More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4550 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_4550  endoribonuclease L-PSP  100 
 
 		 127 aa  263  5e-70  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5680  Endoribonuclease L-PSP  79.53 
 
 		 129 aa  214  2.9999999999999998e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.979461  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6623  Endoribonuclease L-PSP  77.95 
 
 		 129 aa  212  9.999999999999999e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.808088  normal  0.892457 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6248  translation initiation inhibitor  76.19 
 
 		 128 aa  207  5e-53  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0971244  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4650  endoribonuclease L-PSP  74.8 
 
 		 129 aa  206  1e-52  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0994249  normal  0.0444369 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0969  endoribonuclease L-PSP  80.31 
 
 		 133 aa  199  9e-51  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.401025  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0675  putative endoribonuclease L-PSP  70.63 
 
 		 166 aa  191  4e-48  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0560  endoribonuclease L-PSP  71.2 
 
 		 128 aa  189  8e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.511945  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2507  endoribonuclease L-PSP  67.19 
 
 		 136 aa  188  2e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.022272  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3088  endoribonuclease L-PSP  68.75 
 
 		 129 aa  188  2e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.123749  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0660  endoribonuclease L-PSP  70.4 
 
 		 128 aa  188  2.9999999999999997e-47  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.239315  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0179  endoribonuclease L-PSP, putative  70.4 
 
 		 128 aa  188  2.9999999999999997e-47  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0838  YjgF family protein  70.4 
 
 		 128 aa  188  2.9999999999999997e-47  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0547  endoribonuclease L-PSP, putative  70.4 
 
 		 128 aa  188  2.9999999999999997e-47  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2768  putative endoribonuclease L-PSP  70.4 
 
 		 128 aa  188  2.9999999999999997e-47  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2390  putative endoribonuclease L-PSP  70.4 
 
 		 128 aa  188  2.9999999999999997e-47  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2656  endoribonuclease L-PSP  69.6 
 
 		 128 aa  187  5e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2789  endoribonuclease L-PSP  69.6 
 
 		 128 aa  187  5e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6067  endoribonuclease L-PSP  69.6 
 
 		 128 aa  187  5.999999999999999e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.865959 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2765  endoribonuclease L-PSP  69.35 
 
 		 128 aa  185  2e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2127  endoribonuclease L-PSP  69.35 
 
 		 128 aa  185  2e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2739  endoribonuclease L-PSP  69.35 
 
 		 128 aa  185  2e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2779  endoribonuclease L-PSP family protein  66.41 
 
 		 128 aa  184  3e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2310  putative endoribonuclease L-PSP  71.3 
 
 		 123 aa  179  9.000000000000001e-45  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.650904  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4057  YjgF family translation inhibitor  69.09 
 
 		 128 aa  169  1e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.655653 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0642  Endoribonuclease L-PSP  69.09 
 
 		 128 aa  169  1e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.297456 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4773  putative endoribonuclease L-PSP  65.08 
 
 		 130 aa  168  2e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.091821  normal  0.524756 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0367  endoribonuclease L-PSP  69.09 
 
 		 128 aa  168  3e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4019  endoribonuclease L-PSP  64.29 
 
 		 130 aa  166  1e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.658483  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4194  Endoribonuclease L-PSP  65.08 
 
 		 128 aa  163  6.9999999999999995e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.705998  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4304  Endoribonuclease L-PSP  65.08 
 
 		 128 aa  163  6.9999999999999995e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.135988  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS03132  hypothetical protein  61.9 
 
 		 128 aa  157  4e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.433124  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2754  endoribonuclease L-PSP  54.76 
 
 		 129 aa  149  1e-35  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.155396  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0552  endoribonuclease L-PSP  56.69 
 
 		 132 aa  146  7e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.897554  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4897  putative endoribonuclease L-PSP  56.69 
 
 		 129 aa  141  2e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0090  endoribonuclease L-PSP  51.97 
 
 		 130 aa  132  1.9999999999999998e-30  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0741494  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3111  Endoribonuclease L-PSP  51.18 
 
 		 130 aa  131  3e-30  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1213  endoribonuclease L-PSP  48.44 
 
 		 129 aa  124  4.0000000000000003e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0655  YjgF-like protein  46.03 
 
 		 130 aa  120  5e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0935  YjgF-like protein  45.24 
 
 		 130 aa  117  3.9999999999999996e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3898  putative endoribonuclease L-PSP  44.64 
 
 		 123 aa  108  4.0000000000000004e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS04783  hypothetical protein  41.27 
 
 		 125 aa  103  8e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05655  hypothetical protein  41.27 
 
 		 125 aa  103  8e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0751  endoribonuclease L-PSP, putative  47.32 
 
 		 123 aa  103  9e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0701  putative endoribonuclease L-PSP  47.32 
 
 		 123 aa  103  9e-22  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.363  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3783  endoribonuclease L-PSP  44.44 
 
 		 133 aa  92.8  1e-18  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3904  putative endoribonuclease L-PSP  41.96 
 
 		 128 aa  92.4  2e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.147099 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0877  YjgF-like protein  44.17 
 
 		 129 aa  92  3e-18  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0463  endoribonuclease L-PSP  46.3 
 
 		 129 aa  91.3  4e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.97811  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0531  putative endoribonuclease L-PSP  36.45 
 
 		 126 aa  91.3  4e-18  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000228568  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0518  putative endoribonuclease L-PSP  36.45 
 
 		 126 aa  91.3  4e-18  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.0000619405  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0965  endoribonuclease L-PSP  47.75 
 
 		 141 aa  91.3  4e-18  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0943  endoribonuclease L-PSP  38.33 
 
 		 126 aa  90.5  6e-18  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.0278799  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0135  endoribonuclease L-PSP, putative  36.79 
 
 		 126 aa  89.4  1e-17  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.00324378  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0144  putative endoribonuclease L-PSP  36.36 
 
 		 126 aa  89.4  2e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00510728  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3322  endoribonuclease L-PSP  48.28 
 
 		 94 aa  89.4  2e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.939467  normal  0.143493 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1940  putative endoribonuclease L-PSP  34.86 
 
 		 128 aa  88.2  3e-17  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.049388  hitchhiker  0.000000582392 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0412  putative endoribonuclease L-PSP  37.61 
 
 		 127 aa  88.6  3e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0254  endoribonuclease L-PSP  41.82 
 
 		 130 aa  88.2  4e-17  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.600084  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1096  endoribonuclease L-PSP  39.5 
 
 		 126 aa  87.8  5e-17  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1716  endoribonuclease L-PSP  39.5 
 
 		 124 aa  87.8  5e-17  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.220452  decreased coverage  0.00000724646 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0192  endoribonuclease L-PSP  36.7 
 
 		 125 aa  87.4  6e-17  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0414  putative endoribonuclease L-PSP  38.66 
 
 		 124 aa  87.4  6e-17  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.59864  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1258  putative endoribonuclease L-PSP  36.97 
 
 		 126 aa  87  7e-17  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.768034  normal  0.325919 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0631  putative endoribonuclease L-PSP  39.13 
 
 		 136 aa  87  8e-17  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5264  putative endoribonuclease L-PSP  34.58 
 
 		 124 aa  87  9e-17  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.574263  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_06221  YjgF family translation initiation inhibitor  36.36 
 
 		 130 aa  86.7  9e-17  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0043  endoribonuclease L-PSP  36.75 
 
 		 124 aa  86.7  1e-16  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00285503  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1894  putative endoribonuclease L-PSP  38.18 
 
 		 125 aa  86.3  1e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.373962  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_05611  YjgF family translation initiation inhibitor  40 
 
 		 132 aa  86.3  1e-16  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2960  putative endoribonuclease L-PSP  35.78 
 
 		 129 aa  86.3  1e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2247  endoribonuclease L-PSP  40.37 
 
 		 125 aa  85.5  2e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.137208  normal  0.668732 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5540  endoribonuclease L-PSP  40.91 
 
 		 131 aa  85.9  2e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  decreased coverage  0.00356179  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0493  endoribonuclease L-PSP  44.14 
 
 		 131 aa  85.9  2e-16  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3491  endoribonuclease L-PSP  40.37 
 
 		 125 aa  85.9  2e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.444346  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1878  endoribonuclease L-PSP  40.37 
 
 		 125 aa  85.5  2e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0052  putative endoribonuclease L-PSP  34.58 
 
 		 124 aa  85.9  2e-16  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000180566  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0508  endoribonuclease L-PSP  44.14 
 
 		 131 aa  85.9  2e-16  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000880426 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0042  putative endoribonuclease L-PSP  35.51 
 
 		 124 aa  85.1  3e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0041  endoribonuclease L-PSP  35.9 
 
 		 124 aa  84.7  4e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0046  endoribonuclease L-PSP  34.58 
 
 		 124 aa  84.3  4e-16  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0042  pur operon repressor  34.58 
 
 		 124 aa  84.3  4e-16  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0042  pur operon repressor  34.58 
 
 		 124 aa  84.3  4e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.478295  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0046  endoribonuclease L-PSP  34.58 
 
 		 124 aa  84.3  4e-16  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0053  putative endoribonuclease L-PSP  34.58 
 
 		 124 aa  84.3  4e-16  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0056  putative endoribonuclease L-PSP  34.58 
 
 		 124 aa  84.3  4e-16  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1443  YjgF-like protein  35.19 
 
 		 124 aa  84.3  5e-16  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00280255  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3109  endoribonuclease L-PSP  38.32 
 
 		 123 aa  84  6e-16  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0400559 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_08201  putative translation initiation inhibitor, yjgF family protein  41.67 
 
 		 132 aa  84  7e-16  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4890  endoribonuclease L-PSP  38.89 
 
 		 122 aa  84  7e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1664  endoribonuclease L-PSP  35.04 
 
 		 124 aa  83.6  8e-16  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0972  YjgF-like protein  43.24 
 
 		 130 aa  83.6  8e-16  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00459079  normal  0.578034 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1694  putative endoribonuclease L-PSP  37.04 
 
 		 124 aa  83.6  8e-16  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0919  endoribonuclease L-PSP  37.61 
 
 		 126 aa  83.6  8e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.13854 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3238  endoribonuclease L-PSP  41.74 
 
 		 151 aa  83.6  9e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.635376 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0045  endoribonuclease L-PSP, putative  34.58 
 
 		 127 aa  83.6  9e-16  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0734  endoribonuclease L-PSP, putative  37.84 
 
 		 133 aa  83.2  0.000000000000001  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0496  endoribonuclease L-PSP  34.55 
 
 		 124 aa  83.2  0.000000000000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000921293  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0042  putative endoribonuclease L-PSP  35.51 
 
 		 124 aa  83.2  0.000000000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0493131  n/a   
 
 
-
 
NC_006684  CNB05500  conserved hypothetical protein  37.96 
 
 		 156 aa  82.4  0.000000000000002  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  hitchhiker  0.000381478  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>