More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_0572 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_0572  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 311 aa  616  1e-175  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.220776  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0906  transcriptional regulator, LysR family  66.21 
 
 		 298 aa  405  1.0000000000000001e-112  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.150508 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0793  transcriptional regulator, LysR family  65.86 
 
 		 298 aa  396  1e-109  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.786364  normal  0.24043 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0422  transcriptional regulator LysR family  58.61 
 
 		 314 aa  348  8e-95  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1268  LysR family transcriptional regulator  43.51 
 
 		 317 aa  205  9e-52  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2443  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.91 
 
 		 300 aa  188  1e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.586469  normal  0.671238 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3358  LysR family transcriptional regulator  40.82 
 
 		 293 aa  185  8e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.8 
 
 		 303 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.46 
 
 		 303 aa  178  1e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.46 
 
 		 303 aa  178  1e-43  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.46 
 
 		 303 aa  177  2e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.46 
 
 		 303 aa  177  2e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.46 
 
 		 303 aa  177  2e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.46 
 
 		 303 aa  177  2e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0921  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 315 aa  176  3e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.77 
 
 		 303 aa  177  3e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.8 
 
 		 303 aa  176  6e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.11 
 
 		 303 aa  175  7e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4077  LysR family transcriptional regulator  37.98 
 
 		 291 aa  175  9e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1282  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.77 
 
 		 303 aa  175  9e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1385  LysR family transcriptional regulator  38.13 
 
 		 311 aa  174  9.999999999999999e-43  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.765137  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.73 
 
 		 303 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.86 
 
 		 314 aa  173  3.9999999999999995e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.42879  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3270  LysR family transcriptional regulator  38.7 
 
 		 318 aa  172  5e-42  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.321515  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7137  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.41 
 
 		 306 aa  172  6.999999999999999e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126779  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.43 
 
 		 303 aa  172  7.999999999999999e-42  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3951  LysR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 295 aa  171  1e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.43 
 
 		 303 aa  171  1e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2879  LysR family transcriptional regulator  39.79 
 
 		 305 aa  171  1e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.105069 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2215  LysR family transcriptional regulator  38.41 
 
 		 317 aa  169  5e-41  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.230967  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4215  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.87 
 
 		 322 aa  169  5e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3250  transcriptional regulator, LysR family  37.89 
 
 		 314 aa  169  7e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.228941  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6156  LysR family transcriptional regulator  36.88 
 
 		 308 aa  168  8e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0501  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.46 
 
 		 322 aa  168  9e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0370633 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6449  LysR family transcriptional regulator  36.88 
 
 		 309 aa  168  9e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.585538  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1785  LysR family transcriptional regulator  39.65 
 
 		 307 aa  167  2e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.4 
 
 		 303 aa  167  2e-40  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0214  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.41 
 
 		 334 aa  167  2e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2866  transcriptional regulator, LysR family  34.46 
 
 		 298 aa  167  2.9999999999999998e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.490862  normal  0.457382 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2214  LysR family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 308 aa  167  2.9999999999999998e-40  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3368  LysR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 307 aa  166  2.9999999999999998e-40  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0348  LysR family transcriptional regulator  41.02 
 
 		 311 aa  166  2.9999999999999998e-40  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.425258 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2984  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.74 
 
 		 303 aa  166  4e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0851103  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3138  transcriptional regulator, LysR family  34.46 
 
 		 298 aa  166  6.9999999999999995e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.224221  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2571  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 313 aa  165  6.9999999999999995e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2890  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.84 
 
 		 329 aa  165  8e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2900  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.84 
 
 		 329 aa  165  8e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3606  LysR family transcriptional regulator  39.72 
 
 		 305 aa  165  8e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.613812  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2275  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.84 
 
 		 329 aa  165  8e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3143  LysR family transcriptional regulator  37.91 
 
 		 313 aa  165  9e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00893  transcription regulator protein  36.75 
 
 		 304 aa  165  9e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0257134  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0248  LysR family transcriptional regulator  35.54 
 
 		 302 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.319703  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0785  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 311 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2901  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 321 aa  164  3e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2712  LysR family transcriptional regulator  37.55 
 
 		 313 aa  162  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3624  transcriptional regulator, LysR family  38.54 
 
 		 295 aa  162  5.0000000000000005e-39  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0873  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 300 aa  162  6e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.716768 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2203  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.11 
 
 		 303 aa  162  6e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0223993  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4496  LysR family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 309 aa  162  7e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.592927  normal  0.0547536 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2113  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 296 aa  162  8.000000000000001e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0383  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.71 
 
 		 320 aa  160  2e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0491  LysR family transcriptional regulator  37.98 
 
 		 305 aa  160  2e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.978551 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2586  LysR family transcriptional regulator  37.98 
 
 		 305 aa  161  2e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0519  LysR family transcriptional regulator  37.98 
 
 		 305 aa  161  2e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01684  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.54 
 
 		 313 aa  160  3e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1783  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 308 aa  160  3e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0414  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.14 
 
 		 348 aa  160  3e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0376293  normal  0.0295817 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6126  transcriptional regulator, LysR family  36.55 
 
 		 299 aa  160  4e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3485  transcriptional regulator, LysR family  34.48 
 
 		 305 aa  159  8e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3327  transcriptional regulator, LysR family  36.73 
 
 		 303 aa  159  8e-38  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0691  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.75 
 
 		 302 aa  158  9e-38  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.652779  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6233  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.55 
 
 		 328 aa  158  9e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.308755 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1265  putative transcriptional regulator  38.6 
 
 		 298 aa  158  9e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0461  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.24 
 
 		 321 aa  158  9e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.796194  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0441  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.24 
 
 		 321 aa  158  1e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0055  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.24 
 
 		 321 aa  158  1e-37  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0623  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.24 
 
 		 321 aa  158  1e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3189  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.24 
 
 		 321 aa  158  1e-37  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.24 
 
 		 321 aa  158  1e-37  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1372  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.24 
 
 		 321 aa  158  1e-37  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0449  LysR family transcriptional regulator  39.37 
 
 		 305 aa  158  1e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.038969  normal  0.109175 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14280  LysR family transcriptional regulator  38.6 
 
 		 298 aa  157  2e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.560719  normal  0.445591 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.36 
 
 		 304 aa  157  3e-37  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3319  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 296 aa  157  3e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.159195  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0983  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  32.99 
 
 		 300 aa  157  3e-37  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0800  transcriptional regulator, LysR family  35.52 
 
 		 295 aa  157  3e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2809  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 315 aa  155  6e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000226254  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0083  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.93 
 
 		 309 aa  155  6e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.363159  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  36.27 
 
 		 305 aa  155  7e-37  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  36.27 
 
 		 305 aa  155  7e-37  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.27 
 
 		 305 aa  155  7e-37  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.27 
 
 		 305 aa  155  7e-37  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  36.27 
 
 		 305 aa  155  7e-37  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.27 
 
 		 305 aa  155  7e-37  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.27 
 
 		 305 aa  155  7e-37  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.27 
 
 		 305 aa  155  7e-37  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.27 
 
 		 305 aa  155  7e-37  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.46 
 
 		 305 aa  155  8e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.46 
 
 		 305 aa  155  8e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.46 
 
 		 305 aa  155  8e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>