57 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_0340 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009380  Strop_0340  xylose isomerase domain-containing protein  100 
 
 		 302 aa  606  9.999999999999999e-173  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0407  xylose isomerase domain-containing protein  85.32 
 
 		 295 aa  497  1e-140  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00296839 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5758  Xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  69.53 
 
 		 263 aa  365  1e-100  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.625631  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0473  xylose isomerase-like  57.56 
 
 		 308 aa  320  1.9999999999999998e-86  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.715311 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6143  xylose isomerase domain-containing protein  60.08 
 
 		 288 aa  317  2e-85  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.536999  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3410  xylose isomerase domain-containing protein  58.85 
 
 		 272 aa  304  1.0000000000000001e-81  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.498178  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4464  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  56.03 
 
 		 294 aa  303  3.0000000000000004e-81  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9139  Sugar phosphate isomerase/epimerase-like protein  55.77 
 
 		 270 aa  299  4e-80  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5002  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  52.22 
 
 		 312 aa  298  5e-80  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0821356  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2709  hypothetical protein  54.23 
 
 		 305 aa  297  2e-79  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.320407  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6746  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  59.32 
 
 		 272 aa  287  2e-76  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.249045  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02720  sugar phosphate isomerase/epimerase  59.54 
 
 		 266 aa  284  1.0000000000000001e-75  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00570  sugar phosphate isomerase/epimerase  53.12 
 
 		 294 aa  284  1.0000000000000001e-75  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.170304 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4928  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  57.53 
 
 		 268 aa  283  2.0000000000000002e-75  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0476  xylose isomerase domain-containing protein  53.31 
 
 		 262 aa  279  4e-74  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0077  xylose isomerase domain-containing protein  53.6 
 
 		 281 aa  274  1.0000000000000001e-72  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8356  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  51.96 
 
 		 305 aa  272  5.000000000000001e-72  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0658  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  52.57 
 
 		 280 aa  271  7e-72  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0679  xylose isomerase domain-containing protein  52.16 
 
 		 281 aa  268  1e-70  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.419765 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0659  xylose isomerase domain-containing protein  52.16 
 
 		 281 aa  268  1e-70  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.748247 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0666  xylose isomerase-like TIM barrel  52.16 
 
 		 281 aa  268  1e-70  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0835  xylose isomerase domain-containing protein  51.08 
 
 		 281 aa  262  4.999999999999999e-69  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.279878  normal  0.572466 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0249  xylose isomerase domain-containing protein  54.86 
 
 		 265 aa  259  6e-68  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.273491  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10507  hypothetical protein  51.08 
 
 		 280 aa  258  1e-67  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0480257  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0185  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  47.23 
 
 		 284 aa  256  2e-67  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3200  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  51.35 
 
 		 287 aa  253  2.0000000000000002e-66  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.278083  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1001  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  48.75 
 
 		 295 aa  253  3e-66  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3351  xylose isomerase domain-containing protein  48.26 
 
 		 278 aa  250  3e-65  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0853412  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17470  sugar phosphate isomerase/epimerase  50 
 
 		 325 aa  247  1e-64  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.105049  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_18060  sugar phosphate isomerase/epimerase  50.78 
 
 		 295 aa  240  2.9999999999999997e-62  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_24530  sugar phosphate isomerase/epimerase  51.53 
 
 		 261 aa  234  1.0000000000000001e-60  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.482145  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0975  xylose isomerase domain-containing protein  29.44 
 
 		 269 aa  67.4  0.0000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000320481  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3029  xylose isomerase-like TIM barrel  27.14 
 
 		 265 aa  62.8  0.000000007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.599496  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2906  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.9 
 
 		 291 aa  58.5  0.0000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1512  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.34 
 
 		 263 aa  56.6  0.0000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2704  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.34 
 
 		 263 aa  56.6  0.0000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000134824 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4684  fructoselysine 3-epimerase  22.63 
 
 		 275 aa  53.5  0.000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3842  fructoselysine 3-epimerase  21.81 
 
 		 276 aa  53.9  0.000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0516  hypothetical protein  24.2 
 
 		 263 aa  53.1  0.000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0218037  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0340  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  22.63 
 
 		 276 aa  53.5  0.000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03223  predicted isomerase  22.63 
 
 		 276 aa  53.5  0.000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03175  hypothetical protein  22.63 
 
 		 276 aa  53.5  0.000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3568  fructoselysine 3-epimerase  21.81 
 
 		 276 aa  53.1  0.000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3750  fructoselysine 3-epimerase  22.63 
 
 		 276 aa  52.8  0.000007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.238004  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0340  fructoselysine 3-epimerase  21.4 
 
 		 276 aa  49.7  0.00005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.452792 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1257  xylose isomerase domain-containing protein  24.62 
 
 		 264 aa  48.9  0.0001  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.666664  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2524  xylose isomerase domain-containing protein  26.11 
 
 		 287 aa  48.9  0.0001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0027  xylose isomerase domain-containing protein  24.63 
 
 		 268 aa  48.1  0.0002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  decreased coverage  0.0054119  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0797  xylose isomerase domain-containing protein  24.25 
 
 		 268 aa  46.2  0.0007  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.0606735  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1121  xylose isomerase domain-containing protein  24.63 
 
 		 268 aa  45.4  0.001  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3955  xylose isomerase domain-containing protein  39.19 
 
 		 276 aa  45.8  0.001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.00177251  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5989  xylose isomerase domain-containing protein  31.86 
 
 		 312 aa  44.7  0.002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.63499  normal  0.171061 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1458  xylose isomerase domain-containing protein  34.29 
 
 		 255 aa  44.7  0.002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.931629 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4048  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.81 
 
 		 286 aa  43.1  0.005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1980  xylose isomerase domain-containing protein  30.11 
 
 		 274 aa  43.1  0.005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4163  xylose isomerase domain-containing protein  26.22 
 
 		 257 aa  42.7  0.008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0600  xylose isomerase domain-containing protein  28.57 
 
 		 244 aa  42.4  0.01  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.352505  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>