More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2026 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_2026  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  100 
 
 		 389 aa  775    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.447397 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2778  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  64.14 
 
 		 384 aa  450  1e-125  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.985117 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2484  cytochrome containing L-lactate dehydrogenase  57.85 
 
 		 389 aa  397  1e-109  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3045  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  39.67 
 
 		 374 aa  247  3e-64  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3929  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  39.84 
 
 		 388 aa  239  6.999999999999999e-62  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0176319  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1305  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  36.19 
 
 		 379 aa  238  1e-61  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.304754 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2622  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  41.27 
 
 		 398 aa  238  1e-61  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.737171  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3368  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  37.2 
 
 		 406 aa  238  1e-61  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000000428393  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4132  L-lactate dehydrogenase  39.08 
 
 		 386 aa  235  1.0000000000000001e-60  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1041  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  39.95 
 
 		 458 aa  234  1.0000000000000001e-60  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4800  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  35.64 
 
 		 379 aa  234  1.0000000000000001e-60  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.700364  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0908  L-lactate dehydrogenase  38.44 
 
 		 380 aa  233  4.0000000000000004e-60  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4413  L-lactate dehydrogenase  39.35 
 
 		 386 aa  233  4.0000000000000004e-60  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001223  L-lactate dehydrogenase  38.95 
 
 		 379 aa  233  4.0000000000000004e-60  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3912  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  41.27 
 
 		 401 aa  233  5e-60  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1112  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  36.05 
 
 		 381 aa  232  8.000000000000001e-60  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5754  L-lactate dehydrogenase  35.58 
 
 		 386 aa  231  2e-59  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.202266  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1403  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  39.45 
 
 		 368 aa  231  2e-59  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00336342 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4115  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  35.36 
 
 		 379 aa  231  2e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.105278  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3635  L-lactate dehydrogenase  40.32 
 
 		 379 aa  231  2e-59  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0254  L-lactate dehydrogenase  39.25 
 
 		 378 aa  230  3e-59  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6258  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  38.44 
 
 		 390 aa  230  4e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2360  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  39.78 
 
 		 379 aa  229  7e-59  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0404  L-lactate dehydrogenase  38.48 
 
 		 392 aa  226  4e-58  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0136  S-mandelate dehydrogenase (MdlB)  36.29 
 
 		 394 aa  226  5.0000000000000005e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3916  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  35.12 
 
 		 379 aa  226  5.0000000000000005e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03463  L-lactate dehydrogenase, FMN-linked  38.13 
 
 		 396 aa  226  6e-58  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0100  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  38.13 
 
 		 396 aa  226  6e-58  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0103  L-lactate dehydrogenase  38.13 
 
 		 396 aa  226  6e-58  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03414  hypothetical protein  38.13 
 
 		 396 aa  226  6e-58  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3817  L-lactate dehydrogenase  38.13 
 
 		 396 aa  226  6e-58  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3942  L-lactate dehydrogenase  38.13 
 
 		 396 aa  226  6e-58  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4978  L-lactate dehydrogenase  38.13 
 
 		 396 aa  226  6e-58  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4031  L-lactate dehydrogenase  38.13 
 
 		 396 aa  226  6e-58  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4109  L-lactate dehydrogenase  38.13 
 
 		 396 aa  226  6e-58  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6402  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  38.38 
 
 		 402 aa  224  2e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2879  L-lactate dehydrogenase  37.77 
 
 		 383 aa  223  4e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.18663  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1816  putative L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  35.2 
 
 		 378 aa  223  4e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03020  alpha-hydroxyacid dehydrogenase, FMN-dependent L-lactate dehydrogenase  37.3 
 
 		 409 aa  223  4e-57  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3519  L-lactate dehydrogenase  37.63 
 
 		 378 aa  223  4e-57  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.578811 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3143  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  35.77 
 
 		 380 aa  223  4.9999999999999996e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.325182  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3895  L-lactate dehydrogenase  37.87 
 
 		 396 aa  223  6e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.479872 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1696  L-lactate dehydrogenase  37.03 
 
 		 381 aa  223  7e-57  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0334813 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2409  L-lactate dehydrogenase  37.03 
 
 		 381 aa  223  7e-57  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3911  L-lactate dehydrogenase  37.6 
 
 		 396 aa  222  7e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2506  L-lactate dehydrogenase  37.03 
 
 		 381 aa  223  7e-57  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4080  L-lactate dehydrogenase  37.6 
 
 		 396 aa  222  7e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3859  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  36.49 
 
 		 390 aa  223  7e-57  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5491  L-lactate dehydrogenase  39.25 
 
 		 381 aa  222  8e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.316989  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4018  L-lactate dehydrogenase  37.6 
 
 		 396 aa  222  9e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1889  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  33.51 
 
 		 402 aa  221  9.999999999999999e-57  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0450886 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5795  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  36.22 
 
 		 383 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.821423 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4638  L-lactate dehydrogenase  37.74 
 
 		 384 aa  221  1.9999999999999999e-56  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.76191  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2083  FMN-dependent dehydrogenase  32.53 
 
 		 381 aa  221  1.9999999999999999e-56  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.443709  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1654  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  33.51 
 
 		 402 aa  221  1.9999999999999999e-56  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.445143 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33860  L-lactate dehydrogenase  37.23 
 
 		 383 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.14557 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63090  L-lactate dehydrogenase  39.25 
 
 		 381 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0242094  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1448  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  34.51 
 
 		 381 aa  220  3e-56  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5439  L-lactate dehydrogenase  38.21 
 
 		 379 aa  219  3.9999999999999997e-56  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6013  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  35.41 
 
 		 397 aa  220  3.9999999999999997e-56  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0169115 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1846  (S)-2-hydroxy-acid oxidase  37.03 
 
 		 382 aa  220  3.9999999999999997e-56  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.389161 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3346  L-lactate dehydrogenase  37.37 
 
 		 379 aa  220  3.9999999999999997e-56  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.551416 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0920  L-lactate dehydrogenase  33.97 
 
 		 381 aa  219  5e-56  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.451732  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3973  L-lactate dehydrogenase  37.33 
 
 		 396 aa  219  5e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.749794 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0862  L-lactate dehydrogenase  33.97 
 
 		 381 aa  219  5e-56  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.27299  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0948  L-lactate dehydrogenase  34.32 
 
 		 390 aa  219  7e-56  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4737  L-lactate dehydrogenase  38.44 
 
 		 381 aa  219  1e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1075  (S)-2-hydroxy-acid oxidase  35.45 
 
 		 399 aa  218  2e-55  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4602  L-lactate dehydrogenase  38.44 
 
 		 381 aa  217  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0515412  normal  0.0177303 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4736  L-lactate dehydrogenase  38.44 
 
 		 381 aa  217  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000909372 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0107  putative FMN-dependent dehydrogenase  35.66 
 
 		 420 aa  217  2.9999999999999998e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5798  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  37.8 
 
 		 415 aa  216  5e-55  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.100702 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4493  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  35.48 
 
 		 378 aa  216  5e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.14596 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03463  L-lactate dehydrogenase  38.93 
 
 		 388 aa  216  7e-55  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0130  L-lactate dehydrogenase  37.07 
 
 		 395 aa  215  9.999999999999999e-55  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3845  (S)-2-hydroxy-acid oxidase  38.83 
 
 		 397 aa  213  2.9999999999999995e-54  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2580  L-lactate dehydrogenase  35.92 
 
 		 412 aa  214  2.9999999999999995e-54  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6648  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  34.23 
 
 		 391 aa  213  3.9999999999999995e-54  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0123873 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1682  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  31.4 
 
 		 403 aa  213  4.9999999999999996e-54  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000210752  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2875  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  34.77 
 
 		 380 aa  213  5.999999999999999e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.189587  normal  0.0992837 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2829  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  35.87 
 
 		 388 aa  212  7e-54  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0695  L-lactate dehydrogenase  38.17 
 
 		 381 aa  212  7.999999999999999e-54  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000139507 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7392  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  35.2 
 
 		 405 aa  212  9e-54  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0187555  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0315  FMN-dependent dehydrogenase  35.66 
 
 		 440 aa  212  1e-53  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0990352  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0283  FMN-dependent dehydrogenase  35.66 
 
 		 412 aa  212  1e-53  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.130627  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2444  FMN-dependent dehydrogenase  35.66 
 
 		 412 aa  212  1e-53  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0882  FMN-dependent dehydrogenase  35.66 
 
 		 412 aa  212  1e-53  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.726266  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3343  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  36.05 
 
 		 417 aa  212  1e-53  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.326898  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1463  FMN-dependent dehydrogenase  35.66 
 
 		 440 aa  212  1e-53  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.675409  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2651  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  35.56 
 
 		 390 aa  211  2e-53  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5294  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  34.51 
 
 		 391 aa  211  2e-53  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3298  (S)-2-hydroxy-acid oxidase  35.56 
 
 		 390 aa  211  2e-53  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.355781  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3141  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  36.32 
 
 		 410 aa  211  2e-53  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.4786 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0604  putative L(+)-mandelate dehydrogenase  37.36 
 
 		 441 aa  211  2e-53  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3174  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  36.36 
 
 		 399 aa  211  2e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.898854  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3706  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  36.13 
 
 		 409 aa  211  2e-53  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.267728  normal  0.192703 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2117  (S)-2-hydroxy-acid oxidase  36.76 
 
 		 381 aa  211  2e-53  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4877  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  40.05 
 
 		 379 aa  211  2e-53  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.414226 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3678  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  35.26 
 
 		 383 aa  210  3e-53  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0259066  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0228  (S)-2-hydroxy-acid oxidase  37.91 
 
 		 439 aa  210  3e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>