More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Xcel_2989 on replicon NC_013530
Organism: Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013530  Xcel_2989  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  100 
 
 
384 aa  719    Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_32110  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  53.69 
 
 
344 aa  259  6e-68  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4968  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  50.97 
 
 
334 aa  241  1e-62  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.295349 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2106  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  46.72 
 
 
339 aa  237  2e-61  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8428  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  44.5 
 
 
358 aa  228  1e-58  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3449  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  48.77 
 
 
325 aa  228  2e-58  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1846  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  42.15 
 
 
388 aa  216  5.9999999999999996e-55  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0625  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  57.95 
 
 
386 aa  213  3.9999999999999995e-54  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.964582 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0441  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  45.82 
 
 
321 aa  208  1e-52  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.226465  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9177  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like protein  48.52 
 
 
337 aa  204  3e-51  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.113469  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0614  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  48.61 
 
 
341 aa  200  3.9999999999999996e-50  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4313  hypoxanthine phosphoribosyltransferase  49.45 
 
 
595 aa  197  2.0000000000000003e-49  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.697204 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0149  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  46.45 
 
 
376 aa  196  8.000000000000001e-49  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2897  helix-turn-helix, Fis-type  45.82 
 
 
324 aa  195  9e-49  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0202  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  43.87 
 
 
398 aa  189  8e-47  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.135787 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35710  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  45.04 
 
 
324 aa  186  7e-46  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.165906  normal  0.743005 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4507  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  48.86 
 
 
335 aa  186  8e-46  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0299  hypoxanthine phosphoribosyltransferase  47.2 
 
 
608 aa  184  2.0000000000000003e-45  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.347067 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0529  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  53.39 
 
 
324 aa  184  2.0000000000000003e-45  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0224456 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0700  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  51.84 
 
 
330 aa  174  2.9999999999999996e-42  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.531916 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_12780  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.84 
 
 
364 aa  174  2.9999999999999996e-42  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5378  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  46.35 
 
 
323 aa  173  5e-42  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00179214 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4020  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  45.66 
 
 
317 aa  169  1e-40  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1134  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.43 
 
 
372 aa  168  1e-40  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0310  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  53.75 
 
 
351 aa  167  2.9999999999999998e-40  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4748  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  44.13 
 
 
333 aa  166  5e-40  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000165031 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4310  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  45.72 
 
 
333 aa  157  4e-37  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.103594 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0555  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  46.3 
 
 
312 aa  156  6e-37  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.644059  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0831  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  45.56 
 
 
344 aa  155  2e-36  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.209005  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1411  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  44.67 
 
 
322 aa  152  8e-36  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5162  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.48 
 
 
320 aa  151  2e-35  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.540091  normal  0.289223 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4776  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like protein  40.75 
 
 
320 aa  143  4e-33  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4862  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.75 
 
 
320 aa  143  4e-33  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.43837  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13656  cell cycle protein mesJ  40.4 
 
 
323 aa  138  1e-31  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0912729  decreased coverage  0.0000749619 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_24800  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.26 
 
 
356 aa  132  7.999999999999999e-30  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0086  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.04 
 
 
470 aa  130  4.0000000000000003e-29  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0846  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  41.48 
 
 
334 aa  129  1.0000000000000001e-28  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0310  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  46.15 
 
 
308 aa  128  2.0000000000000002e-28  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.955861  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2060  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.98 
 
 
471 aa  125  1e-27  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0862311  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_01210  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  44.8 
 
 
394 aa  121  1.9999999999999998e-26  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2187  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like protein  40.17 
 
 
444 aa  122  1.9999999999999998e-26  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.150034  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0104  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  36.58 
 
 
455 aa  119  9.999999999999999e-26  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.192858  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0640  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  24.1 
 
 
456 aa  115  1.0000000000000001e-24  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.180708  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1618  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.71 
 
 
524 aa  110  3e-23  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0950801 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1810  cell cycle protein MesJ, putative  39 
 
 
471 aa  110  5e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0106411  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0125  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  26.61 
 
 
472 aa  110  6e-23  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0068  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.39 
 
 
480 aa  109  7.000000000000001e-23  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.552857  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1229  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.36 
 
 
476 aa  109  9.000000000000001e-23  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0079  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  26.06 
 
 
509 aa  105  1e-21  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2735  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.85 
 
 
459 aa  104  2e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000920326  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17280  hypothetical protein  38.49 
 
 
442 aa  104  2e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2248  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.47 
 
 
485 aa  103  7e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000793902  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1249  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like protein  37.55 
 
 
425 aa  102  8e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.686873 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0062  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  35.34 
 
 
464 aa  102  1e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1494  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  43.87 
 
 
451 aa  101  2e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.763713  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2319  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.66 
 
 
412 aa  101  2e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.074868  normal  0.706957 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2255  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  24.16 
 
 
470 aa  102  2e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000164425  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1114  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  41.53 
 
 
417 aa  100  3e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0822323  normal  0.384948 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1360  PP-loop  37.65 
 
 
445 aa  100  4e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0083  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  25.13 
 
 
481 aa  100  6e-20  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.24629  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1352  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  34.86 
 
 
320 aa  99.8  8e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.150129  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0869  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  25.1 
 
 
455 aa  99.4  9e-20  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3547  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.37 
 
 
427 aa  99.4  9e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.397659  normal  0.0756988 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1004  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.57 
 
 
521 aa  98.2  2e-19  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.925519  normal  0.368038 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2339  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  45.41 
 
 
436 aa  98.2  2e-19  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.934648 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4334  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36 
 
 
345 aa  97.1  5e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.114566 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0977  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.06 
 
 
438 aa  97.1  5e-19  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2861  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  35.04 
 
 
326 aa  97.1  5e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0918  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35 
 
 
445 aa  97.1  5e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0294  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.1 
 
 
433 aa  96.7  6e-19  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.212762 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0666  cell cycle protein  38.36 
 
 
412 aa  96.3  8e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0846  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.45 
 
 
469 aa  95.5  1e-18  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00012547  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4065  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.97 
 
 
426 aa  95.9  1e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000422892 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0144  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.22 
 
 
472 aa  95.5  1e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000175887  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1891  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  31.93 
 
 
468 aa  94.7  2e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000460009  hitchhiker  0.0000000000638883 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2474  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  23.18 
 
 
469 aa  95.1  2e-18  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0511  PP-loop  28.36 
 
 
342 aa  94.4  3e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00560  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  22.78 
 
 
468 aa  94.4  3e-18  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0427403  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1551  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.41 
 
 
241 aa  94.4  3e-18  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000725449 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0164  hypothetical protein  32 
 
 
525 aa  94  4e-18  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.156481  unclonable  0.00000174204 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0845  PP-loop  39.68 
 
 
323 aa  94  4e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.985439  hitchhiker  0.00439343 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0094  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.96 
 
 
454 aa  94  4e-18  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1421  PP-loop family protein  35.02 
 
 
470 aa  93.6  5e-18  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2788  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  26.15 
 
 
469 aa  93.6  6e-18  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1125  PP-loop  39.44 
 
 
484 aa  93.2  7e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00891393  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1341  hypothetical protein  28.03 
 
 
460 aa  92.8  8e-18  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.181704  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01899  tRNA(Ile)-lysidine synthase (tRNA(Ile)-lysidinesynthetase) (tRNA(Ile)-2-lysyl-cytidine synthase)  36.69 
 
 
434 aa  92.8  8e-18  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1620  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.87 
 
 
390 aa  92.8  8e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0964  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.13 
 
 
461 aa  92  1e-17  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0475  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.22 
 
 
449 aa  92.8  1e-17  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1692  tRNA(Ile)-lysidine synthase  31.22 
 
 
449 aa  92.4  1e-17  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1203  PP-loop  33.21 
 
 
476 aa  91.3  3e-17  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2362  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  38.66 
 
 
430 aa  91.3  3e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.54755  normal  0.628106 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0689  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.08 
 
 
409 aa  90.5  4e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.544883  normal  0.119595 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1627  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.61 
 
 
335 aa  90.9  4e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0228  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.28 
 
 
473 aa  90.5  5e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3251  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  25.46 
 
 
344 aa  89.7  7e-17  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0128413  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01389  cell cycle protein MesJ  30.94 
 
 
441 aa  89.7  8e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.683525  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2027  ketose-bisphosphate aldolase, class-II  31.33 
 
 
357 aa  89.7  8e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.481135  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3087  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.86 
 
 
325 aa  89.4  9e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>