More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_2188 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_1467  poly(A) polymerase  74.5 
 
 		 546 aa  739    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2991  poly(A) polymerase  78.79 
 
 		 531 aa  766    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.444638  normal  0.509623 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2509  poly(A) polymerase  73.08 
 
 		 535 aa  721    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.101717  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2991  poly(A) polymerase  66.42 
 
 		 540 aa  684    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.406392  normal  0.256154 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3561  poly(A) polymerase  70.02 
 
 		 550 aa  686    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.876731  normal  0.306168 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3020  putative polynucleotide adenylyltransferase protein  69.49 
 
 		 535 aa  645    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.03108  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2418  poly(A) polymerase  79 
 
 		 531 aa  767    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1769  poly(A) polymerase  72.23 
 
 		 535 aa  743    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2188  poly(A) polymerase  100 
 
 		 529 aa  1065    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.891467  normal  0.883009 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1973  poly(A) polymerase  76.56 
 
 		 531 aa  779    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0262405 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0675  poly(A) polymerase  67.24 
 
 		 498 aa  617  1e-175  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2456  poly(A) polymerase  52.05 
 
 		 520 aa  506  9.999999999999999e-143  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2627  polynucleotide adenylyltransferase protein  54.53 
 
 		 514 aa  503  1e-141  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0857566  normal  0.147493 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2914  poly(A) polymerase  55.16 
 
 		 529 aa  501  1e-141  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2862  poly(A) polymerase  53.42 
 
 		 521 aa  503  1e-141  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.658276  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2777  Poly(A) polymerase, PcnB  54.8 
 
 		 509 aa  498  1e-139  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0701742  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2491  poly(A) polymerase  54.31 
 
 		 538 aa  449  1e-125  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.346096 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3845  Poly(A) polymerase, PcnB  50.31 
 
 		 512 aa  445  1.0000000000000001e-124  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.723142  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2627  poly(A) polymerase  53.35 
 
 		 512 aa  446  1.0000000000000001e-124  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0744  poly(A) polymerase  54.72 
 
 		 529 aa  444  1e-123  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0495763  normal  0.506624 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1314  polyA polymerase  51.04 
 
 		 514 aa  443  1e-123  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.283102  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3955  Poly(A) polymerase  54.95 
 
 		 529 aa  444  1e-123  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0305826 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2320  polyA polymerase  51.14 
 
 		 515 aa  442  9.999999999999999e-123  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3314  polyA polymerase  50.93 
 
 		 515 aa  440  9.999999999999999e-123  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0507  polyA polymerase  51.14 
 
 		 515 aa  442  9.999999999999999e-123  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2199  poly(A) polymerase  51.14 
 
 		 515 aa  442  9.999999999999999e-123  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.968524  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1092  polyA polymerase  51.14 
 
 		 515 aa  442  9.999999999999999e-123  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3271  poly(A) polymerase  50.93 
 
 		 515 aa  440  9.999999999999999e-123  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.264957  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3304  poly(A) polymerase  50.93 
 
 		 515 aa  440  9.999999999999999e-123  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0677  poly(A) polymerase  49.69 
 
 		 512 aa  438  1e-121  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.198476  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0727  poly(A) polymerase  51.21 
 
 		 518 aa  437  1e-121  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.476146  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0274  poly(A) polymerase  51.21 
 
 		 518 aa  436  1e-121  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0758  poly(A) polymerase  51.21 
 
 		 518 aa  436  1e-121  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0652  poly(A) polymerase  52.08 
 
 		 461 aa  429  1e-119  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1480  poly(A) polymerase  47.08 
 
 		 466 aa  419  1e-116  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.976033  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1765  poly(A) polymerase  47.29 
 
 		 467 aa  418  9.999999999999999e-116  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0600  poly(A) polymerase  49.34 
 
 		 452 aa  409  1e-113  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.400634 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2050  poly(A) polymerase, PcnB  48.78 
 
 		 462 aa  405  1.0000000000000001e-112  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.187335 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0882  poly(A) polymerase  47.59 
 
 		 471 aa  403  1e-111  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2762  poly(A) polymerase  48.34 
 
 		 456 aa  400  9.999999999999999e-111  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.860721  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3182  Poly(A) polymerase, PcnB  45.81 
 
 		 447 aa  382  1e-105  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0669  poly(A) polymerase  42.38 
 
 		 455 aa  359  8e-98  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.598779  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4809  Poly(A) polymerase, PcnB  43.44 
 
 		 466 aa  350  4e-95  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0814505  normal  0.0275687 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0736  poly(A) polymerase  43.31 
 
 		 462 aa  348  2e-94  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000305046 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3590  poly(A) polymerase  42.86 
 
 		 463 aa  348  2e-94  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.787264 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4697  poly(A) polymerase  43.48 
 
 		 460 aa  345  1e-93  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.233553  hitchhiker  0.0000455164 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4696  poly(A) polymerase  43.28 
 
 		 462 aa  343  4e-93  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000724393 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0830  Poly(A) polymerase  42.24 
 
 		 491 aa  343  5e-93  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.715876  hitchhiker  0.000411869 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4562  poly(A) polymerase  43.25 
 
 		 460 aa  342  7e-93  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00263697 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0562  poly(A) polymerase  44.42 
 
 		 479 aa  342  7e-93  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.057959  hitchhiker  0.000000459725 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2312  polyA polymerase  43.69 
 
 		 438 aa  342  1e-92  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.049056  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0963  poly(A) polymerase  40.09 
 
 		 467 aa  340  2.9999999999999998e-92  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3063  poly(A) polymerase  42.25 
 
 		 473 aa  334  2e-90  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1495  Poly(A) polymerase (PAP) (plasmid copy number protein)  40.75 
 
 		 423 aa  333  6e-90  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1451  poly(A) polymerase  40.97 
 
 		 497 aa  331  2e-89  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.584195  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1488  Poly(A) polymerase (PAP) (plasmid copy number protein)  40.75 
 
 		 423 aa  331  2e-89  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1775  polyA polymerase  41.48 
 
 		 477 aa  329  7e-89  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62560  poly(A) polymerase  40.96 
 
 		 467 aa  328  1.0000000000000001e-88  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.804873  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42690  polynucleotide adenylyltransferase; PcnB  41.63 
 
 		 463 aa  328  2.0000000000000001e-88  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.881175  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4014  poly(A) polymerase  40.32 
 
 		 484 aa  328  2.0000000000000001e-88  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0546071  normal  0.868909 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0728  poly(A) polymerase  41.42 
 
 		 435 aa  328  2.0000000000000001e-88  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000577304  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5444  poly(A) polymerase  40.74 
 
 		 467 aa  326  5e-88  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1528  poly(A) polymerase  43.48 
 
 		 484 aa  326  6e-88  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000410456  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3294  poly(A) polymerase  41.42 
 
 		 435 aa  325  9e-88  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000608896  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0883  Poly(A) polymerase, PcnB  43.78 
 
 		 401 aa  325  1e-87  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0632296  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3130  poly(A) polymerase  42.25 
 
 		 494 aa  325  1e-87  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000172182  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3406  poly(A) polymerase  41.45 
 
 		 435 aa  325  1e-87  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000031653  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002563  poly(A) polymerase  40.92 
 
 		 453 aa  324  2e-87  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000329901  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3376  poly(A) polymerase  41.49 
 
 		 443 aa  323  3e-87  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000000000590256  normal  0.326432 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2607  poly(A) polymerase (plasmid copy number protein)  40.75 
 
 		 441 aa  323  4e-87  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.000156252  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03448  nucleotidyltransferase/poly(A) polymerase  41.4 
 
 		 462 aa  323  7e-87  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0872  polyA polymerase  41.27 
 
 		 438 aa  322  8e-87  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1024  poly(A) polymerase  39.74 
 
 		 457 aa  321  1.9999999999999998e-86  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0870  poly(A) polymerase  40.04 
 
 		 513 aa  320  3e-86  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000796933  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0847  poly(A) polymerase  40.04 
 
 		 513 aa  320  3e-86  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000196187  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3935  poly(A) polymerase  41.69 
 
 		 415 aa  320  3e-86  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000967164  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0882  poly(A) polymerase  41.04 
 
 		 513 aa  319  9e-86  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000307041  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2046  poly(A) polymerase  42.93 
 
 		 461 aa  318  1e-85  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3492  poly(A) polymerase  40.82 
 
 		 450 aa  318  1e-85  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000092007  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0882  Polynucleotide adenylyltransferase  42.79 
 
 		 465 aa  316  5e-85  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4310  polyA polymerase  38.35 
 
 		 474 aa  317  5e-85  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0778  tRNA nucleotidyltransferase (CCA-adding enzyme)  40.49 
 
 		 424 aa  314  2.9999999999999996e-84  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000683144  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03548  poly(A) polymerase I  40.14 
 
 		 439 aa  311  2e-83  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.339485  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3131  poly(A) polymerase  39.57 
 
 		 480 aa  308  2.0000000000000002e-82  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000115831  normal  0.0863023 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2821  poly(A) polymerase I  39.17 
 
 		 449 aa  307  2.0000000000000002e-82  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.00527466  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0125  polyA polymerase  40.33 
 
 		 457 aa  307  3e-82  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000172768  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3800  poly(A) polymerase  38.93 
 
 		 421 aa  306  4.0000000000000004e-82  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000630801  hitchhiker  0.000152208 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0696  poly(A) polymerase  38.88 
 
 		 434 aa  307  4.0000000000000004e-82  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000117677  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0677  poly(A) polymerase  45.05 
 
 		 411 aa  306  5.0000000000000004e-82  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.34665  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0582  poly(A) polymerase  39.62 
 
 		 459 aa  306  7e-82  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3116  poly(A) polymerase I  39.23 
 
 		 482 aa  305  1.0000000000000001e-81  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.000129404  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3172  poly(A) polymerase  39.2 
 
 		 449 aa  305  1.0000000000000001e-81  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000541948  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3901  polynucleotide adenylyltransferase  39.58 
 
 		 496 aa  304  3.0000000000000004e-81  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000197413  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1162  poly(A) polymerase I  39.22 
 
 		 482 aa  301  1e-80  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.000172758  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1795  poly(A) polymerase  37.99 
 
 		 439 aa  301  3e-80  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.649421  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0390  poly(A) polymerase  37.99 
 
 		 439 aa  300  4e-80  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0179793  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3340  poly(A) polymerase I  38.46 
 
 		 491 aa  293  4e-78  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  1.71757e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3470  poly(A) polymerase I  38.46 
 
 		 491 aa  293  4e-78  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000000268944  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0218  poly(A) polymerase I  39.06 
 
 		 454 aa  292  9e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000474344  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1008  poly(A) polymerase I  38.46 
 
 		 440 aa  292  1e-77  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000170509  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>