58 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_1469 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_1469  hypothetical protein  100 
 
 		 543 aa  1124    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0521715  normal  0.76039 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0549  hypothetical protein, putative phage gene  45.52 
 
 		 530 aa  483  1e-135  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.444707  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0574  hypothetical protein  44.79 
 
 		 527 aa  466  9.999999999999999e-131  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0384  hypothetical protein  27.39 
 
 		 533 aa  144  4e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.686449  normal  0.193753 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0552  hypothetical protein  25.53 
 
 		 512 aa  131  3e-29  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2087  hypothetical protein  26.03 
 
 		 533 aa  126  1e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.298307  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4255  hypothetical protein  27.01 
 
 		 558 aa  103  7e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.669454  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1305  hypothetical protein  30 
 
 		 673 aa  99.8  1e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0182944  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0969  hypothetical protein  28.93 
 
 		 510 aa  98.2  3e-19  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.670646 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3026  hypothetical protein  24.52 
 
 		 672 aa  94.4  4e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1153  hypothetical protein  25.22 
 
 		 557 aa  88.6  3e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2910  hypothetical protein  26.01 
 
 		 670 aa  85.9  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00903666 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2490  hypothetical protein  23.44 
 
 		 498 aa  80.1  0.0000000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1069  hypothetical protein  22.34 
 
 		 331 aa  79.3  0.0000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0900877 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1410  reverse transcriptase  25.45 
 
 		 505 aa  73.2  0.00000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.657461  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4206  hypothetical protein  24.59 
 
 		 499 aa  70.5  0.00000000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0573  putative DNA-binding protein  29.93 
 
 		 667 aa  60.8  0.00000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.000329347  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2459  CRISPR-associated protein Cas1  30 
 
 		 727 aa  51.2  0.00004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.670262  n/a   
 
 
-
 
NC_007322  GBAA_pXO1_0011  reverse transcriptase/endonuclease protein  25 
 
 		 602 aa  48.5  0.0003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0142  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  27.46 
 
 		 475 aa  47.8  0.0005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0976  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  27.46 
 
 		 475 aa  47.8  0.0005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.307448  normal  0.190974 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1387  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  27.46 
 
 		 475 aa  47.8  0.0005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.017267  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1714  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  27.46 
 
 		 475 aa  47.8  0.0005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.125991 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0812  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  27.46 
 
 		 475 aa  47.8  0.0005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.158231  hitchhiker  0.0000219513 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1820  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  27.46 
 
 		 475 aa  47.8  0.0005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.102915  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1901  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  27.46 
 
 		 475 aa  47.8  0.0005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1923  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  27.46 
 
 		 475 aa  47.8  0.0005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2067  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  27.46 
 
 		 475 aa  47.8  0.0005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00121404  normal  0.0104805 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2185  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  27.46 
 
 		 475 aa  47.8  0.0005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000124712 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2426  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  27.46 
 
 		 475 aa  47.8  0.0005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2652  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  27.46 
 
 		 475 aa  47.8  0.0005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2778  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  27.46 
 
 		 475 aa  47.8  0.0005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0584  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  27.46 
 
 		 475 aa  47.8  0.0005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0624  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  27.46 
 
 		 475 aa  47.8  0.0005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2677  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  33.77 
 
 		 447 aa  47.8  0.0005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4446  group II intron-encoding maturase, putative  31.03 
 
 		 373 aa  47.8  0.0006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.687408  hitchhiker  0.0000544163 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0629  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  33.77 
 
 		 411 aa  47.4  0.0007  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1777  prophage PSPPH06, putative reverse transcriptase/maturase  33.33 
 
 		 451 aa  46.2  0.001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.242663 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2054  CRISPR-associated Cas1 family protein  38.16 
 
 		 731 aa  45.8  0.002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1102  RNA-directed DNA polymerase  29.8 
 
 		 495 aa  45.8  0.002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.127965  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2099  hypothetical protein  26.46 
 
 		 545 aa  45.4  0.003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.00838169  normal  0.0305359 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0929  CRISPR-associated protein Cas1  38.16 
 
 		 731 aa  45.1  0.003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.400864  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0183  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  23.03 
 
 		 467 aa  44.3  0.005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009777  VIBHAR_p08274  RNA-directed DNA polymerase  27.03 
 
 		 489 aa  44.3  0.005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24740  RNA-directed DNA polymerase  29.66 
 
 		 591 aa  44.3  0.005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2231  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  32.43 
 
 		 411 aa  44.3  0.005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000000756298 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1335  RNA-directed DNA polymerase  25.98 
 
 		 490 aa  44.3  0.005  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.104079  normal  0.0206218 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4251  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  23.03 
 
 		 467 aa  44.3  0.005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.90502  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0252  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  23.03 
 
 		 467 aa  44.3  0.005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.486482  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0645  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  23.03 
 
 		 467 aa  44.3  0.005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0867872  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1333  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  23.03 
 
 		 467 aa  44.3  0.005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0724737  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2156  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  23.03 
 
 		 467 aa  44.3  0.005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00341983  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2376  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  23.03 
 
 		 467 aa  44.3  0.005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.207221  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3888  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  23.03 
 
 		 467 aa  44.3  0.005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.248408  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4139  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  23.03 
 
 		 467 aa  44.3  0.005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.813307  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3345  reverse transcriptase/endonuclease protein  26.58 
 
 		 548 aa  43.9  0.007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3976  hypothetical protein  31.58 
 
 		 579 aa  43.9  0.008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.228372 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3486  RNA-directed DNA polymerase  27.97 
 
 		 490 aa  43.5  0.009  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>