More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_3901 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011663  Sbal223_0870  poly(A) polymerase  73.12 
 
 		 513 aa  727    Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000796933  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3800  poly(A) polymerase  89.1 
 
 		 421 aa  786    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000630801  hitchhiker  0.000152208 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3131  poly(A) polymerase  82.86 
 
 		 480 aa  805    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000115831  normal  0.0863023 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0872  polyA polymerase  78.5 
 
 		 438 aa  686    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3492  poly(A) polymerase  77.09 
 
 		 450 aa  679    Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000092007  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0847  poly(A) polymerase  73.12 
 
 		 513 aa  727    Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000196187  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3130  poly(A) polymerase  75.05 
 
 		 494 aa  728    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000172182  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3172  poly(A) polymerase  71.76 
 
 		 449 aa  659    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000541948  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0728  poly(A) polymerase  78.83 
 
 		 435 aa  684    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000577304  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3294  poly(A) polymerase  79.32 
 
 		 435 aa  688    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000608896  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0696  poly(A) polymerase  82.03 
 
 		 434 aa  718    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000117677  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0882  poly(A) polymerase  73.12 
 
 		 513 aa  727    Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000307041  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3901  polynucleotide adenylyltransferase  100 
 
 		 496 aa  1026    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000197413  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3406  poly(A) polymerase  78.83 
 
 		 435 aa  684    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000031653  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0778  tRNA nucleotidyltransferase (CCA-adding enzyme)  72.12 
 
 		 424 aa  600  1e-170  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000683144  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3278  poly(A) polymerase  72.75 
 
 		 353 aa  530  1e-149  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00466966  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1162  poly(A) polymerase I  52.99 
 
 		 482 aa  512  1e-144  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.000172758  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3116  poly(A) polymerase I  52.41 
 
 		 482 aa  510  1e-143  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.000129404  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002563  poly(A) polymerase  55.32 
 
 		 453 aa  503  1e-141  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000329901  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2607  poly(A) polymerase (plasmid copy number protein)  54.69 
 
 		 441 aa  499  1e-140  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.000156252  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03448  nucleotidyltransferase/poly(A) polymerase  54.85 
 
 		 462 aa  500  1e-140  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0125  polyA polymerase  51.91 
 
 		 457 aa  490  1e-137  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000172768  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3516  poly(A) polymerase I  52.35 
 
 		 465 aa  488  1e-136  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.00000476175  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3340  poly(A) polymerase I  54.85 
 
 		 491 aa  485  1e-136  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  1.71757e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3470  poly(A) polymerase I  54.85 
 
 		 491 aa  485  1e-136  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000000268944  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00141  hypothetical protein  52.35 
 
 		 465 aa  488  1e-136  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.0000170376  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3987  poly(A) polymerase I  56.68 
 
 		 505 aa  485  1e-136  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00000599452  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0212  poly(A) polymerase I  55.78 
 
 		 437 aa  483  1e-135  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00291988  normal  0.692878 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0216  poly(A) polymerase I  55.78 
 
 		 437 aa  483  1e-135  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.000405641  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0218  poly(A) polymerase I  55.78 
 
 		 454 aa  484  1e-135  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000474344  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1008  poly(A) polymerase I  55.26 
 
 		 440 aa  484  1e-135  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000170509  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0200  poly(A) polymerase I  55.78 
 
 		 437 aa  483  1e-135  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.0000820079  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0201  poly(A) polymerase I  55.78 
 
 		 437 aa  483  1e-135  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.000171206  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2821  poly(A) polymerase I  55.61 
 
 		 449 aa  481  1e-134  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.00527466  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0683  poly(A) polymerase I  54.5 
 
 		 437 aa  478  1e-134  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.000000190798  normal  0.448758 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00142  poly(A) polymerase I  55.05 
 
 		 454 aa  476  1e-133  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00002208  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3459  poly(A) polymerase  55.3 
 
 		 454 aa  476  1e-133  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000537308  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0152  poly(A) polymerase I  55.3 
 
 		 454 aa  476  1e-133  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000005693  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0134  poly(A) polymerase I  55.3 
 
 		 454 aa  476  1e-133  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000109672  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0146  poly(A) polymerase I  54.17 
 
 		 454 aa  477  1e-133  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  4.2681200000000003e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0154  poly(A) polymerase I  55.3 
 
 		 454 aa  476  1e-133  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000000110744  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0147  poly(A) polymerase I  54.17 
 
 		 454 aa  477  1e-133  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000759631  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4310  polyA polymerase  55.61 
 
 		 474 aa  474  1e-132  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0582  poly(A) polymerase  52.3 
 
 		 459 aa  472  1e-132  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3935  poly(A) polymerase  52.88 
 
 		 415 aa  462  1e-129  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000967164  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03548  poly(A) polymerase I  54.27 
 
 		 439 aa  459  9.999999999999999e-129  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.339485  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1528  poly(A) polymerase  50.69 
 
 		 484 aa  429  1e-119  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000410456  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3063  poly(A) polymerase  52.42 
 
 		 473 aa  428  1e-119  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2312  polyA polymerase  54.06 
 
 		 438 aa  427  1e-118  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.049056  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0562  poly(A) polymerase  49.53 
 
 		 479 aa  420  1e-116  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.057959  hitchhiker  0.000000459725 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1024  poly(A) polymerase  46.8 
 
 		 457 aa  416  9.999999999999999e-116  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0669  poly(A) polymerase  53.23 
 
 		 455 aa  415  9.999999999999999e-116  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.598779  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4697  poly(A) polymerase  46.65 
 
 		 460 aa  410  1e-113  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.233553  hitchhiker  0.0000455164 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4562  poly(A) polymerase  46.88 
 
 		 460 aa  410  1e-113  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00263697 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62560  poly(A) polymerase  48.41 
 
 		 467 aa  410  1e-113  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.804873  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4696  poly(A) polymerase  45.96 
 
 		 462 aa  406  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000724393 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42690  polynucleotide adenylyltransferase; PcnB  47.94 
 
 		 463 aa  407  1.0000000000000001e-112  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.881175  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5444  poly(A) polymerase  46.89 
 
 		 467 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0736  poly(A) polymerase  45.5 
 
 		 462 aa  402  1e-111  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000305046 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0882  Polynucleotide adenylyltransferase  48.18 
 
 		 465 aa  403  1e-111  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4014  poly(A) polymerase  46.48 
 
 		 484 aa  401  9.999999999999999e-111  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0546071  normal  0.868909 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0883  Poly(A) polymerase, PcnB  51.41 
 
 		 401 aa  400  9.999999999999999e-111  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0632296  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4809  Poly(A) polymerase, PcnB  44.54 
 
 		 466 aa  399  9.999999999999999e-111  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0814505  normal  0.0275687 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2046  poly(A) polymerase  50.73 
 
 		 461 aa  397  1e-109  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0830  Poly(A) polymerase  43.78 
 
 		 491 aa  395  1e-109  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.715876  hitchhiker  0.000411869 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1515  poly(A) polymerase  50.37 
 
 		 461 aa  398  1e-109  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0267914  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0963  poly(A) polymerase  43.78 
 
 		 467 aa  394  1e-108  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_05829  poly(A) polymerase (PAP) (Plasmid copy number protein)  47.84 
 
 		 455 aa  394  1e-108  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.832163  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3590  poly(A) polymerase  47.09 
 
 		 463 aa  389  1e-107  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.787264 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1775  polyA polymerase  48.89 
 
 		 477 aa  384  1e-105  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1451  poly(A) polymerase  48.89 
 
 		 497 aa  384  1e-105  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.584195  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1495  Poly(A) polymerase (PAP) (plasmid copy number protein)  47.04 
 
 		 423 aa  380  1e-104  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1488  Poly(A) polymerase (PAP) (plasmid copy number protein)  46.97 
 
 		 423 aa  381  1e-104  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0171  poly(A) polymerase  49.62 
 
 		 394 aa  380  1e-104  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0195  polynucleotide adenyltransferase  49.62 
 
 		 421 aa  381  1e-104  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3376  poly(A) polymerase  45.81 
 
 		 443 aa  375  1e-102  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000000000590256  normal  0.326432 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0677  poly(A) polymerase  50.54 
 
 		 411 aa  369  1e-101  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.34665  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2914  poly(A) polymerase  42.29 
 
 		 529 aa  364  2e-99  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2862  poly(A) polymerase  42.7 
 
 		 521 aa  362  8e-99  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.658276  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2456  poly(A) polymerase  42.67 
 
 		 520 aa  362  9e-99  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2050  poly(A) polymerase, PcnB  45.06 
 
 		 462 aa  361  2e-98  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.187335 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2627  polynucleotide adenylyltransferase protein  43.1 
 
 		 514 aa  354  2e-96  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0857566  normal  0.147493 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1795  poly(A) polymerase  41.63 
 
 		 439 aa  354  2e-96  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.649421  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0390  poly(A) polymerase  41.63 
 
 		 439 aa  353  2.9999999999999997e-96  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0179793  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0882  poly(A) polymerase  42.2 
 
 		 471 aa  352  1e-95  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2777  Poly(A) polymerase, PcnB  42.76 
 
 		 509 aa  350  2e-95  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0701742  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0228  poly(A) polymerase  48.08 
 
 		 349 aa  346  6e-94  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.0945359  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0744  poly(A) polymerase  42.25 
 
 		 529 aa  342  9e-93  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0495763  normal  0.506624 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0677  poly(A) polymerase  42.76 
 
 		 512 aa  341  2e-92  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.198476  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3845  Poly(A) polymerase, PcnB  42.52 
 
 		 512 aa  340  2.9999999999999998e-92  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.723142  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2762  poly(A) polymerase  43.98 
 
 		 456 aa  340  4e-92  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.860721  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0652  poly(A) polymerase  42.62 
 
 		 461 aa  340  4e-92  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3955  Poly(A) polymerase  42.02 
 
 		 529 aa  339  7e-92  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0305826 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0274  poly(A) polymerase  42.32 
 
 		 518 aa  339  7e-92  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0727  poly(A) polymerase  42.32 
 
 		 518 aa  339  8e-92  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.476146  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2491  poly(A) polymerase  42.86 
 
 		 538 aa  338  9.999999999999999e-92  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.346096 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0758  poly(A) polymerase  42.32 
 
 		 518 aa  338  9.999999999999999e-92  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0600  poly(A) polymerase  41.67 
 
 		 452 aa  336  5e-91  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.400634 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3182  Poly(A) polymerase, PcnB  44.93 
 
 		 457 aa  336  5.999999999999999e-91  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.117248 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2627  poly(A) polymerase  41.24 
 
 		 512 aa  335  1e-90  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>