More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_0652 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010622  Bphy_2491  poly(A) polymerase  86.43 
 
 		 538 aa  711    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.346096 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2320  polyA polymerase  91.9 
 
 		 515 aa  761    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3314  polyA polymerase  91.9 
 
 		 515 aa  762    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0677  poly(A) polymerase  99.34 
 
 		 512 aa  919    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.198476  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3845  Poly(A) polymerase, PcnB  94.58 
 
 		 512 aa  801    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.723142  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3271  poly(A) polymerase  91.9 
 
 		 515 aa  762    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.264957  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1314  polyA polymerase  91.43 
 
 		 514 aa  759    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.283102  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0507  polyA polymerase  91.9 
 
 		 515 aa  761    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1092  polyA polymerase  91.9 
 
 		 515 aa  761    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2627  poly(A) polymerase  94.95 
 
 		 512 aa  830    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0727  poly(A) polymerase  94.17 
 
 		 518 aa  810    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.476146  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3955  Poly(A) polymerase  80.57 
 
 		 529 aa  696    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0305826 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0744  poly(A) polymerase  80.22 
 
 		 529 aa  698    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0495763  normal  0.506624 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0274  poly(A) polymerase  93.95 
 
 		 518 aa  805    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0652  poly(A) polymerase  100 
 
 		 461 aa  936    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0758  poly(A) polymerase  94.17 
 
 		 518 aa  809    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2199  poly(A) polymerase  91.9 
 
 		 515 aa  761    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.968524  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3304  poly(A) polymerase  91.9 
 
 		 515 aa  762    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2914  poly(A) polymerase  70.36 
 
 		 529 aa  587  1e-166  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2456  poly(A) polymerase  69.38 
 
 		 520 aa  583  1.0000000000000001e-165  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2862  poly(A) polymerase  69.78 
 
 		 521 aa  583  1.0000000000000001e-165  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.658276  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2627  polynucleotide adenylyltransferase protein  69.64 
 
 		 514 aa  578  1e-164  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0857566  normal  0.147493 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2777  Poly(A) polymerase, PcnB  68.43 
 
 		 509 aa  569  1e-161  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0701742  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0600  poly(A) polymerase  62.5 
 
 		 452 aa  496  1e-139  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.400634 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1480  poly(A) polymerase  59.67 
 
 		 466 aa  486  1e-136  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.976033  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1765  poly(A) polymerase  59.21 
 
 		 467 aa  484  1e-135  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0882  poly(A) polymerase  57.66 
 
 		 471 aa  466  9.999999999999999e-131  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3020  putative polynucleotide adenylyltransferase protein  55.66 
 
 		 535 aa  462  1e-129  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.03108  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3182  Poly(A) polymerase, PcnB  56.87 
 
 		 447 aa  459  9.999999999999999e-129  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0675  poly(A) polymerase  54.61 
 
 		 498 aa  461  9.999999999999999e-129  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2050  poly(A) polymerase, PcnB  56.09 
 
 		 462 aa  457  1e-127  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.187335 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1973  poly(A) polymerase  53.78 
 
 		 531 aa  455  1e-127  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0262405 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2762  poly(A) polymerase  56.94 
 
 		 456 aa  452  1.0000000000000001e-126  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.860721  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2188  poly(A) polymerase  50.87 
 
 		 529 aa  445  1.0000000000000001e-124  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.891467  normal  0.883009 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1467  poly(A) polymerase  50.64 
 
 		 546 aa  443  1e-123  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2418  poly(A) polymerase  52.69 
 
 		 531 aa  439  9.999999999999999e-123  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2991  poly(A) polymerase  52.69 
 
 		 531 aa  439  9.999999999999999e-123  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.444638  normal  0.509623 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1769  poly(A) polymerase  52.04 
 
 		 535 aa  436  1e-121  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3561  poly(A) polymerase  51.25 
 
 		 550 aa  431  1e-119  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.876731  normal  0.306168 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2991  poly(A) polymerase  49.55 
 
 		 540 aa  419  1e-116  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.406392  normal  0.256154 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2509  poly(A) polymerase  51.42 
 
 		 535 aa  421  1e-116  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.101717  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4697  poly(A) polymerase  50 
 
 		 460 aa  416  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.233553  hitchhiker  0.0000455164 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4562  poly(A) polymerase  50.23 
 
 		 460 aa  417  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00263697 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0736  poly(A) polymerase  49.1 
 
 		 462 aa  412  1e-114  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000305046 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4696  poly(A) polymerase  49.33 
 
 		 462 aa  413  1e-114  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000724393 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0963  poly(A) polymerase  47.33 
 
 		 467 aa  399  9.999999999999999e-111  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0830  Poly(A) polymerase  47.33 
 
 		 491 aa  399  9.999999999999999e-111  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.715876  hitchhiker  0.000411869 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4809  Poly(A) polymerase, PcnB  46.82 
 
 		 466 aa  395  1e-109  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0814505  normal  0.0275687 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62560  poly(A) polymerase  50.48 
 
 		 467 aa  393  1e-108  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.804873  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3590  poly(A) polymerase  49.05 
 
 		 463 aa  389  1e-107  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.787264 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5444  poly(A) polymerase  50.61 
 
 		 467 aa  390  1e-107  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0669  poly(A) polymerase  48.22 
 
 		 455 aa  386  1e-106  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.598779  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3063  poly(A) polymerase  49.17 
 
 		 473 aa  383  1e-105  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0882  poly(A) polymerase  44.09 
 
 		 513 aa  378  1e-104  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000307041  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4014  poly(A) polymerase  47.97 
 
 		 484 aa  379  1e-104  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0546071  normal  0.868909 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42690  polynucleotide adenylyltransferase; PcnB  49.53 
 
 		 463 aa  376  1e-103  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.881175  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0847  poly(A) polymerase  43.87 
 
 		 513 aa  377  1e-103  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000196187  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3492  poly(A) polymerase  44.09 
 
 		 450 aa  378  1e-103  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000092007  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0870  poly(A) polymerase  43.87 
 
 		 513 aa  376  1e-103  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000796933  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2312  polyA polymerase  48.77 
 
 		 438 aa  372  1e-102  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.049056  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3130  poly(A) polymerase  44.7 
 
 		 494 aa  372  1e-102  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000172182  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0728  poly(A) polymerase  44.71 
 
 		 435 aa  372  1e-101  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000577304  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3294  poly(A) polymerase  44.47 
 
 		 435 aa  369  1e-101  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000608896  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0872  polyA polymerase  44.6 
 
 		 438 aa  368  1e-100  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0677  poly(A) polymerase  51.19 
 
 		 411 aa  365  1e-100  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.34665  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3935  poly(A) polymerase  47.37 
 
 		 415 aa  366  1e-100  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000967164  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0562  poly(A) polymerase  49.03 
 
 		 479 aa  367  1e-100  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.057959  hitchhiker  0.000000459725 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0696  poly(A) polymerase  45.26 
 
 		 434 aa  367  1e-100  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000117677  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3406  poly(A) polymerase  44.47 
 
 		 435 aa  368  1e-100  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000031653  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0883  Poly(A) polymerase, PcnB  49.22 
 
 		 401 aa  361  2e-98  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0632296  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3131  poly(A) polymerase  44.47 
 
 		 480 aa  361  2e-98  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000115831  normal  0.0863023 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3800  poly(A) polymerase  42.6 
 
 		 421 aa  361  2e-98  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000630801  hitchhiker  0.000152208 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1495  Poly(A) polymerase (PAP) (plasmid copy number protein)  43.6 
 
 		 423 aa  359  6e-98  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0882  Polynucleotide adenylyltransferase  48.07 
 
 		 465 aa  358  9e-98  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4310  polyA polymerase  43.1 
 
 		 474 aa  357  1.9999999999999998e-97  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3172  poly(A) polymerase  42.89 
 
 		 449 aa  356  5e-97  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000541948  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3376  poly(A) polymerase  45.43 
 
 		 443 aa  355  7.999999999999999e-97  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000000000590256  normal  0.326432 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1488  Poly(A) polymerase (PAP) (plasmid copy number protein)  43.44 
 
 		 423 aa  354  2e-96  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03548  poly(A) polymerase I  45.43 
 
 		 439 aa  354  2e-96  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.339485  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3901  polynucleotide adenylyltransferase  42.62 
 
 		 496 aa  354  2e-96  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000197413  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1451  poly(A) polymerase  47.49 
 
 		 497 aa  353  5e-96  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.584195  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1775  polyA polymerase  47.49 
 
 		 477 aa  352  7e-96  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1528  poly(A) polymerase  42.86 
 
 		 484 aa  352  8e-96  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000410456  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0778  tRNA nucleotidyltransferase (CCA-adding enzyme)  43.77 
 
 		 424 aa  348  8e-95  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000683144  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0582  poly(A) polymerase  41.69 
 
 		 459 aa  348  1e-94  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2607  poly(A) polymerase (plasmid copy number protein)  41.86 
 
 		 441 aa  345  7e-94  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.000156252  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002563  poly(A) polymerase  43.54 
 
 		 453 aa  343  2.9999999999999997e-93  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000329901  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2046  poly(A) polymerase  46.32 
 
 		 461 aa  343  5e-93  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2821  poly(A) polymerase I  43.87 
 
 		 449 aa  342  9e-93  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.00527466  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0212  poly(A) polymerase I  44.26 
 
 		 437 aa  341  1e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00291988  normal  0.692878 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1024  poly(A) polymerase  41.51 
 
 		 457 aa  341  2e-92  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1162  poly(A) polymerase I  44.77 
 
 		 482 aa  340  2.9999999999999998e-92  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.000172758  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0218  poly(A) polymerase I  45.28 
 
 		 454 aa  339  7e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000474344  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0200  poly(A) polymerase I  44.03 
 
 		 437 aa  338  9.999999999999999e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.0000820079  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3987  poly(A) polymerase I  43.43 
 
 		 505 aa  338  9.999999999999999e-92  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00000599452  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0216  poly(A) polymerase I  44.03 
 
 		 437 aa  338  9.999999999999999e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.000405641  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0201  poly(A) polymerase I  44.03 
 
 		 437 aa  338  9.999999999999999e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.000171206  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3116  poly(A) polymerase I  44.28 
 
 		 482 aa  337  1.9999999999999998e-91  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.000129404  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3340  poly(A) polymerase I  43.69 
 
 		 491 aa  336  3.9999999999999995e-91  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  1.71757e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3470  poly(A) polymerase I  43.69 
 
 		 491 aa  336  3.9999999999999995e-91  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000000268944  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>