More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Svir_22970 on replicon NC_013159
Organism: Saccharomonospora viridis DSM 43017



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013159  Svir_22970  cysteinyl-tRNA synthetase  100 
 
 
382 aa  760    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.299926  normal  0.292075 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0549  Cysteine--tRNA ligase  56.18 
 
 
372 aa  399  9.999999999999999e-111  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1446  cysteine--tRNA ligase  57.38 
 
 
373 aa  374  1e-102  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2573  Cysteine--tRNA ligase  53.85 
 
 
392 aa  357  9.999999999999999e-98  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00340458  hitchhiker  0.000587086 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1016  cysteine--tRNA ligase  53.02 
 
 
390 aa  349  4e-95  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0427365  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2219  Cysteine--tRNA ligase  55.77 
 
 
391 aa  341  1e-92  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0471843  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0653  cysteine--tRNA ligase  48.5 
 
 
371 aa  314  1.9999999999999998e-84  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.582134 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1230  Cysteine--tRNA ligase  46.18 
 
 
372 aa  279  5e-74  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1206  cysteinyl-tRNA synthetase  40.59 
 
 
392 aa  273  3e-72  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4263  cysteinyl-tRNA synthetase  38.98 
 
 
396 aa  256  4e-67  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.146865  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4315  cysteinyl-tRNA synthetase  39.19 
 
 
401 aa  246  3e-64  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.754463  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2860  cysteinyl-tRNA synthetase  39.94 
 
 
400 aa  244  3e-63  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  unclonable  0.00000103148  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0055  cysteinyl-tRNA synthetase  36.16 
 
 
457 aa  238  1e-61  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3331  cysteinyl-tRNA synthetase  39.27 
 
 
401 aa  238  1e-61  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.552746  normal  0.24215 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_61  cysteinyl-tRNA synthetase  36.26 
 
 
457 aa  238  2e-61  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0061  cysteinyl-tRNA synthetase  36.16 
 
 
458 aa  235  8e-61  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2065  cysteinyl-tRNA synthetase  39.4 
 
 
468 aa  234  2.0000000000000002e-60  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00052706  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0429  cysteinyl-tRNA synthetase  38.33 
 
 
455 aa  231  2e-59  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0500  cysteinyl-tRNA synthetase  38.42 
 
 
455 aa  230  2e-59  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.996276  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2424  cysteinyl-tRNA synthetase  35 
 
 
466 aa  231  2e-59  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1662  cysteinyl-tRNA synthetase  38.92 
 
 
478 aa  229  5e-59  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.69895  normal  0.620733 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3365  cysteinyl-tRNA synthetase  36.71 
 
 
481 aa  229  6e-59  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2737  cysteinyl-tRNA synthetase  34.69 
 
 
466 aa  229  6e-59  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1271  cysteinyl-tRNA synthetase  35.99 
 
 
456 aa  228  1e-58  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1902  cysteinyl-tRNA synthetase  40.11 
 
 
454 aa  227  2e-58  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.478316  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4892  cysteinyl-tRNA synthetase  41.62 
 
 
444 aa  227  2e-58  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.00699487  normal  0.0480407 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2140  cysteine/1-D-myo-inosityl 2-amino-2-deoxy-alpha- D-glucopyranoside ligase  41.55 
 
 
414 aa  226  5.0000000000000005e-58  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1270  cysteinyl-tRNA synthetase  35.44 
 
 
456 aa  224  2e-57  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3049  cysteinyl-tRNA synthetase  41.54 
 
 
444 aa  224  2e-57  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0153969  normal  0.499781 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2442  cysteine/1-D-myo-inosityl 2-amino-2-deoxy-alpha- D-glucopyranoside ligase  42.9 
 
 
413 aa  224  2e-57  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0936  cysteinyl-tRNA synthetase  41.4 
 
 
460 aa  223  3e-57  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0967  cysteinyl-tRNA synthetase  34.55 
 
 
462 aa  223  4e-57  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.0501799 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2722  cysteinyl-tRNA synthetase  36.31 
 
 
486 aa  223  4.9999999999999996e-57  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.688362 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0100  cysteinyl-tRNA synthetase  35.93 
 
 
481 aa  223  6e-57  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12161  cysteinyl-tRNA synthetase  40.27 
 
 
414 aa  223  6e-57  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.376997 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2642  cysteinyl-tRNA synthetase  39.82 
 
 
464 aa  223  6e-57  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.736924  normal  0.302095 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1735  cysteinyl-tRNA synthetase  36.78 
 
 
460 aa  222  8e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.27756  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3638  cysteinyl-tRNA synthetase  36.54 
 
 
460 aa  222  8e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.1842 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3800  cysteinyl-tRNA synthetase  34.9 
 
 
480 aa  222  8e-57  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2511  cysteinyl-tRNA synthetase  35.83 
 
 
459 aa  221  1.9999999999999999e-56  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000706228  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003837  cysteinyl-tRNA synthetase  35.96 
 
 
460 aa  221  1.9999999999999999e-56  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000455216  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2599  cysteinyl-tRNA synthetase  35.93 
 
 
460 aa  221  1.9999999999999999e-56  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00582653  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3478  cysteinyl-tRNA synthetase  41.25 
 
 
429 aa  221  1.9999999999999999e-56  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.601837 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1932  cysteine/1-D-myo-inosityl 2-amino-2-deoxy-alpha- D-glucopyranoside ligase  39.18 
 
 
403 aa  221  1.9999999999999999e-56  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.11867  normal  0.637063 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2878  cysteinyl-tRNA synthetase  36.36 
 
 
460 aa  220  3e-56  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.846571  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2905  cysteinyl-tRNA synthetase  37.09 
 
 
460 aa  219  3.9999999999999997e-56  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.242748  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0090  cysteinyl-tRNA synthetase  38.87 
 
 
466 aa  219  3.9999999999999997e-56  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000484516  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3883  cysteinyl-tRNA synthetase  36.04 
 
 
480 aa  219  5e-56  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1158  cysteinyl-tRNA synthetase  37.24 
 
 
419 aa  219  5e-56  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2786  cysteinyl-tRNA synthetase  37.09 
 
 
460 aa  219  5e-56  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.401544  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2253  cysteinyl-tRNA synthetase  37.21 
 
 
465 aa  219  7e-56  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.0000000105277  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1634  cysteinyl-tRNA synthetase  37.74 
 
 
493 aa  219  7e-56  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.0430499 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19450  cysteinyl-tRNA synthetase  37.32 
 
 
498 aa  218  8.999999999999998e-56  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  unclonable  0.000000000839474 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0117  cysteinyl-tRNA synthetase  36.92 
 
 
447 aa  219  8.999999999999998e-56  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2407  cysteinyl-tRNA synthetase  37.09 
 
 
460 aa  218  1e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0439107  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0057  cysteinyl-tRNA synthetase  34.93 
 
 
485 aa  218  1e-55  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1589  cysteinyl-tRNA synthetase  32.11 
 
 
487 aa  218  1e-55  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.354492  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0107  cysteinyl-tRNA synthetase  42.58 
 
 
459 aa  218  1e-55  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3742  cysteinyl-tRNA synthetase  36 
 
 
460 aa  217  2e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.156882  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1544  cysteine/1-D-myo-inosityl 2-amino-2-deoxy-alpha-D-glucopyranoside ligase  39.94 
 
 
407 aa  218  2e-55  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.145189  normal  0.965113 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01842  cysteinyl-tRNA synthetase  35.67 
 
 
460 aa  218  2e-55  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0509  cysteinyl-tRNA synthetase  38.42 
 
 
465 aa  217  2.9999999999999998e-55  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0458  cysteinyl-tRNA synthetase  39.73 
 
 
484 aa  217  2.9999999999999998e-55  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0242  cysteinyl-tRNA synthetase  34.94 
 
 
459 aa  217  2.9999999999999998e-55  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0471  cysteinyl-tRNA synthetase  39.73 
 
 
484 aa  217  2.9999999999999998e-55  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.361627  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1109  cysteinyl-tRNA synthetase  37.25 
 
 
488 aa  216  4e-55  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.98105  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1172  cysteinyl-tRNA synthetase  41.44 
 
 
403 aa  216  4e-55  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0403  cysteinyl-tRNA synthetase  36.18 
 
 
474 aa  216  4e-55  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00611212  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2665  cysteinyl-tRNA synthetase  39.12 
 
 
468 aa  216  5e-55  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.319271  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0973  cysteinyl-tRNA synthetase  39.66 
 
 
463 aa  216  5.9999999999999996e-55  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.110281  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1166  cysteinyl-tRNA synthetase  37.13 
 
 
461 aa  216  7e-55  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00193068  normal  0.0129624 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0086  cysteinyl-tRNA synthetase  38.16 
 
 
466 aa  216  8e-55  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3508  cysteinyl-tRNA synthetase  38.73 
 
 
460 aa  215  8e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009364  OSTLU_37953  predicted protein  38.36 
 
 
497 aa  215  8e-55  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.150647  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1221  cysteinyl-tRNA synthetase  35.65 
 
 
459 aa  215  8e-55  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000543718  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4174  cysteinyl-tRNA synthetase  35.71 
 
 
494 aa  215  9.999999999999999e-55  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.801152  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1263  cysteinyl-tRNA synthetase  37.2 
 
 
505 aa  215  9.999999999999999e-55  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.227331  normal  0.0688568 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1012  cysteinyl-tRNA synthetase  38.74 
 
 
468 aa  214  1.9999999999999998e-54  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1829  cysteinyl-tRNA synthetase  35.47 
 
 
453 aa  214  1.9999999999999998e-54  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1952  cysteinyl-tRNA synthetase  39.33 
 
 
485 aa  214  2.9999999999999995e-54  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  decreased coverage  0.00515246  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2571  cysteinyl-tRNA synthetase  39.05 
 
 
461 aa  213  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00897166  hitchhiker  0.0000307026 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1439  cysteinyl-tRNA synthetase  36.16 
 
 
459 aa  213  3.9999999999999995e-54  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000326973  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1538  cysteinyl-tRNA synthetase  36.02 
 
 
459 aa  213  3.9999999999999995e-54  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.205032  hitchhiker  0.0027552 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5384  cysteinyl-tRNA synthetase  36.87 
 
 
465 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.706062  normal  0.64461 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1102  cysteinyl-tRNA synthetase  37.96 
 
 
463 aa  213  3.9999999999999995e-54  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.133381 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2051  cysteinyl-tRNA synthetase  40.76 
 
 
461 aa  213  3.9999999999999995e-54  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0707347  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0919  cysteinyl-tRNA synthetase  39.47 
 
 
456 aa  213  4.9999999999999996e-54  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1085  cysteinyl-tRNA synthetase  36.03 
 
 
491 aa  213  4.9999999999999996e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.189428  normal  0.0293604 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5930  Cysteine--tRNA ligase  38.11 
 
 
407 aa  213  4.9999999999999996e-54  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.499354  normal  0.0109632 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41360  cysteinyl-tRNA synthetase  38.41 
 
 
460 aa  213  4.9999999999999996e-54  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.490011 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2233  cysteinyl-tRNA synthetase  37.46 
 
 
501 aa  213  4.9999999999999996e-54  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.056881  normal  0.890291 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0415  cysteinyl-tRNA synthetase  36.5 
 
 
490 aa  213  5.999999999999999e-54  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.148475  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1992  cysteinyl-tRNA synthetase  36.64 
 
 
419 aa  212  7.999999999999999e-54  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.162619  normal  0.881095 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1810  cysteinyl-tRNA synthetase  39.33 
 
 
485 aa  212  7.999999999999999e-54  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0706644  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0208  cysteinyl-tRNA synthetase  34.17 
 
 
460 aa  212  9e-54  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2121  cysteinyl-tRNA synthetase  39.4 
 
 
485 aa  212  9e-54  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00371034  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0210  cysteinyl-tRNA synthetase  34.17 
 
 
460 aa  212  9e-54  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3152  cysteinyl-tRNA synthetase  37.13 
 
 
461 aa  212  1e-53  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00287269  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2287  cysteine/1-D-myo-inosityl 2-amino-2-deoxy-alpha- D-glucopyranoside ligase  39.71 
 
 
414 aa  211  1e-53  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000304997  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0825  cysteinyl-tRNA synthetase  34.26 
 
 
500 aa  212  1e-53  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>