141 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5793 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_5793  hypothetical protein  100 
 
 		 148 aa  285  1e-76  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0512  DoxX family protein  69.06 
 
 		 138 aa  177  4e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0809066 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0467  DoxX family protein  68.84 
 
 		 137 aa  176  9e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.123633  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0099  DoxX family protein  63.31 
 
 		 145 aa  171  3.9999999999999995e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.00508391  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3021  DoxX family protein  40.29 
 
 		 133 aa  94  6e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.867125  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0014  hypothetical protein  38.16 
 
 		 142 aa  86.7  1e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.133834  normal  0.506679 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0354  DoxX  40.15 
 
 		 127 aa  84.7  3e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.388731  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3474  DoxX family protein  38.03 
 
 		 132 aa  78.6  0.00000000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.418038 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3132  DoxX family protein  37.88 
 
 		 143 aa  78.6  0.00000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5222  DoxX family protein  38.41 
 
 		 144 aa  77  0.00000000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1386  DoxX family protein  36.81 
 
 		 137 aa  77  0.00000000000009  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.42391  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47840  DoxX-like protein  36.73 
 
 		 140 aa  75.5  0.0000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3122  DoxX family protein  35.29 
 
 		 139 aa  74.3  0.0000000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.461418  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2205  DoxX  30.43 
 
 		 124 aa  72.8  0.000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000990864  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4094  hypothetical protein  36.62 
 
 		 140 aa  72.4  0.000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.887917  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3393  DoxX family protein  38.13 
 
 		 131 aa  72.4  0.000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3519  DoxX family protein  36.69 
 
 		 131 aa  72  0.000000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.237126  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0520  DoxX family protein  38.62 
 
 		 131 aa  71.2  0.000000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5400  DoxX family protein  32.37 
 
 		 137 aa  70.5  0.000000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0358694  normal  0.0708806 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3563  DoxX family protein  38.3 
 
 		 130 aa  70.5  0.000000000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.1654  normal  0.902228 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0738  DoxX family protein  38.62 
 
 		 131 aa  70.1  0.000000000009  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0191  hypothetical protein  33.57 
 
 		 133 aa  70.1  0.00000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2633  DoxX  33.81 
 
 		 128 aa  69.7  0.00000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1637  DoxX  39.06 
 
 		 137 aa  69.3  0.00000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  hitchhiker  0.00123238  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4331  DoxX family protein  35.97 
 
 		 131 aa  69.3  0.00000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.151422 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1209  hypothetical protein  33.57 
 
 		 137 aa  68.6  0.00000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0177047  normal  0.393618 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0173  hypothetical protein  32.86 
 
 		 133 aa  68.6  0.00000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00275718  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3348  DoxX  31.37 
 
 		 146 aa  68.2  0.00000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0716703  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4295  hypothetical protein  36.92 
 
 		 140 aa  68.2  0.00000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.023682 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1966  DoxX family protein  36.51 
 
 		 140 aa  67.4  0.00000000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0197798 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3527  hypothetical protein  34.06 
 
 		 161 aa  67  0.00000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0510711 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3420  putative inner membrane protein YqjF  34.06 
 
 		 161 aa  67  0.00000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3493  hypothetical protein  34.06 
 
 		 161 aa  67  0.00000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3555  DoxX family protein  34.06 
 
 		 130 aa  67  0.00000000009  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.453371 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3423  hypothetical protein  34.06 
 
 		 161 aa  66.2  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.318649  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4935  DoxX family protein  40.46 
 
 		 136 aa  66.2  0.0000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000319097 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4441  DoxX family protein  37.04 
 
 		 129 aa  66.2  0.0000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.147857  normal  0.924554 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02970  predicted quinol oxidase subunit  33.33 
 
 		 130 aa  65.5  0.0000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0600  DoxX family protein  33.33 
 
 		 130 aa  65.5  0.0000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4416  putative inner membrane protein YqjF  33.33 
 
 		 160 aa  65.5  0.0000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.260448 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1542  DoxX  33.59 
 
 		 129 aa  66.2  0.0000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.294668  normal  0.482647 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02921  hypothetical protein  33.33 
 
 		 130 aa  65.5  0.0000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0480  DoxX family protein  31.72 
 
 		 131 aa  65.5  0.0000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.111786  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3289  putative inner membrane protein YqjF  33.33 
 
 		 130 aa  65.5  0.0000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1115  hypothetical protein  31.72 
 
 		 131 aa  65.5  0.0000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.192831  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0544  DoxX family protein  31.72 
 
 		 131 aa  65.5  0.0000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0595  DoxX family protein  33.33 
 
 		 130 aa  65.5  0.0000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3399  putative inner membrane protein YqjF  33.33 
 
 		 160 aa  65.5  0.0000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3260  putative inner membrane protein YqjF  32.61 
 
 		 130 aa  64.3  0.0000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1934  DoxX family protein  31.91 
 
 		 155 aa  64.3  0.0000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.467271  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3574  putative inner membrane protein YqjF  32.61 
 
 		 130 aa  64.3  0.0000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2500  hypothetical protein  32.09 
 
 		 136 aa  63.9  0.0000000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.831259  normal  0.0755951 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3589  putative inner membrane protein YqjF  33.58 
 
 		 161 aa  63.9  0.0000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.24023 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3837  SURF4 domain-containing protein  31.47 
 
 		 137 aa  63.9  0.0000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.332195  normal  0.973533 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2764  DoxX family protein  34.06 
 
 		 136 aa  63.5  0.0000000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.843077 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3973  DoxX family protein  38.17 
 
 		 135 aa  63.5  0.0000000009  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.72349 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4497  DoxX family protein  37.61 
 
 		 129 aa  63.2  0.000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1454  DoxX family protein  30.56 
 
 		 136 aa  63.5  0.000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4176  DoxX family protein  39.86 
 
 		 129 aa  62.4  0.000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6046  DoxX family protein  30.56 
 
 		 137 aa  61.6  0.000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.392213 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2360  DoxX family protein  31.16 
 
 		 136 aa  60.8  0.000000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.413665  normal  0.233009 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4045  DoxX family protein  30.5 
 
 		 135 aa  60.5  0.000000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0512358 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2930  DoxX family protein  34.27 
 
 		 137 aa  59.7  0.00000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3205  DoxX family protein  32.62 
 
 		 137 aa  59.7  0.00000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3706  DoxX family protein  29.5 
 
 		 137 aa  58.5  0.00000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2151  transporter  32.09 
 
 		 132 aa  58.2  0.00000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.447191  normal  0.895246 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0860  DoxX  32.31 
 
 		 136 aa  57.8  0.00000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.2035  normal  0.169459 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2298  DoxX family protein  29.5 
 
 		 135 aa  56.6  0.0000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000018841  hitchhiker  0.00171371 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6086  DoxX family protein  30 
 
 		 137 aa  55.8  0.0000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0786046  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5848  DoxX family protein  30 
 
 		 137 aa  55.1  0.0000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3057  DoxX family protein  32.09 
 
 		 149 aa  54.3  0.0000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0701  DoxX family protein  30.6 
 
 		 128 aa  53.9  0.0000007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3035  DoxX family protein  29.37 
 
 		 140 aa  53.9  0.0000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.156785  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4096  DoxX family protein  31.93 
 
 		 174 aa  53.5  0.0000009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0554855  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4554  DoxX family protein  30.07 
 
 		 143 aa  52.4  0.000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0556  DoxX family protein  33.78 
 
 		 145 aa  52.8  0.000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2074  DoxD-like family protein  28.37 
 
 		 145 aa  52  0.000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.480184  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5736  DoxX family protein  31.15 
 
 		 145 aa  52  0.000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.404376 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3552  DoxX family protein  31.2 
 
 		 137 aa  52  0.000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.583897  normal  0.164311 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2535  DoxX  39.72 
 
 		 136 aa  50.8  0.000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.275634  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1295  DoxX family membrane protein  33.61 
 
 		 178 aa  50.1  0.00001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.174807  normal  0.980217 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0867  membrane protein yphA  30.71 
 
 		 152 aa  50.1  0.00001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.271535 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3976  DoxX family protein  30.25 
 
 		 174 aa  48.9  0.00002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.603426  decreased coverage  0.00896237 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4440  DoxX family protein  30.25 
 
 		 139 aa  48.9  0.00002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.461632  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2498  DoxX  28.57 
 
 		 149 aa  48.1  0.00003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2900  DoxX  31.72 
 
 		 136 aa  48.5  0.00003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.290679  normal  0.557329 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1283  DoxX family protein  29.79 
 
 		 143 aa  48.5  0.00003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02435  predicted inner membrane protein  29.08 
 
 		 164 aa  48.1  0.00004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1125  DoxX family protein  29.71 
 
 		 140 aa  48.1  0.00004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3775  putative inner membrane protein YphA  29.71 
 
 		 140 aa  48.1  0.00004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3737  DoxX family protein  28.36 
 
 		 175 aa  48.1  0.00004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.918078  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02399  hypothetical protein  29.08 
 
 		 164 aa  48.1  0.00004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2828  hypothetical protein  29.71 
 
 		 140 aa  48.1  0.00004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3428  DoxX family protein  28.36 
 
 		 175 aa  48.1  0.00004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.315995  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1134  DoxX family protein  29.71 
 
 		 140 aa  48.1  0.00004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2696  putative inner membrane protein YphA  29.71 
 
 		 140 aa  48.1  0.00004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3817  DoxX  31.93 
 
 		 139 aa  47.8  0.00005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4551  DoxX family protein  31.93 
 
 		 139 aa  47.8  0.00005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.529147 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2695  hypothetical protein  29.08 
 
 		 155 aa  47.8  0.00005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5753  DoxX family protein  31.93 
 
 		 139 aa  47.8  0.00005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.585743  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>