More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_1467 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008752  Aave_1973  poly(A) polymerase  77.55 
 
 		 531 aa  750    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0262405 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1467  poly(A) polymerase  100 
 
 		 546 aa  1095    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2991  poly(A) polymerase  76.5 
 
 		 531 aa  719    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.444638  normal  0.509623 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2509  poly(A) polymerase  77.36 
 
 		 535 aa  733    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.101717  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3561  poly(A) polymerase  70.12 
 
 		 550 aa  719    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.876731  normal  0.306168 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1769  poly(A) polymerase  76.87 
 
 		 535 aa  737    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2418  poly(A) polymerase  76.71 
 
 		 531 aa  720    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2188  poly(A) polymerase  75.83 
 
 		 529 aa  738    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.891467  normal  0.883009 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3020  putative polynucleotide adenylyltransferase protein  68.06 
 
 		 535 aa  643    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.03108  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2991  poly(A) polymerase  70.18 
 
 		 540 aa  704    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.406392  normal  0.256154 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0675  poly(A) polymerase  66.67 
 
 		 498 aa  615  1e-175  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2777  Poly(A) polymerase, PcnB  54.03 
 
 		 509 aa  490  1e-137  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0701742  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2914  poly(A) polymerase  53.04 
 
 		 529 aa  488  1e-136  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2456  poly(A) polymerase  49.9 
 
 		 520 aa  473  1e-132  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2862  poly(A) polymerase  50 
 
 		 521 aa  474  1e-132  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.658276  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2627  polynucleotide adenylyltransferase protein  51.06 
 
 		 514 aa  468  9.999999999999999e-131  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0857566  normal  0.147493 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1314  polyA polymerase  51.44 
 
 		 514 aa  440  9.999999999999999e-123  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.283102  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2320  polyA polymerase  51.33 
 
 		 515 aa  438  1e-121  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3314  polyA polymerase  51.33 
 
 		 515 aa  437  1e-121  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3304  poly(A) polymerase  51.33 
 
 		 515 aa  437  1e-121  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3271  poly(A) polymerase  51.33 
 
 		 515 aa  437  1e-121  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.264957  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2199  poly(A) polymerase  51.33 
 
 		 515 aa  438  1e-121  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.968524  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0507  polyA polymerase  51.33 
 
 		 515 aa  438  1e-121  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1092  polyA polymerase  51.33 
 
 		 515 aa  438  1e-121  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2627  poly(A) polymerase  53.53 
 
 		 512 aa  431  1e-119  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0677  poly(A) polymerase  49.59 
 
 		 512 aa  429  1e-119  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.198476  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3845  Poly(A) polymerase, PcnB  49.59 
 
 		 512 aa  429  1e-119  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.723142  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2491  poly(A) polymerase  53.38 
 
 		 538 aa  432  1e-119  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.346096 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1480  poly(A) polymerase  48.5 
 
 		 466 aa  427  1e-118  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.976033  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0727  poly(A) polymerase  48.79 
 
 		 518 aa  423  1e-117  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.476146  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0744  poly(A) polymerase  52.45 
 
 		 529 aa  423  1e-117  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0495763  normal  0.506624 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0274  poly(A) polymerase  48.79 
 
 		 518 aa  422  1e-117  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0652  poly(A) polymerase  52.17 
 
 		 461 aa  422  1e-117  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0758  poly(A) polymerase  48.79 
 
 		 518 aa  423  1e-117  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3955  Poly(A) polymerase  52.21 
 
 		 529 aa  421  1e-116  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0305826 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1765  poly(A) polymerase  48.18 
 
 		 467 aa  416  9.999999999999999e-116  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0882  poly(A) polymerase  47.16 
 
 		 471 aa  396  1e-109  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0600  poly(A) polymerase  48.36 
 
 		 452 aa  396  1e-109  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.400634 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2050  poly(A) polymerase, PcnB  46.21 
 
 		 462 aa  388  1e-106  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.187335 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2762  poly(A) polymerase  46.72 
 
 		 456 aa  385  1e-105  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.860721  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0669  poly(A) polymerase  42.36 
 
 		 455 aa  365  1e-99  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.598779  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3182  Poly(A) polymerase, PcnB  44.14 
 
 		 447 aa  361  2e-98  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0562  poly(A) polymerase  45.66 
 
 		 479 aa  356  5e-97  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.057959  hitchhiker  0.000000459725 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4809  Poly(A) polymerase, PcnB  40.48 
 
 		 466 aa  343  7e-93  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0814505  normal  0.0275687 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3063  poly(A) polymerase  43.69 
 
 		 473 aa  342  1e-92  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2312  polyA polymerase  44.26 
 
 		 438 aa  340  4e-92  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.049056  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0963  poly(A) polymerase  38.97 
 
 		 467 aa  338  9.999999999999999e-92  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0830  Poly(A) polymerase  39.61 
 
 		 491 aa  338  9.999999999999999e-92  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.715876  hitchhiker  0.000411869 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1495  Poly(A) polymerase (PAP) (plasmid copy number protein)  40.65 
 
 		 423 aa  337  2.9999999999999997e-91  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1488  Poly(A) polymerase (PAP) (plasmid copy number protein)  40.65 
 
 		 423 aa  337  3.9999999999999995e-91  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0736  poly(A) polymerase  42.36 
 
 		 462 aa  336  5e-91  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000305046 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4697  poly(A) polymerase  39.96 
 
 		 460 aa  335  1e-90  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.233553  hitchhiker  0.0000455164 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1451  poly(A) polymerase  41.21 
 
 		 497 aa  334  2e-90  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.584195  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2607  poly(A) polymerase (plasmid copy number protein)  40.76 
 
 		 441 aa  334  3e-90  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.000156252  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4696  poly(A) polymerase  41.67 
 
 		 462 aa  333  3e-90  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000724393 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1775  polyA polymerase  41.21 
 
 		 477 aa  334  3e-90  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4562  poly(A) polymerase  40.13 
 
 		 460 aa  333  4e-90  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00263697 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4014  poly(A) polymerase  40.99 
 
 		 484 aa  330  5.0000000000000004e-89  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0546071  normal  0.868909 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0728  poly(A) polymerase  41.08 
 
 		 435 aa  328  2.0000000000000001e-88  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000577304  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3406  poly(A) polymerase  40.84 
 
 		 435 aa  328  2.0000000000000001e-88  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000031653  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1528  poly(A) polymerase  41.01 
 
 		 484 aa  327  4.0000000000000003e-88  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000410456  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3130  poly(A) polymerase  41.31 
 
 		 494 aa  327  4.0000000000000003e-88  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000172182  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0872  polyA polymerase  40.85 
 
 		 438 aa  326  5e-88  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0847  poly(A) polymerase  41.36 
 
 		 513 aa  326  6e-88  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000196187  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42690  polynucleotide adenylyltransferase; PcnB  42.15 
 
 		 463 aa  326  6e-88  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.881175  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0870  poly(A) polymerase  41.36 
 
 		 513 aa  326  6e-88  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000796933  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0882  poly(A) polymerase  41.36 
 
 		 513 aa  326  7e-88  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000307041  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2821  poly(A) polymerase I  40.73 
 
 		 449 aa  325  9e-88  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.00527466  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3492  poly(A) polymerase  41.12 
 
 		 450 aa  325  1e-87  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000092007  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3294  poly(A) polymerase  41.08 
 
 		 435 aa  325  1e-87  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000608896  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3116  poly(A) polymerase I  38.68 
 
 		 482 aa  325  1e-87  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.000129404  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3590  poly(A) polymerase  41.51 
 
 		 463 aa  323  3e-87  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.787264 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1024  poly(A) polymerase  40.62 
 
 		 457 aa  323  5e-87  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1162  poly(A) polymerase I  38.25 
 
 		 482 aa  321  1.9999999999999998e-86  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.000172758  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3935  poly(A) polymerase  39.95 
 
 		 415 aa  320  3.9999999999999996e-86  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000967164  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62560  poly(A) polymerase  42 
 
 		 467 aa  320  3.9999999999999996e-86  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.804873  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0582  poly(A) polymerase  41.18 
 
 		 459 aa  319  7e-86  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5444  poly(A) polymerase  41.9 
 
 		 467 aa  318  2e-85  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4310  polyA polymerase  39.33 
 
 		 474 aa  317  3e-85  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3376  poly(A) polymerase  38.04 
 
 		 443 aa  315  9.999999999999999e-85  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000000000590256  normal  0.326432 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0883  Poly(A) polymerase, PcnB  41.85 
 
 		 401 aa  315  1.9999999999999998e-84  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0632296  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03448  nucleotidyltransferase/poly(A) polymerase  38.86 
 
 		 462 aa  313  6.999999999999999e-84  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0201  poly(A) polymerase I  39.04 
 
 		 437 aa  311  1e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.000171206  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0212  poly(A) polymerase I  39.04 
 
 		 437 aa  312  1e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00291988  normal  0.692878 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0218  poly(A) polymerase I  39.04 
 
 		 454 aa  312  1e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000474344  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0200  poly(A) polymerase I  39.04 
 
 		 437 aa  311  2e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.0000820079  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0216  poly(A) polymerase I  39.04 
 
 		 437 aa  311  2e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.000405641  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002563  poly(A) polymerase  38.39 
 
 		 453 aa  310  2.9999999999999997e-83  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000329901  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0677  poly(A) polymerase  44.56 
 
 		 411 aa  310  4e-83  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.34665  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03548  poly(A) polymerase I  38.78 
 
 		 439 aa  308  2.0000000000000002e-82  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.339485  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0696  poly(A) polymerase  37.97 
 
 		 434 aa  307  3e-82  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000117677  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0882  Polynucleotide adenylyltransferase  41.2 
 
 		 465 aa  307  4.0000000000000004e-82  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00141  hypothetical protein  36.99 
 
 		 465 aa  306  5.0000000000000004e-82  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.0000170376  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3516  poly(A) polymerase I  36.99 
 
 		 465 aa  306  5.0000000000000004e-82  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.00000476175  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0778  tRNA nucleotidyltransferase (CCA-adding enzyme)  40.99 
 
 		 424 aa  306  5.0000000000000004e-82  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000683144  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3800  poly(A) polymerase  40.15 
 
 		 421 aa  306  6e-82  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000630801  hitchhiker  0.000152208 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3459  poly(A) polymerase  38.36 
 
 		 454 aa  306  8.000000000000001e-82  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000537308  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0134  poly(A) polymerase I  38.36 
 
 		 454 aa  306  8.000000000000001e-82  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000109672  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3131  poly(A) polymerase  37.58 
 
 		 480 aa  306  8.000000000000001e-82  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000115831  normal  0.0863023 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0152  poly(A) polymerase I  38.36 
 
 		 454 aa  306  8.000000000000001e-82  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000005693  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>