129 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_1739 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010001  Cphy_1739  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  100 
 
 
75 aa  145  2.0000000000000003e-34  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3015  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  65.33 
 
 
75 aa  105  3e-22  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0931  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  43.84 
 
 
90 aa  69.7  0.00000000001  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0463  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  42.86 
 
 
74 aa  63.5  0.000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0604449  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0683  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  40.54 
 
 
74 aa  57.8  0.00000005  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3681  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  38.67 
 
 
79 aa  57.8  0.00000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0388  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  40 
 
 
71 aa  57.4  0.00000006  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.984781  hitchhiker  0.00000000422403 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2308  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  36.25 
 
 
83 aa  52.4  0.000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.685831 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1241  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  33.82 
 
 
71 aa  52.8  0.000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0050  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  40.58 
 
 
79 aa  52.8  0.000002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.0199  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1737  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  36.76 
 
 
76 aa  52.4  0.000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.175485  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2950  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  35.71 
 
 
80 aa  51.6  0.000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.556547 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0641  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  44.87 
 
 
85 aa  51.6  0.000004  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.858421  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3635  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  43.33 
 
 
73 aa  51.6  0.000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1090  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  44.87 
 
 
89 aa  51.2  0.000005  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08050  hydrogenase assembly chaperone HypC/HupF  39.19 
 
 
90 aa  50.4  0.000007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET1433  hydrogenase assembly chaperone HypC/HupF  32.35 
 
 
71 aa  50.4  0.000008  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1215  hydrogenase maturation factor  30.88 
 
 
71 aa  50.4  0.000008  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01190  hydrogenase assembly chaperone HypC/HupF  34.67 
 
 
83 aa  50.4  0.000008  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0366  hypothetical protein  33.78 
 
 
78 aa  50.1  0.00001  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1763  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  37.5 
 
 
75 aa  49.7  0.00001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1411  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  35.14 
 
 
74 aa  49.3  0.00002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.0248831  normal  0.151516 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0141  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  32.39 
 
 
85 aa  49.3  0.00002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03900  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  38.57 
 
 
71 aa  49.3  0.00002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2257  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  35 
 
 
83 aa  49.3  0.00002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0723  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  34.67 
 
 
91 aa  48.5  0.00003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0558163  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0263  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  39.74 
 
 
88 aa  48.1  0.00004  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1343  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  39.74 
 
 
88 aa  48.1  0.00004  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0268  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  34.21 
 
 
83 aa  48.1  0.00004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.12267 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2042  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  31.08 
 
 
79 aa  47.4  0.00006  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0575  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  39.74 
 
 
88 aa  47.8  0.00006  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.306359  normal  0.178324 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3131  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  38.03 
 
 
76 aa  47.4  0.00006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0384  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  32.89 
 
 
82 aa  47.4  0.00006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.011822  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00530  hydrogenase assembly chaperone HypC/HupF  33.8 
 
 
77 aa  47.4  0.00007  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.379393  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1024  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  30.88 
 
 
74 aa  47  0.00008  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.169012  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0478  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  31.51 
 
 
88 aa  47  0.00008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.213434  normal  0.190427 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1097  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  33.78 
 
 
89 aa  46.2  0.0001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3967  hydrogenase expression/formation protein (HUPF/HYPC)  36.62 
 
 
81 aa  47  0.0001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1131  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  38.24 
 
 
76 aa  46.6  0.0001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1961  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  37.5 
 
 
85 aa  46.2  0.0001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1835  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  29.58 
 
 
81 aa  46.6  0.0001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0517  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  34.78 
 
 
95 aa  46.6  0.0001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.735802 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1095  hydrogenase assembly chaperone HypC/HupF  29.73 
 
 
79 aa  46.6  0.0001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.44829  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4508  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  32.43 
 
 
94 aa  46.6  0.0001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.701167  normal  0.209775 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1642  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  29.17 
 
 
86 aa  47  0.0001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2008  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  34.29 
 
 
86 aa  46.2  0.0001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0138  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  35.29 
 
 
75 aa  46.6  0.0001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0491338  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0475  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  33.33 
 
 
95 aa  45.8  0.0002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1499  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  31.34 
 
 
75 aa  46.2  0.0002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.707569  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3903  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  33.77 
 
 
78 aa  46.2  0.0002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1951  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  37.68 
 
 
76 aa  45.8  0.0002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3822  hydrogenase assembly chaperone HypC/HupF  34.21 
 
 
92 aa  45.8  0.0002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.564526  normal  0.0529395 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2331  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  30.43 
 
 
94 aa  45.8  0.0002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0508  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  33.33 
 
 
95 aa  45.8  0.0002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.312854  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0088  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  37.68 
 
 
71 aa  45.4  0.0002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0503  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  33.33 
 
 
95 aa  45.8  0.0002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0790  hydrogenase assembly chaperone HypC  32.43 
 
 
93 aa  45.4  0.0003  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.475375  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2050  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  34.67 
 
 
90 aa  45.1  0.0003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3061  hydrogenase assembly chaperone  28.38 
 
 
90 aa  45.4  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.045323 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3045  hydrogenase assembly chaperone  28.38 
 
 
90 aa  45.4  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.694918  hitchhiker  0.00501296 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3009  hydrogenase assembly chaperone  28.38 
 
 
90 aa  45.4  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00899127 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2978  hydrogenase assembly chaperone  28.38 
 
 
90 aa  45.4  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3166  hydrogenase assembly chaperone  28.38 
 
 
90 aa  45.4  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.438087 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1429  hydrogenase expression/formation protein (HUPF/HYPC)  34.72 
 
 
96 aa  44.7  0.0004  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.149613  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0268  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  31.51 
 
 
78 aa  44.7  0.0004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.123557  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2486  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  34.21 
 
 
90 aa  45.1  0.0004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1914  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  29.58 
 
 
81 aa  44.7  0.0004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.384554  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1784  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  33.33 
 
 
94 aa  44.7  0.0004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.019242  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2110  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  34.29 
 
 
80 aa  44.7  0.0005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.305152  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1565  hypothetical protein  34.67 
 
 
115 aa  44.3  0.0006  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02578  HypC  27.03 
 
 
90 aa  43.9  0.0007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02543  hypothetical protein  27.03 
 
 
90 aa  43.9  0.0007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0961  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  27.03 
 
 
90 aa  43.9  0.0007  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.775434  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3879  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  32.14 
 
 
91 aa  43.9  0.0007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2865  hydrogenase assembly chaperone  27.03 
 
 
90 aa  43.9  0.0007  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3016  hydrogenase assembly chaperone  27.03 
 
 
90 aa  43.9  0.0007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0984  hydrogenase assembly chaperone  27.03 
 
 
90 aa  43.9  0.0007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.322582 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2853  hydrogenase assembly chaperone  27.03 
 
 
90 aa  43.9  0.0007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.516809 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2618  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  31.58 
 
 
89 aa  43.9  0.0007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.368424 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3149  hydrogenase assembly chaperone  27.03 
 
 
90 aa  43.9  0.0007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3980  hydrogenase assembly chaperone  27.03 
 
 
90 aa  43.9  0.0007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1211  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  35.94 
 
 
84 aa  43.9  0.0008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0975666 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1882  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  28.17 
 
 
81 aa  43.9  0.0008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3201  hydrogenase assembly chaperone  26.32 
 
 
90 aa  43.9  0.0008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1907  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  28.17 
 
 
81 aa  43.9  0.0008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0933507  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2526  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  32 
 
 
96 aa  43.9  0.0008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.234436  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3064  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  34.78 
 
 
76 aa  43.9  0.0008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.163883  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0932  hydrogenase assembly chaperone HypC/HupF  35.71 
 
 
92 aa  43.5  0.0009  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.305278  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1892  hydrogenase assembly chaperone HypC/HupF  29.73 
 
 
95 aa  43.5  0.0009  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0727  hydrogenase assembly chaperone HypC/HupF  33.78 
 
 
93 aa  43.1  0.001  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.267852  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1456  hydrogenase expression/formation protein (HUPF/HYPC)  31.94 
 
 
90 aa  43.5  0.001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2779  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  34.78 
 
 
78 aa  43.5  0.001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0653  hydrogenase assembly chaperone HypC/HupF  33.78 
 
 
93 aa  43.1  0.001  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0918  hypothetical protein  30.14 
 
 
76 aa  43.5  0.001  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1045  hydrogenase assembly chaperone HypC/HupF  33.78 
 
 
93 aa  43.1  0.001  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.247317  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3752  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  31.33 
 
 
93 aa  43.1  0.001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0470  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  33.75 
 
 
85 aa  43.1  0.001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.503239  normal  0.167546 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2140  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  30.56 
 
 
83 aa  42.7  0.002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.930293  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1672  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  34.67 
 
 
86 aa  42.7  0.002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.968118 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2026  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  30.99 
 
 
82 aa  42.7  0.002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>