171 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_4295 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_4295  hypothetical protein  100 
 
 		 140 aa  267  2.9999999999999997e-71  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.023682 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3132  DoxX family protein  55.93 
 
 		 143 aa  140  4e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4094  hypothetical protein  54.26 
 
 		 140 aa  136  8.999999999999999e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.887917  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4935  DoxX family protein  63.11 
 
 		 136 aa  135  2e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000319097 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47840  DoxX-like protein  62.07 
 
 		 140 aa  134  4e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5222  DoxX family protein  52.46 
 
 		 144 aa  134  6.0000000000000005e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1637  DoxX  56.2 
 
 		 137 aa  127  6e-29  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  hitchhiker  0.00123238  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2633  DoxX  51.28 
 
 		 128 aa  114  3e-25  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1966  DoxX family protein  50.46 
 
 		 140 aa  103  5e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0197798 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5736  DoxX family protein  47.71 
 
 		 145 aa  104  5e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.404376 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0708  DoxX  51.2 
 
 		 140 aa  102  2e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.277979  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3217  DoxX family protein  53.39 
 
 		 133 aa  97.4  6e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00160219 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3122  DoxX family protein  45.08 
 
 		 139 aa  97.1  6e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.461418  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2298  DoxX family protein  38.64 
 
 		 135 aa  94  6e-19  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000018841  hitchhiker  0.00171371 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0354  DoxX  43.7 
 
 		 127 aa  93.6  7e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.388731  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3348  DoxX  43.09 
 
 		 146 aa  90.1  8e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0716703  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1542  DoxX  39.13 
 
 		 129 aa  88.6  3e-17  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.294668  normal  0.482647 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3474  DoxX family protein  44.44 
 
 		 132 aa  87.8  4e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.418038 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2151  transporter  37.61 
 
 		 132 aa  85.5  2e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.447191  normal  0.895246 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2205  DoxX  38.98 
 
 		 124 aa  85.1  3e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000990864  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0701  DoxX family protein  40.68 
 
 		 128 aa  84.3  5e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3563  DoxX family protein  42.61 
 
 		 130 aa  84  7e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.1654  normal  0.902228 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4045  DoxX family protein  41.8 
 
 		 135 aa  83.6  9e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0512358 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1454  DoxX family protein  39.29 
 
 		 136 aa  80.9  0.000000000000006  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2930  DoxX family protein  43.09 
 
 		 137 aa  80.5  0.000000000000007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1934  DoxX family protein  39.84 
 
 		 155 aa  80.5  0.000000000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.467271  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3078  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  59.02 
 
 		 183 aa  80.5  0.000000000000008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3837  SURF4 domain-containing protein  39.84 
 
 		 137 aa  79.7  0.00000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.332195  normal  0.973533 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0099  DoxX family protein  39.31 
 
 		 145 aa  79.7  0.00000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.00508391  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1209  hypothetical protein  38.33 
 
 		 137 aa  79.3  0.00000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0177047  normal  0.393618 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1200  DoxX  43.9 
 
 		 139 aa  78.6  0.00000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5400  DoxX family protein  35.16 
 
 		 137 aa  78.6  0.00000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0358694  normal  0.0708806 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3527  hypothetical protein  39.13 
 
 		 161 aa  77.8  0.00000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0510711 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3420  putative inner membrane protein YqjF  39.13 
 
 		 161 aa  78.2  0.00000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3493  hypothetical protein  39.13 
 
 		 161 aa  78.2  0.00000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2900  DoxX  45.16 
 
 		 136 aa  77.8  0.00000000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.290679  normal  0.557329 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3423  hypothetical protein  39.13 
 
 		 161 aa  77.8  0.00000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.318649  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02435  predicted inner membrane protein  37.5 
 
 		 164 aa  77.4  0.00000000000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02399  hypothetical protein  37.5 
 
 		 164 aa  77.4  0.00000000000006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1125  DoxX family protein  37.5 
 
 		 140 aa  77.4  0.00000000000007  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3775  putative inner membrane protein YphA  37.5 
 
 		 140 aa  77.4  0.00000000000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2696  putative inner membrane protein YphA  37.5 
 
 		 140 aa  77.4  0.00000000000007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1134  DoxX family protein  37.5 
 
 		 140 aa  77.4  0.00000000000007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2695  hypothetical protein  37.5 
 
 		 155 aa  77  0.00000000000007  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2828  hypothetical protein  37.5 
 
 		 140 aa  77.4  0.00000000000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3035  DoxX family protein  35.94 
 
 		 140 aa  77  0.00000000000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.156785  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0502  DoxX family membrane protein  40.17 
 
 		 146 aa  76.6  0.00000000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.868597 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0860  DoxX  32.82 
 
 		 136 aa  76.6  0.0000000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.2035  normal  0.169459 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4440  DoxX family protein  39.64 
 
 		 139 aa  76.3  0.0000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.461632  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3976  DoxX family protein  39.64 
 
 		 174 aa  76.6  0.0000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.603426  decreased coverage  0.00896237 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3973  DoxX family protein  33.33 
 
 		 135 aa  75.5  0.0000000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.72349 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4331  DoxX family protein  38.79 
 
 		 131 aa  75.5  0.0000000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.151422 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6086  DoxX family protein  38.84 
 
 		 137 aa  75.1  0.0000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0786046  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0014  hypothetical protein  39.23 
 
 		 142 aa  75.1  0.0000000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.133834  normal  0.506679 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3589  putative inner membrane protein YqjF  38.6 
 
 		 161 aa  74.7  0.0000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.24023 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2500  hypothetical protein  34.33 
 
 		 136 aa  74.7  0.0000000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.831259  normal  0.0755951 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5848  DoxX family protein  38.84 
 
 		 137 aa  74.7  0.0000000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3555  DoxX family protein  36.52 
 
 		 130 aa  74.7  0.0000000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.453371 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3057  DoxX family protein  40 
 
 		 149 aa  74.3  0.0000000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2074  DoxD-like family protein  39.37 
 
 		 145 aa  73.6  0.0000000000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.480184  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2574  DoxX  43.8 
 
 		 136 aa  73.6  0.0000000000008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.404201  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4096  DoxX family protein  37.84 
 
 		 174 aa  72.8  0.000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0554855  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0512  DoxX family protein  38.13 
 
 		 138 aa  73.2  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0809066 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1386  DoxX family protein  36.72 
 
 		 137 aa  73.2  0.000000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.42391  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3260  putative inner membrane protein YqjF  33.91 
 
 		 130 aa  72.4  0.000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3552  DoxX family protein  41.59 
 
 		 137 aa  72.8  0.000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.583897  normal  0.164311 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0467  DoxX family protein  40 
 
 		 137 aa  71.6  0.000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.123633  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3205  DoxX family protein  40.62 
 
 		 137 aa  72  0.000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3574  putative inner membrane protein YqjF  33.91 
 
 		 130 aa  72  0.000000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0191  hypothetical protein  32.76 
 
 		 133 aa  71.2  0.000000000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1115  hypothetical protein  34.48 
 
 		 131 aa  71.6  0.000000000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.192831  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0544  DoxX family protein  34.48 
 
 		 131 aa  71.6  0.000000000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0480  DoxX family protein  34.48 
 
 		 131 aa  71.6  0.000000000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.111786  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0173  hypothetical protein  32.76 
 
 		 133 aa  70.9  0.000000000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00275718  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3399  putative inner membrane protein YqjF  33.04 
 
 		 160 aa  70.9  0.000000000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4416  putative inner membrane protein YqjF  33.04 
 
 		 160 aa  70.9  0.000000000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.260448 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02970  predicted quinol oxidase subunit  33.04 
 
 		 130 aa  70.5  0.000000000008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0600  DoxX family protein  33.04 
 
 		 130 aa  70.5  0.000000000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0595  DoxX family protein  33.04 
 
 		 130 aa  70.5  0.000000000008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02921  hypothetical protein  33.04 
 
 		 130 aa  70.5  0.000000000008  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3289  putative inner membrane protein YqjF  33.04 
 
 		 130 aa  70.5  0.000000000008  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4121  DoxX  40.74 
 
 		 129 aa  70.1  0.00000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.575367  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2645  DoxX  34.88 
 
 		 130 aa  69.7  0.00000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.731985 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3021  DoxX family protein  33.9 
 
 		 133 aa  69.7  0.00000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.867125  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5841  DoxX  38.02 
 
 		 134 aa  68.6  0.00000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1413  DoxD-like family protein  36.94 
 
 		 182 aa  68.6  0.00000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.197847  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1172  hypothetical membrane spanning protein  36.62 
 
 		 142 aa  67.4  0.00000000006  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4554  DoxX family protein  34.92 
 
 		 143 aa  67  0.00000000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5199  DoxX family protein  35.59 
 
 		 145 aa  67  0.00000000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.342492  normal  0.27185 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0758  DoxX  35.65 
 
 		 142 aa  66.6  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.974867  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2360  DoxX family protein  37.19 
 
 		 136 aa  66.2  0.0000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.413665  normal  0.233009 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1239  DoxX family protein  35.65 
 
 		 142 aa  66.6  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1212  DoxX family protein  35.65 
 
 		 142 aa  66.6  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1295  DoxX family membrane protein  36.04 
 
 		 178 aa  65.9  0.0000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.174807  normal  0.980217 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3817  DoxX  36.94 
 
 		 139 aa  65.9  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4551  DoxX family protein  36.94 
 
 		 139 aa  65.9  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.529147 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0862  DoxX family membrane protein  41.46 
 
 		 136 aa  65.5  0.0000000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5753  DoxX family protein  36.94 
 
 		 139 aa  65.9  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.585743  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3431  DoxX family protein  35.51 
 
 		 147 aa  65.5  0.0000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4671  DoxX family protein  34.48 
 
 		 145 aa  64.3  0.0000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.547503 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>