More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_0728 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009438  Sputcn32_3130  poly(A) polymerase  94.71 
 
 		 494 aa  836    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000172182  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0872  polyA polymerase  97.01 
 
 		 438 aa  842    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0882  poly(A) polymerase  93.33 
 
 		 513 aa  812    Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000307041  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3131  poly(A) polymerase  79.41 
 
 		 480 aa  689    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000115831  normal  0.0863023 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3172  poly(A) polymerase  77.62 
 
 		 449 aa  704    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000541948  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3492  poly(A) polymerase  93.57 
 
 		 450 aa  813    Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000092007  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0870  poly(A) polymerase  93.33 
 
 		 513 aa  812    Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000796933  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0728  poly(A) polymerase  100 
 
 		 435 aa  894    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000577304  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3294  poly(A) polymerase  98.85 
 
 		 435 aa  884    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000608896  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3901  polynucleotide adenylyltransferase  78.78 
 
 		 496 aa  681    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000197413  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0847  poly(A) polymerase  93.33 
 
 		 513 aa  813    Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000196187  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0696  poly(A) polymerase  75.87 
 
 		 434 aa  672    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000117677  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3406  poly(A) polymerase  97.24 
 
 		 435 aa  836    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000031653  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3800  poly(A) polymerase  77.54 
 
 		 421 aa  691    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000630801  hitchhiker  0.000152208 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0778  tRNA nucleotidyltransferase (CCA-adding enzyme)  78.57 
 
 		 424 aa  659    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000683144  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3278  poly(A) polymerase  77.97 
 
 		 353 aa  577  1.0000000000000001e-163  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00466966  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3987  poly(A) polymerase I  59.75 
 
 		 505 aa  508  1e-143  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00000599452  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00142  poly(A) polymerase I  59.24 
 
 		 454 aa  506  9.999999999999999e-143  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00002208  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3459  poly(A) polymerase  59.24 
 
 		 454 aa  507  9.999999999999999e-143  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000537308  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3516  poly(A) polymerase I  59.24 
 
 		 465 aa  508  9.999999999999999e-143  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.00000476175  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0147  poly(A) polymerase I  59.24 
 
 		 454 aa  507  9.999999999999999e-143  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000759631  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0134  poly(A) polymerase I  59.24 
 
 		 454 aa  507  9.999999999999999e-143  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000109672  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00141  hypothetical protein  59.24 
 
 		 465 aa  508  9.999999999999999e-143  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.0000170376  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0152  poly(A) polymerase I  59.24 
 
 		 454 aa  507  9.999999999999999e-143  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000005693  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0154  poly(A) polymerase I  59.24 
 
 		 454 aa  507  9.999999999999999e-143  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000000110744  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0146  poly(A) polymerase I  59.24 
 
 		 454 aa  507  9.999999999999999e-143  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  4.2681200000000003e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1162  poly(A) polymerase I  56.55 
 
 		 482 aa  504  9.999999999999999e-143  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.000172758  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3470  poly(A) polymerase I  57.88 
 
 		 491 aa  503  1e-141  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000000268944  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3116  poly(A) polymerase I  57.29 
 
 		 482 aa  502  1e-141  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.000129404  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0683  poly(A) polymerase I  58.33 
 
 		 437 aa  502  1e-141  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.000000190798  normal  0.448758 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3340  poly(A) polymerase I  57.88 
 
 		 491 aa  503  1e-141  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  1.71757e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0216  poly(A) polymerase I  58.23 
 
 		 437 aa  501  1e-141  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.000405641  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0218  poly(A) polymerase I  58.23 
 
 		 454 aa  502  1e-141  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000474344  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1008  poly(A) polymerase I  57.88 
 
 		 440 aa  501  1e-141  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000170509  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2607  poly(A) polymerase (plasmid copy number protein)  54.5 
 
 		 441 aa  499  1e-140  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.000156252  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0201  poly(A) polymerase I  58.23 
 
 		 437 aa  501  1e-140  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.000171206  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0200  poly(A) polymerase I  58.23 
 
 		 437 aa  501  1e-140  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.0000820079  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0212  poly(A) polymerase I  58.23 
 
 		 437 aa  501  1e-140  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00291988  normal  0.692878 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03548  poly(A) polymerase I  55.71 
 
 		 439 aa  495  1e-139  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.339485  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002563  poly(A) polymerase  57.53 
 
 		 453 aa  497  1e-139  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000329901  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2821  poly(A) polymerase I  56.93 
 
 		 449 aa  495  1e-139  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.00527466  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0125  polyA polymerase  55.24 
 
 		 457 aa  492  9.999999999999999e-139  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000172768  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03448  nucleotidyltransferase/poly(A) polymerase  56.54 
 
 		 462 aa  493  9.999999999999999e-139  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0582  poly(A) polymerase  53.64 
 
 		 459 aa  491  1e-137  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4310  polyA polymerase  55.83 
 
 		 474 aa  485  1e-136  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3935  poly(A) polymerase  53.24 
 
 		 415 aa  474  1e-132  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000967164  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2312  polyA polymerase  55.58 
 
 		 438 aa  438  9.999999999999999e-123  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.049056  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1528  poly(A) polymerase  53.51 
 
 		 484 aa  436  1e-121  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000410456  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3063  poly(A) polymerase  53.1 
 
 		 473 aa  435  1e-121  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0669  poly(A) polymerase  52.94 
 
 		 455 aa  423  1e-117  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.598779  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0562  poly(A) polymerase  49.06 
 
 		 479 aa  423  1e-117  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.057959  hitchhiker  0.000000459725 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0882  Polynucleotide adenylyltransferase  50 
 
 		 465 aa  421  1e-116  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1024  poly(A) polymerase  45.65 
 
 		 457 aa  421  1e-116  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42690  polynucleotide adenylyltransferase; PcnB  50.12 
 
 		 463 aa  413  1e-114  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.881175  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5444  poly(A) polymerase  48.21 
 
 		 467 aa  413  1e-114  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4562  poly(A) polymerase  48.26 
 
 		 460 aa  411  1e-114  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00263697 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62560  poly(A) polymerase  49.14 
 
 		 467 aa  413  1e-114  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.804873  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4696  poly(A) polymerase  48.05 
 
 		 462 aa  412  1e-114  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000724393 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0736  poly(A) polymerase  47.6 
 
 		 462 aa  409  1e-113  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000305046 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4697  poly(A) polymerase  47.7 
 
 		 460 aa  411  1e-113  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.233553  hitchhiker  0.0000455164 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0830  Poly(A) polymerase  48.39 
 
 		 491 aa  405  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.715876  hitchhiker  0.000411869 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_05829  poly(A) polymerase (PAP) (Plasmid copy number protein)  52.22 
 
 		 455 aa  407  1.0000000000000001e-112  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.832163  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0883  Poly(A) polymerase, PcnB  53.23 
 
 		 401 aa  407  1.0000000000000001e-112  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0632296  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4809  Poly(A) polymerase, PcnB  47.36 
 
 		 466 aa  406  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0814505  normal  0.0275687 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1775  polyA polymerase  51.86 
 
 		 477 aa  405  1.0000000000000001e-112  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4014  poly(A) polymerase  47.39 
 
 		 484 aa  405  1.0000000000000001e-112  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0546071  normal  0.868909 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1451  poly(A) polymerase  51.86 
 
 		 497 aa  405  1.0000000000000001e-112  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.584195  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2046  poly(A) polymerase  50.37 
 
 		 461 aa  406  1.0000000000000001e-112  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1515  poly(A) polymerase  52.43 
 
 		 461 aa  407  1.0000000000000001e-112  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0267914  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0963  poly(A) polymerase  47.92 
 
 		 467 aa  404  1e-111  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1495  Poly(A) polymerase (PAP) (plasmid copy number protein)  48.88 
 
 		 423 aa  399  9.999999999999999e-111  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1488  Poly(A) polymerase (PAP) (plasmid copy number protein)  48.88 
 
 		 423 aa  399  9.999999999999999e-111  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3590  poly(A) polymerase  49.5 
 
 		 463 aa  399  9.999999999999999e-111  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.787264 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0195  polynucleotide adenyltransferase  49.48 
 
 		 421 aa  385  1e-106  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0171  poly(A) polymerase  49.48 
 
 		 394 aa  384  1e-105  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3376  poly(A) polymerase  47.62 
 
 		 443 aa  384  1e-105  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000000000590256  normal  0.326432 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0677  poly(A) polymerase  52.16 
 
 		 411 aa  380  1e-104  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.34665  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2050  poly(A) polymerase, PcnB  45.3 
 
 		 462 aa  370  1e-101  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.187335 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0882  poly(A) polymerase  47.43 
 
 		 471 aa  370  1e-101  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2320  polyA polymerase  44.58 
 
 		 515 aa  365  1e-100  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1092  polyA polymerase  44.58 
 
 		 515 aa  365  1e-100  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2491  poly(A) polymerase  45.02 
 
 		 538 aa  367  1e-100  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.346096 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2199  poly(A) polymerase  44.58 
 
 		 515 aa  365  1e-100  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.968524  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0744  poly(A) polymerase  44.47 
 
 		 529 aa  367  1e-100  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0495763  normal  0.506624 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0507  polyA polymerase  44.58 
 
 		 515 aa  365  1e-100  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3271  poly(A) polymerase  44.58 
 
 		 515 aa  365  1e-99  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.264957  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3314  polyA polymerase  44.58 
 
 		 515 aa  365  1e-99  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1314  polyA polymerase  44.6 
 
 		 514 aa  364  1e-99  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.283102  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3304  poly(A) polymerase  44.58 
 
 		 515 aa  365  1e-99  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0677  poly(A) polymerase  44.71 
 
 		 512 aa  364  2e-99  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.198476  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2914  poly(A) polymerase  45.2 
 
 		 529 aa  363  3e-99  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0652  poly(A) polymerase  44.71 
 
 		 461 aa  363  3e-99  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3955  Poly(A) polymerase  44 
 
 		 529 aa  363  4e-99  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0305826 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0727  poly(A) polymerase  44.26 
 
 		 518 aa  361  1e-98  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.476146  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0274  poly(A) polymerase  44.26 
 
 		 518 aa  361  1e-98  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2627  poly(A) polymerase  44.13 
 
 		 512 aa  361  1e-98  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0758  poly(A) polymerase  44.26 
 
 		 518 aa  361  1e-98  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3845  Poly(A) polymerase, PcnB  44.24 
 
 		 512 aa  361  2e-98  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.723142  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2862  poly(A) polymerase  43.15 
 
 		 521 aa  357  1.9999999999999998e-97  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.658276  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2456  poly(A) polymerase  42.92 
 
 		 520 aa  357  1.9999999999999998e-97  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>