85 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4497 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_4497  DoxX family protein  100 
 
 		 129 aa  242  9.999999999999999e-64  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0099  DoxX family protein  37.5 
 
 		 145 aa  72.4  0.000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.00508391  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0512  DoxX family protein  43.9 
 
 		 138 aa  72  0.000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0809066 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0467  DoxX family protein  39.84 
 
 		 137 aa  68.2  0.00000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.123633  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3021  DoxX family protein  37.93 
 
 		 133 aa  61.6  0.000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.867125  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0354  DoxX  39.83 
 
 		 127 aa  61.2  0.000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.388731  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0173  hypothetical protein  38.79 
 
 		 133 aa  60.8  0.000000006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00275718  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0191  hypothetical protein  38.79 
 
 		 133 aa  60.8  0.000000007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5793  hypothetical protein  36.97 
 
 		 148 aa  60.5  0.000000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3519  DoxX family protein  34.19 
 
 		 131 aa  57.4  0.00000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.237126  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3132  DoxX family protein  32.76 
 
 		 143 aa  55.5  0.0000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1115  hypothetical protein  31.67 
 
 		 131 aa  55.1  0.0000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.192831  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0544  DoxX family protein  31.67 
 
 		 131 aa  55.1  0.0000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0480  DoxX family protein  31.67 
 
 		 131 aa  55.1  0.0000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.111786  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4094  hypothetical protein  35.9 
 
 		 140 aa  54.7  0.0000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.887917  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3393  DoxX family protein  35.04 
 
 		 131 aa  53.9  0.0000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4331  DoxX family protein  33.33 
 
 		 131 aa  53.9  0.0000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.151422 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1386  DoxX family protein  32.48 
 
 		 137 aa  53.1  0.000001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.42391  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3493  hypothetical protein  36.07 
 
 		 161 aa  52  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3555  DoxX family protein  32.79 
 
 		 130 aa  51.6  0.000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.453371 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3527  hypothetical protein  36.07 
 
 		 161 aa  51.6  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0510711 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3423  hypothetical protein  36.07 
 
 		 161 aa  51.6  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.318649  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0860  DoxX  32.76 
 
 		 136 aa  52  0.000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.2035  normal  0.169459 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3420  putative inner membrane protein YqjF  36.07 
 
 		 161 aa  52  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3589  putative inner membrane protein YqjF  36.07 
 
 		 161 aa  52  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.24023 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02970  predicted quinol oxidase subunit  32.79 
 
 		 130 aa  51.2  0.000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0600  DoxX family protein  32.79 
 
 		 130 aa  51.2  0.000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3289  putative inner membrane protein YqjF  32.79 
 
 		 130 aa  51.2  0.000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3574  putative inner membrane protein YqjF  31.97 
 
 		 130 aa  51.6  0.000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02921  hypothetical protein  32.79 
 
 		 130 aa  51.2  0.000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4416  putative inner membrane protein YqjF  32.79 
 
 		 160 aa  51.2  0.000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.260448 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0595  DoxX family protein  32.79 
 
 		 130 aa  51.2  0.000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3399  putative inner membrane protein YqjF  32.79 
 
 		 160 aa  51.6  0.000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0014  hypothetical protein  37.5 
 
 		 142 aa  51.2  0.000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.133834  normal  0.506679 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1542  DoxX  33.91 
 
 		 129 aa  51.2  0.000005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.294668  normal  0.482647 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3260  putative inner membrane protein YqjF  31.97 
 
 		 130 aa  50.8  0.000006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0520  DoxX family protein  38.33 
 
 		 131 aa  50.1  0.000009  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0738  DoxX family protein  38.33 
 
 		 131 aa  50.1  0.00001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2385  DoxX family protein  40.65 
 
 		 131 aa  48.9  0.00002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0905931  normal  0.641291 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4554  DoxX family protein  32.09 
 
 		 143 aa  48.9  0.00002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4295  hypothetical protein  37.93 
 
 		 140 aa  48.1  0.00004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.023682 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0867  membrane protein yphA  31.25 
 
 		 152 aa  48.1  0.00004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.271535 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1454  DoxX family protein  33.06 
 
 		 136 aa  45.8  0.0002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3035  DoxX family protein  28.69 
 
 		 140 aa  45.1  0.0003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.156785  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2074  DoxD-like family protein  29.6 
 
 		 145 aa  45.4  0.0003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.480184  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1966  DoxX family protein  34.91 
 
 		 140 aa  44.7  0.0005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0197798 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5400  DoxX family protein  27.87 
 
 		 137 aa  44.3  0.0005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0358694  normal  0.0708806 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2298  DoxX family protein  32.46 
 
 		 135 aa  43.9  0.0007  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000018841  hitchhiker  0.00171371 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3706  DoxX family protein  27.05 
 
 		 137 aa  43.9  0.0007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2947  DoxX family protein  36.36 
 
 		 131 aa  43.9  0.0008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.209298  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4096  DoxX family protein  29.82 
 
 		 174 aa  43.5  0.0009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0554855  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1790  DoxX  33.33 
 
 		 134 aa  43.1  0.001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.146919  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3348  DoxX  31.25 
 
 		 146 aa  43.1  0.001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0716703  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3057  DoxX family protein  29.51 
 
 		 149 aa  43.1  0.001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5841  DoxX  32.73 
 
 		 134 aa  43.1  0.001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3837  SURF4 domain-containing protein  29.84 
 
 		 137 aa  42.7  0.001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.332195  normal  0.973533 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0183  DoxX family protein  35.29 
 
 		 127 aa  42.7  0.002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.313264  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02435  predicted inner membrane protein  28.69 
 
 		 164 aa  42.7  0.002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3775  putative inner membrane protein YphA  28.69 
 
 		 140 aa  42.7  0.002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0502  DoxX family membrane protein  39.02 
 
 		 146 aa  42.4  0.002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.868597 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02399  hypothetical protein  28.69 
 
 		 164 aa  42.7  0.002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1125  DoxX family protein  28.69 
 
 		 140 aa  42.7  0.002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2696  putative inner membrane protein YphA  28.69 
 
 		 140 aa  42.7  0.002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2695  hypothetical protein  28.69 
 
 		 155 aa  42.4  0.002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2828  hypothetical protein  28.69 
 
 		 140 aa  42.7  0.002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2151  transporter  30.09 
 
 		 132 aa  42.7  0.002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.447191  normal  0.895246 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1134  DoxX family protein  28.69 
 
 		 140 aa  42.7  0.002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2652  DoxX family protein  31.03 
 
 		 182 aa  42.7  0.002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.000120854  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4671  DoxX family protein  33.65 
 
 		 145 aa  42  0.003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.547503 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0708  DoxX  37.8 
 
 		 140 aa  42  0.003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.277979  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1934  DoxX family protein  29.03 
 
 		 155 aa  42  0.003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.467271  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3976  DoxX family protein  30.91 
 
 		 174 aa  41.6  0.003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.603426  decreased coverage  0.00896237 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3431  DoxX family protein  39.06 
 
 		 147 aa  42  0.003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4440  DoxX family protein  30.84 
 
 		 139 aa  42  0.003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.461632  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5222  DoxX family protein  31.53 
 
 		 144 aa  41.2  0.005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2633  DoxX  32.48 
 
 		 128 aa  41.2  0.005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6046  DoxX family protein  27.27 
 
 		 137 aa  40.8  0.006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.392213 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4661  DoxX family protein  30.25 
 
 		 145 aa  40.8  0.007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.526141  normal  0.512029 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4935  DoxX family protein  37.68 
 
 		 136 aa  40.8  0.007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000319097 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3963  DoxX family protein  33.65 
 
 		 114 aa  40.4  0.008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.804647  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5199  DoxX family protein  33.65 
 
 		 145 aa  40.4  0.008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.342492  normal  0.27185 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4019  DoxX  33.33 
 
 		 144 aa  40.4  0.009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.394883  normal  0.482629 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1239  DoxX family protein  37.04 
 
 		 142 aa  40.4  0.009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0830  DoxX family protein  30.39 
 
 		 149 aa  40.4  0.009  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0758  DoxX  37.04 
 
 		 142 aa  40.4  0.009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.974867  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>