146 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_1568 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009092  Shew_1568  arginyl-tRNA-protein transferase  100 
 
 
234 aa  491  9.999999999999999e-139  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000198847  normal  0.769175 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1888  arginyl-tRNA-protein transferase  65.8 
 
 
236 aa  321  5e-87  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000499329  hitchhiker  0.000014618 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2697  arginyl-tRNA-protein transferase  64.94 
 
 
236 aa  320  9.999999999999999e-87  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000253337  normal  0.128903 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2530  arginyl-tRNA-protein transferase  64.35 
 
 
241 aa  317  7e-86  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00000125656  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2470  arginyl-tRNA-protein transferase  59.4 
 
 
236 aa  306  1.0000000000000001e-82  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000771659  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2583  arginyl-tRNA-protein transferase  59.4 
 
 
236 aa  306  2.0000000000000002e-82  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000000870424  normal  0.0975132 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1881  arginyl-tRNA-protein transferase  59.4 
 
 
236 aa  305  3e-82  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.00000000197497  hitchhiker  0.000837728 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2463  arginyl-tRNA-protein transferase  59.4 
 
 
236 aa  305  3e-82  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.0000000000249099  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2054  arginyl-tRNA-protein transferase  61.84 
 
 
237 aa  303  2.0000000000000002e-81  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000273717  normal  0.355745 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2225  arginyl-tRNA-protein transferase  58.72 
 
 
235 aa  300  1e-80  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000635584  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2624  arginyl-tRNA-protein transferase  57.51 
 
 
238 aa  298  4e-80  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1755  arginyl-tRNA-protein transferase  57.51 
 
 
238 aa  298  5e-80  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000858101  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1650  arginyl-tRNA-protein transferase  56.65 
 
 
238 aa  291  4e-78  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000736484  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1725  arginyl-tRNA-protein transferase  56.65 
 
 
238 aa  291  6e-78  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000702749  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2252  arginyl-tRNA-protein transferase  56.84 
 
 
239 aa  284  8e-76  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000157492  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1836  arginyl-tRNA-protein transferase  53.74 
 
 
233 aa  270  1e-71  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000137975  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2372  arginyl-tRNA-protein transferase  48 
 
 
231 aa  232  4.0000000000000004e-60  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0011943  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1690  arginyl-tRNA-protein transferase  47.69 
 
 
236 aa  212  3.9999999999999995e-54  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.672767  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2391  arginyl-tRNA-protein transferase  47.3 
 
 
235 aa  209  3e-53  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0694877 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2438  arginyl-tRNA-protein transferase  44.74 
 
 
247 aa  202  5e-51  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3351  hypothetical protein  45.91 
 
 
235 aa  201  6e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.190221  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3588  arginyl-tRNA-protein transferase  45.91 
 
 
235 aa  200  9.999999999999999e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.393051 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3181  arginyl-tRNA-protein transferase  45.45 
 
 
235 aa  200  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.248167  normal  0.0460167 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1755  arginyl-tRNA-protein transferase  44.49 
 
 
237 aa  199  3e-50  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28250  arginyl-tRNA-protein transferase  46.82 
 
 
252 aa  198  6e-50  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1827  arginyl-tRNA-protein transferase  45 
 
 
235 aa  194  8.000000000000001e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.856379  normal  0.0364428 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01638  arginyl-tRNA-protein transferase  49.74 
 
 
214 aa  194  1e-48  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00000119762  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3611  arginyl-tRNA-protein transferase  44.55 
 
 
235 aa  193  2e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.85938  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4006  arginyl-tRNA-protein transferase  44.55 
 
 
235 aa  192  3e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00315442 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1337  arginyl-tRNA-protein transferase  42.92 
 
 
233 aa  192  3e-48  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0223511  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2589  arginyl-tRNA-protein transferase  45.45 
 
 
235 aa  190  1e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.205058  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30260  arginyl-tRNA-protein transferase  45.45 
 
 
235 aa  190  2e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3410  arginyl-tRNA-protein transferase  44.09 
 
 
235 aa  189  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.317388 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2216  arginyl-tRNA-protein transferase  41.59 
 
 
230 aa  187  1e-46  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0631637  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2764  arginyl-tRNA-protein transferase  40.93 
 
 
253 aa  184  7e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0812306  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0617  arginyl-tRNA-protein transferase  44.89 
 
 
281 aa  177  1e-43  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.456922  normal  0.224071 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01569  arginyl-tRNA-protein transferase  40.34 
 
 
233 aa  177  1e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003954  arginine-tRNA-protein transferase  40.34 
 
 
233 aa  176  3e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.000149764  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04859  arginyl-tRNA-protein transferase  41.2 
 
 
251 aa  176  4e-43  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.791729  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2597  arginyl-tRNA-protein transferase  42.47 
 
 
238 aa  175  5e-43  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00148691  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1109  arginyl-tRNA-protein transferase  39.5 
 
 
251 aa  174  9.999999999999999e-43  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.157369  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0019  arginyl-tRNA-protein transferase  39.74 
 
 
247 aa  173  1.9999999999999998e-42  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2042  arginyl-tRNA-protein transferase  41.48 
 
 
240 aa  172  5e-42  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.000226368  normal  0.32871 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0648  arginyl-tRNA-protein transferase  37.93 
 
 
238 aa  168  8e-41  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1791  arginyl-tRNA-protein transferase  43.32 
 
 
233 aa  167  1e-40  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0181  Arginyltransferase  41.78 
 
 
246 aa  167  1e-40  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2592  arginyl-tRNA-protein transferase  40.71 
 
 
242 aa  165  5e-40  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.214767  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1398  arginyl-tRNA-protein transferase  41.03 
 
 
236 aa  164  1.0000000000000001e-39  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0931  arginyl-tRNA-protein transferase  38.94 
 
 
248 aa  158  7e-38  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0193494  normal  0.629486 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1075  arginyl-tRNA-protein transferase  38.94 
 
 
248 aa  158  7e-38  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.646097  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4697  arginyl-tRNA-protein transferase  38.91 
 
 
276 aa  158  9e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.165949  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1252  arginyl-tRNA-protein transferase  38.3 
 
 
276 aa  156  2e-37  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1979  arginyl-tRNA-protein transferase  38.3 
 
 
276 aa  156  2e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1735  arginyl-tRNA-protein transferase  38.3 
 
 
276 aa  156  2e-37  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0393  arginyl-tRNA-protein transferase  38.3 
 
 
276 aa  156  2e-37  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.639576  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1810  arginyl-tRNA-protein transferase  38.3 
 
 
276 aa  156  2e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.663288  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1826  arginyl-tRNA-protein transferase  38.3 
 
 
276 aa  156  2e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0769  arginyl-tRNA-protein transferase  38.3 
 
 
276 aa  156  2e-37  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.107158  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2708  arginyl-tRNA-protein transferase  39.33 
 
 
251 aa  156  3e-37  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1468  arginyl-tRNA-protein transferase  39.91 
 
 
256 aa  155  4e-37  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.874672  normal  0.382015 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3105  arginyl-tRNA-protein transferase  40.34 
 
 
245 aa  155  5.0000000000000005e-37  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.526442  normal  0.279686 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0334  arginyl-tRNA-protein transferase  35.9 
 
 
254 aa  155  6e-37  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0236431  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2510  arginyl-tRNA-protein transferase  38.08 
 
 
276 aa  154  8e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0990136  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2506  arginyl-tRNA-protein transferase  37.19 
 
 
279 aa  154  8e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.60461 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0304  arginyl-tRNA-protein transferase  35.9 
 
 
254 aa  154  1e-36  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0181876  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1477  arginyl-tRNA-protein transferase  38.49 
 
 
276 aa  154  1e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.718047  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2325  arginyl-tRNA-protein transferase  38.56 
 
 
254 aa  154  1e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.117095  normal  0.776204 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1214  arginyl-tRNA-protein transferase  37.5 
 
 
262 aa  154  1e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0519713 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1456  arginyl-tRNA-protein transferase  38.49 
 
 
276 aa  154  1e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.691361  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1731  arginyl-tRNA-protein transferase  38.03 
 
 
273 aa  154  1e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.226677  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1663  arginyl-tRNA-protein transferase  37.5 
 
 
279 aa  153  2e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0145011 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1724  arginyl-tRNA-protein transferase  38.79 
 
 
253 aa  152  2.9999999999999998e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.290117  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1677  arginyl-tRNA-protein transferase  38.3 
 
 
276 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.278409 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1075  arginyl-tRNA-protein transferase  38.24 
 
 
276 aa  152  5e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1555  arginyl-tRNA-protein transferase  38.24 
 
 
276 aa  152  5e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1531  arginyl-tRNA-protein transferase  38.24 
 
 
276 aa  152  5e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2377  arginyl-tRNA-protein transferase  38.2 
 
 
249 aa  152  5.9999999999999996e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.140341  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2883  arginyl-tRNA-protein transferase  39.32 
 
 
241 aa  151  8.999999999999999e-36  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00167037 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1979  arginyl-tRNA-protein transferase  38.36 
 
 
247 aa  150  1e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0083576 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1195  arginyl-tRNA-protein transferase  37.78 
 
 
247 aa  149  2e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4859  arginyl-tRNA-protein transferase  38.2 
 
 
249 aa  150  2e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1616  arginyl-tRNA-protein transferase  37.13 
 
 
257 aa  148  6e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1318  arginyl-tRNA-protein transferase  36.86 
 
 
266 aa  148  6e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1787  arginyl-tRNA-protein transferase  38.56 
 
 
246 aa  148  6e-35  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1987  arginyl-tRNA-protein transferase  38.56 
 
 
246 aa  148  6e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.13709  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1931  arginyl-tRNA-protein transferase  37.29 
 
 
255 aa  148  6e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.14051  normal  0.0172021 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2242  arginyl-tRNA-protein transferase  36.97 
 
 
257 aa  148  9e-35  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.354347  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1603  arginyl-tRNA-protein transferase  37.29 
 
 
254 aa  147  1.0000000000000001e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.117832  normal  0.3797 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4292  arginyl-tRNA-protein transferase  37.7 
 
 
249 aa  147  1.0000000000000001e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2348  arginyl-tRNA-protein transferase  36.75 
 
 
253 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1714  arginyl-tRNA-protein transferase  39.32 
 
 
239 aa  147  2.0000000000000003e-34  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.484439 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4657  arginyl-tRNA-protein transferase  37.24 
 
 
258 aa  145  4.0000000000000006e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3351  arginyl-tRNA-protein transferase  37.56 
 
 
260 aa  145  6e-34  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.470069  normal  0.662203 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1204  arginyl-tRNA-protein transferase  37.24 
 
 
257 aa  145  7.0000000000000006e-34  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1911  arginyl-tRNA-protein transferase  36.55 
 
 
257 aa  144  1e-33  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.582376  normal  0.840251 
 
 
-
 
NC_004310  BR0755  arginyl-tRNA-protein transferase  36.4 
 
 
249 aa  142  5e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.576435  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2121  arginyl-tRNA-protein transferase  36.36 
 
 
244 aa  142  5e-33  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0750  arginyl-tRNA-protein transferase  36.4 
 
 
249 aa  142  5e-33  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0810  arginyl-tRNA-protein transferase  37.39 
 
 
259 aa  142  6e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.603033 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2649  arginyl-tRNA-protein transferase  35.86 
 
 
258 aa  141  8e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.803585 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>