80 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_1994 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_1994  putative cytochrome c  100 
 
 		 132 aa  263  8e-70  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0572463  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3893  cytochrome c class I  44.44 
 
 		 165 aa  97.4  5e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.894591  normal  0.203291 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1995  cytochrome c class I  51.09 
 
 		 293 aa  92  2e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0213556  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0092  hypothetical protein  44.44 
 
 		 134 aa  91.7  3e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.215485  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2352  hypothetical protein  49.43 
 
 		 133 aa  87  7e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.188456  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5240  putative cytochrome c class I protein  45.98 
 
 		 140 aa  87  8e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.114895  normal  0.361505 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2986  hypothetical protein  48.28 
 
 		 132 aa  83.6  8e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.338294  normal  0.0850747 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5829  putative cytochrome c protein, class I  37.8 
 
 		 136 aa  82.4  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3383  cytochrome c class I  39.69 
 
 		 120 aa  80.5  0.000000000000007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1767  cytochrome c oxidase, subunit II  43.33 
 
 		 352 aa  65.9  0.0000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.204958  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6572  cytochrome c, monohaem  40.45 
 
 		 352 aa  64.7  0.0000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.381109  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2792  cytochrome c oxidase, subunit II  41.11 
 
 		 330 aa  64.3  0.0000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.625738  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5502  cytochrome c oxidase, subunit II  42.5 
 
 		 370 aa  63.5  0.0000000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.535121  normal  0.0572426 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6539  cytochrome c, monohaem  40 
 
 		 434 aa  62.8  0.000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.537411  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6286  cytochrome c oxidase, subunit II  40.45 
 
 		 352 aa  63.5  0.000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.257472  normal  0.0263748 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6146  cytochrome c oxidase, subunit II  39.56 
 
 		 353 aa  63.2  0.000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.870856  normal  0.304247 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1292  cytochrome c oxidase, subunit II  39.56 
 
 		 354 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.493898  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4792  cytochrome c oxidase, subunit II  40 
 
 		 354 aa  62.8  0.000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0280165  normal  0.517537 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0460  cytochrome c oxidase, subunit II  34.21 
 
 		 353 aa  61.2  0.000000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.354816  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0697  cytochrome c oxidase, subunit II  38.64 
 
 		 322 aa  61.6  0.000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3540  cytochrome c oxidase, subunit II  40 
 
 		 311 aa  60.8  0.000000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5826  cytochrome c oxidase, subunit II  39 
 
 		 330 aa  61.2  0.000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1449  cytochrome c oxidase, subunit II  34.69 
 
 		 346 aa  60.5  0.000000008  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.015711 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5244  cytochrome c oxidase, subunit II  36.73 
 
 		 326 aa  59.7  0.00000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0788277  normal  0.868201 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6354  cytochrome c oxidase subunit II  35.85 
 
 		 334 aa  57.4  0.00000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0628  cytochrome c oxidase, subunit II  38.89 
 
 		 351 aa  56.2  0.0000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.197881 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0709  cytochrome c oxidase subunit II  38.64 
 
 		 355 aa  55.5  0.0000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.669005  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1705  cytochrome c, monohaem  34.62 
 
 		 324 aa  54.7  0.0000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.829367  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2072  cytochrome c oxidase, subunit II  33.66 
 
 		 425 aa  54.7  0.0000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.54281 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0783  cytochrome c oxidase, subunit II  37.08 
 
 		 372 aa  54.7  0.0000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0945  cytochrome oxidase subunit II  37.08 
 
 		 372 aa  54.7  0.0000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.891376  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0771  cytochrome c oxidase, subunit II  37.08 
 
 		 381 aa  54.7  0.0000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0315373  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1993  cytochrome c oxidase, subunit II  33.7 
 
 		 314 aa  54.7  0.0000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0975891  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0167  putative cytochrome c oxidase subunit II  37.08 
 
 		 371 aa  53.5  0.000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.26265  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3379  cytochrome c oxidase, subunit II  35.11 
 
 		 318 aa  53.1  0.000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0118  cytochrome c oxidase, subunit IIC  39.33 
 
 		 324 aa  51.6  0.000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.134505  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2347  cytochrome c oxidase, subunit II  31.15 
 
 		 334 aa  51.6  0.000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1754  cytochrome c, monohaem  38.2 
 
 		 324 aa  52  0.000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0983  cytochrome c oxidase, subunit II  27.96 
 
 		 356 aa  50.8  0.000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2183  putative cytochrome c oxidase polypeptide II precursor  36.36 
 
 		 338 aa  51.2  0.000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0732382 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2991  cytochrome c oxidase, subunit II  36.71 
 
 		 338 aa  51.2  0.000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.336386  normal  0.0255364 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3558  cytochrome c oxidase subunit II  32.67 
 
 		 370 aa  50.4  0.000008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.22857 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0096  cytochrome c oxidase, subunit II  34.34 
 
 		 334 aa  50.1  0.000009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.296292  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1855  cytochrome c oxidase, subunit II  30.49 
 
 		 356 aa  48.9  0.00002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2263  cytochrome c oxidase, subunit II  32.67 
 
 		 367 aa  48.9  0.00003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0175262  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2122  cytochrome c, class I  27.2 
 
 		 312 aa  47.4  0.00007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.959895  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0079  putative cytochrome c oxidase subunit II  35.23 
 
 		 342 aa  47.4  0.00007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.917681  hitchhiker  0.00234837 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2850  cytochrome c class I  29.79 
 
 		 312 aa  46.2  0.0001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5491  cytochrome c oxidase, subunit II  31.43 
 
 		 355 aa  47  0.0001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.31459  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2800  cytochrome c  37.62 
 
 		 235 aa  46.6  0.0001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.318955 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4760  cytochrome c oxidase subunit II  35.05 
 
 		 327 aa  44.3  0.0005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.723293  normal  0.0836993 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1835  cytochrome c, class I  32.95 
 
 		 166 aa  44.3  0.0006  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.315382  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3770  cytochrome c oxidase subunit II  27.08 
 
 		 349 aa  44.3  0.0006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1249  cytochrome c class I  33.33 
 
 		 238 aa  43.9  0.0007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2266  cytochrome c, monohaem  32.93 
 
 		 336 aa  43.1  0.001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.380948  normal  0.0167103 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1193  cytochrome c oxidase, subunit II  29.03 
 
 		 349 aa  43.1  0.001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4046  cytochrome c oxidase, subunit II  29.03 
 
 		 349 aa  43.1  0.001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0200  cytochrome c class I  24.14 
 
 		 743 aa  43.1  0.001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0327  cytochrome C, membrane-bound  31.37 
 
 		 172 aa  43.1  0.001  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3501  cytochrome c, class I  33.65 
 
 		 225 aa  42.7  0.001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.466234 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2646  cytochrome c oxidase subunit II  26.04 
 
 		 349 aa  42.7  0.002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0991495  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3704  cytochrome c oxidase, subunit II  29.03 
 
 		 349 aa  42.7  0.002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.136015  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3687  cytochrome c oxidase, subunit II  29.03 
 
 		 349 aa  42.7  0.002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3959  cytochrome c oxidase, subunit II  29.03 
 
 		 349 aa  42.7  0.002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3856  cytochrome c oxidase subunit II  29.03 
 
 		 349 aa  42.7  0.002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.15254  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3991  cytochrome c oxidase, subunit II  29.03 
 
 		 349 aa  42.7  0.002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4062  cytochrome c oxidase, subunit II  29.03 
 
 		 349 aa  42.7  0.002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4154  cytochrome c oxidase subunit II  29.03 
 
 		 349 aa  42.7  0.002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1194  hypothetical protein  26.98 
 
 		 264 aa  42.4  0.002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3289  cytochrome c class I  33.04 
 
 		 169 aa  42.4  0.002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.181782  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2026  cytochrome c oxidase, subunit II  36.76 
 
 		 346 aa  42  0.003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000905775 
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3471  cytochrome c, class I  28.67 
 
 		 199 aa  42  0.003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2101  cytochrome c family protein  37.5 
 
 		 154 aa  41.6  0.004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0678  cytochrome c, class I  30.39 
 
 		 173 aa  41.2  0.005  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2411  cytochrome c, class I  34.41 
 
 		 121 aa  40.8  0.007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0911024 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2099  cytochrome c, class I  31.82 
 
 		 123 aa  40.4  0.007  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1535  ubiquinol-cytochrome c reductase cytochrome c1 subunit  29.29 
 
 		 236 aa  40.4  0.009  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000513902  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0202  cytochrome c class I  29.09 
 
 		 264 aa  40  0.01  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3076  cytochrome c class I  32.41 
 
 		 165 aa  40  0.01  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4360  cytochrome c, class I  32.32 
 
 		 235 aa  40  0.01  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>