294 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3717 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009620  Smed_3717  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  100 
 
 
709 aa  1453    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.112806  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3605  hydantoinase/oxoprolinase  41.03 
 
 
717 aa  568  1e-161  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.995812  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1031  acetone carboxylase, beta subunit  40.6 
 
 
717 aa  562  1.0000000000000001e-159  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.860062  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4263  hydantoinase/oxoprolinase  41.03 
 
 
723 aa  564  1.0000000000000001e-159  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.730254 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2091  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  41.76 
 
 
715 aa  559  1e-158  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5523  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  40.31 
 
 
717 aa  556  1e-157  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.089614 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1778  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  41.67 
 
 
715 aa  555  1e-156  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3471  Hydantoinase/oxoprolinase  39.32 
 
 
716 aa  547  1e-154  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1018  acetone carboxylase, beta subunit  39.17 
 
 
715 aa  545  1e-153  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20910  Acetone carboxylase beta subunit; AcxA  38.87 
 
 
717 aa  543  1e-153  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.746979  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3509  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  40.17 
 
 
717 aa  539  9.999999999999999e-153  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0697266  normal  0.425504 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6172  acetone carboxylase, beta subunit  38.89 
 
 
714 aa  535  1e-150  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0943  hydantoinase/oxoprolinase  37.89 
 
 
715 aa  533  1e-150  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6150  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  38.64 
 
 
714 aa  531  1e-149  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.353308 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4105  acetone carboxylase subunit beta  38.03 
 
 
722 aa  519  1e-146  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1848  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  33.19 
 
 
726 aa  367  1e-100  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0551032  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11390  acetophenone carboxylase  31.14 
 
 
711 aa  328  3e-88  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5622  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  31.7 
 
 
706 aa  321  1.9999999999999998e-86  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.49803 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2130  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  31.25 
 
 
687 aa  317  6e-85  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1163  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  30.86 
 
 
711 aa  316  9e-85  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2239  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  30.74 
 
 
708 aa  313  4.999999999999999e-84  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.0220335 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1967  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  29.56 
 
 
683 aa  311  2e-83  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.471219  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1833  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  31.15 
 
 
731 aa  307  4.0000000000000004e-82  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.995863 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1151  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  30.59 
 
 
710 aa  304  4.0000000000000003e-81  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4408  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  30.73 
 
 
711 aa  298  3e-79  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.401653 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4047  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  31.76 
 
 
676 aa  296  1e-78  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0166577  decreased coverage  0.00142198 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4360  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  30.35 
 
 
708 aa  295  3e-78  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2035  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  29.35 
 
 
701 aa  294  4e-78  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2368  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  29.89 
 
 
680 aa  291  2e-77  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.773275  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5243  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  31.76 
 
 
765 aa  292  2e-77  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4697  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  31.37 
 
 
692 aa  290  5.0000000000000004e-77  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.599265  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4898  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  30.57 
 
 
709 aa  288  2e-76  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.466599  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3115  Hydantoinase/oxoprolinase  30.7 
 
 
686 aa  287  4e-76  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3641  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  29.55 
 
 
676 aa  283  7.000000000000001e-75  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2447  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  28.51 
 
 
683 aa  282  1e-74  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2507  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  29.71 
 
 
708 aa  281  3e-74  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4193  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  30.48 
 
 
765 aa  281  3e-74  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1206  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  29.68 
 
 
725 aa  280  5e-74  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.128177  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4226  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  30.57 
 
 
690 aa  279  1e-73  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3957  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  31.51 
 
 
674 aa  279  1e-73  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5966  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  30.11 
 
 
694 aa  272  1e-71  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.858122  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1559  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  27.84 
 
 
680 aa  272  2e-71  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.63787  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2299  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  30.31 
 
 
694 aa  271  4e-71  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.375878  normal  0.208319 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9128  hydantoin utilization protein  29.34 
 
 
680 aa  270  5e-71  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1519  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  29.77 
 
 
690 aa  270  8e-71  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1719  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  29.23 
 
 
688 aa  269  1e-70  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0498  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  29.63 
 
 
704 aa  269  2e-70  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.530751  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0475  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  31 
 
 
680 aa  268  2.9999999999999995e-70  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013412  GYMC61_3601  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  29.71 
 
 
682 aa  267  4e-70  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8320  hydantoin utilization protein  29.46 
 
 
676 aa  267  5e-70  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4085  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  30.35 
 
 
706 aa  266  7e-70  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.170701 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3765  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  30.53 
 
 
690 aa  265  2e-69  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.32896  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5632  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  29.59 
 
 
698 aa  264  3e-69  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0796839 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1449  acetone carboxylase beta subunit  26.64 
 
 
712 aa  264  3e-69  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.667418 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8176  hydantoin utilization protein  29.32 
 
 
681 aa  265  3e-69  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3515  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  29.37 
 
 
694 aa  264  4e-69  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.113195  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4028  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  28.87 
 
 
711 aa  263  1e-68  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3493  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  29.01 
 
 
681 aa  262  1e-68  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.875843  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2413  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  29.08 
 
 
694 aa  261  3e-68  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2260  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  29.37 
 
 
694 aa  261  3e-68  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3091  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  29.13 
 
 
681 aa  259  2e-67  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.435048  normal  0.0725739 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2083  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  30.82 
 
 
712 aa  258  3e-67  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.359641  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1696  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  28.17 
 
 
684 aa  258  3e-67  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5474  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  28.47 
 
 
692 aa  258  4e-67  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2209  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  29.94 
 
 
690 aa  256  8e-67  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.454656  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3664  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  28.96 
 
 
691 aa  255  2.0000000000000002e-66  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00438442 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2410  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  29.58 
 
 
658 aa  254  5.000000000000001e-66  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6595  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  30.47 
 
 
674 aa  253  6e-66  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5220  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  30.32 
 
 
680 aa  253  9.000000000000001e-66  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.46382  normal  0.858688 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0560  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  28.45 
 
 
657 aa  253  1e-65  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.341867  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7016  hydantoin utilization protein  34.22 
 
 
673 aa  252  2e-65  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.626492  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1245  Hydantoinase/oxoprolinase  29.94 
 
 
679 aa  252  2e-65  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.529227  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3307  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  31.04 
 
 
673 aa  250  6e-65  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.593183  normal 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9148  hydantoin utilization protein  28.94 
 
 
687 aa  249  1e-64  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2860  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  29.31 
 
 
684 aa  249  1e-64  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5988  N-methylhydantoinase A (Hydantoin utilization protein A)  29.29 
 
 
685 aa  246  9e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.553202  normal  0.148202 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3097  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  28.45 
 
 
702 aa  246  9e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.364987  normal  0.554031 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2226  5-oxoprolinase  31.36 
 
 
680 aa  246  9e-64  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.460045  normal  0.133433 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3649  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  28.45 
 
 
721 aa  245  1.9999999999999999e-63  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.495656  normal  0.769943 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2208  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  30.28 
 
 
688 aa  244  3.9999999999999997e-63  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.170446  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6536  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  29.96 
 
 
678 aa  244  5e-63  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.234426 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0176  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  27.95 
 
 
682 aa  244  6e-63  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4353  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  28.76 
 
 
692 aa  244  6e-63  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4325  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  30.29 
 
 
691 aa  243  1e-62  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.79538  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1496  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  31.54 
 
 
706 aa  242  2e-62  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0678775  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4581  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  27.94 
 
 
690 aa  241  4e-62  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3568  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  30.71 
 
 
701 aa  241  4e-62  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6272  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  28.13 
 
 
687 aa  241  5e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.106273 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1063  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  28.39 
 
 
663 aa  240  6.999999999999999e-62  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.39661  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6260  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  28.65 
 
 
691 aa  240  6.999999999999999e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00292738  normal  0.765217 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4925  Hydantoin utilization protein A  29.03 
 
 
694 aa  239  1e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.153977 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2632  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  30.77 
 
 
701 aa  233  8.000000000000001e-60  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.502801 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2039  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  30.32 
 
 
707 aa  231  3e-59  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1980  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  28.63 
 
 
693 aa  231  3e-59  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1935  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  30.3 
 
 
690 aa  229  1e-58  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8488  Hydantoinase/oxoprolinase  27.71 
 
 
682 aa  228  3e-58  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.593385  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0803  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  28.19 
 
 
684 aa  228  4e-58  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.148951  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_20940  N-methylhydantoinase A/acetone carboxylase, beta subunit  29.94 
 
 
706 aa  227  5.0000000000000005e-58  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.796393  normal  0.0791884 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0472  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  27.1 
 
 
687 aa  226  1e-57  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1577  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  27.99 
 
 
739 aa  226  2e-57  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>