52 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3727 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_3727  hypothetical protein  100 
 
 		 410 aa  816    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.291811 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4644  hypothetical protein  65.37 
 
 		 410 aa  541  1e-153  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.844377 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1246  hypothetical protein  46.23 
 
 		 411 aa  345  8e-94  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.422175  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0373  hypothetical protein  45.19 
 
 		 416 aa  344  1e-93  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1134  hypothetical protein  45.99 
 
 		 411 aa  345  1e-93  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3508  hypothetical protein  45.01 
 
 		 411 aa  332  6e-90  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.492379 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1278  hypothetical protein  44.04 
 
 		 411 aa  324  2e-87  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.815618  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1399  hypothetical protein  23.9 
 
 		 384 aa  93.6  5e-18  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0516827  normal  0.936893 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2152  hypothetical protein  23.82 
 
 		 419 aa  83.2  0.000000000000007  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.191096 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0275  hypothetical protein  26.33 
 
 		 582 aa  68.6  0.0000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5234  hypothetical protein  23.14 
 
 		 443 aa  67.4  0.0000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1326  hypothetical protein  25 
 
 		 584 aa  66.6  0.0000000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.157245  normal  0.783415 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1166  hypothetical protein  25 
 
 		 584 aa  66.6  0.0000000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.981297  normal  0.431954 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3603  hypothetical protein  24.18 
 
 		 489 aa  61.2  0.00000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0158182 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1515  secretion protein HlyD  24.32 
 
 		 405 aa  55.8  0.000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.498978  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1740  hypothetical protein  21.07 
 
 		 443 aa  55.5  0.000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.130481  normal  0.345273 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0503  hypothetical protein  24.62 
 
 		 478 aa  54.3  0.000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0145  hypothetical protein  24.62 
 
 		 478 aa  54.3  0.000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.955464  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1389  hypothetical protein  24.62 
 
 		 519 aa  53.9  0.000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0998  hypothetical protein  24.62 
 
 		 521 aa  53.9  0.000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.464233  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2312  hypothetical protein  24.62 
 
 		 516 aa  53.9  0.000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1084  hypothetical protein  24.32 
 
 		 521 aa  52.4  0.00001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1100  secretion protein HlyD family protein  24.8 
 
 		 443 aa  52  0.00002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0175972 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1144  secretion protein HlyD family protein  24.74 
 
 		 374 aa  51.6  0.00002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.143245  normal  0.639337 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1703  secretion protein HlyD family protein  35.79 
 
 		 358 aa  51.6  0.00003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4577  secretion protein HlyD  25.47 
 
 		 354 aa  48.9  0.0002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.231546  normal  0.47776 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3187  secretion protein HlyD family protein  29.27 
 
 		 375 aa  48.1  0.0003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2614  aromatic acid efflux pump, membrane fusion protein  28.85 
 
 		 334 aa  45.8  0.001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6188  putative multidrug resistance protein A  24.36 
 
 		 456 aa  45.8  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.650101  normal  0.753316 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3278  secretion protein HlyD family protein  22.31 
 
 		 333 aa  45.1  0.002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1210  secretion protein HlyD family protein  30.25 
 
 		 311 aa  45.4  0.002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1536  secretion protein HlyD  30.08 
 
 		 625 aa  45.1  0.002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2816  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.71 
 
 		 403 aa  45.1  0.002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.51387  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2557  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.99 
 
 		 403 aa  45.1  0.002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0971  secretion protein HlyD family protein  22.31 
 
 		 333 aa  45.1  0.002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.70003 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1976  secretion protein HlyD family protein  23.05 
 
 		 387 aa  44.3  0.003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.339437  hitchhiker  0.00926098 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0815  RND family efflux transporter MFP subunit  28.32 
 
 		 359 aa  44.7  0.003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.60919  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1589  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.4 
 
 		 415 aa  45.1  0.003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.655904 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1991  secretion protein HlyD  22.27 
 
 		 304 aa  44.7  0.003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0781323  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3784  secretion protein HlyD family protein  23.05 
 
 		 387 aa  44.3  0.004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.52274  normal  0.687731 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2238  RND family efflux transporter MFP subunit  21.64 
 
 		 421 aa  44.3  0.004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.811605  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3531  secretion protein HlyD  33.61 
 
 		 400 aa  43.9  0.005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.445744  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0161  RND family efflux transporter MFP subunit  35.53 
 
 		 380 aa  43.9  0.005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1892  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.6 
 
 		 430 aa  43.9  0.006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.133123 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2810  secretion protein HlyD family protein  34.21 
 
 		 368 aa  43.9  0.006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.653473 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3316  secretion protein HlyD family protein  25.38 
 
 		 423 aa  43.9  0.006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.226121 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2395  secretion protein HlyD  28.97 
 
 		 417 aa  43.5  0.006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.84223  hitchhiker  0.00226856 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1916  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.12 
 
 		 384 aa  43.5  0.007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4935  RND family efflux transporter MFP subunit  29.03 
 
 		 316 aa  43.5  0.007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.659289  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0686  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.97 
 
 		 380 aa  43.1  0.009  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00268178 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4832  RND family efflux transporter MFP subunit  34.68 
 
 		 472 aa  43.1  0.009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0873289 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1853  multidrug resistance transmembrane protein  27.96 
 
 		 385 aa  43.1  0.01  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.104689 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>