170 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_9154 on replicon NC_011984
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011984  Avi_9154  hypothetical protein  100 
 
 		 161 aa  328  3e-89  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6068  protein of unknown function UPF0052 and CofD  40.52 
 
 		 375 aa  100  1e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4051  protein of unknown function UPF0052 and CofD  50 
 
 		 378 aa  77  0.0000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000160133 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0263  hypothetical protein  47.44 
 
 		 316 aa  67.8  0.00000000005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3053  protein of unknown function UPF0052 and CofD  45.33 
 
 		 442 aa  67.8  0.00000000007  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3807  protein of unknown function UPF0052 and CofD  46.67 
 
 		 453 aa  67.4  0.00000000009  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.156704  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0434  hypothetical protein  41.89 
 
 		 328 aa  67  0.0000000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0233  hypothetical protein  43.3 
 
 		 469 aa  65.1  0.0000000004  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1005  protein of unknown function UPF0052 and CofD  36.56 
 
 		 314 aa  63.9  0.0000000009  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00307196  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2289  protein of unknown function UPF0052 and CofD  45.33 
 
 		 434 aa  63.5  0.000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2528  protein of unknown function UPF0052 and CofD  38.78 
 
 		 330 aa  63.2  0.000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11451  hypothetical protein  44.32 
 
 		 342 aa  63.9  0.000000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.0675758 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1125  protein of unknown function UPF0052 and CofD  36.56 
 
 		 314 aa  63.5  0.000000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.311871  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15870  conserved hypothetical protein, cofD-related TIGR01826  31.19 
 
 		 421 aa  62.8  0.000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000103935  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4721  protein of unknown function UPF0052 and CofD  43.24 
 
 		 457 aa  62.4  0.000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0791  hypothetical protein  38.96 
 
 		 331 aa  62  0.000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.965349  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0807  hypothetical protein  38.96 
 
 		 331 aa  62  0.000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3327  protein of unknown function UPF0052 and CofD  38.3 
 
 		 333 aa  62  0.000000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00160109 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3012  protein of unknown function UPF0052 and CofD  41.77 
 
 		 324 aa  61.6  0.000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.173158 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1995  hypothetical protein  35.33 
 
 		 317 aa  61.6  0.000000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.769303  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1130  protein of unknown function UPF0052 and CofD  41.56 
 
 		 325 aa  61.6  0.000000005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_03241  hypothetical protein  40.79 
 
 		 461 aa  60.8  0.000000007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_03151  hypothetical protein  33.04 
 
 		 461 aa  60.8  0.000000008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6040  protein of unknown function UPF0052 and CofD  34 
 
 		 311 aa  60.5  0.000000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0876  hypothetical protein  31.45 
 
 		 324 aa  60.5  0.000000009  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2969  protein of unknown function UPF0052 and CofD  42.67 
 
 		 323 aa  60.5  0.000000009  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000778436  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0293  hypothetical protein  45.45 
 
 		 461 aa  60.5  0.00000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0886  protein of unknown function UPF0052 and CofD  49.09 
 
 		 375 aa  60.1  0.00000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2007  hypothetical protein  41.98 
 
 		 321 aa  59.7  0.00000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.632663  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0336  hypothetical protein  38.2 
 
 		 448 aa  60.1  0.00000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1254  protein of unknown function UPF0052 and CofD  37.25 
 
 		 317 aa  60.5  0.00000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_03141  hypothetical protein  35.71 
 
 		 461 aa  59.7  0.00000001  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.782504  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3100  protein of unknown function UPF0052 and CofD  41.25 
 
 		 331 aa  60.1  0.00000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0582963  normal  0.18795 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2640  protein of unknown function UPF0052 and CofD  44.74 
 
 		 463 aa  60.1  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.235569 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2196  protein of unknown function UPF0052 and CofD  41.76 
 
 		 326 aa  59.3  0.00000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000226578  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0206  hypothetical protein  41.18 
 
 		 451 aa  59.7  0.00000002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0613254  normal  0.498652 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3146  protein of unknown function UPF0052 and CofD  31.33 
 
 		 317 aa  59.7  0.00000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0321  protein of unknown function UPF0052 and CofD  40 
 
 		 438 aa  59.3  0.00000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15800  conserved hypothetical protein, cofD-related  42.67 
 
 		 323 aa  59.3  0.00000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.41042  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2397  hypothetical protein  40.7 
 
 		 340 aa  58.9  0.00000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2444  protein of unknown function UPF0052 and CofD  40.7 
 
 		 340 aa  58.9  0.00000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.400604  normal  0.128744 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_25231  hypothetical protein  43.59 
 
 		 496 aa  58.5  0.00000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2438  protein of unknown function UPF0052 and CofD  40.7 
 
 		 340 aa  58.9  0.00000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1158  protein of unknown function UPF0052 and CofD  36.36 
 
 		 318 aa  58.9  0.00000003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2977  hypothetical protein  40.26 
 
 		 308 aa  58.5  0.00000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.602132  normal  0.033806 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1272  protein of unknown function UPF0052 and CofD  56.25 
 
 		 302 aa  58.5  0.00000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0303388  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0568  hypothetical protein  26.92 
 
 		 327 aa  58.2  0.00000005  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.3622  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2188  hypothetical protein  39.19 
 
 		 341 aa  57.8  0.00000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2163  hypothetical protein  41.1 
 
 		 458 aa  57.8  0.00000006  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2798  protein of unknown function UPF0052 and CofD  41.18 
 
 		 326 aa  57.4  0.00000007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000000387933  decreased coverage  0.00000180817 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0722  hypothetical protein  44.93 
 
 		 444 aa  57.4  0.00000008  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.29229  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5204  protein of unknown function UPF0052 and CofD  42.53 
 
 		 350 aa  57.4  0.00000009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2933  protein of unknown function UPF0052 and CofD  43.59 
 
 		 358 aa  57.4  0.00000009  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5684  hypothetical protein  37.78 
 
 		 317 aa  57.4  0.00000009  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2019  hypothetical protein  37.38 
 
 		 330 aa  57  0.0000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0997  protein of unknown function UPF0052 and CofD  37.31 
 
 		 350 aa  56.6  0.0000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13090  conserved hypothetical protein, cofD-related  32.56 
 
 		 346 aa  56.6  0.0000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.603465  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_20050  conserved hypothetical protein, cofD-related protein  37.97 
 
 		 321 aa  57  0.0000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.17562  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0114  hypothetical protein  37.18 
 
 		 439 aa  56.6  0.0000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5273  hypothetical protein  37.78 
 
 		 317 aa  57  0.0000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.247204  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3697  protein of unknown function UPF0052 and CofD  41.56 
 
 		 317 aa  56.6  0.0000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.280257  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3940  protein of unknown function UPF0052 and CofD  41.89 
 
 		 428 aa  56.6  0.0000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.0000112442  normal  0.62962 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2464  protein of unknown function UPF0052 and CofD  39.73 
 
 		 458 aa  56.2  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0432493 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1546  protein of unknown function UPF0052 and CofD  40.43 
 
 		 320 aa  56.2  0.0000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.566126  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2407  protein of unknown function UPF0052 and CofD  39.73 
 
 		 458 aa  56.2  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1374  protein of unknown function UPF0052 and CofD  36.36 
 
 		 310 aa  55.8  0.0000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.592756  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2613  protein of unknown function UPF0052 and CofD  45.07 
 
 		 339 aa  56.2  0.0000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2023  protein of unknown function UPF0052 and CofD  33.68 
 
 		 437 aa  56.2  0.0000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5315  hypothetical protein  41.33 
 
 		 317 aa  55.8  0.0000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5258  hypothetical protein  41.33 
 
 		 317 aa  55.8  0.0000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5003  hypothetical protein  41.33 
 
 		 317 aa  55.8  0.0000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4832  hypothetical protein  41.33 
 
 		 317 aa  55.8  0.0000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4847  hypothetical protein  41.33 
 
 		 317 aa  55.8  0.0000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1657  hypothetical protein  43.94 
 
 		 465 aa  55.8  0.0000003  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.878599  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5383  hypothetical protein  41.33 
 
 		 317 aa  55.8  0.0000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.866045  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0927  hypothetical protein  52.08 
 
 		 302 aa  55.5  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0895  hypothetical protein  52.08 
 
 		 302 aa  55.5  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5239  hypothetical protein  41.33 
 
 		 317 aa  55.8  0.0000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1568  protein of unknown function UPF0052 and CofD  32.18 
 
 		 358 aa  55.5  0.0000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_03711  hypothetical protein  43.94 
 
 		 465 aa  55.8  0.0000003  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.291486 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3713  protein of unknown function UPF0052 and CofD  43.59 
 
 		 339 aa  55.5  0.0000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.842124 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0864  hypothetical protein  52.08 
 
 		 302 aa  55.5  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0928  hypothetical protein  50 
 
 		 302 aa  55.5  0.0000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0642233  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0950  hypothetical protein  52.08 
 
 		 302 aa  55.5  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0836  hypothetical protein  52.08 
 
 		 302 aa  55.5  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.903959  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00747  predicted transferase with NAD(P)-binding Rossmann-fold domain  50 
 
 		 302 aa  55.1  0.0000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.939553  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2862  protein of unknown function UPF0052 and CofD  50 
 
 		 302 aa  55.5  0.0000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000990783  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00764  hypothetical protein  50 
 
 		 302 aa  55.1  0.0000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.697988  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0834  hypothetical protein  50 
 
 		 302 aa  55.5  0.0000004  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0033886  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0843  hypothetical protein  50 
 
 		 302 aa  55.5  0.0000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00101345  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2863  protein of unknown function UPF0052 and CofD  50 
 
 		 302 aa  55.5  0.0000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000381637  normal  0.0132805 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2572  hypothetical protein  50 
 
 		 302 aa  55.5  0.0000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000058678  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2959  hypothetical protein  36.78 
 
 		 441 aa  54.7  0.0000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1112  hypothetical protein  40.22 
 
 		 337 aa  54.7  0.0000005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.68714  normal  0.20804 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2061  protein of unknown function UPF0052 and CofD  32.37 
 
 		 368 aa  54.7  0.0000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.282535  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0155  protein of unknown function UPF0052 and CofD  34.15 
 
 		 311 aa  54.7  0.0000005  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0667945  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2646  hypothetical protein  51.79 
 
 		 336 aa  54.3  0.0000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  hitchhiker  0.0000683151  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0803  hypothetical protein  50 
 
 		 302 aa  54.7  0.0000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000436595  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0328  protein of unknown function UPF0052 and CofD  37.8 
 
 		 443 aa  54.3  0.0000006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.620497 
 
 
-
 
NC_009364  OSTLU_2933  predicted protein  41.67 
 
 		 367 aa  53.9  0.0000008  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.924332  normal  0.180994 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>