145 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_1836 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007954  Sden_1836  arginyl-tRNA-protein transferase  100 
 
 
233 aa  492  9.999999999999999e-139  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000137975  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2252  arginyl-tRNA-protein transferase  69.43 
 
 
239 aa  337  7e-92  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000157492  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1755  arginyl-tRNA-protein transferase  66.96 
 
 
238 aa  319  1.9999999999999998e-86  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000858101  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1881  arginyl-tRNA-protein transferase  66.52 
 
 
236 aa  318  3e-86  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.00000000197497  hitchhiker  0.000837728 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2463  arginyl-tRNA-protein transferase  66.52 
 
 
236 aa  318  3e-86  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.0000000000249099  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2583  arginyl-tRNA-protein transferase  66.52 
 
 
236 aa  319  3e-86  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000000870424  normal  0.0975132 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1650  arginyl-tRNA-protein transferase  66.07 
 
 
238 aa  317  1e-85  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000736484  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1725  arginyl-tRNA-protein transferase  66.07 
 
 
238 aa  316  2e-85  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000702749  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2470  arginyl-tRNA-protein transferase  66.07 
 
 
236 aa  316  2e-85  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000771659  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2225  arginyl-tRNA-protein transferase  64.73 
 
 
235 aa  310  1e-83  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000635584  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2624  arginyl-tRNA-protein transferase  65.62 
 
 
238 aa  310  2e-83  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2530  arginyl-tRNA-protein transferase  58.59 
 
 
241 aa  285  2.9999999999999996e-76  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00000125656  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2697  arginyl-tRNA-protein transferase  56.89 
 
 
236 aa  285  5.999999999999999e-76  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000253337  normal  0.128903 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1888  arginyl-tRNA-protein transferase  55.7 
 
 
236 aa  278  5e-74  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000499329  hitchhiker  0.000014618 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2054  arginyl-tRNA-protein transferase  58.59 
 
 
237 aa  275  6e-73  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000273717  normal  0.355745 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1568  arginyl-tRNA-protein transferase  53.74 
 
 
234 aa  266  2e-70  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000198847  normal  0.769175 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2372  arginyl-tRNA-protein transferase  45.25 
 
 
231 aa  206  2e-52  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0011943  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01638  arginyl-tRNA-protein transferase  46.03 
 
 
214 aa  192  5e-48  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00000119762  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2216  arginyl-tRNA-protein transferase  41.33 
 
 
230 aa  189  2e-47  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0631637  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1690  arginyl-tRNA-protein transferase  39.13 
 
 
236 aa  182  4.0000000000000006e-45  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.672767  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2764  arginyl-tRNA-protein transferase  41.32 
 
 
253 aa  182  6e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0812306  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01569  arginyl-tRNA-protein transferase  40.6 
 
 
233 aa  181  9.000000000000001e-45  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1337  arginyl-tRNA-protein transferase  39.48 
 
 
233 aa  179  2.9999999999999997e-44  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0223511  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3351  hypothetical protein  40.45 
 
 
235 aa  175  7e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.190221  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3181  arginyl-tRNA-protein transferase  40.91 
 
 
235 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.248167  normal  0.0460167 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003954  arginine-tRNA-protein transferase  38.26 
 
 
233 aa  174  9.999999999999999e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.000149764  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1755  arginyl-tRNA-protein transferase  39.55 
 
 
237 aa  170  2e-41  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3588  arginyl-tRNA-protein transferase  39.09 
 
 
235 aa  169  4e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.393051 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3611  arginyl-tRNA-protein transferase  39.55 
 
 
235 aa  168  7e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.85938  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3410  arginyl-tRNA-protein transferase  39.09 
 
 
235 aa  167  1e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.317388 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4006  arginyl-tRNA-protein transferase  39.09 
 
 
235 aa  166  2e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00315442 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28250  arginyl-tRNA-protein transferase  38.18 
 
 
252 aa  166  2.9999999999999998e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0019  arginyl-tRNA-protein transferase  35.98 
 
 
247 aa  166  4e-40  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1827  arginyl-tRNA-protein transferase  38.64 
 
 
235 aa  165  6.9999999999999995e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.856379  normal  0.0364428 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2391  arginyl-tRNA-protein transferase  38.18 
 
 
235 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0694877 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30260  arginyl-tRNA-protein transferase  38.18 
 
 
235 aa  161  7e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2589  arginyl-tRNA-protein transferase  38.18 
 
 
235 aa  161  8.000000000000001e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.205058  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1398  arginyl-tRNA-protein transferase  34.76 
 
 
236 aa  148  7e-35  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1109  arginyl-tRNA-protein transferase  37.05 
 
 
251 aa  148  9e-35  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.157369  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2438  arginyl-tRNA-protein transferase  34.36 
 
 
247 aa  147  1.0000000000000001e-34  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0617  arginyl-tRNA-protein transferase  36.48 
 
 
281 aa  145  4.0000000000000006e-34  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.456922  normal  0.224071 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1559  arginyl-tRNA-protein transferase  35.75 
 
 
254 aa  145  8.000000000000001e-34  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0919298  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2597  arginyl-tRNA-protein transferase  34.08 
 
 
238 aa  144  2e-33  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00148691  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1791  arginyl-tRNA-protein transferase  33.94 
 
 
233 aa  141  9e-33  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2042  arginyl-tRNA-protein transferase  35.59 
 
 
240 aa  140  1.9999999999999998e-32  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.000226368  normal  0.32871 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1714  arginyl-tRNA-protein transferase  36.41 
 
 
239 aa  139  3.9999999999999997e-32  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.484439 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0648  arginyl-tRNA-protein transferase  33.78 
 
 
238 aa  138  7.999999999999999e-32  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1101  arginyl-tRNA-protein transferase  34.5 
 
 
284 aa  134  9e-31  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04859  arginyl-tRNA-protein transferase  36.02 
 
 
251 aa  134  9e-31  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.791729  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0181  Arginyltransferase  32.76 
 
 
246 aa  134  1.9999999999999998e-30  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0237  arginyl-tRNA-protein transferase  33.92 
 
 
262 aa  130  1.0000000000000001e-29  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1252  arginyl-tRNA-protein transferase  32.02 
 
 
276 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1979  arginyl-tRNA-protein transferase  32.02 
 
 
276 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1456  arginyl-tRNA-protein transferase  32.75 
 
 
276 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.691361  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1735  arginyl-tRNA-protein transferase  32.02 
 
 
276 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0393  arginyl-tRNA-protein transferase  32.02 
 
 
276 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.639576  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1810  arginyl-tRNA-protein transferase  32.02 
 
 
276 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.663288  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1826  arginyl-tRNA-protein transferase  32.02 
 
 
276 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0769  arginyl-tRNA-protein transferase  32.02 
 
 
276 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.107158  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3351  arginyl-tRNA-protein transferase  34.38 
 
 
260 aa  130  2.0000000000000002e-29  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.470069  normal  0.662203 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3062  arginyl-tRNA-protein transferase  32.9 
 
 
283 aa  130  2.0000000000000002e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2708  arginyl-tRNA-protein transferase  33.63 
 
 
251 aa  129  4.0000000000000003e-29  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1677  arginyl-tRNA-protein transferase  33.19 
 
 
276 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.278409 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4697  arginyl-tRNA-protein transferase  32.75 
 
 
276 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.165949  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2510  arginyl-tRNA-protein transferase  32.75 
 
 
276 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0990136  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1477  arginyl-tRNA-protein transferase  32.89 
 
 
276 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.718047  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1111  arginyl-tRNA-protein transferase  32.63 
 
 
258 aa  128  6e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1531  arginyl-tRNA-protein transferase  32.31 
 
 
276 aa  128  7.000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1075  arginyl-tRNA-protein transferase  32.31 
 
 
276 aa  128  7.000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1555  arginyl-tRNA-protein transferase  32.31 
 
 
276 aa  128  7.000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0334  arginyl-tRNA-protein transferase  34.67 
 
 
254 aa  128  7.000000000000001e-29  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0236431  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0304  arginyl-tRNA-protein transferase  34.67 
 
 
254 aa  127  1.0000000000000001e-28  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0181876  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4611  arginyl-tRNA-protein transferase  31.9 
 
 
248 aa  127  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.209476  normal  0.240432 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2883  arginyl-tRNA-protein transferase  33.33 
 
 
241 aa  128  1.0000000000000001e-28  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00167037 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4761  arginyl-tRNA-protein transferase  31.9 
 
 
248 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.767227  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0755  arginyl-tRNA-protein transferase  31.76 
 
 
249 aa  126  3e-28  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.576435  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0750  arginyl-tRNA-protein transferase  31.76 
 
 
249 aa  126  3e-28  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0342  arginyl-tRNA-protein transferase  34.21 
 
 
257 aa  125  4.0000000000000003e-28  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.287506  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1127  arginyl-tRNA-protein transferase  32.62 
 
 
249 aa  125  4.0000000000000003e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2639  arginyl-tRNA-protein transferase  34.06 
 
 
280 aa  125  5e-28  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.286005  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1296  arginyl-tRNA-protein transferase  33.91 
 
 
280 aa  125  5e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4241  arginyl-tRNA-protein transferase  31.47 
 
 
248 aa  125  6e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1195  arginyl-tRNA-protein transferase  30.91 
 
 
247 aa  125  7e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0249  arginine-tRNA--protein transferase  34.08 
 
 
236 aa  124  1e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0425  Arginyltransferase  34.08 
 
 
236 aa  124  1e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.557109  hitchhiker  0.00000000502727 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2592  arginyl-tRNA-protein transferase  30.77 
 
 
242 aa  124  2e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.214767  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1468  arginyl-tRNA-protein transferase  33.04 
 
 
256 aa  124  2e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.874672  normal  0.382015 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2538  arginyl-tRNA-protein transferase  32.19 
 
 
249 aa  124  2e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2649  arginyl-tRNA-protein transferase  31.17 
 
 
258 aa  122  3e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.803585 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1979  arginyl-tRNA-protein transferase  32.46 
 
 
247 aa  123  3e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0083576 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2242  arginyl-tRNA-protein transferase  31.6 
 
 
257 aa  122  5e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.354347  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1911  arginyl-tRNA-protein transferase  32.33 
 
 
257 aa  122  7e-27  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.582376  normal  0.840251 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1082  arginyl-tRNA-protein transferase  31.06 
 
 
285 aa  121  8e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.188934  normal  0.420596 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2325  arginyl-tRNA-protein transferase  30.97 
 
 
254 aa  121  9e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.117095  normal  0.776204 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1260  arginyl-tRNA-protein transferase  31.36 
 
 
258 aa  120  9.999999999999999e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.340737 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1931  arginyl-tRNA-protein transferase  30.97 
 
 
255 aa  121  9.999999999999999e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.14051  normal  0.0172021 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1903  arginyl-tRNA-protein transferase  31.42 
 
 
286 aa  120  1.9999999999999998e-26  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.72885 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1663  arginyl-tRNA-protein transferase  30.77 
 
 
279 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0145011 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1724  arginyl-tRNA-protein transferase  31.42 
 
 
253 aa  120  1.9999999999999998e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.290117  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1616  arginyl-tRNA-protein transferase  30.97 
 
 
257 aa  119  3e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>