More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_2954 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_2954  two component transcriptional regulator  100 
 
 		 226 aa  444  1.0000000000000001e-124  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.120358 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4516  two component transcriptional regulator  45.29 
 
 		 225 aa  179  2e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.158523  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2913  two component transcriptional regulator  43.69 
 
 		 227 aa  177  2e-43  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0379396  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0274  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.39 
 
 		 232 aa  174  9.999999999999999e-43  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.701823  normal  0.83989 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0944  two component transcriptional regulator  43.24 
 
 		 225 aa  173  1.9999999999999998e-42  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.091613  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3740  two component transcriptional regulator  42.34 
 
 		 226 aa  173  1.9999999999999998e-42  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.487084  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10613  two component system DNA binding transcriptional regulatory protein tcrA  43.24 
 
 		 253 aa  171  5.999999999999999e-42  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.0000000499525  normal  0.750249 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3674  two component transcriptional regulator  42.86 
 
 		 263 aa  171  9e-42  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.400914  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0785  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.24 
 
 		 226 aa  170  1e-41  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03339  Response regulator consisting of a CheY-like receiver domain and a winged-helix DNA-binding domain  40.91 
 
 		 226 aa  169  2e-41  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2401  two component transcriptional regulator  43.5 
 
 		 283 aa  169  2e-41  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0476592  normal  0.0197415 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0275  two component transcriptional regulator  41.44 
 
 		 228 aa  169  4e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0264375 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3888  two component transcriptional regulator  41.89 
 
 		 223 aa  168  6e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.130623  normal  0.799765 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5481  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.99 
 
 		 228 aa  167  8e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.537932  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0280  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.19 
 
 		 225 aa  167  1e-40  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4783  two component transcriptional regulator  40.81 
 
 		 225 aa  167  1e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000784885  unclonable  0.00000000984925 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4527  two component transcriptional regulator  41.26 
 
 		 226 aa  166  2e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0984  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.75 
 
 		 246 aa  166  2e-40  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.0723779 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2666  two component transcriptional regulator  41.26 
 
 		 255 aa  166  2.9999999999999998e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.128945  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3517  two component transcriptional regulator  42.41 
 
 		 238 aa  166  2.9999999999999998e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0423488  normal  0.321822 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4110  two component transcriptional regulator  40.36 
 
 		 225 aa  166  4e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0419  two component transcriptional regulator  40.44 
 
 		 229 aa  165  5e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.509677  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5311  two component transcriptional regulator  40.34 
 
 		 246 aa  165  5e-40  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.554395  normal  0.310406 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1505  response regulator receiver  40.45 
 
 		 219 aa  165  5.9999999999999996e-40  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.404603  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1476  two component transcriptional regulator  40.45 
 
 		 219 aa  165  5.9999999999999996e-40  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1887  two component transcriptional regulator  40.79 
 
 		 231 aa  165  5.9999999999999996e-40  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.882564  normal  0.344123 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0435  DNA-binding response regulator  40.99 
 
 		 228 aa  164  6.9999999999999995e-40  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0389  winged helix family two component transcriptional regulator  42.99 
 
 		 224 aa  165  6.9999999999999995e-40  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.667669  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0329  response regulator receiver  41.59 
 
 		 232 aa  165  6.9999999999999995e-40  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4392  two component transcriptional regulator  41.52 
 
 		 225 aa  164  9e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0025821  decreased coverage  0.00000564878 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2242  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.39 
 
 		 224 aa  164  1.0000000000000001e-39  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.415885 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3383  two component transcriptional regulator  37.67 
 
 		 224 aa  164  1.0000000000000001e-39  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1599  two component transcriptional regulator  43.69 
 
 		 228 aa  164  1.0000000000000001e-39  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.118902  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3286  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.96 
 
 		 228 aa  164  1.0000000000000001e-39  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.167791  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3484  two component transcriptional regulator  41.59 
 
 		 249 aa  164  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.524014  normal  0.179131 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2757  response regulator receiver  41.33 
 
 		 225 aa  164  1.0000000000000001e-39  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1370  two component response regulator  40.54 
 
 		 252 aa  163  2.0000000000000002e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0612  DNA-binding response regulator  41.7 
 
 		 235 aa  163  2.0000000000000002e-39  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.688885  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0851  two component transcriptional regulator  38.74 
 
 		 222 aa  163  2.0000000000000002e-39  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3400  two component transcriptional regulator  37.84 
 
 		 224 aa  163  2.0000000000000002e-39  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.105495  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1478  two component transcriptional regulator  40.71 
 
 		 240 aa  163  2.0000000000000002e-39  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000111909  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2236  two component transcriptional regulator  40.44 
 
 		 227 aa  163  2.0000000000000002e-39  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.214459  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0611  DNA-binding response regulator  41.7 
 
 		 235 aa  163  2.0000000000000002e-39  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0943  two component transcriptional regulator  42.79 
 
 		 223 aa  163  2.0000000000000002e-39  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0172896  normal  0.994999 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0615  two component transcriptional regulator  41.96 
 
 		 228 aa  162  3e-39  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0841359  normal  0.719107 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2012  winged helix family two component transcriptional regulator  39.91 
 
 		 241 aa  162  3e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.566736  normal  0.606644 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3871  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.26 
 
 		 227 aa  162  3e-39  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.0000000473157  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0998  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.73 
 
 		 223 aa  162  3e-39  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2957  two component transcriptional regulator  37.84 
 
 		 223 aa  162  3e-39  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.000000000406961  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4293  two component transcriptional regulator  38.74 
 
 		 224 aa  162  3e-39  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000934276  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0523  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.29 
 
 		 224 aa  162  3e-39  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1074  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.91 
 
 		 248 aa  162  4.0000000000000004e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.798214 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4798  two component transcriptional regulator  43.36 
 
 		 230 aa  162  4.0000000000000004e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.358461 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0997  two component transcriptional regulator  44 
 
 		 230 aa  162  5.0000000000000005e-39  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.679101  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10999  two component response transcriptional regulatory protein MprA  41.15 
 
 		 230 aa  162  5.0000000000000005e-39  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00000000188235  normal  0.671639 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0632  two component transcriptional regulator  38.33 
 
 		 227 aa  162  5.0000000000000005e-39  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.157641  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0097  two component transcriptional regulator  40.36 
 
 		 225 aa  162  5.0000000000000005e-39  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00144432  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0227  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.84 
 
 		 224 aa  162  5.0000000000000005e-39  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3447  two component transcriptional regulator  41.07 
 
 		 277 aa  162  5.0000000000000005e-39  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.679069  normal  0.861336 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0406  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.15 
 
 		 232 aa  162  5.0000000000000005e-39  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.076876  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0604  two component transcriptional regulator  38.33 
 
 		 227 aa  162  5.0000000000000005e-39  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00704602  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1247  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.66 
 
 		 235 aa  162  6e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.464606  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0016  two component transcriptional regulator  43.69 
 
 		 262 aa  161  8.000000000000001e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0638  two component transcriptional regulator  39.64 
 
 		 233 aa  161  8.000000000000001e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.403787  normal  0.96994 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4844  two component transcriptional regulator  40.53 
 
 		 231 aa  161  8.000000000000001e-39  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.312171 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0451  DNA-binding response regulator  36.94 
 
 		 224 aa  161  9e-39  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.313098  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1986  two component heavy metal response transcriptional regulator  41.89 
 
 		 223 aa  161  9e-39  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0566795  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2141  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.46 
 
 		 241 aa  161  9e-39  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.316028  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1228  two component transcriptional regulator  39.38 
 
 		 228 aa  161  9e-39  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000325236  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1233  two component transcriptional regulator  40.36 
 
 		 226 aa  161  9e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0376  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.15 
 
 		 232 aa  161  9e-39  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0189  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.11 
 
 		 231 aa  160  1e-38  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.364869 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3275  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.36 
 
 		 232 aa  160  1e-38  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000116561  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0919  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.55 
 
 		 227 aa  160  1e-38  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.767242 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10921  two component system response transcriptional regulatory protein prrA  46.19 
 
 		 236 aa  160  2e-38  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1196  two-component transcriptional regulator  40.18 
 
 		 238 aa  160  2e-38  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0603  two component transcriptional regulator  40.71 
 
 		 233 aa  159  2e-38  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0519325  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3752  two component transcriptional regulator  38.01 
 
 		 224 aa  160  2e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0902  two component transcriptional regulator  40.36 
 
 		 224 aa  160  2e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.375579  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5688  two component transcriptional regulator  38.46 
 
 		 224 aa  160  2e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0612982 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1100  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.24 
 
 		 236 aa  160  2e-38  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000182155 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4616  two component transcriptional regulator  38.01 
 
 		 224 aa  160  2e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.055256 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5009  two component transcriptional regulator  46.67 
 
 		 233 aa  159  2e-38  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.284196  normal  0.882339 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0155  two component transcriptional regulator  40.72 
 
 		 243 aa  159  3e-38  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.0636837 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1744  two component transcriptional regulator  46.67 
 
 		 231 aa  159  3e-38  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.446856 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4699  DNA-binding response regulator PhoP  37.5 
 
 		 239 aa  159  3e-38  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1442  two component transcriptional regulator  40.09 
 
 		 230 aa  159  3e-38  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0165  two component transcriptional regulator  40.72 
 
 		 243 aa  159  3e-38  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0539  DNA-binding response regulator PhoP  37.5 
 
 		 239 aa  159  3e-38  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000130788 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4419  two component transcriptional regulator  37.5 
 
 		 239 aa  159  3e-38  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1419  two component transcriptional regulator  43.95 
 
 		 231 aa  159  3e-38  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0720218  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0174  two component transcriptional regulator  40.72 
 
 		 243 aa  159  3e-38  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.947413  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1351  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.72 
 
 		 225 aa  159  4e-38  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00188361  unclonable  0.0000000206018 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2570  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.47 
 
 		 239 aa  159  4e-38  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4546  two component transcriptional regulator  42.48 
 
 		 230 aa  159  4e-38  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.281853 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1873  two component transcriptional regulator  38.84 
 
 		 226 aa  159  4e-38  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4301  two component transcriptional regulator  40.71 
 
 		 230 aa  159  4e-38  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.681825  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4681  two component transcriptional regulator  40.71 
 
 		 230 aa  159  4e-38  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.354926 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0704  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.01 
 
 		 227 aa  159  4e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.205827  normal  0.593451 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4387  two component transcriptional regulator  40.71 
 
 		 230 aa  159  4e-38  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0316317  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>