
 		 120 aa  134  5e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.157974  normal  0.140639 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3050  glycine cleavage system protein H  50.41 
 
 		 126 aa  132  9.999999999999999e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.110388  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1619  glycine cleavage system protein H  52.14 
 
 		 121 aa  132  1.9999999999999998e-30  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.209831  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4386  glycine cleavage system protein H  52.99 
 
 		 121 aa  130  5e-30  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.548766  normal  0.706573 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2210  glycine cleavage system H protein  57.26 
 
 		 121 aa  130  5e-30  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.194358  normal  0.155334 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1285  glycine cleavage system protein H  52.99 
 
 		 121 aa  130  6e-30  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.390609  normal  0.169764 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2684  glycine cleavage system H protein  52.54 
 
 		 123 aa  130  6e-30  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.418167  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0854  glycine cleavage system protein H  51.3 
 
 		 120 aa  130  6.999999999999999e-30  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0728621  normal  0.0870942 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1432  glycine cleavage system protein H  52.5 
 
 		 124 aa  130  6.999999999999999e-30  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1560  glycine cleavage system H protein  53.85 
 
 		 124 aa  130  7.999999999999999e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3739  glycine cleavage system protein H  52.99 
 
 		 121 aa  129  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0626114  normal  0.594072 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1732  glycine cleavage system protein H  52.99 
 
 		 121 aa  129  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6034  glycine cleavage system protein H  49.57 
 
 		 120 aa  128  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0418539  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0734  glycine cleavage system protein H  53.85 
 
 		 124 aa  128  2.0000000000000002e-29  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.5619  normal  0.0299013 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1851  glycine cleavage system protein H  52.94 
 
 		 123 aa  128  3e-29  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0324659  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5450  glycine cleavage system protein H  52.14 
 
 		 121 aa  127  4.0000000000000003e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0749655 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0689  glycine cleavage system protein H  47.93 
 
 		 125 aa  127  4.0000000000000003e-29  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.904294  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0290  glycine cleavage system protein H  52.94 
 
 		 130 aa  127  5.0000000000000004e-29  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.148153  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1903  glycine cleavage system protein H  52.94 
 
 		 130 aa  127  5.0000000000000004e-29  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1216  glycine cleavage system H protein  51.24 
 
 		 125 aa  127  6e-29  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00705649 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0533  glycine cleavage system H protein  53.33 
 
 		 121 aa  127  6e-29  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.412806 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3300  glycine cleavage system H protein  53.57 
 
 		 123 aa  127  7.000000000000001e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.906564  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5193  glycine cleavage system protein H  55.08 
 
 		 127 aa  125  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.458089  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5018  glycine cleavage system protein H  55.08 
 
 		 127 aa  126  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0323678  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1095  glycine cleavage system protein H  47.54 
 
 		 122 aa  125  1.0000000000000001e-28  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.171201  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0778  glycine cleavage system protein H  50.44 
 
 		 120 aa  126  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.068818 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2200  glycine cleavage system protein H  50.43 
 
 		 125 aa  125  2.0000000000000002e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.330883 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1944  glycine cleavage system H protein  47.86 
 
 		 130 aa  125  2.0000000000000002e-28  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000190356 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1870  glycine cleavage system protein H  49.59 
 
 		 123 aa  125  2.0000000000000002e-28  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.510899  normal  0.111412 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5253  glycine cleavage system protein H  52.54 
 
 		 127 aa  124  3e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1867  glycine cleavage system H protein  49.57 
 
 		 122 aa  124  3e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0347749  normal  0.181057 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2253  glycine cleavage system protein H  48.72 
 
 		 120 aa  125  3e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0487645  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4327  glycine cleavage system H protein  51.72 
 
 		 124 aa  124  3e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.124977  normal  0.0484045 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3608  glycine cleavage system H protein  49.57 
 
 		 140 aa  124  3e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.039586  normal  1 
 
 
-
 
NC_006683  CNN00460  glycine dehydrogenase (decarboxylating), putative  51.26 
 
 		 160 aa  124  6e-28  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.528435  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0142  glycine cleavage system protein H  53.85 
 
 		 126 aa  124  6e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.207968  normal  0.345489 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5100  glycine cleavage system protein H  53.39 
 
 		 127 aa  123  1e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.831636  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0736  glycine cleavage system protein H  50.89 
 
 		 122 aa  122  1e-27  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1569  glycine cleavage system protein H  50.43 
 
 		 121 aa  122  1e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00108538 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1740  glycine cleavage system H protein  50.86 
 
 		 124 aa  122  1e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.403182  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1937  glycine cleavage system H protein  50.86 
 
 		 124 aa  122  1e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0055  glycine cleavage system protein H  52.54 
 
 		 126 aa  122  2e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68860  glycine cleavage system protein H  52.99 
 
 		 129 aa  122  2e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2720  glycine cleavage system protein H  52.14 
 
 		 129 aa  122  2e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0615009  normal  0.778842 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0712  glycine cleavage system protein H  50.89 
 
 		 122 aa  121  3e-27  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3881  glycine cleavage system protein H  51.69 
 
 		 126 aa  120  7e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0447  glycine cleavage system H protein  50.89 
 
 		 126 aa  120  7e-27  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.197212  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3004  glycine cleavage system protein H  51.69 
 
 		 126 aa  120  8e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.655553 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0247  glycine cleavage system protein H  52.94 
 
 		 128 aa  120  8e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0144  glycine cleavage system protein H  52.14 
 
 		 126 aa  119  9.999999999999999e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.87599 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5427  glycine cleavage system protein H  52.54 
 
 		 127 aa  119  9.999999999999999e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.801429  normal  0.0250136 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1615  glycine cleavage system protein H  49.58 
 
 		 127 aa  119  9.999999999999999e-27  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.390661 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3621  glycine cleavage system protein H  53.39 
 
 		 120 aa  119  9.999999999999999e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.666557  normal  0.082734 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0213  glycine cleavage system protein H  48.72 
 
 		 129 aa  118  1.9999999999999998e-26  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1890  glycine cleavage system protein H  46.96 
 
 		 120 aa  119  1.9999999999999998e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0467152  hitchhiker  0.00604337 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3323  glycine cleavage system protein H  50.43 
 
 		 129 aa  118  3e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2036  glycine cleavage system protein H  45.69 
 
 		 129 aa  117  4.9999999999999996e-26  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3310  glycine cleavage system H protein  52.54 
 
 		 126 aa  117  4.9999999999999996e-26  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2994  glycine cleavage system H protein  52.54 
 
 		 126 aa  117  4.9999999999999996e-26  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3063  glycine cleavage system protein H  50.43 
 
 		 129 aa  117  4.9999999999999996e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.210618  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0128  glycine cleavage system H protein  52.54 
 
 		 126 aa  117  4.9999999999999996e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3324  glycine cleavage H-protein  52.54 
 
 		 155 aa  117  4.9999999999999996e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3254  glycine cleavage system H protein  52.54 
 
 		 126 aa  117  4.9999999999999996e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3927  glycine cleavage system H protein  52.54 
 
 		 126 aa  117  4.9999999999999996e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0419405  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3020  glycine cleavage system H protein  46.43 
 
 		 124 aa  117  4.9999999999999996e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.29213  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1543  glycine cleavage system H protein  52.54 
 
 		 126 aa  117  4.9999999999999996e-26  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.532725  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3060  glycine cleavage system H protein  52.54 
 
 		 126 aa  117  4.9999999999999996e-26  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02736  glycine cleavage system protein H  51.28 
 
 		 129 aa  117  6e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0429973  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0788  glycine cleavage system H protein  51.28 
 
 		 129 aa  117  6e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.471951  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02699  hypothetical protein  51.28 
 
 		 129 aa  117  6e-26  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0553776  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4195  glycine cleavage system protein H  51.28 
 
 		 129 aa  117  6e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3224  glycine cleavage system protein H  51.28 
 
 		 129 aa  117  6e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.226187  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3063  glycine cleavage system protein H  51.28 
 
 		 129 aa  117  6e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3212  glycine cleavage system protein H  51.28 
 
 		 129 aa  117  6e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0254293  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3325  glycine cleavage system protein H  51.28 
 
 		 129 aa  117  6e-26  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2194  glycine cleavage system protein H  53.39 
 
 		 118 aa  117  6e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0805  glycine cleavage system protein H  51.28 
 
 		 129 aa  117  6e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0782061  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3289  glycine cleavage system protein H  51.28 
 
 		 129 aa  117  6e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3286  glycine cleavage system protein H  51.28 
 
 		 129 aa  117  6e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3391  glycine cleavage system protein H  51.28 
 
 		 129 aa  117  6e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.317969  normal  0.844228 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3036  glycine cleavage system protein H  51.28 
 
 		 129 aa  117  6e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.197625  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0869  glycine cleavage system protein H  53.39 
 
 		 118 aa  117  6e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.731856  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0780  glycine cleavage system protein H  49.57 
 
 		 129 aa  117  7e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3330  glycine cleavage system protein H  49.57 
 
 		 129 aa  117  7e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.277505  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0132  glycine cleavage system H protein  51.28 
 
 		 153 aa  117  7e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3500  glycine cleavage system protein H  49.57 
 
 		 129 aa  117  7e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.497243  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2004  glycine cleavage system H protein  46.09 
 
 		 127 aa  117  7e-26  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.829681  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4466  glycine cleavage system H protein  48.72 
 
 		 126 aa  117  7.999999999999999e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.332161 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3998  glycine cleavage system H protein  52.54 
 
 		 126 aa  116  7.999999999999999e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1328  glycine cleavage system H protein  51.38 
 
 		 126 aa  116  7.999999999999999e-26  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2836  glycine cleavage system H protein  48.28 
 
 		 120 aa  116  9e-26  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000136421  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>