More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_3017 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_2566  putative bifunctional enzyme  54.2 
 
 		 743 aa  772    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.0000104347  hitchhiker  0.000000000000144647 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2633  hypothetical protein  51.41 
 
 		 745 aa  744    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2503  hypothetical protein  51.08 
 
 		 745 aa  742    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2156  transketolase central region  48.51 
 
 		 790 aa  645    Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1294  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase E1 component  57.08 
 
 		 727 aa  784    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1956  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase E1 component  47.41 
 
 		 721 aa  648    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.224438 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1035  transketolase central region  75.9 
 
 		 747 aa  1211    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1045  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase E1 component  57.28 
 
 		 738 aa  841    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3017  transketolase, central region  100 
 
 		 761 aa  1575    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2962  transketolase, central region  58.94 
 
 		 733 aa  858    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0290304  normal  0.0965541 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3884  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase E1 component  59.05 
 
 		 735 aa  824    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1976  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase E1 component  47.67 
 
 		 687 aa  641    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.611209  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2727  transketolase, central region  57.66 
 
 		 727 aa  807    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.556431  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2640  Transketolase domain protein  51.83 
 
 		 759 aa  692    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.144952  normal  0.326174 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0901  transketolase, central region  77.93 
 
 		 763 aa  1200    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.542357 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2795  transketolase, central region  75.4 
 
 		 761 aa  1160    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2022  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase E1 component  47.55 
 
 		 721 aa  645    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.556137  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2954  transketolase, central region  56.55 
 
 		 727 aa  793    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.998903  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6420  2-oxoisovalerate dehydrogenase  47.19 
 
 		 736 aa  628  1e-178  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00562183 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3610  transketolase domain-containing protein  43.81 
 
 		 805 aa  591  1e-167  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00103993 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3370  transketolase domain-containing protein  44.01 
 
 		 792 aa  580  1e-164  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1786  dehydrogenase, E1 component  29.09 
 
 		 736 aa  244  6e-63  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002620  TC0618  2-oxoisovalerate dehydrogenase, E1 component, alpha and beta subunit  29.3 
 
 		 678 aa  205  3e-51  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0991  dehydrogenase E1 component  28.22 
 
 		 710 aa  201  3.9999999999999996e-50  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.892178  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0762  transketolase domain-containing protein  28.43 
 
 		 692 aa  196  1e-48  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.744175  normal  0.211672 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4110  transketolase domain-containing protein  27.87 
 
 		 692 aa  195  2e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05225  2-oxoisovalerate dehydrogenase, E1 component, alpha and beta subunit  28.12 
 
 		 688 aa  191  5e-47  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.737912  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3123  transketolase domain-containing protein  26.68 
 
 		 701 aa  184  5.0000000000000004e-45  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00523599 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1549  Transketolase domain protein  27.46 
 
 		 709 aa  180  1e-43  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0419  Transketolase central region  26.12 
 
 		 791 aa  179  1e-43  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0246116  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1604  transketolase, central region  28.45 
 
 		 693 aa  173  7.999999999999999e-42  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.167534  normal  0.217565 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0824  Transketolase central region  32.15 
 
 		 326 aa  169  1e-40  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.862556  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3160  Transketolase central region  33.63 
 
 		 325 aa  168  2.9999999999999998e-40  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2793  pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring) E1 component, alpha subunit  26.98 
 
 		 702 aa  166  1.0000000000000001e-39  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3596  Transketolase central region  35.05 
 
 		 342 aa  164  5.0000000000000005e-39  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3318  Transketolase central region  32.75 
 
 		 320 aa  163  9e-39  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0826  Transketolase central region  32.92 
 
 		 327 aa  162  2e-38  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.207974  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1538  Transketolase central region  26.11 
 
 		 681 aa  161  4e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.244278  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0094  Transketolase central region  36.26 
 
 		 328 aa  159  3e-37  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2144  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase E1 component  32.44 
 
 		 341 aa  158  3e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.869205 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1135  Transketolase central region  33.43 
 
 		 324 aa  158  4e-37  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.323286  normal  0.423895 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2321  Transketolase central region  32.37 
 
 		 324 aa  156  1e-36  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2647  transketolase, central region  32.73 
 
 		 326 aa  155  2e-36  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3824  dehydrogenase E1 component  25.38 
 
 		 659 aa  156  2e-36  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.200241  normal  0.786023 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1667  Transketolase central region  34.32 
 
 		 336 aa  155  2.9999999999999998e-36  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1486  dehydrogenase E1 component  25.82 
 
 		 657 aa  155  2.9999999999999998e-36  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.004553  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3464  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase E1 component  34.34 
 
 		 352 aa  155  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.239889 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_04530  pyruvate/2-oxoglutarate dehydrogenase complex, dehydrogenase component beta subunit  30.84 
 
 		 344 aa  155  2.9999999999999998e-36  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3246  transketolase, central region  33.23 
 
 		 334 aa  155  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4133  putative puryvate dehydrogenase E1 component subunit beta  33.43 
 
 		 326 aa  154  5.9999999999999996e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0398811  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4020  pyruvate dehydrogenase complex E1 component, beta subunit  31 
 
 		 325 aa  154  7e-36  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3986  pyruvate dehydrogenase complex E1 component, beta subunit  31 
 
 		 325 aa  154  7e-36  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3882  pyruvate dehydrogenase complex E1 component subunit beta  31 
 
 		 325 aa  154  7e-36  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.519915  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4090  pyruvate dehydrogenase complex E1 component, beta subunit  31 
 
 		 325 aa  154  7e-36  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000784297  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3714  pyruvate dehydrogenase complex E1 component, beta subunit  31 
 
 		 325 aa  154  7e-36  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3730  pyruvate dehydrogenase complex E1 component, beta subunit  31 
 
 		 325 aa  154  7e-36  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4183  pyruvate dehydrogenase complex E1 component subunit beta  31 
 
 		 325 aa  154  7e-36  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1833  Transketolase central region  32.52 
 
 		 325 aa  154  7e-36  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1166  pyruvate dehydrogenase complex E1 component, beta subunit  31 
 
 		 325 aa  153  1e-35  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.655374  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0587  dehydrogenase E1 component  27.92 
 
 		 680 aa  153  1e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10780  TPP-dependent dehydrogenase, E1 component beta subunit  34.73 
 
 		 328 aa  153  1e-35  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.789214  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2304  Transketolase central region  32.57 
 
 		 327 aa  153  1e-35  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0329  acetoin dehydrogenase complex, E1 component, beta subunit  32.51 
 
 		 326 aa  153  1e-35  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3183  2-oxoisovalerate dehydrogenase, E1 component, alpha and beta fusion  24.08 
 
 		 659 aa  152  2e-35  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.954931 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10943  putative oxidoreductase  24.89 
 
 		 668 aa  152  2e-35  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.345452  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1710  putative pyruvate dehydrogenase E1 component, beta chain  33.23 
 
 		 333 aa  152  2e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.284133  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4074  pyruvate dehydrogenase complex E1 component, beta subunit  30.25 
 
 		 325 aa  152  3e-35  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.170303  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2673  transketolase central region  30.77 
 
 		 325 aa  151  3e-35  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000190408  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0266  Transketolase central region  32.57 
 
 		 327 aa  152  3e-35  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3049  transketolase, central region  26.34 
 
 		 617 aa  151  3e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3798  transketolase central region  30.7 
 
 		 325 aa  151  5e-35  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.11122  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0929  pyruvate dehydrogenase complex, E1 component, pyruvate dehydrogenase beta subunit  35.26 
 
 		 324 aa  150  7e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0456  Transketolase central region  32.29 
 
 		 326 aa  150  9e-35  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0953  Transketolase central region  31.08 
 
 		 325 aa  149  1.0000000000000001e-34  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0681  pyruvate dehydrogenase complex E1 component, beta subunit  31.29 
 
 		 325 aa  150  1.0000000000000001e-34  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0460  Transketolase central region  32.43 
 
 		 320 aa  150  1.0000000000000001e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1994  transketolase central region  32.69 
 
 		 324 aa  149  1.0000000000000001e-34  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1154  transketolase domain-containing protein  31.75 
 
 		 325 aa  149  1.0000000000000001e-34  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.113033  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0476  Transketolase central region  33.54 
 
 		 320 aa  150  1.0000000000000001e-34  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000162173 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1176  transketolase domain-containing protein  31.75 
 
 		 325 aa  149  1.0000000000000001e-34  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.210987  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3377  Transketolase central region  32.84 
 
 		 326 aa  149  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.442122  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1516  hypothetical protein  34.21 
 
 		 324 aa  149  2.0000000000000003e-34  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1434  transketolase  33.13 
 
 		 326 aa  149  2.0000000000000003e-34  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2339  transketolase, central region  35.42 
 
 		 340 aa  149  2.0000000000000003e-34  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1404  transketolase, central region  32.21 
 
 		 330 aa  149  2.0000000000000003e-34  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.0127505 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19910  putative pyruvate dehydrogenase E1 component, beta chain  32.93 
 
 		 333 aa  149  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.045452  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3242  Transketolase central region  29.97 
 
 		 339 aa  149  2.0000000000000003e-34  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0939038  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1966  Transketolase central region  32.54 
 
 		 326 aa  149  2.0000000000000003e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.390541  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1467  hypothetical protein  33.88 
 
 		 324 aa  148  3e-34  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0274  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase E1 component  33.02 
 
 		 336 aa  148  4.0000000000000006e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.724855  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1826  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase E1 component  33.98 
 
 		 324 aa  147  5e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.22068  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2904  Transketolase central region  31.3 
 
 		 373 aa  147  5e-34  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2104  Transketolase central region  33.66 
 
 		 324 aa  147  6e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.216578  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2034  transketolase domain protein  33.66 
 
 		 324 aa  147  6e-34  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.239382  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0738  acetoin dehydrogenase complex, E1 component, beta subunit  32.67 
 
 		 326 aa  147  6e-34  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1975  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase E1 component  31.59 
 
 		 351 aa  147  8.000000000000001e-34  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.230446  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0675  Transketolase central region  31.79 
 
 		 327 aa  147  9e-34  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.045738  normal  0.242923 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2098  transketolase, central region  30.65 
 
 		 334 aa  146  1e-33  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0340316  normal  0.234627 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0763  transketolase, central region  32.44 
 
 		 346 aa  146  1e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4398  Transketolase central region  30.06 
 
 		 325 aa  146  1e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>