More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3592 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_3592  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  100 
 
 		 389 aa  795    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.2088  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6032  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  55.96 
 
 		 395 aa  454  1e-127  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.159313  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3945  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.55 
 
 		 388 aa  181  1e-44  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.213455 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1946  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  33.43 
 
 		 378 aa  155  2e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3598  galactonate dehydratase  34.17 
 
 		 382 aa  149  8e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.729698  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3433  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.13 
 
 		 381 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.428257  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0742  galactonate dehydratase  33.33 
 
 		 378 aa  148  1.0000000000000001e-34  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.495163  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3479  galactonate dehydratase  32.77 
 
 		 382 aa  145  9e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.412363  normal  0.814852 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3370  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.68 
 
 		 389 aa  145  1e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.90513  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0897  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  31.53 
 
 		 387 aa  145  1e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.129101  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3767  galactonate dehydratase  32.49 
 
 		 382 aa  145  2e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.854343  normal  0.799766 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0390  galactonate dehydratase  33.43 
 
 		 382 aa  143  4e-33  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.100514  normal  0.488186 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2476  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  31.32 
 
 		 378 aa  143  4e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2811  galactonate dehydratase  33.62 
 
 		 382 aa  143  4e-33  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.275596  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4537  galactonate dehydratase  32.87 
 
 		 385 aa  144  4e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3624  galactonate dehydratase  33.98 
 
 		 382 aa  144  4e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.694628  normal  0.369645 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00121  galactonate dehydratase  32.69 
 
 		 382 aa  143  5e-33  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.220191  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0433  galactonate dehydratase  33.05 
 
 		 382 aa  143  6e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.34187  normal  0.994334 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5182  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.79 
 
 		 403 aa  143  6e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.028896  normal  0.168371 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5451  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.61 
 
 		 403 aa  142  7e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.911825  normal  0.0412246 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3894  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.05 
 
 		 384 aa  142  9.999999999999999e-33  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.519515  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0025  galactonate dehydratase  32.69 
 
 		 382 aa  142  9.999999999999999e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.192366  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0122  galactonate dehydratase  31.67 
 
 		 384 aa  141  1.9999999999999998e-32  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.041758  normal  0.798356 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2751  galactonate dehydratase  34.45 
 
 		 382 aa  140  3e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0044  galactonate dehydratase  33.7 
 
 		 382 aa  140  3.9999999999999997e-32  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.360565 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4653  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.64 
 
 		 400 aa  140  3.9999999999999997e-32  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0414891  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1989  galactonate dehydratase  31.22 
 
 		 401 aa  140  4.999999999999999e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.217877  normal  0.0214185 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03575  galactonate dehydratase  30.89 
 
 		 382 aa  138  1e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.923731  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0011  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.89 
 
 		 382 aa  138  1e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3904  galactonate dehydratase  31.45 
 
 		 382 aa  138  1e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0011  galactonate dehydratase  30.89 
 
 		 382 aa  138  1e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03519  hypothetical protein  30.89 
 
 		 382 aa  138  1e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.84784  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4057  galactonate dehydratase  30.89 
 
 		 382 aa  138  1e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4201  galactonate dehydratase  30.89 
 
 		 382 aa  138  1e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4123  galactonate dehydratase  31.9 
 
 		 382 aa  138  2e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0234002  normal  0.927238 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2615  galactonate dehydratase  33.14 
 
 		 382 aa  137  2e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0009  galactonate dehydratase  31.54 
 
 		 382 aa  137  3.0000000000000003e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2518  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.56 
 
 		 372 aa  137  3.0000000000000003e-31  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0286824  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1095  galactonate dehydratase  30.89 
 
 		 382 aa  137  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2055  galactonate dehydratase  32.19 
 
 		 382 aa  137  4e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5994  galactonate dehydratase  32.48 
 
 		 382 aa  136  5e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.126789 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2695  galactonate dehydratase  32.19 
 
 		 382 aa  135  8e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2666  galactonate dehydratase  32.19 
 
 		 382 aa  135  8e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4161  galactonate dehydratase  32.21 
 
 		 382 aa  135  9e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4219  galactonate dehydratase  32.21 
 
 		 382 aa  135  9e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4112  galactonate dehydratase  32.21 
 
 		 382 aa  135  9e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.205397  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2591  galactonate dehydratase  32.19 
 
 		 382 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0074  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.02 
 
 		 395 aa  135  9.999999999999999e-31  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2179  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  31.61 
 
 		 382 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0507727  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0656  galactonate dehydratase  31.91 
 
 		 382 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.789075 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2719  galactonate dehydratase  32.19 
 
 		 382 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2580  galactonate dehydratase  32.01 
 
 		 382 aa  134  3e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_2866  galactonate dehydratase  30.16 
 
 		 382 aa  134  3e-30  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2990  galactonate dehydratase  32.39 
 
 		 382 aa  134  3e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.554919  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0154  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.49 
 
 		 398 aa  133  3.9999999999999996e-30  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.434953  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3303  galactonate dehydratase  31.34 
 
 		 382 aa  133  5e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.703331 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4981  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.51 
 
 		 389 aa  132  9e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.713473  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0918  galactonate dehydratase  32.21 
 
 		 382 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.462959  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5866  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.22 
 
 		 389 aa  132  1.0000000000000001e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0167811  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1011  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.89 
 
 		 415 aa  132  1.0000000000000001e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.635403  normal  0.302413 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0218  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.89 
 
 		 381 aa  132  1.0000000000000001e-29  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0106637  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3008  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  30.48 
 
 		 417 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.334254  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0631  galactonate dehydratase  31.91 
 
 		 382 aa  132  2.0000000000000002e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0740  galactonate dehydratase  32.76 
 
 		 382 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0752  galactonate dehydratase  32.76 
 
 		 382 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4441  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.37 
 
 		 391 aa  131  2.0000000000000002e-29  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0607658  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0586  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.23 
 
 		 382 aa  130  3e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00367627 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0045  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  34.1 
 
 		 381 aa  131  3e-29  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0611  galactonate dehydratase  32.76 
 
 		 502 aa  130  5.0000000000000004e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4435  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.23 
 
 		 377 aa  130  5.0000000000000004e-29  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0118641  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51320  galactonate dehydratase  32.87 
 
 		 382 aa  129  8.000000000000001e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4867  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.07 
 
 		 387 aa  129  8.000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.823236  normal  0.123267 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0254  galactonate dehydratase  32.48 
 
 		 382 aa  129  9.000000000000001e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.114802  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2464  galactonate dehydratase  32.48 
 
 		 382 aa  129  9.000000000000001e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1862  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  33.72 
 
 		 370 aa  129  9.000000000000001e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.324326  normal  0.225568 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2694  galactonate dehydratase  32.48 
 
 		 382 aa  129  9.000000000000001e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2383  galactonate dehydratase  32.48 
 
 		 382 aa  129  9.000000000000001e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.330745  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1786  galactonate dehydratase  32.48 
 
 		 381 aa  129  1.0000000000000001e-28  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.805255  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4678  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.63 
 
 		 387 aa  128  2.0000000000000002e-28  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.194789  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3673  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  30.28 
 
 		 410 aa  128  2.0000000000000002e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.232525  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0100  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.99 
 
 		 382 aa  128  2.0000000000000002e-28  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.85667  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7855  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.35 
 
 		 396 aa  128  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3665  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.3 
 
 		 387 aa  127  3e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0951  galactonate dehydratase  31.46 
 
 		 382 aa  127  3e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3855  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.01 
 
 		 370 aa  127  3e-28  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.552694  normal  0.795222 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0552  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  29.1 
 
 		 390 aa  126  5e-28  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.133728  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6746  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.88 
 
 		 368 aa  126  5e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1380  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.29 
 
 		 381 aa  126  6e-28  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.467109  normal  0.938738 
 
 
-
 
BN001303  ANIA_10599  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein (AFU_orthologue; AFUA_1G05520)  30.59 
 
 		 381 aa  125  1e-27  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.185657  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0864  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.43 
 
 		 373 aa  125  1e-27  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3858  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.56 
 
 		 373 aa  125  1e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0581351  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1901  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.97 
 
 		 395 aa  125  1e-27  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2244  galactonate dehydratase  32.87 
 
 		 382 aa  125  1e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.174504  hitchhiker  0.00000380774 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3195  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  27.57 
 
 		 390 aa  124  4e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3949  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.9 
 
 		 388 aa  124  4e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.841858  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3772  galactonate dehydratase  31.78 
 
 		 382 aa  123  5e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.451307 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1664  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.75 
 
 		 382 aa  123  6e-27  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5329  galactonate dehydratase  32.14 
 
 		 382 aa  123  7e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5256  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.17 
 
 		 392 aa  122  9.999999999999999e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2447  putative mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.79 
 
 		 391 aa  122  9.999999999999999e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.549803  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>