More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VC0395_A0125 on replicon NC_009457
Organism: Vibrio cholerae O395



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013456  VEA_002563  poly(A) polymerase  78.64 
 
 
453 aa  724    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000329901  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03448  nucleotidyltransferase/poly(A) polymerase  79.3 
 
 
462 aa  725    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0125  polyA polymerase  100 
 
 
457 aa  942    Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000172768  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2607  poly(A) polymerase (plasmid copy number protein)  63.88 
 
 
441 aa  593  1e-168  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.000156252  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0212  poly(A) polymerase I  59.32 
 
 
437 aa  536  1e-151  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00291988  normal  0.692878 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0200  poly(A) polymerase I  59.08 
 
 
437 aa  533  1e-150  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.0000820079  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0218  poly(A) polymerase I  59.08 
 
 
454 aa  534  1e-150  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000474344  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0216  poly(A) polymerase I  59.08 
 
 
437 aa  533  1e-150  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.000405641  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0201  poly(A) polymerase I  59.08 
 
 
437 aa  533  1e-150  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.000171206  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3116  poly(A) polymerase I  58.16 
 
 
482 aa  530  1e-149  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.000129404  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00142  poly(A) polymerase I  58.6 
 
 
454 aa  526  1e-148  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00002208  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3459  poly(A) polymerase  58.6 
 
 
454 aa  527  1e-148  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000537308  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0154  poly(A) polymerase I  58.6 
 
 
454 aa  527  1e-148  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000000110744  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3516  poly(A) polymerase I  58.6 
 
 
465 aa  526  1e-148  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.00000476175  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0134  poly(A) polymerase I  58.6 
 
 
454 aa  527  1e-148  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000109672  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2821  poly(A) polymerase I  58.53 
 
 
449 aa  527  1e-148  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.00527466  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0152  poly(A) polymerase I  58.6 
 
 
454 aa  527  1e-148  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000005693  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00141  hypothetical protein  58.6 
 
 
465 aa  526  1e-148  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.0000170376  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0146  poly(A) polymerase I  58.35 
 
 
454 aa  525  1e-148  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  4.2681200000000003e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0147  poly(A) polymerase I  58.35 
 
 
454 aa  525  1e-148  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000759631  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1162  poly(A) polymerase I  58.75 
 
 
482 aa  525  1e-148  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.000172758  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3987  poly(A) polymerase I  58.85 
 
 
505 aa  523  1e-147  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00000599452  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0683  poly(A) polymerase I  57.49 
 
 
437 aa  519  1e-146  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.000000190798  normal  0.448758 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3340  poly(A) polymerase I  58.75 
 
 
491 aa  515  1.0000000000000001e-145  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  1.71757e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3470  poly(A) polymerase I  58.75 
 
 
491 aa  515  1.0000000000000001e-145  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000000268944  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1008  poly(A) polymerase I  58.75 
 
 
440 aa  514  1e-144  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000170509  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0847  poly(A) polymerase  54.57 
 
 
513 aa  498  1e-139  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000196187  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3130  poly(A) polymerase  54.2 
 
 
494 aa  495  1e-139  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000172182  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0882  poly(A) polymerase  54.57 
 
 
513 aa  497  1e-139  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000307041  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0870  poly(A) polymerase  54.57 
 
 
513 aa  498  1e-139  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000796933  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3492  poly(A) polymerase  54.73 
 
 
450 aa  492  9.999999999999999e-139  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000092007  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3935  poly(A) polymerase  56.19 
 
 
415 aa  493  9.999999999999999e-139  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000967164  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03548  poly(A) polymerase I  55.53 
 
 
439 aa  490  1e-137  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.339485  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0872  polyA polymerase  55.64 
 
 
438 aa  487  1e-136  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3131  poly(A) polymerase  54.65 
 
 
480 aa  487  1e-136  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000115831  normal  0.0863023 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0696  poly(A) polymerase  53.67 
 
 
434 aa  486  1e-136  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000117677  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0728  poly(A) polymerase  55.8 
 
 
435 aa  486  1e-136  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000577304  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3294  poly(A) polymerase  55.56 
 
 
435 aa  485  1e-136  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000608896  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3901  polynucleotide adenylyltransferase  53.19 
 
 
496 aa  486  1e-136  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000197413  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3406  poly(A) polymerase  55.8 
 
 
435 aa  484  1e-136  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000031653  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4310  polyA polymerase  54.14 
 
 
474 aa  478  1e-134  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3172  poly(A) polymerase  53.65 
 
 
449 aa  479  1e-134  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000541948  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3800  poly(A) polymerase  52.87 
 
 
421 aa  475  1e-133  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000630801  hitchhiker  0.000152208 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0582  poly(A) polymerase  52.61 
 
 
459 aa  477  1e-133  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0778  tRNA nucleotidyltransferase (CCA-adding enzyme)  57.36 
 
 
424 aa  469  1.0000000000000001e-131  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000683144  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1024  poly(A) polymerase  50.92 
 
 
457 aa  456  1e-127  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3063  poly(A) polymerase  52.83 
 
 
473 aa  436  1e-121  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4014  poly(A) polymerase  49.09 
 
 
484 aa  426  1e-118  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0546071  normal  0.868909 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3590  poly(A) polymerase  50.95 
 
 
463 aa  427  1e-118  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.787264 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0736  poly(A) polymerase  47.44 
 
 
462 aa  422  1e-117  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000305046 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4696  poly(A) polymerase  47.89 
 
 
462 aa  424  1e-117  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000724393 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4697  poly(A) polymerase  47.89 
 
 
460 aa  421  1e-116  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.233553  hitchhiker  0.0000455164 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4562  poly(A) polymerase  47.89 
 
 
460 aa  421  1e-116  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00263697 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0830  Poly(A) polymerase  45.66 
 
 
491 aa  420  1e-116  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.715876  hitchhiker  0.000411869 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0963  poly(A) polymerase  45.66 
 
 
467 aa  418  9.999999999999999e-116  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0882  Polynucleotide adenylyltransferase  48.74 
 
 
465 aa  415  9.999999999999999e-116  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4809  Poly(A) polymerase, PcnB  49.07 
 
 
466 aa  418  9.999999999999999e-116  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0814505  normal  0.0275687 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0669  poly(A) polymerase  51.08 
 
 
455 aa  418  9.999999999999999e-116  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.598779  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5444  poly(A) polymerase  48.97 
 
 
467 aa  414  1e-114  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42690  polynucleotide adenylyltransferase; PcnB  48.98 
 
 
463 aa  413  1e-114  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.881175  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62560  poly(A) polymerase  49.29 
 
 
467 aa  413  1e-114  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.804873  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0562  poly(A) polymerase  49.3 
 
 
479 aa  409  1e-113  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.057959  hitchhiker  0.000000459725 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1495  Poly(A) polymerase (PAP) (plasmid copy number protein)  47.58 
 
 
423 aa  405  1.0000000000000001e-112  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2312  polyA polymerase  51.63 
 
 
438 aa  402  1e-111  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.049056  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1488  Poly(A) polymerase (PAP) (plasmid copy number protein)  47.58 
 
 
423 aa  404  1e-111  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1528  poly(A) polymerase  47.63 
 
 
484 aa  400  9.999999999999999e-111  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000410456  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1515  poly(A) polymerase  49.76 
 
 
461 aa  399  9.999999999999999e-111  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0267914  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2046  poly(A) polymerase  50.25 
 
 
461 aa  397  1e-109  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3376  poly(A) polymerase  47.07 
 
 
443 aa  390  1e-107  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000000000590256  normal  0.326432 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0171  poly(A) polymerase  50.25 
 
 
394 aa  385  1e-106  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_05829  poly(A) polymerase (PAP) (Plasmid copy number protein)  48.29 
 
 
455 aa  387  1e-106  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.832163  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0883  Poly(A) polymerase, PcnB  49.87 
 
 
401 aa  386  1e-106  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0632296  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0195  polynucleotide adenyltransferase  50.25 
 
 
421 aa  386  1e-106  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0390  poly(A) polymerase  45.43 
 
 
439 aa  382  1e-105  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0179793  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1795  poly(A) polymerase  45.43 
 
 
439 aa  382  1e-105  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.649421  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1775  polyA polymerase  48.77 
 
 
477 aa  372  1e-102  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1451  poly(A) polymerase  48.77 
 
 
497 aa  372  1e-102  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.584195  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2050  poly(A) polymerase, PcnB  45.08 
 
 
462 aa  367  1e-100  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.187335 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2456  poly(A) polymerase  44.35 
 
 
520 aa  364  2e-99  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0228  poly(A) polymerase  50.58 
 
 
349 aa  363  4e-99  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.0945359  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2862  poly(A) polymerase  43.95 
 
 
521 aa  362  8e-99  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.658276  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0677  poly(A) polymerase  50.27 
 
 
411 aa  360  4e-98  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.34665  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3278  poly(A) polymerase  50.28 
 
 
353 aa  359  7e-98  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00466966  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2914  poly(A) polymerase  44.29 
 
 
529 aa  358  9e-98  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2627  polynucleotide adenylyltransferase protein  45.73 
 
 
514 aa  355  1e-96  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0857566  normal  0.147493 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0882  poly(A) polymerase  45.26 
 
 
471 aa  347  2e-94  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2777  Poly(A) polymerase, PcnB  43.76 
 
 
509 aa  343  5e-93  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0701742  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0600  poly(A) polymerase  42.72 
 
 
452 aa  337  3.9999999999999995e-91  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.400634 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1314  polyA polymerase  43.09 
 
 
514 aa  336  5.999999999999999e-91  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.283102  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2491  poly(A) polymerase  43.55 
 
 
538 aa  335  1e-90  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.346096 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3304  poly(A) polymerase  43.19 
 
 
515 aa  334  2e-90  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2320  polyA polymerase  43.19 
 
 
515 aa  334  2e-90  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3314  polyA polymerase  43.19 
 
 
515 aa  334  2e-90  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1092  polyA polymerase  43.19 
 
 
515 aa  334  2e-90  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0507  polyA polymerase  43.19 
 
 
515 aa  334  2e-90  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3271  poly(A) polymerase  43.19 
 
 
515 aa  334  2e-90  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.264957  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2199  poly(A) polymerase  43.19 
 
 
515 aa  334  2e-90  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.968524  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0744  poly(A) polymerase  42.73 
 
 
529 aa  334  2e-90  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0495763  normal  0.506624 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3955  Poly(A) polymerase  42.5 
 
 
529 aa  333  3e-90  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0305826 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3182  Poly(A) polymerase, PcnB  43.74 
 
 
457 aa  333  4e-90  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.117248 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>