More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1501 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007802  Jann_2713  putative oxidoreductase  72.02 
 
 		 446 aa  638    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.754768  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1501  putative oxidoreductase  100 
 
 		 444 aa  898    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1362  putative oxidoreductase  68.02 
 
 		 445 aa  621  1e-177  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.90664 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0189  putative oxidoreductase  67.65 
 
 		 445 aa  613  9.999999999999999e-175  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1822  glutamate synthase subunit beta  68.28 
 
 		 443 aa  607  9.999999999999999e-173  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.204579 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1456  putative oxidoreductase  69.5 
 
 		 443 aa  593  1e-168  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0283  putative oxidoreductase  62.56 
 
 		 501 aa  558  1e-158  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0297  putative oxidoreductase  62.56 
 
 		 498 aa  558  1e-158  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.284933  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0366  putative oxidoreductase  62.1 
 
 		 500 aa  558  1e-158  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3448  putative oxidoreductase  63.62 
 
 		 475 aa  553  1e-156  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0584145  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2057  putative oxidoreductase  63.92 
 
 		 450 aa  551  1e-156  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0749543  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2360  putative oxidoreductase  62.56 
 
 		 453 aa  541  1e-153  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3280  putative oxidoreductase  62.93 
 
 		 453 aa  528  1e-149  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0565301 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3028  putative oxidoreductase  62.47 
 
 		 453 aa  525  1e-148  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00065642  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0044  glutamate synthase subunit beta  54.26 
 
 		 472 aa  472  1e-132  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2861  glutamate synthase subunit beta  53.17 
 
 		 455 aa  464  1e-129  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4019  putative oxidoreductase  56.71 
 
 		 448 aa  464  1e-129  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2198  putative oxidoreductase  55.96 
 
 		 440 aa  461  9.999999999999999e-129  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4152  glutamate synthase subunit beta  51.6 
 
 		 477 aa  456  1e-127  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1596  putative oxidoreductase  54.77 
 
 		 445 aa  441  1e-123  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6235  putative oxidoreductase  54.77 
 
 		 445 aa  441  1e-123  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0391718  normal  0.166247 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0966  glutamate synthase subunit beta  55.35 
 
 		 451 aa  443  1e-123  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6036  putative oxidoreductase  56.16 
 
 		 455 aa  444  1e-123  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.255193  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6655  putative oxidoreductase  54.32 
 
 		 445 aa  437  1e-121  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.349895  normal  0.0132597 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2690  putative oxidoreductase  53.94 
 
 		 449 aa  432  1e-120  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6711  putative oxidoreductase  54.09 
 
 		 445 aa  432  1e-120  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.717012  normal  0.546311 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5722  putative oxidoreductase  53.95 
 
 		 445 aa  431  1e-119  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.265057  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3442  putative oxidoreductase  52.4 
 
 		 481 aa  428  1e-119  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.27561 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3639  putative oxidoreductase  52.62 
 
 		 455 aa  430  1e-119  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.624822  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1428  putative oxidoreductase  54.38 
 
 		 449 aa  429  1e-119  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5966  putative oxidoreductase  53.72 
 
 		 445 aa  429  1e-119  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.592617 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4037  putative oxidoreductase  52.39 
 
 		 455 aa  426  1e-118  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.239048  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1801  putative oxidoreductase  51.11 
 
 		 478 aa  425  1e-118  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.539789 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1835  putative oxidoreductase  52.38 
 
 		 455 aa  425  1e-118  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.127421 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0542  putative oxidoreductase  51.83 
 
 		 455 aa  422  1e-117  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05750  putative oxidoreductase  52.06 
 
 		 455 aa  422  1e-117  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5350  putative oxidoreductase  53.97 
 
 		 445 aa  419  1e-116  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.236159 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1535  putative oxidoreductase  51.85 
 
 		 449 aa  408  1e-113  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3447  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  43.69 
 
 		 453 aa  352  8e-96  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00401797  normal  0.0849799 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2109  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulfide oxidoreductase  43.19 
 
 		 445 aa  308  1.0000000000000001e-82  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.544287  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1890  FAD dependent oxidoreductase  41.52 
 
 		 440 aa  300  5e-80  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00119586  hitchhiker  0.00883124 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2212  putative oxidoreductase  40.62 
 
 		 465 aa  289  6e-77  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0262  putative oxidoreductase  37.25 
 
 		 462 aa  281  2e-74  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2582  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  42.89 
 
 		 457 aa  276  4e-73  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0372  sulfide dehydrogenase (flavoprotein) subunit SudA  35.67 
 
 		 464 aa  231  1e-59  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.63559  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2830  putative oxidoreductase  36.95 
 
 		 469 aa  229  9e-59  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00165731  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1071  putative oxidoreductase  36.77 
 
 		 468 aa  228  2e-58  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.188657  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0752  putative oxidoreductase  35.37 
 
 		 470 aa  226  4e-58  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000025302  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1163  glutamate synthase (NADPH), homotetrameric  34.47 
 
 		 457 aa  226  8e-58  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0651  glutamate synthase (NADPH), homotetrameric  36.77 
 
 		 466 aa  224  2e-57  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.990694  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3057  putative oxidoreductase  35.84 
 
 		 470 aa  222  9.999999999999999e-57  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1151  putative oxidoreductase  34.14 
 
 		 468 aa  221  9.999999999999999e-57  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02075  predicted oxidoreductase  36.85 
 
 		 412 aa  221  1.9999999999999999e-56  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1512  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  36.85 
 
 		 412 aa  221  1.9999999999999999e-56  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0825  putative oxidoreductase  36.85 
 
 		 412 aa  221  1.9999999999999999e-56  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1328  putative oxidoreductase  35.14 
 
 		 455 aa  221  1.9999999999999999e-56  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.100001  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1502  putative oxidoreductase  36.85 
 
 		 412 aa  221  1.9999999999999999e-56  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2545  glutamate synthase (NADPH), homotetrameric  34.62 
 
 		 464 aa  221  1.9999999999999999e-56  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.000000029955  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02034  hypothetical protein  36.85 
 
 		 412 aa  221  1.9999999999999999e-56  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2150  glutamate synthase (NADPH), homotetrameric  34.52 
 
 		 480 aa  221  3e-56  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.60175  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0644  glutamate synthase (NADPH), homotetrameric  34.99 
 
 		 474 aa  219  5e-56  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000739676  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2293  putative oxidoreductase  36.85 
 
 		 412 aa  220  5e-56  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00262467 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1828  glutamate synthase (NADPH), homotetrameric  36.02 
 
 		 448 aa  219  5e-56  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.756124 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2332  putative oxidoreductase  34.91 
 
 		 413 aa  218  1e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2280  putative oxidoreductase  36.62 
 
 		 412 aa  218  1e-55  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0038  putative oxidoreductase  34.4 
 
 		 465 aa  218  2e-55  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.237423  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2441  putative oxidoreductase  36.62 
 
 		 412 aa  218  2e-55  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06470  glutamate synthase (NADPH) small subunit  33.84 
 
 		 476 aa  218  2e-55  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000571005  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0551  glutamate synthase (NADPH), homotetrameric  35.1 
 
 		 479 aa  218  2e-55  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0035  putative oxidoreductase  34.55 
 
 		 465 aa  218  2e-55  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.0177614  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3278  putative oxidoreductase  36.47 
 
 		 412 aa  218  2e-55  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.598108 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3004  ferredoxin  35.4 
 
 		 493 aa  218  2e-55  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2614  putative oxidoreductase Fe-S binding subunit  35.23 
 
 		 659 aa  217  2.9999999999999998e-55  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2421  putative oxidoreductase  34.91 
 
 		 413 aa  217  4e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.70845  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3701  glutamate synthase subunit beta  35.56 
 
 		 472 aa  216  5.9999999999999996e-55  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1304  putative oxidoreductase  33.92 
 
 		 468 aa  216  7e-55  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2533  putative oxidoreductase  34.67 
 
 		 413 aa  215  9.999999999999999e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0200812  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4536  glutamate synthase subunit beta  35.56 
 
 		 472 aa  215  9.999999999999999e-55  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2376  putative oxidoreductase  34.43 
 
 		 413 aa  215  9.999999999999999e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2037  hydrogenase, Fe-only  34.79 
 
 		 1150 aa  215  9.999999999999999e-55  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.163812  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2747  putative oxidoreductase Fe-S binding subunit  35.01 
 
 		 659 aa  215  9.999999999999999e-55  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2425  putative oxidoreductase  34.43 
 
 		 413 aa  215  9.999999999999999e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02359  fused predicted oxidoreductase: FeS binding subunit/NAD/FAD-binding subunit  35.01 
 
 		 659 aa  214  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03078  glutamate synthase, 4Fe-4S protein, small subunit  35.56 
 
 		 472 aa  215  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0494  glutamate synthase, small subunit  35.56 
 
 		 472 aa  215  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1202  glutamate synthase, small subunit  35.01 
 
 		 659 aa  214  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03029  hypothetical protein  35.56 
 
 		 472 aa  215  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02321  hypothetical protein  35.01 
 
 		 659 aa  214  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0487  glutamate synthase subunit beta  35.56 
 
 		 472 aa  215  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2597  putative oxidoreductase Fe-S binding subunit  35.01 
 
 		 659 aa  214  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1209  putative oxidoreductase Fe-S binding subunit  35.01 
 
 		 659 aa  214  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3406  glutamate synthase subunit beta  35.56 
 
 		 472 aa  215  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3557  glutamate synthase subunit beta  35.56 
 
 		 472 aa  215  1.9999999999999998e-54  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2825  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  35.75 
 
 		 699 aa  214  1.9999999999999998e-54  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3509  glutamate synthase subunit beta  35.48 
 
 		 472 aa  214  2.9999999999999995e-54  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2411  putative oxidoreductase  34.85 
 
 		 471 aa  214  2.9999999999999995e-54  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000146466  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0020  putative oxidoreductase  34.35 
 
 		 469 aa  213  3.9999999999999995e-54  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0317  glutamate synthase (NADPH), homotetrameric  35.35 
 
 		 469 aa  213  3.9999999999999995e-54  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000287651  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_36  glutamate synthase (NADPH), homotetrameric  34.32 
 
 		 465 aa  213  4.9999999999999996e-54  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.800256  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2845  putative oxidoreductase Fe-S binding subunit  35.45 
 
 		 653 aa  213  7.999999999999999e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.625431  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>