More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5621 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009621  Smed_5621  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
299 aa  584  1e-166  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.450042  normal  0.697509 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0064  ABC nickel transporter, inner membrane subunit  55.64 
 
 
298 aa  272  4.0000000000000004e-72  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0802  nickel transporter permease NikC  44.26 
 
 
290 aa  196  3e-49  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1250  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.11 
 
 
301 aa  196  4.0000000000000005e-49  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.70134 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0387  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.55 
 
 
309 aa  196  5.000000000000001e-49  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0370  nickel ABC transporter, permease subunit NikC  40 
 
 
284 aa  194  1e-48  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0643  oligopeptide ABC transporter, permease protein  36.23 
 
 
292 aa  194  1e-48  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4391  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  38.37 
 
 
299 aa  194  2e-48  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4232  oligopeptide transport system, permease  38.37 
 
 
299 aa  194  2e-48  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4244  oligopeptide ABC transporter, permease  38.37 
 
 
299 aa  194  2e-48  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4609  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  38.37 
 
 
299 aa  194  2e-48  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4731  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  38.37 
 
 
299 aa  194  2e-48  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7616  nickel transporter permease NikC  41.04 
 
 
291 aa  194  2e-48  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0391  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.48 
 
 
295 aa  193  3e-48  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0752  nickel transporter permease NikC  43.4 
 
 
290 aa  191  9e-48  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.02 
 
 
280 aa  191  1e-47  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1485  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.8 
 
 
274 aa  190  2e-47  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0146821  normal  0.125484 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1592  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.02 
 
 
280 aa  191  2e-47  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.961775 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1354  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.77 
 
 
299 aa  191  2e-47  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1282  oligopeptide ABC transporter, permease protein  42.02 
 
 
300 aa  189  4e-47  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.284613  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0718  hypothetical protein  39.77 
 
 
282 aa  189  4e-47  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal  0.661918 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3739  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.47 
 
 
300 aa  189  5e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.146994  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1030  nickel transporter permease NikC  42.98 
 
 
270 aa  189  5.999999999999999e-47  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.503674  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16510  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  38.32 
 
 
321 aa  188  8e-47  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.341434  normal  0.69344 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0215  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.11 
 
 
298 aa  188  9e-47  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0103943  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1326  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40 
 
 
303 aa  188  1e-46  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.999371 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5351  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  40.82 
 
 
317 aa  187  1e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2452  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.45 
 
 
296 aa  187  1e-46  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0368392  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1222  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.13 
 
 
310 aa  187  1e-46  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.0299978 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3674  oligopeptide ABC transporter, permease  38.28 
 
 
279 aa  187  2e-46  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0467802 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0481  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.61 
 
 
299 aa  187  2e-46  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00209608  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4593  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40 
 
 
308 aa  186  3e-46  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1395  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  39.62 
 
 
288 aa  186  4e-46  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.064701  decreased coverage  0.00784209 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3128  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.55 
 
 
301 aa  186  5e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.265268  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0349  nickel ABC transporter, permease subunit NikC  37.68 
 
 
283 aa  184  1.0000000000000001e-45  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0114  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40 
 
 
296 aa  185  1.0000000000000001e-45  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2030  ABC transporter, permease protein  37.94 
 
 
300 aa  184  1.0000000000000001e-45  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0884139  normal  0.749678 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2032  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.88 
 
 
285 aa  184  1.0000000000000001e-45  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2013  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.04 
 
 
285 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1215  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.03 
 
 
278 aa  184  1.0000000000000001e-45  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2594  oligopeptide ABC transporter, permease protein  41.86 
 
 
285 aa  184  2.0000000000000003e-45  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0628  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.69 
 
 
294 aa  183  2.0000000000000003e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.881682  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1115  dipeptide ABC transporter, permease protein, putative  40.73 
 
 
300 aa  183  3e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3005  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.11 
 
 
306 aa  183  3e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1183  putative permease of ABC transporter  39.92 
 
 
301 aa  182  4.0000000000000006e-45  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.056047  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2400  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.7 
 
 
373 aa  182  4.0000000000000006e-45  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3435  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.07 
 
 
287 aa  182  5.0000000000000004e-45  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.185404  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4223  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.1 
 
 
301 aa  182  6e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2812  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.78 
 
 
303 aa  182  6e-45  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2516  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  37.78 
 
 
303 aa  182  7e-45  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.245881  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0903  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  37.78 
 
 
303 aa  182  7e-45  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0983  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  37.78 
 
 
303 aa  182  7e-45  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.631876 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2407  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.64 
 
 
309 aa  182  7e-45  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0890  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  37.78 
 
 
303 aa  182  8.000000000000001e-45  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.221253  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0857  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  37.78 
 
 
303 aa  182  8.000000000000001e-45  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00799  predicted peptide transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  37.41 
 
 
303 aa  181  1e-44  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4054  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.77 
 
 
297 aa  181  1e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.181968  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2810  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.41 
 
 
303 aa  181  1e-44  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.482593  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1002  glutathione transport system permease GsiD  38.49 
 
 
303 aa  181  1e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1924  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  38.22 
 
 
303 aa  181  1e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0470  nickel ABC transporter, permease protein  39.92 
 
 
290 aa  181  1e-44  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0981  glutathione transport system permease GsiD  38.49 
 
 
303 aa  181  1e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_04500  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  37.86 
 
 
278 aa  181  1e-44  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.688401  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0952  glutathione transport system permease GsiD  38.49 
 
 
303 aa  181  1e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.642486  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00816  hypothetical protein  37.41 
 
 
303 aa  181  1e-44  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0892  glutathione transport system permease protein GsiD  38.49 
 
 
303 aa  181  1e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3573  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.77 
 
 
297 aa  181  1e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.172272  normal  0.144154 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0919  glutathione transport system permease protein GsiD  38.49 
 
 
303 aa  181  1e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.285756  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2972  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.22 
 
 
301 aa  181  2e-44  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1493  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.4 
 
 
301 aa  181  2e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0132  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.35 
 
 
300 aa  180  2e-44  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.765267  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2422  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.42 
 
 
311 aa  180  2e-44  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5165  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.41 
 
 
273 aa  180  2e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.609485 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3535  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.77 
 
 
300 aa  180  2e-44  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.641847 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4400  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.48 
 
 
299 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.111328  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1356  putative dipeptide ABC transporter, permease protein  38.38 
 
 
302 aa  179  2.9999999999999997e-44  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.222916  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1765  putative glutathione ABC transporter, permease protein  38.38 
 
 
302 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0374644  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0977  putative dipeptide ABC transporter, permease protein  38.38 
 
 
302 aa  179  2.9999999999999997e-44  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.699856  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0322  putative ABC transport system permease protein  38.38 
 
 
302 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1850  ABC transporter permease  38.38 
 
 
302 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0399  putative dipeptide ABC transporter, permease protein  38.38 
 
 
302 aa  179  2.9999999999999997e-44  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.19947  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0241  putative dipeptide ABC transporter, permease protein  38.38 
 
 
302 aa  179  2.9999999999999997e-44  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2463  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.64 
 
 
300 aa  180  2.9999999999999997e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.342595  normal  0.319214 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0778  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.9 
 
 
300 aa  179  5.999999999999999e-44  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0620007  normal  0.517219 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0805  ABC dipeptide transporter, inner membrane subunit DppC  41.26 
 
 
300 aa  179  7e-44  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0212  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.31 
 
 
292 aa  179  7e-44  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  decreased coverage  0.000142566  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3241  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.1 
 
 
300 aa  179  7e-44  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2052  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.71 
 
 
280 aa  178  7e-44  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0838  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  40.41 
 
 
301 aa  178  8e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00766751  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0860  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.65 
 
 
287 aa  178  8e-44  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000642732  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0921  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.4 
 
 
284 aa  178  8e-44  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.399737 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3105  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.41 
 
 
307 aa  178  9e-44  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3865  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.44 
 
 
307 aa  177  1e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0230  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  43.64 
 
 
292 aa  178  1e-43  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1236  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  41.77 
 
 
284 aa  177  2e-43  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.143707  normal  0.209567 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3351  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.68 
 
 
297 aa  177  2e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.110641  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1881  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.77 
 
 
304 aa  177  2e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.637669  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3369  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.35 
 
 
301 aa  177  2e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1634  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.64 
 
 
294 aa  177  2e-43  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4165  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.68 
 
 
297 aa  177  2e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00723958 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>