More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RoseRS_3331 on replicon NC_009523
Organism: Roseiflexus sp. RS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009523  RoseRS_3331  cysteinyl-tRNA synthetase  100 
 
 
401 aa  829    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.552746  normal  0.24215 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4315  cysteinyl-tRNA synthetase  92.77 
 
 
401 aa  775    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.754463  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2860  cysteinyl-tRNA synthetase  60.96 
 
 
400 aa  506  9.999999999999999e-143  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  unclonable  0.00000103148  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4263  cysteinyl-tRNA synthetase  48.61 
 
 
396 aa  381  1e-104  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.146865  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1206  cysteinyl-tRNA synthetase  46.75 
 
 
392 aa  371  1e-101  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_61  cysteinyl-tRNA synthetase  41.6 
 
 
457 aa  340  4e-92  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0061  cysteinyl-tRNA synthetase  41.5 
 
 
458 aa  337  2.9999999999999997e-91  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0055  cysteinyl-tRNA synthetase  40.6 
 
 
457 aa  333  3e-90  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1829  cysteinyl-tRNA synthetase  41.21 
 
 
453 aa  322  8e-87  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1888  cysteinyl-tRNA synthetase  39.95 
 
 
464 aa  321  9.999999999999999e-87  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.298729  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1271  cysteinyl-tRNA synthetase  39.36 
 
 
456 aa  311  1e-83  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1270  cysteinyl-tRNA synthetase  39.11 
 
 
456 aa  309  5e-83  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3365  cysteinyl-tRNA synthetase  39 
 
 
481 aa  309  5.9999999999999995e-83  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00476  cysteinyl-tRNA synthetase  40.7 
 
 
461 aa  308  1.0000000000000001e-82  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0063567  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3096  cysteinyl-tRNA synthetase  40.7 
 
 
461 aa  308  1.0000000000000001e-82  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0232678  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0601  cysteinyl-tRNA synthetase  40.7 
 
 
461 aa  308  1.0000000000000001e-82  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000694006  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00481  hypothetical protein  40.7 
 
 
461 aa  308  1.0000000000000001e-82  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0114278  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0566  cysteinyl-tRNA synthetase  40.7 
 
 
461 aa  308  1.0000000000000001e-82  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000638742  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3087  cysteinyl-tRNA synthetase  40.45 
 
 
461 aa  308  2.0000000000000002e-82  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000869328  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0627  cysteinyl-tRNA synthetase  40.7 
 
 
461 aa  307  2.0000000000000002e-82  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0130875  normal  0.589324 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0571  cysteinyl-tRNA synthetase  40.45 
 
 
461 aa  307  3e-82  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000388833  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0448  cysteinyl-tRNA synthetase  40.45 
 
 
461 aa  307  3e-82  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000245002  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1166  cysteinyl-tRNA synthetase  39.7 
 
 
461 aa  305  7e-82  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00193068  normal  0.0129624 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1810  cysteinyl-tRNA synthetase  44.83 
 
 
485 aa  305  8.000000000000001e-82  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0706644  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0057  cysteinyl-tRNA synthetase  38.97 
 
 
485 aa  305  9.000000000000001e-82  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0590  cysteinyl-tRNA synthetase  39.85 
 
 
461 aa  304  2.0000000000000002e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00144184  normal  0.0627987 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3116  cysteinyl-tRNA synthetase  41.58 
 
 
459 aa  304  2.0000000000000002e-81  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000569576  decreased coverage  0.000000405781 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0582  cysteinyl-tRNA synthetase  39.85 
 
 
461 aa  304  2.0000000000000002e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.193345 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0645  cysteinyl-tRNA synthetase  39.85 
 
 
461 aa  304  2.0000000000000002e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.108038  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0585  cysteinyl-tRNA synthetase  39.85 
 
 
461 aa  304  2.0000000000000002e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0307581  normal  0.380825 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1230  Cysteine--tRNA ligase  43.04 
 
 
372 aa  304  2.0000000000000002e-81  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0583  cysteinyl-tRNA synthetase  39.85 
 
 
461 aa  304  2.0000000000000002e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000237473  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0242  cysteinyl-tRNA synthetase  38.79 
 
 
459 aa  303  4.0000000000000003e-81  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1278  cysteinyl-tRNA synthetase  40.2 
 
 
461 aa  302  7.000000000000001e-81  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.000000565226  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3014  cysteinyl-tRNA synthetase  40.2 
 
 
461 aa  302  7.000000000000001e-81  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000439481  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01977  cysteinyl-tRNA synthetase  37.44 
 
 
460 aa  302  8.000000000000001e-81  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3152  cysteinyl-tRNA synthetase  40.2 
 
 
461 aa  302  9e-81  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00287269  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0980  cysteinyl-tRNA synthetase  39.8 
 
 
465 aa  301  1e-80  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1248  cysteinyl-tRNA synthetase  39.04 
 
 
461 aa  299  5e-80  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000407868  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3800  cysteinyl-tRNA synthetase  39.9 
 
 
480 aa  299  5e-80  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2933  cysteinyl-tRNA synthetase  38.94 
 
 
461 aa  299  5e-80  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.395948  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1221  cysteinyl-tRNA synthetase  40.1 
 
 
459 aa  299  6e-80  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000543718  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2511  cysteinyl-tRNA synthetase  40.05 
 
 
459 aa  298  8e-80  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000706228  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1932  cysteine/1-D-myo-inosityl 2-amino-2-deoxy-alpha- D-glucopyranoside ligase  45.77 
 
 
403 aa  298  1e-79  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.11867  normal  0.637063 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1345  cysteinyl-tRNA synthetase  38.96 
 
 
461 aa  297  2e-79  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.164999  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2249  cysteine--tRNA ligase  38.98 
 
 
485 aa  297  3e-79  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000746597  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2664  cysteinyl-tRNA synthetase  39.95 
 
 
461 aa  296  3e-79  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000406523  normal  0.136129 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0509  cysteinyl-tRNA synthetase  40.94 
 
 
465 aa  296  4e-79  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2660  cysteinyl-tRNA synthetase  41 
 
 
461 aa  296  6e-79  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0958679  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5930  Cysteine--tRNA ligase  43.32 
 
 
407 aa  295  8e-79  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.499354  normal  0.0109632 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1538  cysteinyl-tRNA synthetase  39.75 
 
 
459 aa  295  9e-79  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.205032  hitchhiker  0.0027552 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2684  cysteinyl-tRNA synthetase  40.8 
 
 
459 aa  295  9e-79  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000025745  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3049  cysteinyl-tRNA synthetase  47.85 
 
 
444 aa  295  9e-79  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0153969  normal  0.499781 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2253  cysteinyl-tRNA synthetase  38.29 
 
 
465 aa  295  9e-79  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.0000000105277  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4174  cysteinyl-tRNA synthetase  37.41 
 
 
494 aa  293  2e-78  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.801152  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1791  cysteinyl-tRNA synthetase  40.3 
 
 
459 aa  293  4e-78  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2566  cysteinyl-tRNA synthetase  39.7 
 
 
461 aa  293  4e-78  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000164638  normal  0.0688617 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3036  cysteinyl-tRNA synthetase  41.25 
 
 
478 aa  293  5e-78  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3883  cysteinyl-tRNA synthetase  38.69 
 
 
480 aa  292  6e-78  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1012  cysteinyl-tRNA synthetase  39.51 
 
 
468 aa  292  6e-78  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2138  cysteinyl-tRNA synthetase  41.67 
 
 
478 aa  292  6e-78  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.0357828 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2599  cysteinyl-tRNA synthetase  38.35 
 
 
460 aa  292  7e-78  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00582653  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1487  cysteinyl-tRNA synthetase  39.35 
 
 
461 aa  292  8e-78  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000012906  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1634  cysteinyl-tRNA synthetase  39.95 
 
 
493 aa  292  9e-78  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.0430499 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2753  cysteinyl-tRNA synthetase  39.8 
 
 
459 aa  292  9e-78  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000279239  normal  0.0782158 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1601  cysteinyl-tRNA synthetase  39.8 
 
 
459 aa  291  1e-77  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000105927  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0923  cysteinyl-tRNA synthetase  39.6 
 
 
456 aa  291  1e-77  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1624  cysteinyl-tRNA synthetase  39.8 
 
 
459 aa  291  1e-77  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000105095  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2498  cysteinyl-tRNA synthetase  38.06 
 
 
459 aa  291  1e-77  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000158827  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0121  cysteinyl-tRNA synthetase  37.66 
 
 
462 aa  291  1e-77  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.179815  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3324  cysteinyl-tRNA synthetase  35.93 
 
 
470 aa  291  1e-77  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0251973  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2498  cysteinyl-tRNA synthetase  39.45 
 
 
461 aa  291  1e-77  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000973737  normal  0.0233858 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1590  cysteinyl-tRNA synthetase  39.8 
 
 
459 aa  291  1e-77  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000784367  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1158  cysteinyl-tRNA synthetase  41.98 
 
 
419 aa  291  1e-77  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3478  cysteinyl-tRNA synthetase  46.57 
 
 
429 aa  291  1e-77  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.601837 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01842  cysteinyl-tRNA synthetase  39.3 
 
 
460 aa  291  2e-77  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0404  cysteinyl-tRNA synthetase  38.9 
 
 
487 aa  291  2e-77  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.751484  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2287  cysteine/1-D-myo-inosityl 2-amino-2-deoxy-alpha- D-glucopyranoside ligase  46.09 
 
 
414 aa  290  2e-77  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000304997  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1725  cysteinyl-tRNA synthetase  40.15 
 
 
472 aa  291  2e-77  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4892  cysteinyl-tRNA synthetase  43.72 
 
 
444 aa  289  5.0000000000000004e-77  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.00699487  normal  0.0480407 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0031  cysteinyl-tRNA synthetase  39.27 
 
 
493 aa  289  7e-77  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.173028  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0107  cysteinyl-tRNA synthetase  44.64 
 
 
459 aa  288  1e-76  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19450  cysteinyl-tRNA synthetase  37.83 
 
 
498 aa  288  1e-76  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  unclonable  0.000000000839474 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2221  cysteinyl-tRNA synthetase  40.3 
 
 
462 aa  287  2e-76  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.312209  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1875  cysteinyl-tRNA synthetase  40.3 
 
 
462 aa  287  2e-76  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  decreased coverage  0.0000229747  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2140  cysteine/1-D-myo-inosityl 2-amino-2-deoxy-alpha- D-glucopyranoside ligase  46.13 
 
 
414 aa  288  2e-76  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1439  cysteinyl-tRNA synthetase  39.1 
 
 
459 aa  287  2.9999999999999996e-76  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000326973  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0549  Cysteine--tRNA ligase  44.38 
 
 
372 aa  286  2.9999999999999996e-76  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1554  cysteinyl-tRNA synthetase  40.53 
 
 
485 aa  286  2.9999999999999996e-76  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0711  cysteinyl-tRNA synthetase  39.16 
 
 
465 aa  286  5.999999999999999e-76  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.848323  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0193  cysteinyl-tRNA synthetase  41.27 
 
 
486 aa  285  1.0000000000000001e-75  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.152577  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003837  cysteinyl-tRNA synthetase  38.31 
 
 
460 aa  285  1.0000000000000001e-75  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000455216  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0429  cysteinyl-tRNA synthetase  38.31 
 
 
455 aa  285  1.0000000000000001e-75  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0537  cysteinyl-tRNA synthetase  38.57 
 
 
485 aa  285  1.0000000000000001e-75  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1832  cysteinyl-tRNA synthetase  41.44 
 
 
412 aa  284  2.0000000000000002e-75  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1940  cysteinyl-tRNA synthetase  37.38 
 
 
462 aa  284  2.0000000000000002e-75  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3653  cysteinyl-tRNA synthetase  37.8 
 
 
465 aa  284  2.0000000000000002e-75  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2642  cysteinyl-tRNA synthetase  44.31 
 
 
464 aa  284  2.0000000000000002e-75  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.736924  normal  0.302095 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0482  cysteinyl-tRNA synthetase  40 
 
 
485 aa  283  3.0000000000000004e-75  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00357659 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1589  cysteinyl-tRNA synthetase  35.28 
 
 
487 aa  283  3.0000000000000004e-75  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.354492  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>